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利用病毒宏基因组学(viral metagenomics)方法,本研究从95份林麝粪便样品中检测到1株新型圆环病毒样(Circovirus-like)病毒,经过拼接获得其全基因组序列,该毒株命名为ls-cyc.其基因组全长约3552 nt,GC含量39.00%,含有2个开放阅读框(ORF),即ORF1和ORF2.其中O... 相似文献
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《中国兽医学报》2019,(9):1710-1714
分析比对了GenBank中已公布的23株犬瘟热病毒全基因组序列,针对保守区设计了11对特异性通用引物,用于扩增犬瘟热病毒野毒株和疫苗株全基因组。通过优化11对引物的工作浓度及退火温度等条件,对保存的3株疫苗毒CDV3株、OR12株、CDV/R-20/8株和2株野毒HBF-1株和SD(14)07株进行了全基因组扩增。取5μL扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳,结果显示11对通用引物对以上5株犬瘟热病毒扩增后,均获得11个特异性目的片段,条带大小与预期相符。选取疫苗毒OR12株和野毒HBF-1株的进行全基因组序列测定,与GenBank中已公布的序列进行比对,同源性均大于99.0%,证实这11对特异性通用引物能够实现对犬瘟热病毒野毒和弱毒全基因组的准确扩增,并获得准确的全基因组序列。 相似文献
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传染性法氏囊病病毒超强毒株HLJ-0504全基因组克隆及其新特征分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为了解传染性法氏囊病病毒(IBDV)HLJ-0504株的分子生物学特征,本研究利用融合PCR技术获得HLJ-0504株全基因组序列。核苷酸和推导氨基酸序列遗传演化分析发现,HLJ-0504A节段位于IBDV超强毒的分枝上,而B节段则介于超强毒株和减毒株之间,形成一个独立分枝,属于一株新的自然重组病毒。VP2抗原性预测分析表明,HLJ-0504株VP2第Ⅰ亲水区中的氨基酸发生突变(D212N),该突变可能导致了HLJ-0504株抗原性发生漂变。本实验结果为深入研究IBDV的分子特征奠定了基础。 相似文献
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为分离到能有效裂解黑山羊源大肠杆菌的烈性噬菌体,本课题采集不同来源的新鲜粪便样品并经目的菌富集后,结合双层琼脂平板法进行噬菌体分离纯化,随后制作透射电镜样品进行其外形特征观察;对获得的噬菌体进行裂解谱、最佳感染复数和生长曲线分析;该噬菌体对温度、pH和紫外线的敏感性测定;该噬菌体全基因组测定与分析。结果表明,从黑山羊粪便中分离出的一株烈性噬菌体PLYYY01,在大肠杆菌菌苔形成1~2 mm的透亮噬菌斑;通过透射电镜观察,该噬菌体头部直径在60nm左右,尾部长度为100nm左右;该噬菌体有较宽的裂解谱(37.5%,6/16),可裂解多种血清型大肠杆菌;最佳感染复数是0.1;具有较强的繁殖活性,潜伏期约为30 min,爆发量约为95PFU/cell;在40℃~50℃、pH 5~10之间噬菌体的效价较为稳定,对紫外线不耐受;基因组测序组装结果显示:PLYYY01基因组长度为57025 bp,(G+C)mol%含量为44.74%,共编码71个蛋白,未发现抗生素耐药基因及毒力因子基因。 相似文献
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