基于高通量测序分析辣椒/玉米套作对辣椒根际土壤细菌多样性的影响

【目的】从微生物角度揭示辣椒/玉米套作模式的优越性,为此模式的大力推广及高效栽培提供基础理论依据。【方法】利用Illumina高通量测序技术,分析辣椒/玉米套作、辣椒净作2个试验处理情况下,辣椒根际土壤细菌多样性及群落组成结构。【结果】辣椒/玉米套作后,辣椒根际土壤细菌的Chao1、Ace、Shannon指数均有所增加,增幅为3.07%～7.53%;2个处理在门、纲、目、科、属水平上排名前10的优势细菌种类相同,最大优势菌门均为变形菌门,占土壤细菌总量的88%以上,但各细菌数量发生变化,细菌群落组成结构发生变化;套作后辣椒根际土壤细菌富集并达到组间显著性差异的微生物种类有56种,主要有亚硝化单胞菌科(从目到科)、硝化螺旋菌属(从门到属)、Ignavibacteriaceae(从门到科)、丰佑菌属(从纲到属);辣椒净作仅10种,主要为脱铁杆菌科(从门到科)。【结论】辣椒玉米套作后,辣椒根际土壤细菌丰富度和多样性增加,富集并达到组间显著性差异的微生物种类明显增多,其中与氮素循环有关的亚硝化单胞菌科(从目到科)和硝化螺旋菌属(从门到属)显著增加,土壤微生物优势明显。     

烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌多样性特征分析

【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征,揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系,为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡(镇)、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品,利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群,基于Illumina MiSeq高通量测序结果,分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比,在门分类水平上,患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高,Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低;在纲分类水平上,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和拟杆菌纲(Bacteroidia)的相对丰度提高;杆菌纲(Bacilli)和放线菌纲(Actinobacteria)的相对丰度降低;在属分类水平上,假单胞菌属(Pseudomonas)、无色杆菌属(Achromobacte...     

池塘鱼菜立体种养系统的微生物群落结构分析

为了解池塘鱼菜立体种养系统中微生物的群落结构特征, 探究池塘鱼菜立体种养系统不同组成之间的相互关系, 采用Illumina MiSeq高通量测序方法对系统不同组成的微生物16S rRNA V3～V4区进行测序,比较分析了水体、底泥、蕹菜Ipomoea aquatica Forsk根际与根表、暗纹东方鲀Takifugu ...     

长期咸水滴灌对棉田土壤细菌和真菌群落结构的影响

【目的】研究长期咸水灌溉对棉田土壤理化性质、细菌和真菌群落结构多样性的影响。【方法】设3个灌溉水盐度处理为0.35、4.61和8.04 dS/m,分别代表淡水、微咸水、咸水3种灌溉水质,采用高通量测序法测定土壤中细菌和真菌群落结构多样性。【结果】与淡水灌溉相比,微咸水和咸水灌溉显著提高了土壤盐分和土壤容重,但降低了土壤pH、有机质和全氮含量。微咸水和咸水灌溉显著增加细菌OTUs,而咸水灌溉显著降低真菌OTUs。咸水灌溉显著增加细菌Chao1和ACE指数,降低Shannon指数,降低真菌Chao1和ACE指数,增加Simpson指数。微咸水和咸水灌溉显著降低细菌RB41、H16、Haliangium、硝化螺旋菌属、溶杆菌属、苔藓杆菌属、酸杆菌属和真菌被孢霉属、粉褶菌属、Tetracladium的相对丰度,但显著增加细菌鞘脂单胞菌属、芽单胞菌属、Gaiella、Ilumatobacter、Solirubrobacter、Nocardioides和真菌弯孢菌属、球腔菌属的相对丰度。随着灌溉水盐度的增加,细菌群落潜在生物标志物的数量逐渐减少,为4个、2个和1个,真菌群落潜在生物标志物数量在微咸...     

基于高通量测序的猕猴桃根腐病根际土壤真菌群落研究

以猕猴桃根腐病根际土壤真菌群落为研究对象,通过高通量测序,研究猕猴桃根腐病感病植株与未感病植株根际土壤真菌群落结构的分布情况,为猕猴桃根腐病生物防治提供理论依据。结果表明,与未感病植株相比,猕猴桃植株感染根腐病后,其根际土壤真菌的群落结构和相对丰度发生了变化。在门分类水平上,感病植株根际土壤子囊菌门相对丰度较高,而接合菌门和担子菌门较低。在纲分类水平上,感病植株根际土壤粪壳菌纲相对丰度较高,伞菌纲、盘菌纲较低。在目分类水平上,感病植株根际土壤肉座菌目相对丰度较高,而Sordaihales, Trechnsporales、小壳菌目较低。在科分类水平上,感病植株根际土壤赤壳科相对丰度较高,而毛球壳科、囊菌科的较低。在属分类水平上,感病植株根际土壤的赤霉菌属、丛赤壳属相对丰度较高。     

