小麦TaCCaMK基因的研究初探

CCaMK作为一类重要的Ca2＋传感蛋白可以通过与胞内Ca2＋和CaM结合进而诱导下游蛋白质磷酸化方式以及基因表达模式发生改变。到目前为止,国内外已有几种高等植物的CCaMK被报道,但对小麦TaCCaMK基因的报道尚属空白。因此,本实验以5份不同倍性小麦为材料,对TaCCaMK基因的拷贝数以及TaCCaMK基因的视锥蛋白类结构域的单核苷酸多态性进行了初步的探讨,以便为TaCCaMK基因的深入研究奠定基础。     

家养双峰驼SRY基因的序列分析与拷贝数研究

为探究中国家养双峰驼SRY基因的序列以及群体间拷贝数变异,对7个中国家养双峰驼群体共94个个体的SRY基因部分序列进行测序,分析SRY基因序列与其他物种的相似性;并且以CYP2A基因为内参基因,运用实时荧光定量PCR技术检测SRY基因的拷贝数。结果表明,中国家养双峰驼与人、马、猪、羊及普通牛的SRY基因相似度分别为67.7%~68.1%、68.5%~69.4%、73.8%~74.4%、73.8%~74.8%、74.1%~74.8%。在家养双峰驼SRY基因的多个拷贝中,除1个拷贝外,其余拷贝的HMG序列与羊驼、人、马、猪、绵羊及普通牛的HMG序列相比,相似度分别为97.3%、84.2%、85.6%、86.3%、87.0%、85.6%。SRY基因在中国家养双峰驼Y染色体上以多拷贝形式存在,变幅为1~9个拷贝。表明中国家养双峰驼SRY基因的HMG序列是高度保守的,而且该基因属于多拷贝基因。     

拷贝数变异及其研究进展

拷贝数变异作为遗传变异的一种新来源在表型多样性和进化中起着重要作用,引起了研究者广泛的兴趣。拷贝数变异(copy number variation,CNV)是指大小从kb到Mb范围内亚微观DNA片段的变异。CNV在人类正常个体和许多模式动物中已经做了很多的研究工作,并通过生物信息学和杂交的方法确定了CNV的区域。进一步研究发现拷贝数变异与疾病的致病机理有着密切的联系。本文从概念、检测方法和研究进展方面对CNV进行了较为全面的介绍与阐述,分析了目前CNV研究存在的一些问题,并对它在疾病和其他方面的前景做出一些展望。     

拷贝数变异及其在家禽育种中的最新研究进展

拷贝数变异(CNVs)是指与参考基因组相比,长度在50 bp到几个Mb的DNA片段的插入、缺失或重复等。CNVs作为一种重要的基因组结构变异,具有分布广泛、突变率高、可遗传和高度异质性等特点,其广泛存在于哺乳类和禽类基因组中,是引起畜禽表型多样性、疾病抗性及遗传进化的重要因素。家禽不仅是一种重要的农业经济动物,而且是分子遗传学研究的理想模式生物。本文对CNVs研究历程及其检测方法进行综述,对家禽表型的影响及其存在的问题进行重点分析,并对其在家禽抗病育种中的应用进行展望。     

应用MGB荧光探针技术确定猪KIT基因拷贝重复数

旨在建立一种简便、快速检测猪KIT基因拷贝重复数(CNVs)的方法并应用于未知样品的检测。在KIT外显子2中设计TaqMan-MGB探针和引物,建立荧光实时定量PCR检测KIT基因CNVs的方法。结果表明,TaqMan-MGB探针扩增KIT基因目的片段,不同DNA梯度浓度Ct值差异极显著(P<0.001),变异系数低(0.12%～0.26%);KIT与内标基因ESR的扩增效率相差只有2.4%;采用聚类分析推测了待测的50枚样品KIT的CNVs分别归属于2、3、4、5、6个拷贝。本研究建立的TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR检测KIT基因CNVs的方法,具有简便、快速、特异性和稳定性好的特点,适合于普通实验室应用。     

