烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌多样性特征分析

【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征,揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系,为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡(镇)、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品,利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群,基于Illumina MiSeq高通量测序结果,分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比,在门分类水平上,患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高,Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低;在纲分类水平上,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和拟杆菌纲(Bacteroidia)的相对丰度提高;杆菌纲(Bacilli)和放线菌纲(Actinobacteria)的相对丰度降低;在属分类水平上,假单胞菌属(Pseudomonas)、无色杆菌属(Achromobacte...     

转抗虫基因107杨对根际和内源细菌群落的影响

为研究转抗虫基因对根际和内源细菌群落的影响,以转抗虫基因107杨田间对比试验林为对象,采用高通量测序技术对转基因株系和对照株系根际土壤细菌、树干韧皮部和根系内生细菌群落结构组成及多样性进行对比分析。结果显示：(1)土壤样品中有效序列平均在30 000以上,杨树组织有效序列平均在300 000以上。(2)转基因株系细菌物种组成与对照株系的极其相似,酸杆菌门与变形菌门为转基因和非转基因株系根际土壤的优势菌门,占比分别为16.6%和21.9%;蓝藻菌门和变形菌门为转基因和非转基因株系韧皮部的优势菌门,所占的比率分别为54.8%和59.2%;变形菌门为转基因和非转基因株系根部的优势菌门,所占的比率分别为40.7%和58.8%。(3)转基因和非转基因株系在细菌群落的丰富度和多样性上均没有表现出明显的差异,但不同部位之间差异显著。结果表明：转基因107杨没有对根际土壤和内生细菌造成显著影响,明确了转抗虫基因107杨不同部位细菌群落特征,为转抗虫基因107杨的生物安全评价提供了有益的参考。     

宁南霉素对烟草叶片内生细菌多样性的影响

为了明确施用宁南霉素和生防菌对烟草内生菌群落的影响,采用宁南霉素和烟草内生解淀粉芽孢杆菌YN201732(Y32)不同先后喷施组合,提取处理后不同时间段烟草叶片,运用高通量测序技术测定内生细菌16S rDNA序列,分析菌群多样性.结果表明,仅喷施Y32发酵液(107 cfu/mL)的叶片内细菌物种多样性高于其他处理.先喷施Y32发酵液,24 h后再喷施宁南霉素的叶片内细菌物种丰富度高于先喷施宁南霉素,24 h后再喷施Y32发酵液的处理.所有样品中优势细菌属均为泛菌属、沙雷氏菌属、芽孢杆菌属和假单孢菌属,它们的相对丰度之和大于80％.Y32发酵液能有效提高烟草叶片新陈代谢等生命活动,加快生命进程.宁南霉素能降低烟草内生细菌物种多样性,而烟草内生细菌Y32能够提高烟草叶片内生细菌物种多样性,这一结果对利用内生菌开展生物防治具有重要指导意义.     

鲤鱼基因组初步完成测定分析

<正>近日,中国科学院北京基因组研究所运用新一代高通量测序技术以及高性能的生物信息分析,完成了鲤鱼基因组初步测定与分析工作,获得了鲤鱼基因组高覆盖的基因组数据。"鲤鱼基因组计划"是基因组所与水产生物应用基因组研究中心和黑龙江水产研究所联合开展的研究项目,目前项目进展顺利,是     

基于DNA宏条形码的莼菜大田土壤真菌多样性研究

高通量测序与DNA条形码结合产生的DNA宏条形码技术(DNA-Metabarcoding),能快速鉴定混合样本中的物种,现已成为检测群类物种多样性和丰富度的常用方法.本试验采用这一方法分析了莼菜大田不同种植年限土壤真菌多样性,结果表明:10年生土壤中含有最多的真菌种类,多样性及丰富度最高;在属水平上表现为蛙粪霉属、裂梗霉属、酵母属等占优势;群类组成分析显示,种植年限的变化对土壤真菌群落组成有一定的影响;聚类分析中10年与15年生莼菜土壤物种多样性相似度较高.     

