江西烟草青枯病菌的分子鉴定及系统发育分析

从江西省信丰、广昌和峡江3县采集呈典型症状的烟草青枯病株进行病原菌分离,得到3个具有致病性的细菌分离株,分别命名为RSXF-1 、RSGC-1和RSXJ-1.采用细菌16S rDNA基因通用引物对3个分离株的16S rDNA基因进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆和序列测定,各得到长为1 500 bp的核苷酸序列.经同源性分析,发现3个分离株均为茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum),且三者间具有高度的序列同源性.将此3个分离株的16S rDNA核苷酸序列与GenBank中R.solanacearum代表性株系的对应序列进行同源性分析并构建系统发育树,结果表明RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1均与我国广东省和云南省的分离株具有最近的亲缘发育关系.     

新疆两泥火山可培养中度嗜盐微生物多样性

[目的]了解新疆乌苏和独山子两泥火山可培养中度嗜盐菌的多样性.[方法]采用10;NaCl盐浓度的ISP5培养基,对两泥火山样品进行可培养菌分离、16S rDNA鉴定及系统发育分析.[结果]从新疆两泥火山中共分离得到26株中度嗜盐细菌和放线菌,乌苏泥火山13株,分属于7个属:Nesterenkonia、Bacillus、Salinicoccus、Nocardiopsis、Halomonas、Halophilic和Micrococcacea,其中Nesterenkonia属为优势菌群;独山子泥火山13株,隶属于6个属:Halomonas、Marinobacter、Bacillus、 Salinicoccus、Nocardiopsis和Halolactibacillus,其中Halomonas和Marinobacter属为优势菌群.4株可能为潜在的新种.[结论]新疆两泥火山可培养中度嗜盐细菌和放线菌具有较为丰富的生物多样性,且潜藏着新的菌种资源,具有进一步研究开发价值.     

小麦转录因子基因W16的功能标记作图和关联分析

【目的】开发小麦DREB转录因子基因W16的功能标记,进行遗传作图,并结合表型性状关联分析,为利用分子标记进行小麦遗传改良提供依据。【方法】以六倍体普通小麦及其野生近缘种的二倍体和四倍体为材料,克隆W16的DNA序列;根据序列多态性设计分子标记;利用中国春缺四体材料对基因进行染色体定位,用DH群体（旱选10号×鲁麦14）进行精细定位并作图;以154份六倍体普通小麦材料构成的自然群体分析表型性状与基因单倍型的关联特性。【结果】利用中国春缺四体材料先将W16定位在1A染色体上。后利用DH群体将W16定位于染色体1A的CWM517和WMC20标记之间,距左、右标记的遗传距离分别为7.8 cM和19.4 cM。在小麦自然群体中共检测到W16的3种单倍型,分别与单株穗数、穗粒数、每穗小穗数和籽粒饱满度关联。【结论】确定了W16所在的染色体位置,鉴定出HapⅡ为增加单株穗数和籽粒饱满度的优良单倍型,HapⅢ为提高穗粒数的优良单倍型,该基因的功能标记和关联分析结果为小麦分子育种提供了重要信息。     

6株解有机磷细菌的分离鉴定

从合肥市王小郢污水处理厂的污泥中筛选出6株能降解有机磷的细菌,对这6株茵株进行形态、生理生化性状测定,初步鉴定得出SI菌株为微杆菌属(Microbacterium),S2菌株为葡萄球菌属(Staphylococcus),S3(QY081102)菌株为假单胞菌属(Pseudomonas),S4菌株为不动杆菌属(Acinetobacter),S5菌株为黄色单胞菌属(Flavimonas),S6菌株为纤维单胞菌(Cellulomonas).对它们的解磷能力进行测定和比较,S3菌株的解磷能力最强,其D/d值为4.5,对卵磷脂的降解率为66%,进而对S3菌株进行了16S rDNA序列分析,确定其为产碱假单胞茵(Pseudomonas alcaligenes).     