水稻土中土著细菌群落对重金属Cd的响应

为探究不同镉(Cd)浓度对水稻土中细菌群落分布的影响,设置不同Cd²⁺浓度梯度(0、20、40、80、160 mg/kg)的盆栽水稻土,采集水稻成熟期的根际土与非根际土,测定土壤样品的pH值、总氮(TN)、总有机碳(TOC)、铵态氮(NH⁺₄-N)与硝态氮(NO^-₃-N),并利用基于16S rRNA基因的高通量测序技术研究水稻土样品中的细菌群落结构以及细菌群落结构与Cd含量等理化因子的潜在关系。结果显示,不同Cd含量的水稻土样品中原核微生物主要为细菌界(Bacteria),共有35个门94个纲,变形菌门(Proteobacteria)和γ-变形菌纲(γ-Protebacteria)细菌在不同Cd含量的水稻土样品中均表现出优势。研究表明,水稻土中Cd和NO^-₃-N含量显著影响水稻土中纲水平细菌群落丰度。     

禽腺病毒4型湖北株的分离鉴定及其Fiber2蛋白在乳酸菌中的表达

为研究湖北地区禽腺病毒4型遗传进化情况及其Fiber2蛋白在乳酸菌中的表达情况,将采集于湖北省某养鸡场的病变组织样处理后接种至LMH细胞,分离出2株禽腺病毒,通过PCR鉴定和Hexon基因测序分析表明为禽腺病毒4型,并命名为HBJZ2021A和HBJZ2021B,遗传进化树分析结果表明,其与国内山东、浙江和北京等地区的毒株亲缘关系较近,处于同一进化分支。以其基因组DNA为模板扩增Fiber2基因并克隆至乳酸菌表达载体pNZ8148,通过酶切和测序表明成功构建了重组表达载体pNZ8148-Fiber2,并通过电转转化至NZ 9000乳酸菌,采用不同浓度梯度的Nisin进行诱导表达,SDS-PAGE及Western-Blot分析结果显示,成功在上清中表达了Fiber2蛋白。该研究结果为湖北地区禽腺病毒4型的流行情况及其口服疫苗的开发提供了参考依据。     

基于全基因组测序的耐盐金黄色葡萄球菌ZS01的耐盐机制研究

为探讨金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)耐受盐胁迫的分子机制,以从盐渍水产品中分离的高耐盐菌株S.aureus ZS01和标准菌株S.aureus ATCC 27217作为研究对象,利用二代全基因组测序平台,采用比较组学方法,结合胁迫后金黄色葡萄球菌生长活性和细胞壁通透性的变化,从DNA层面阐明金黄色葡萄球菌耐受盐胁迫的分子机制。结果表明,S.aureus ZS01特异的基因GO分类统计主要涉及膜的整体组件、胞外区、DNA结合和发病机制;KEGG途径主要集中在细胞群落原核生物、传染病：细菌、膜转运、复制和修复,其中与耐盐相关的基因主要涉及双组分信号转导系统、ABC转运系统、转录调控因子和DNA损伤修复,这些基因很可能就是S.aureus ZS01较标准菌株更耐盐的主要原因。     

美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的全基因组测序及生物信息学分析

为了探究美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的功能.本研究利用Megalign构建美人鱼发光杆菌16S rDNA遗传进化树,利用电镜观察菌株,并进行生化鉴定;采用PacBio RSII高通量测序平台对美人鱼发光杆菌进行全基因组测序;利用SMRT portal软件对测序所得基因进行组装拼接;利用NR、KEGG、COG...     

凝结芽孢杆菌对蛋雏鸡肠道菌群结构的影响

【目的】分析凝结芽孢杆菌蛋雏鸡肠道菌群的变化。【方法】选取1日龄蛋雏鸡288只,分为对照组和凝结芽孢杆菌组,每组72只。饲养28 d后,每组选取6只蛋雏鸡,收集盲肠内容物,提取样品DNA,采用MiSeq PE300高通量测序平台进行测序分析。【结果】共获得121.8万条高质量序列,基于相似度大于97%的原则聚类后共获得1 926个OTU(Operational Taxonomic Unit)。与对照组相比,凝结芽孢杆菌低剂量组、凝结芽孢杆菌中剂量组和凝结芽孢杆菌高剂量组的4种α多样性指数存在差异显著(P<0.05)。在属水平上,添加凝结芽孢杆菌低剂量组、凝结芽孢杆菌中剂量组和凝结芽孢杆菌高剂量组的另枝菌属、毛螺菌属和巴恩斯氏菌属相对丰度均显著高于对照组(P<0.05),而拟杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属和乳杆菌属的相对丰度均显著低于对照组(P<0.05)。凝结芽孢杆菌高剂量组与相应的对照组相比,有1个菌目、6个菌科和18个菌属有显著差异。差异菌群的功能主要集中在氨基酸运输与代谢、碳水化合物运输与代谢及能量的产生和转换等相关基因上。凝结芽孢杆菌高剂量组与对照组相比差异显著...