Comparison of susceptibility of various fish species to experimental infection with channel catfish virus

Channel catfish virus (CCV) disease is an acute haemorrhagic disease in juvenile channel catfish ( Ictalurus punctatus ). To date channel catfish is the only species affected by natural outbreaks of the CCV but juvenile large mouth bass ( Micropterus salmoides ) and silurus ( Silurus meriaionalis ) have suffered high mortalities in recent years in China. Histopathological phenomenon of sick fish is similar to CCV disease, and the identified virus was CCV. In this report, the pathogenicity of infectious CCV was examined by infection trials on the first known host species, the channel catfish and other teleosts. Our results indicated that there were higher detection rates of CCV from large mouth bass and silurus fish. Channel catfish virus did not induce mortality in other cypriniformes, but histopathological studies revealed that carp might be infected by both bathing and intraperitoneal infection. No deaths, clinical or histopathological signs, were found in the six other species exposed by immersion or injection. Experimental infection studies confirm that CCV infect not only channel catfish but also other species (large mouth bass, silutus and carp). The outbreaks of CCV disease only occurred when the cultured temperature was above 25 °C.     

Development and application of fluorescence in situ hybridization (FISH) method for simple and rapid identification of the toxic dinoflagellates Alexandrium tamarense and Alexandrium catenella in cultured and natural seawater

ABSTRACT:   The toxic dinoflagellates Alexandrium tamarense (Lebour) Balech and A. catenella (Whedon and Kofoid) Balech produce potent neurotoxins, such as saxitoxin and gonyautoxin and have been mainly responsible for paralytic shellfish poisoning (PSP) in Japan. To prevent a negative effect on the fishery industry, it is necessary to identify these toxic species precisely and rapidly before and during the bloom. In this paper, a rapid and simple protocol of a fluorescence in situ hybridization (FISH) method using ribosomal RNA (rRNA)-targeted probes has been established for identifying the cultured strains and natural cells of A. tamarense and A. catenella . Using the FISH method established in this study, it was possible to identify these toxic species species-specifically and rapidly, within 30 min. The procedure of detection constituted three steps: (i) fixation/dehydration; (ii) hybridization; and (iii) washing; this made the identification simple. Moreover, this method did not require either special techniques or equipment, and the cost for detection was low. The specificity, rapidity, and simplicity of the developed method suggest that it might be useful for routine monitoring of these toxic microalgae.     

长江草鱼群体MHC Class ⅡB的多态性和进化分析

克隆及测序草鱼(Ctenopharyngodon idella)长江3个群体的主要组织相容性复合体(MHC)Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构。结果显示:实验共定义了34个等位基因,每条序列包括长为130~136 bp的第2个外显子,长为218 bp的第3个外显子以及长81~371 bp的内含子。序列分析揭示,第2个外显子有106个核苷酸变异位点(78%)和40个氨基酸变异位点(88%),而第3个外显子有100个核苷酸变异位点(45%)和41个氨基酸变异位点(56%),β1变异要大于β2区。用β1和β2区序列分别构建的邻接(NJ)系统树均显示5个具有高支持率的谱系,结合序列变异特点和内含子长度,推测草鱼至少存在5个MHC Class II座位。分别计算β1的肽结合位点(PBR)、非肽结合位点及β2的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS),PBR的dN/dS为2.03(P<0.05),非肽结合位点和β2则小于1,表明草鱼MHC受到歧化选择作用。根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析(AMOVA),得出FST为0.37%,提示长江草鱼MHC没有遗传分化。     

草鱼HSP70基因cDNA部分序列克隆及其组织表达差异

根据鲤热休克蛋白70(Heat shock protein,HSP70)序列(AY120894)设计并合成一对引物,以草鱼(Cteno-pharyngodon idella)肝胰脏组织总RNA为模板,RT-PCR扩增获得草鱼HSP70基因cDNA部分序列,并进行了组织表达差异性研究。结果显示:所获为序列为480 bp,获得GeneBank登陆号为FJ483832。序列测序结果显示,HSP70扩增序列与鲤、斑马鱼、鲋的同源性为:93%、91%、93%。另外,所获序列HSP70在草鱼脂肪、肌肉、肠、脑、粘液、性腺、鳔、肝胰脏、心脏、脾脏、鳃、鳍12个组织的表达存在差异,HSP70在草鱼这12个组织中均检测到表达,其中在鳍中表达最高,极显著高于其他组织(P<0.01);在鳔中表达次之,且与脑、心脏、性腺中表达差异不显著;在粘液中表达最低。     