利用微滴式数字PCR技术分析转基因玉米抗除草剂标记基因EPSP拷贝数

基于微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)平台,以转基因玉米为例,建立了转基因作物(Genetically modified crops,GM crops)外源基因拷贝数分析方法,对待测样品进行了快速鉴定,并从T_0转基因玉米株系中鉴定出多个单拷贝单株。对该方法与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法在分析结果的准确性方面进行了比较,从试验数据可以看出,2种检测方法的结果比较一致,单拷贝检测结果高度一致;但是ddPCR试验操作更加简便,试验结果可重复性强,试验数据更加准确可靠。研究表明,ddPCR方法是一种更加便捷、快速和准确的外源基因拷贝数分析新方法,基于其在准确性和灵敏度方面的显著优势,将会在转基因作物的外源基因拷贝数分析中得到广泛的应用。     

基因拷贝数变异分析法研究大豆胞囊线虫病抗性位点qSCN3-3抗性相关基因

基因拷贝数变异(CNVs)是引起大豆品种对胞囊线虫抗性差异的因素之一,以抗大豆胞囊线虫病种质东农L~(-1)0以及感病种质黑农37、绥农10和绥农14为试验材料,利用实时荧光定量PCR法对大豆胞囊线虫抗性QTL位点qscn3-3内27个编码基因进行拷贝数变异分析,F测验表明15个目的基因在不同品种间存在拷贝数变异;抗感病品种PCR产物丰度相对值分析结果表明9个目的基因拷贝数在抗感病种质间存在显著的差异,推测其功能是通过编码抗病蛋白和富亮氨酸蛋白来实现大豆对大豆胞囊线虫相关抗性。     

β-防御素SNPs/CNVs与疾病的关系及其在畜禽抗病育种中的应用展望

β-防御素是脊椎动物先天免疫的重要组成部分。人β-防御素SNPs、CNVs可影响基因的表达,与多种疾病易感性相关。本文主要介绍了人β-防御素基因SNPs和CNVs与克罗恩病、HIV感染等疾病的关系及畜禽β-防御素基因SNPs的研究进展。由于β-防御素显著影响疾病的抗性或易感性,对β-防御素基因SNPs/CNVs与畜禽疾病的关联分析,将为畜禽抗病育种中利用有效的SNPs/CNVs作为标记辅助选择提供可能。     

全基因组拷贝数变异研究进展

拷贝数变异(CNVs)是指大小从1 kb到数Mb范围内的DNA片段的变异。有关学者通过生物芯片技术或直接测序技术确定了CNV的区域,并发现拷贝数变异与疾病的致病机理以及畜禽的表型性状和功能性状有着密切的联系。本文就拷贝数变异的概念、突变机制、检测方法以及在致病机理和畜禽遗传育种中的应用等方面进行了综述,为畜禽遗传育种提供新的思路和方法。     

转基因高油酸油菜T-DNA插入拷贝数及整合位点分析

为获得转基因高油酸油菜T-DNA插入拷贝数及整合位点相关信息,本研究应用地高辛标记的NPTII基因片段为探针,与经BamHI酶切的转基因甘蓝型油菜高油酸株系W-4的T2代单株的基因组DNA进行Southern杂交。结果显示:W-4的T2代单株的基因组含有一个T-DNA拷贝。用3到4个根据载体pCNFIRnos序列设计的嵌套特异性引物分别与简并引物组合进行TAIL-PCR反应,扩增得到转基因油菜T-DNA插入位点的左、右边界旁侧序列。经分析右边界旁侧序列长度为470bp,其中180bp为载体序列,290bp为W-4的基因组序列;左边界旁侧序列长度为641bp,其中365bp为W-4的基因组序列,276bp为载体序列。序列比对结果发现该转基因事件中,T-DNA左边界序列完全整合到油菜基因组中,仅有1个碱基由G转换成了A。而右边界则缺失了包括RBborder在内的62个碱基。结果表明:转基因高油酸油菜T-DNA的整合是一次无其他额外载体序列的整合。blast分析获得的与左右边界相连的油菜基因组序列,未检索到与之高度同源的序列,推测T-DNA插入位点可能位于油菜基因组非编码区。综上所述,本研究分析了转基因油菜W-4基因中T-DNA拷贝数、整合特点和旁侧序列,研究结果为转基因油菜的生物安全性评价以及转基因高油酸油菜的检测提供重要的基础信息。