利用双重数字PCR方法检测进口粮谷中携带地肤的EPSPS基因拷贝数

建立了双重数字PCR检测地肤EPSPS基因拷贝数的方法,对进口粮谷中携带的8个地肤样品进行检测,发现2个样品的EPSPS相对拷贝数小于1,6个样品EPSPS相对拷贝数大于5,其中一个样品EPSPS相对拷贝数高达45.67。由此可见,进口北美粮谷携带抗草甘膦地肤的比例很高。     

TaqMan实时荧光定量PCR检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数

以3-磷酸甘油醛脱氢酶为内参基因,建立一种快速检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的TaqMan荧光定量PCR方法.通过对反应参数进行优化,建立针对目的基因和内参基因的双标准曲线,并对重组酵母基因组中外源基因和内参基因的拷贝数进行同时定量检测,外源基因与内参基因起始模板拷贝数的比值即为外源基因在重组酵母菌株基因组中的拷贝数.结果表明,2条标准曲线在101～108拷贝·μL-1具有良好的线性关系,以及良好的敏感性和重复性.利用该方法对60株重组酵母菌株进行荧光定量PCR检测,结果筛选到38株单拷贝插入菌株和22株多拷贝插入菌株.本研究所建立的TaqMan探针荧光定量PCR方法方便、高效,可用于重组毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的检测.     

转基因草莓植株cNHX1基因表达水平和拷贝数的Real Time PCR分析

分析了转cNHX1基因的草莓不同植株的外源基因表达水平和cNHX1基因的拷贝数。结果表明：不同转基因株系cNHX1基因表达水平存在差异，而且这种差异随盐胁迫时间的延长而更明显。在6个株系中，T6株系有最高和最稳定的cNHX1基因表达水平，而T2株系的表达水平最低。对转基因植株基因组cNHX1基因拷贝数的分析表明，T3、T6、聪和T14的含量相似，而与T2株系相差289％～310％，推测T3、T6、T8和T14株系为单拷贝植株，而T2株系为3拷贝株系。     

伍隍猪和内江猪拷贝数变异差异与嘴型全基因组关联分析

【目的】探究伍隍猪与内江猪群体之间全基因组拷贝数变异（CNV）差异，并寻找影响伍隍猪嘴型性状的候选基因。【方法】基于50K SNP芯片数据，使用PennCNV和R-Gada检测131头伍隍猪与156头内江猪全基因组拷贝数变异差异，并通过全基因组关联分析（GWAS）筛选伍隍猪嘴型性状候选基因。【结果】伍隍猪的平均嘴长[（11.12±2.78） cm]显著长于内江猪[（5.04±1.26） cm, P<0.05]。伍隍猪相较于内江猪缺失型CNV增加；获得型CNV减少。拷贝数变异区域注释后的差异基因主要富集在破骨细胞分化、能量代谢、神经退行性病变等通路。GWAS分析共得到11个基因与嘴型相关。【结论】通过检测伍隍猪与内江猪群体间拷贝数变异差异，鉴定到GORASP2、CWC22、TMEM64为嘴长表型的候选基因，为后续伍隍猪遗传资源的鉴定提供新证据。     

基于家系基因组测序对骡基因组结构多样性分析

为分析马(Equus caballus)和驴(Equus asinus)杂交后两套结构和功能完善的独立基因组在骡基因组中整合后的结构多样性，本研究以马属动物三成员家系的全基因组序列为研究对象，分别以纯血马基因组和驴基因组为参考，识别驴、马和骡的InDel、SNP和CNV；通过生物信息分析，分析骡的de novo SNP及其突变频率、识别骡特异性CNV，并进行功能分析。结果显示:1)驴、马和骡分别获得100.01、103.78和114.36 Gb 的高质量Illumina基因组测序数据。2)以纯血马基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为402 533~2 110 786、5 012 403~23 819 055和2 126~3 761；以驴基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为527 351~2 279 875、3 212 499~23 549 224和3 572~7 812。3)骡de novo SNPs分别为555和419，其突变频率为1.72×10^-7~2.21×10^-7。4)获得骡特异性CNVs分别为396和859，总长度分别为2.15和3.77 Mb。5)变异相关基因主要和机体的免疫及癌症过程相关。综上，骡基因组发生了高频率的de novo SNPs和特异性CNVs，这些结构变异可能对马和驴异种杂交不相容以及骡的遗传适应性具有重要意义，为进一步开展马和驴异种杂交的遗传基础及其分子机制的研究提供候选遗传位点。     

滩羊C1H3orf33和CNV14基因拷贝数变异与生长性状的关联研究

实验旨在研究C3orf33同源基因（C1H3orf33）和拷贝数14基因（CNV14）拷贝数变异对滩羊生长性状的影响，采用CNVplex检测试剂盒对宁夏地区150只滩羊1号染色体C3orf33同源基因（C1H3orf33）的拷贝数变异（CNV）进行分析并探讨其与生长性状之间的相关关系。结果表明：C1H3orf33基因CNV与滩羊的体重、体高、体长、胸围和管围显著相关，CNV14区域与体重、体高和体长显著相关，系统进化树显示，C1H3orf33基因与人类及其他哺乳动物的同源基因高度相似，说明C1H3orf33基因可能在转录调控中发挥重要作用，CNV14区域可能是绵羊育种中标记辅助选择（MAS）的候选位点。