栉孔扇贝BES-SSR的开发及遗传多样性分析

通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。     

栉孔扇贝、虾夷扇贝及其杂交子代的MSAP分析

运用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术对栉孔扇贝(♀)、虾夷扇贝(♂)及其杂交子一代、子二代基因组DNA胞嘧啶甲基化水平进行了研究,并分析了DNA甲基化与各性状的相关性及其与杂种优势的关系。结果表明,(1)DNA甲基化率与壳宽、总重等表型值呈正相关的关系,而与壳长、壳高、软体重和闭壳肌重4个性状表型值呈负相关的关系,其中闭壳肌重与甲基化率的相关性达到极显著水平(P<0.01);(2)虾夷扇贝、栉孔扇贝、F1代、F2代的总甲基化率分别为32.79%、24.13%、19.98%、20.18%,杂交种F1代的甲基化水平低于双亲,是两种扇贝杂交的结果;F1代的甲基化模式经过了重新调整,其变化相对其亲本主要有4种类型:甲基化水平相同、去甲基化、超甲基化、次甲基化,且去甲基化位点多于超甲基化位点。结果证实杂种优势的产生与杂交种F1代基因组DNA甲基化模式的改变和重新调整有关,丰富了杂种优势机理研究内容。     

不同成熟条件下烤烟叶片中氨基酸含量的变化

以烤烟品种云烟87为试材,测定了不同成熟条件下烤后烟叶中氨基酸含量的变化。结果表明:当成熟度由低至高(M1至M5)时,烟叶中的氨基酸总量呈"V"形曲线变化,中部叶的最小值出现在M3,上部叶的最小值出现在M4;不同部位烟叶中的氨基酸含量表现并不一致,呈现上部叶的氨基酸含量高于中部叶的态势;不同氨基酸在烟叶中的含量存在着明显的差异,有些氨基酸的含量很高,如谷氨酸、天冬氨酸等,有些氨基酸含量很低,如蛋氨酸、胱氨酸等。     

离体培养条件下半夏叶柄形成珠芽过程中内源激素的变化

为了探讨半夏试管珠芽形成的生理生化机制,以半夏无菌叶柄为材料,倒置在MS基本培养基上,对半夏珠芽形成过程中5种内源激素(IAA、GA3、ABA、ZR、JA)的动态变化进行了研究。结果表明:倒置半夏叶柄的珠芽无一例外地出现在叶柄形态学上端;ELISA方法测定显示,半夏叶柄形成珠芽的过程中叶柄上端IAA、ABA、ZR和JA的含量呈上升趋势,GA3在的珠芽形成初期急剧下降。随着珠芽的形成,GA3与其它各激素的平衡关系发生变化,IAA/GA3、ABA/GA3、ZR/GA3和JA/GA3的比值先呈下降趋势,15 d后开始上升;在珠芽快速形成期(10~20 d)IAA/GA3、ABA/GA3和JA/GA3维持在高的水平,其中JA/GA3的比值20 d后又呈上升趋势。     

中外烤烟烟叶中挥发性香气物质的对比分析

以河南、湖南、云南、贵州、吉林与津巴布韦烤烟烟叶为材料,采用美国HP5890Ⅱ-5972气质联用仪定性、内标定量法对国内不同香气风格烤烟与津巴布韦烤烟烟叶中中性挥发性香气物质组成和含量进行了对比分析。结果表明:在所检测出的29种中性挥发性致香物质中,津巴布韦烤烟烟叶中12种香气物质含量最高,其中11种明显高于国内烟叶,如3,4-二甲基-2,5-呋喃二酮、2-乙酰基吡咯、巨豆三烯酮(A、B、C、D)、2-壬烯醛、螺岩兰草酮等,其烤烟烟叶质量和风格表现出显著的焦甜香气息,香气浓郁。国内河南、湖南等浓香风格烤烟内茄酮、糠醛、糠醇、乙酰基呋喃、2-乙酰基吡咯等西柏烷类降解产物和棕色化反应产物含量较高;云南等清香型烤烟中β-大马酮、二氢猕猴桃内酯和3-羟基-β-二氢大马酮等类胡萝卜素类降解产物含量较高。     

基于TaqMan qPCR检测凡纳滨对虾样品中虾肝肠胞虫并样检测方法的评价

对山东海阳和潍坊的2个养殖凡纳滨对虾群体取样,采用TaqMan qPCR逐尾检测肝胰腺中的虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)载量,再将提取的DNA样品按5并1(5∶1)、25并1(25∶1)、50并1(50∶1)、100并1(100∶1)和150并1(150∶1)进行并样,检测并样的EHP载量。设定不同临界循环数为假定灵敏度,定性判断各单尾检测阳性及并样组阳性,比较不同并样模式与检测阳性率、诊断灵敏度、诊断特异性等之间的关系以及定量的准确性。结果表明,检测灵敏度过低,会降低高并样率检测的准确性;阳性率在30%以上时,高并样率的检测结果与单样品检测相符性很好;高载量感染的阳性率不低于6.7%时,50∶1以内的并样能准确得出检测结果;低载量感染的阳性率不低于16%时,25∶1以内的并样能得出较好结果;高载量感染的1.3%阳性率和低载量感染的8%阳性率可能导致所有并样出现假阴性结果;各种并样模式均有很好的诊断特异性,50∶1并样的诊断灵敏度与OIE标准推荐的5∶1并样的接近;各并样检测的EHP载量与单样品检测平均值之比在0.27~2.83范围,二者存在极显著相关性,各种并样模式的定量检测结果在数量级水平能大致反映样品的平均EHP载量。本研究为水生动物疫病诊断和流行病学调查的样品检测提供了参考依据。