一株分离自团头鲂的嗜水气单胞菌病原学及其与ST251型菌株的全基因组比较

为确定湖北仙桃一团头鲂(Megalobrama amblycephala)专养池塘的发病病原体及病原特征,并从全基因组层面初步分析该病原菌的毒力和耐药特征,本研究从患病团头鲂的肝脏分离得到一株病原菌LHW39,经理化性状及16S rRNA鉴定,表明LHW39为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila).多...     

团头鲂补体因子Bf/C2的克隆和表达分析

为探索团头鲂(Megalobrama amblycephala)补体因子Bf和C2(complement factor B/C2,Bf/C2)的可能功能,在转录组数据基础上,采用RT-PCR克隆得到Bf/C2A和Bf/C2B基因的cDNA序列;采用荧光实时定量PCR技术检测了两基因在团头鲂早期发育过程、健康成鱼及感染嗜水气单胞菌后各组织中的表达变化。结果显示,Bf/C2AcDNA全长2 520bp,包含5′UTR 42bp、ORF 2 298bp、3′UTR 180bp,编码765个氨基酸。Bf/C2B基因ORF全长2 130bp,编码710个氨基酸。两基因的氨基酸序列分别与鲤B/C2-A2及草鱼Bf/C2B相似性最高。在早期发育阶段Bf/C2A和Bf/C2B均在在出膜后1d表达量最高,肠管形成期次之,其他时期的表达量相对较低;两基因在健康成鱼10个组织中均有表达,肝脏中表达量最高,肾脏、头肾、脾脏次之,其他组织表达量相对较低;在嗜水气单胞菌感染后,两基因在免疫相关组织如肝脏和脾脏中的表达均显著上升。上述结果表明Bf/C2在应对细菌感染的免疫过程中发挥着重要的作用。     

团头鲂SOCS家族基因的分子特征及其对嗜水气单胞菌胁迫的响应

为探究团头鲂细胞因子信号转导抑制因子（suppressor of cytokine signaling，SOCS）家族基因的序列特征和功能，从NCBI数据库获取socs1、socs2、socs3a、socs3b、socs4、socs5a、socs5b、socs6、socs7、socs9共10个socs基因的cDNA序列，利用ExPASy、SMART等在线网站对其进行生物信息学分析，预测团头鲂10个SOCS的理论分子质量、理论等电点与结构域等分子特性。系统进化（MEGA 6软件）分析结果显示，10个SOCS可分为2个亚族：Ⅰ型亚族包括SOCS4、SOCS5a、SOCS5b、SOCS6、SOCS7与SOCS9，Ⅱ型亚族包括SOCS1、SOCS2、SOCS3a与SOCS3b。半定量PCR结果显示，健康团头鲂10个socs基因在被检测组织中具有明显的组织特异性，socs1、socs2、socs3在多个组织中表达量较高。在嗜水气单胞菌感染后，采用实时定量PCR检测团头鲂socs基因在脾脏、体肾、头肾中的表达量，其中socs1、socs2、socs3a、socs3b表达量均显著上调。结果表明，团头鲂SOCS家族基因的表达模式各不相同，预示其功能的多样性，其中socs1、socs2、socs3在免疫应答中发挥重要作用。     

团头鲂scxa基因SNP位点与肌间骨数目的关联性分析

为研究scxa基因序列的多态性与团头鲂肌间骨数量性状之间的关联性,以期进一步获得团头鲂肌间骨数目显著相关的SNP标记,通过克隆获得团头鲂scxa基因的cDNA序列,其开放阅读框为609 bp,共编码202个氨基酸。系统进化分析结果显示团头鲂scxa基因与斑马鱼、鲤、鲫、金线鲃具有较高保守性。荧光定量结果显示,该基因在团头鲂肌肉和肌间骨中的表达量均显著高于其他组织,且肌肉中的表达量显著高于肌间骨(P0.05)。通过比较肌间骨数量极端群体scxa基因外显子序列,共获得与肌间骨数目显著相关的2个SNP位点及1个插入/缺失位点。以上结果表明,scxa基因在肌间骨发育过程中发挥潜在作用,其序列多态性与肌间骨数目具有显著相关性。