嗜盐嗜碱菌株20-13的生物学特性及系统发育学分析

对大庆盐碱土中分离到的菌株20-13进行表型特征、生理生化特性和系统发育学研究表明,菌株20-13为革兰氏阴性、能运动的杆菌,末端形成膨大的芽孢,嗜碱且中度嗜盐,能在NaCl浓度为1%~25%(W/V)的改良S-G培养基中生长,最佳生长发生在3%NaC(lW/V);生长的温度范围20~50°C,最适为30~32°C;pH范围8.0~11.0,最适pH 10.0。16S rRNA基因序列的系统进化分析表明,该菌株与厚壁菌门、碱杆菌属Alkalibacillus haloalkaliphilus的成员亲缘关系最近,相似性达99.4%,菌株20-13与Alkalibacillus haloalkaliphilus的表型特征与生理生化特性基本一致。综合分析,确定该菌株与碱杆菌属Alkalibacillus haloalkaliphilus为同一种,且与模式菌株不同的菌株。     

厚壳贻贝不同组织中的微生物群落结构

为了解厚壳贻贝（Mytilus coruscus）各组织中微生物的分布差异,本实验在Illumina MiSeq 测序平台利用16S rDNA克隆子测序（V3-V4区）对嵊泗养殖贻贝的血淋巴、消化腺、肾脏、鳃、外套膜、性腺和足等7种组织中的微生物群落结构进行分析,并比较组织间微生物的多样性差异。结果显示,21个样本平均产生36,860条高质量序列。血淋巴共有1,237个OTU,其次是消化腺（1,014个OTU）和肾脏（1,015个OTU）,性腺最少（仅有553个OTU）。尽管血淋巴OTU数最高,但仅有9个独有OTU。肾脏拥有最多172个独有OTU,消化腺次之（144个独有OTU）。所有组织中均以变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和疣微菌门（Verrucomicrobia）为主要菌群。Alpha多样性指数分析显示血淋巴、消化腺和肾脏微生物多样性最高。以上结果表明,厚壳贻贝微生物存在一定的组织差异性,这将为今后深入阐释厚壳贻贝与微生物之间的相互作用及其调控机理奠定基础。     

三种不同海洋脂质对溃疡性结肠炎小鼠及其肠道菌群的影响

为了研究3种不同海洋脂质——二十碳五烯酸(eicosapentaenoic acid,EPA)、二十二碳五烯酸(docosapentaenoic acid,DPA)和二十二碳六烯酸(docosahexaenoic acid,DHA)对溃疡性结肠炎(UC)小鼠及其肠道菌群的影响,本实验采用葡聚硫酸钠(dextran su...     

基于16S rRNA序列探讨我国海鳝科鱼类分子系统进化关系

为从分子水平分析海鳝科鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,实验通过PCR扩增获得我国海鳝科9个属26种鱼类16S r RNA序列片段,结合GenBank下载的其他海鳝科鱼类的序列进行分析。结果显示,进化树上,海鳝科主要形成裸海鳝亚科与海鳝亚科两个分支,裸海鳝亚科包括尾鳝属与鞭尾鳝属,海鳝亚科包括裸胸鳝属、裸海鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属等8个属,与形态分类结果一致。裸海鳝亚科分支中,尾鳝属与鞭尾鳝属形成平行的姐妹分支;海鳝亚科分支中,斑马裸海鳝单独形成一支,位于该分支基部,其他种类聚为另一支。分支I中裸胸鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属、海鳝属等属均无法形成单系,揭示这些种属可能是多系起源,与近期的分子水平研究观点相似。研究结果支持将斑马裸海鳝归为裸海鳝属,为单型属物种;虎斑鞭尾鳝归为鞭尾鳝属,与尾鳝属平行进化;拟蛇鳝从长海鳝属分离出来,归为拟蛇鳝属等分类观点。豹纹勾吻鳝与海鳝属关系十分接近,但其形态上还具有多个勾吻鳝属的基本特征,至于是否归为海鳝属,还需后续更多的分子与形态学研究加以验证。     

青海省不同生态区蚕豆根瘤菌16S rDNA分析

为了阐明青海省蚕豆根瘤菌的遗传多样性和亲缘关系,同时为发现和获得新的根瘤菌物种提供资源,采集和分离了青海省不同生态区蚕豆主栽品种青蚕14中的根瘤菌,并对其中分离到的6个菌株(CD1~6)进行16S rDNA鉴定分析。将6株蚕豆根瘤菌的全序列结果与NCBI中已报道的序列进行相似性比对,发现其相似度较高,其中供试菌株CD4与KF008225.1相似度最高,达到98%,其余均在95%到96%之间。6株供试菌分属4个菌属,CD1和CD2共属节细菌属,CD3属于分枝杆菌属,CD4和CD5属于快生根瘤菌属,CD6属于中慢生根瘤菌属,表明来自不同地区的蚕豆根瘤菌存在较大差异。聚类分析结果显示,蚕豆根瘤菌的6个菌株分属5个不同系统发育分支,证明青海省不同生态区蚕豆根瘤菌种类多样性较为丰富。     

5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA 16S rRNA和Cyt b基因片段序列分析

对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。