蛋白质三级结构预测方法简述

随着各种生物全基因组测序工作的不断深入，越来越多的核酸序列清晰的呈现在世人面前。与此同时，我们明确知道空间结构的蛋白质数目却增长缓慢，而且两者之间增长速度的差异正在进一步扩大。因为蛋白质的生物学功能在很大程度上取决于其空间结构，所以弄清楚蛋白质的结构进而理解其结构与功能的关系具有重要意义。但通过实验方法获得蛋白质结构不仅成本高而且速度慢，     

牦牛EPO基因部分片段的克隆测序及其分析

根据GenBank中牛EPO基因序列设计一对引物,对九龙牦牛、大通牦牛、巴州牦牛及三江黄牛EPO基因部分序列进行PCR扩增、克隆和测序。结果表明,获得的九龙牦牛、大通牦牛及巴州牦牛该基因部分片段大小均为1 444 bp,三江黄牛为1 427 bp;在EPO基因核苷酸水平上,大通牦牛与巴州牦牛、九龙牦牛、三江黄牛的同源性依次为99.9%、99.6%、99.2%,巴州牦牛与九龙牦牛、三江黄牛的同源性依次达99.5%、99.2%,九龙牦牛与三江黄牛同源性为99.4%;在氨基酸水平上,大通牦牛与巴州牦牛、九龙牦牛、三江黄牛同源性依次为100%、99.2%、99.2%,巴州牦牛与九龙牦牛、三江黄牛同源性均为99.2%,九龙牦牛与三江黄牛氨基酸序列同源性高达100%。NJ法构建的物种间系统进化树表明,大通牦牛与巴州牦牛先聚为一类,再与九龙牦牛聚为一类,最后与三江黄牛聚为一类。     

爱荷华州立大学研究人员对镰刀菌基因组序列测序

<正>据天津市农业科学院信息研究所消息,日前,爱荷华州立大学的科学家开展了镰刀菌基因组测序工作,研究表明,这种真菌是大豆猝死综合症(SDS)的罪魁祸首。利用草图基因组序列,科学家们已经确定导致大豆SDS的基因。     

基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性（G1组）和阴性（G2组）个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。     

高通量筛选差异表达基因技术及其在家畜中的应用

差异表达基因筛选技术是研究生物重要经济性状相关基因或抗病相关基因的有力工具。作者总结了近年来发展起来的几种高通量筛选差异表达基因的技术,并对其原理、流程及在家畜中的应用作了简要介绍。     

纳米孔生物技术的新进展

纳米孔技术通过绝缘膜上的纳米级微孔随机地高通量识别溶液中的生物大分子。纳米孔检测原理的普遍性以及单分子检测的易用性,使得纳米孔在生物技术方面具有较大的应用潜力。最近关于纳米孔的结构和精密度研究取得了一定的进展,其在DNA/蛋白质绘图、生物大分子结构分析、蛋白质检测以及DNA测序方面也得到了广泛应用。     

间作柿子树对苹果根际土壤微生物群落结构和功能的影响

【目的】揭示柿子树与苹果树间作体系下,苹果根际土壤的微生物群落结构和理化性质。【方法】以间作(I)和非间作(NI)的苹果根际土壤为材料,采用高通量测序技术,对苹果根际土壤微生物群落结构进行分析。【结果】间作柿子树增加了苹果根际土壤有机质(OM)、水解性氮(AN)、全磷(TP)含量,降低了土壤中有效钾(AK)含量。Alpha多样性分析表明,间作对苹果根际土壤细菌丰富度指数和多样性指数无显著影响,但显著降低了根际土壤真菌的Ace指数(P=0.03)。β多样性分析表明,间作和非间作土壤细菌和真菌群落结构都存在显著差异。LEfSe分析发现,间作显著增加苹果根际土壤中17个细菌属丰度,分别为Sporacetigenium、Tepidisphaera、Agromyces、Alkanindiges、Phycisphaera、假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas)、Terrimonas、Pseudohaliea、Paenisporosarcina 9个已知属,8个未知属;显著降低4个细菌属丰度,分别为Sporichthya、Methylocystis、Devosia、Altereryth...     

中国大耳白肉兔IFN-γ、IL-2和IL-4基因的克隆测序与进化分析

实验应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,在国内首次从ConA诱导培养的中国大耳白肉兔外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到IFN-γ、IL-2和IL-4基因,并将其克隆到PGEM-T载体中,经菌落PCR鉴定、序列测定及序列分析,结果表明:①经克隆得到的IFN-γ基因(序列号:DQ852341),与Genbank中已登录的欧洲兔IFN-γ基因(序列号:AB010386)的核苷酸序列和推知氨基酸序列的同源性均为100%;与其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、大熊猫和鼠等的核苷酸同源性在63.0%(鼠)～77.6%(人)之间;编码氨基酸同源性在41.7%(鼠)～65.7%(人)之间;②扩增得到的IL-2基因(序列号:DQ852342),与Genbank中已登录的欧洲兔IL-2基因(序列号:AF068057)的核苷酸序列和推知氨基酸序列的同源性分别为99.6%和100%;与其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、大熊猫和鼠等的核苷酸同源性在64.8%(鼠)～86.0%(人)之间;编码氨基酸同源性在55.7%(鼠)～80.1%(人)之间;③扩增得到的IL-4基因(序列号:DQ852343),与Genbank中已登录的欧洲兔IL-4基因(序列号:AF169169)的核苷酸序列和推知氨基酸序列同源性均为100%;与其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、大熊猫和鼠等的核苷酸同源性在57.0%(大熊猫)～69.8%(人)之间;编码氨基酸同源性在43.0%(鼠)～53.6%(人)之间。用这3个基因分别构建的进化树结果都表明,兔与人的亲缘关系相对较近,与鼠的亲缘关系最远,这与传统的分类地位基本吻合,即兔与鼠应分别归为兔形目和啮齿目动物。     

蚕豆萎蔫病毒 2 号（BBWV2）基因组 RNA2的序列测定

以表现顶枯症状的11个辣椒病株的dsRNA为模板,用蚕豆病毒属（Fabavirus）的兼并引物Fab5_R1F和Fab5～R1R进行PCR扩增,其中10个病株扩增到长约400bp的预期大小的片段．选取其中代表病株XJP1—1的PCR产物进行克隆、测序,得到389nts的序列片段。基因库检索表明,该片段为蚕豆萎蔫病毒2号（BBWV2）基因组RNA的片段。说明经PCR检测,具有400bp片段的10个田间病株均有BBWV2侵染．将基因库中已登陆的BBWV2的RNA,核苷酸序列进行序列比对,然后根据RNA,的序列保守区设计引物R2F-1F和R2F-1R,以病株的总RNA为模板．对分离物XJP1—1进行RNA,组分的克隆、测序,获得1302nts的RNA,序列,序列比较显示．该序列与新疆侵染加工番茄的分离物XJ14—1具有最高的序列同源性,为88．9％。     

不同有机肥对沙田柚果园土壤细菌群落结构的影响

为促进沙田柚栽培环境的人工调节,利用高通量测序技术,研究5种有机肥处理沙田柚果园土壤细菌多样性和群落结构的变化,同时对土壤主要成分进行分析.结果表明:本研究共获得OTUs总数51383个,至少涵盖了47门65纲145目287科772属的细菌.多样性分析表明,门分类水平沙田柚果园土壤细菌优势类群差异不大,变形菌门、厚壁菌...