黄淮麦区小麦品种Lr37-Yr17-Sr38基因簇的分子检测

【目的】在分子水平上评价黄淮麦区小麦品种中抗病基因簇Lr37-Yr17-Sr38的存在状况,为培育抗病新品种及抗病品种合理布局提供材料和依据。【方法】利用N基因组特异标记和CAPS标记,结合品种系谱对黄淮麦区126个小麦品种(系)进行分析。【结果】12个小麦品种(系)(兰考906、郑2062、西农739、陕872、小偃216、陕538、陕515、大唐991、户麦928、0020-332、2871和378)中含有Lr37-Yr17-Sr38。【结论】Lr37-Yr17-Sr38在黄淮麦区小麦中有一定分布,初步推测兰考906可能是我国小麦品种中Lr37-Yr17-Sr38抗源的主要传播途径之一。     

紫黑链霉菌进化枝菌株Streptomyces solisilvae HNM0141T的全基因组分析

链霉菌属放线菌是最重要的抗生素产生菌,也是包含放线菌种类最多的放线菌属.链霉菌属的有效发表种的模式菌株在16S rRNA基因序列系统发育树上分散归簇于不同的进化分枝.紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝(Streptomyces violaceusniger 16S rRNA gene clade)是其中的一个分枝.该...     

苯胺降解菌Rhodococcus sp. E2的分离与苯胺氧化酶基因簇的初步鉴定

从江苏省南通市某农药厂的活性污泥中分离出一株苯胺降解菌株E2,根据表型特征、生理生化特性和16S rDNA序列分析,将其鉴定为红球菌属(Rhodococcus sp.)的细菌。菌株E2降解苯胺的最适温度为30℃、最适pH为7.0,降解苯胺的最高浓度为800 mg·L-1。该菌能降解苯胺、邻甲基苯胺、对甲基苯胺和2,5-二氯苯胺,与已报道的苯胺降解菌的底物谱显著不同。通过扩增高度保守的片段和染色体步移,获得了菌株E2中负责苯胺降解的基因簇,该基因簇在基因组成、排布及同源性方面和已报道的基因簇有较大差异,是研究苯胺降解分子机理的较好材料。     

非豆科植物固氮菌-Frankia的基因组研究进展

弗兰克氏菌(Frankia)能够与大约25个属的非豆科植物共生进行结瘤固氮,在生态系统中具有重要意义。本文对Frankia的基因组学研究进展进行了综述,包括Frankia基因组的结构、功能及其表达特点,同时比较了来源于不同菌株的固氮基因的差异,并提出今后的发展趋势。     

12个物种miR-302基因簇的生物信息学分析

很多microRNA（miRNA）基因在基因组上聚集排列形成miRNA基因簇。miRNA基因簇在进化上较为保守,有其特殊的生物学意义。miR-302基因簇在胚胎干细胞中特异表达,对胚胎干细胞的自我更新和多潜能维持有重要的作用。本文采用miRBase数据库查询和BLAST同源搜索方法共搜寻并分析了12个物种的miR-302基因簇。生物信息学分析表明,这些物种miR-302基因簇均位于LARP7蛋白基因的内含子区,但转录方向与LARP7基因转录方向相反。序列相似性分析显示,同一物种miR-302簇成员间以及不同物种相应miR-302簇成员间相似性均较高。进化分析表明,基因复制可能是miR-302基因簇进化的主要驱动力。     

茂原链霉菌DSM 40847全基因组测序及序列分析

茂原链霉菌（Streptomyces mobaraensis）是一种高GC含量的革兰氏阳性放线菌,它广泛用于生产转谷氨酰胺酶、博来霉素、莫能霉素等。目前,还没有相关研究报道茂原链霉菌的全基因组序列,这限制了基于功能基因挖掘和利用的定向育种以及分子遗传研究。本研究首次通过高通量测序技术对茂原链霉菌DSM40847进行全基因组测序,使用Velvet软件进行拼接得到266 contigs,整个基因组大小约7.5 Mb,GC含量为73.2%,序列已提交至美国国立生物技术信息中心（NCBI）的GenBank数据库。通过对基因组序列进行分析,成功鉴定转谷氨酰胺酶酶原激活相关蛋白基因,同时对该菌株的次级代谢产物合成基因簇进行了预测,相关研究结果将为茂原链霉菌的功能基因组学研究提供基础数据。     

链霉菌TRM SA0054 Tubercidin 合成基因簇挖掘

【目的】评估菌株TRM SA0054的代谢潜力,解析其基因组信息研究该菌株次级代谢产物基因资源。【方法】采用Illumina Hiseq测序平台对菌株TRM SA0054进行全基因组测序,并进行生物信息学分析,采用现代分离纯化方法检测鉴定其代谢产物。【结果】菌株TRM SA0054基因组大小为7.2 Mb,共有6 410个蛋白编码基因,GC含量为73.16%;预测到26个次级代谢基因簇,其中Region 36.1基因簇与Tubercidin(杀结核菌素)基因簇相似性为81%,菌株TRM SA0054发酵能够产生Tubercidin。【结论】基于基因组挖掘和LC-MS检测验证菌株TRM SA0054具有产生Tubercidin的能力。     

功能基因组注释探讨解淀粉芽孢杆菌的益生机制

旨在利用功能基因组注释的方法,深入挖掘解淀粉芽孢杆菌BLCC1-0238基因组中与益生作用密切相关的功能基因。结果表明,解淀粉芽孢杆菌BLCC1-0238的基因组大小约为3.88 Mb,含有3 941个编码序列,有8个基因簇参与聚酮类化物、非核糖体脂肽和芽孢杆菌素的生物合成,部分基因簇参与环状脂肽罗克霉素的合成;该菌还具有1个编码肽基脯氨酰异构酶的基因,12个与耐酸相关的基因和7个参与编码水解酶的基因。综上所述,这些基因的存在有助于动物机体对抗病原菌和胁迫因素,还有利于对营养物质的消化和 吸收。     

枯草芽孢杆菌细菌素研究进展

枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）是“Generally regarded as safe”(GRAS)级别益生菌种,在医药、食品、农业、畜牧业、水环境改善等方面用途很广。文章介绍了B. subtilis由核糖体合成的多肽（Bacteriocins,细菌素）的研究进展,包括其分类、结构特征、作用机理和抑菌谱,对基因组组成和Bacteriocins基因簇结构特征进行了简介,并对B. subtilis及其Bacteriocins的进一步开发利用进行了展望,为相关科研工作者提供参考依据。