微生物菌群培养组学在动物医学中的应用

实验室条件下可培养的微生物约占自然界中微生物总数的1%,这限制了人们对99%未知微生物的认识和利用,而研究表明,那些“不可培养的微生物”是可以被开发和利用的,未能被纯培养的微生物才是未知微生物的主体。微生物培养组学探索利用多种培养条件和长时间的培养,结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（MALDI-TOF-MS）和16S核糖体RNA（rRNA）测序可以大规模鉴定各种微生物,同时利用全基因组测序和宏基因组测序手段对未知微生物进行深入分析。本文综述了国内外近年来微生物菌群培养组学在反刍动物胃肠道、禽类盲肠及家畜鼻腔微生物菌群研究中的最新进展,探讨将动物体内菌群培养组学方法应用于动物疾病防治领域的可行性。作为一个新兴的研究方法,尽管该培养组学还存在一些不够成熟的方面,但它的发展前景十分广阔,微生物菌群培养组学方法和其他研究方法的互补已经逐渐成为发展兽医微生物学新的突破口。     

全基因组关联分析在德国牧羊犬髋关节发育不良研究中的应用现状

犬髋关节发育不良(canine hip dysplasia,CHD)是犬常见的骨科疾病,传统放射学诊断对降低CHD发病率的作用有限,而基因诊断技术则可以有效促进CHD的育种改良。全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS)是一种全基因组范围内的遗传标记的检测技术,对复杂性状功能基因的鉴定十分有效,已成为挖掘畜禽复杂疾病和性状遗传的重要方法。随着犬全基因组测序的完成以及犬不同密度SNP芯片的商业化,GWAS已经成为CHD致病基因筛选的一个重要手段。本文综述了GWAS的定义与影响因素,CHD在国外的育种现状及GWAS在德国牧羊犬中的研究进展。     

山蚂蝗属植物DNA提取方法研究

山蚂蝗属植物(Desmodium Desv.)部分种如绒毛山蚂蝗(D.velutinum (Willd) DC.var.velutinum),在基因组DNA提取过程中易降解,影响了基因组DNA的纯度.本文分析了引起绒毛山蚂蝗基因组DNA降解的可能原因,并采用改良的SDS法解决了部分山蚂蝗属植物的DNA降解问题,提高了DNA的质量.对采用该方法提取的基因组DNA进行AFLP分析,得到条带清晰、多样性丰富的图谱.结果表明改良的SDS法适宜绒毛山蚂蝗基因组DNA的提取.     

23株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列差异分析

用RT－PCR及测序获得了17株猪瘟病毒（HCV）215bp的E2基因主要抗原编码区序列，经DNAStar软件对获得的17株HCV及已发表的6株HCV毒株序列进行了比较和分析，并构建了HCV遗传发生树。结果，这23株与石门株的序列相比，所有毒株的碱基变化随机地分布于整个序列，无缺失和插入，其中变化较大的区域位于序列的3’端。23株HCV E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别74．1％－100％、79．7％－100％，其中4株20世纪70－80年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为76．3％－86．2％、81．1％－87．8％，10株20世纪90年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为75．4％－100％、79．7％－100％。所绘制的遗传发生树分为2个组群（group），每个组群分为2个亚组群（subgroup），14株猪瘟（HC）流行毒株在2个组群中均有分布，20世纪70－80年代分离的3株（75％）在组群2，20世纪90年代分离的5株（50％）在组群1。     

耐药性嗜水气单胞菌感染致四眼斑龟死亡的病例报告

某养殖户所饲四眼斑龟(Sacalia quadriocellata)突发群体死亡,为查明具体死亡原因,提供有效的后续防控措施建议,本试验对病死的四眼斑龟进行大体剖检,取相应脏器制成病理切片进行观察,于多脏器中获取病料进行细菌分离培养,经PCR扩增、全基因组测序、药敏试验和动物回归感染试验,确定致病病原体。结果显示：引起四眼斑龟发病的病原体为1株耐氨苄青霉素的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila),其对氨苄青霉素和喹乙醇具有耐药性;分离菌的基因组中含有2种与β-内酰胺酶相关的耐药基因和多种毒力基因;在动物回归感染试验中,接种该株嗜水气单胞菌的小鼠出现了被毛粗乱、食欲减退,部分小鼠死亡;经计算得该分离菌的半数致死量为2.00×10~7 CFU,主要侵袭小鼠的肝脏、肾脏和肺脏。据此判断,该起四眼斑龟发病事件由分离所得的耐药性嗜水气单胞菌感染引起。     

郏县红牛全基因组测序分析及关键基因SNP分子标记在育种的应用研究

为了更好地扩展对郏县红牛基因组变异的研究,开发更多有效的分子标记,达到促进郏县红牛的进一步选育改良的目标。本研究对30头郏县红牛进行了全基因组重测序,分析了郏县红牛的基因组变异情况,并结合查阅文献筛选影响重要经济性状的遗传变异,检测这些变异在郏县红牛群体中的分布情况。并同时通过实验在3头郏县红牛中加以验证,为郏县红牛的保种与淘汰提供一定的理论依据。     

猪圆环病毒2型LN株初步分离与全基因组测序

为了解猪圆环病毒2型(PCV-2)在河南地区猪场的流行情况,采用常规方法对采集自河南省洛阳市某猪场病料中的PCV-2进行了分离,并对其全基因组进行了扩增、克隆和测序。结果表明,从患病仔猪的病料中分离到了1株PCV-2,命名为LN株,该毒株的全基因组序列大小为1 767 bp。该试验结果为从分子水平上揭示PCV-2的致病特性,开发PCV-2的相关疫苗和诊断产品奠定了基础。     

微卫星DNA标记技术在畜禽遗传多样性研究中的应用

20世纪70年代人们已经知道，微卫星位点是广泛分布于真核生物基因组中的一种特殊序列，但直到1982年Hamada等在研究中发现从酵母到脊椎动物中普遍存在着多拷贝的多聚(dT-dG)微卫星DNA，Tautz和Rentz证实了这一发现。尽管从发现到现在只有二三十年的时间，但由于微卫星具有种类多、多态性高、进化速度快以及呈孟德尔共显性遗传等优点，使其     

在家蚕基因组框架图完成新闻发布会上的讲话

西南农业大学与中国科学院北京基因组研究所合作,在很短时间内完成了家蚕基因组的测序工作和框架图的绘制工作。这是我国继人类基因组计划中国卷、水稻基因组工作框架图和精细图完成之后,取得的又一里程碑式的科学成就。家蚕基因组工作框架图的完成,确立了