一步法RT-PCR扩增PRSV海南分离物全长基因组cDNA

以植物总RNA提取试剂盒提取的高纯度的总RNA为模板,使用Oligo dT-Adaptor和Random9引物合成了番木瓜环斑病病毒海南分离物(PRSV HN-2)的cDNA第一链,基于已报道的PRSV全长基因组序列,设计合成了一对引物,一步法RT-PCR扩增出PRSV海南分离物全长基因组cDNA。为了验证获得的全长基因组cDNA的正确性,并以扩增出的全长cDNA为模板,将PRSV全长基因组分成A、B 2个大片段进行扩增,应用T载体进行克隆和测序以验证所获得的全长基因组cDNA序列的正确性。测序结果显示,该cDNA序列与国内外报道的PRSV各分离物全长核苷酸序列的相似性很高,表明本文建立的一步法RT-PCR扩增PRSV全长基因组cDNA的方法正确、可行。     

不同生长年限桔梗根部差异表达基因挖掘分析

为深入了解不同生长年限桔梗根部基因表达差异,本研究以1年及3年生紫花桔梗根部为试验材料进行转录组分析。共获取41.84 G clean base,拼接后获得54 425个Unigene,平均长度为1 352 bp。筛选得到3 700个DEGs,其中2 514个在3年生样本中上调表达,1 186个下调表达。3 700个差异表达基因共富集到2 975个GO项,52项显著富集。52项显著富集中,分子功能28项,生物学过程21项,细胞组分3项。KEGG富集表明,上调DEGs显著富集到植物病原体互作、淀粉蔗糖代谢、苯丙烷类生物合成和植物激素信号传导途径,下调DEGs显著富集到光合作用-天线蛋白、光合作用、玉米素生物合成途径。同时对各个途径中显著差异表达基因注释到的差异相关蛋白、转录因子及关键酶基因进行挖掘。荧光定量PCR的表达与转录组测序结果的一致性说明转录组测序数据可靠。该研究通过分析不同生长年限桔梗根部转录水平上的差异,有助于理解不同生长年限桔梗产量、结实率及植株抗病性等方面存在的差异,为后期开展桔梗分子育种、生长发育及相关功能基因解析提供基础信息。     

大豆分子育种研究新进展

分子育种是当今世界大豆产业发展的主要推动力,已成为国际大豆种业竞争的核心技术。介绍了2012-2013年间国内外大豆分子育种研究的新进展：以高通量测序为基础的功能基因组学研究更深入、更广泛;克隆并验证了与开花、产量、结瘤和抗逆性等重要性状相关的基因;发掘出一批新的分子标记或QTL,强化了传统分子标记与新技术、新方法的有机结合;在遗传转化体系优化方面取得了一些新进展,并在大豆中对一些目标基因进行了功能鉴定;一批具有抗虫、耐除草剂等单一及复合性状的转基因大豆新品种获得多国安全认证,允许进口食用、饲用或商业化种植,并对今后一段时间内大豆分子育种领域的发展趋势进行了展望。     

猪圆环病毒2型吉林地方株ORF2基因的克隆、测序及其在原核细胞中的表达

根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型（PCV2）ORF2基因序列，设计合成1对特异性引物，用PCR方法从接种PCV2吉林株（JL01）PK-15细胞中，扩增出PCV2毒株的ORF2基因。将扩增片段克隆于pMD18-T载体，进行序列测定。结果表明，PCV2JL01毒株的ORF2基因核苷酸长度为702bp。将重组质粒用Sal Ⅰ和Xho Ⅰ酶切后与同样处理的pET-32a载体连接，转化BL21细胞后，挑取阳性克隆。经PCR和酶切鉴定后，用IPTG诱导，细菌裂解液经SDS—PAGE和Western—blot分析，表明ORF2基因在大肠杆菌中得到了表达，并能被PCV2阳性血清所识别。     

大林姬鼠和黑线姬鼠肠道菌群的比较与分析

为了探究大林姬鼠和黑线姬鼠肠道微生物的组成及是否有显著差异,采用高通量测序技术对10只大林姬鼠和10只黑线姬鼠的肠道菌群的组成进行了初步分析,并比较两组之间肠道菌群的差异。结果表明,两种鼠的肠道菌群在门水平上以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门为主。在属水平上,大林姬鼠的优势菌属为unidentified-Muribaculace、unidentified-Lachnospiraceae、螺杆菌属,黑线姬鼠的优势菌属为unidentified-Lachnospiraceae、unidentified-Muribaculace、乳杆菌属。Anosim分析结果表明,大林姬鼠与黑线姬鼠肠道菌群的组间差异大于组内差异,且两组间肠道菌群差异极显著（P<0.01）。本研究结果为防治农林有害微生物和有效评估鼠类疾病传播风险提供基础微生物数据。