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【目的】 研究1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的基因组信息。【方法】 采用厌氧培养法, 通过乳酸分解培养基(LADM)初筛、梭菌增殖培养基(RCM)复筛, 从饲喂乳酸菌发酵饲料的健康仔猪肠道内容物中分离利用乳酸快、丁酸转化率高的菌株, 对所筛选的菌株进行形态鉴定、16S rDNA序列分析、乳酸转化特性试验、基因组重测序和框架图测序, 并对其编码蛋白进行功能注释。【结果】 分离得到1株分离菌LY33, 基于形态和16S rDNA序列分析鉴定为丁酸梭菌。菌株LY33对乳酸具有较好的利用能力, 在生长第6天可将66 mmol的乳酸基本转化完全, 生成17 mmol左右的丁酸。LY33菌株的重测序表明, 其编码基因整体变异较小, 与参考基因组相比, LY33菌株全基因组杂合比率为0.022‰, 单核苷酸多态性(SNP)位点变异总数21 590个(占整个基因组0.4666%), 插入缺失(InDel)突变总和594个(占0.0128%), 不存在拷贝数变异(CNV), 结构变异(SV)注释的变异总数103个(占0.0003%)。突变基因主要为与菌株生长、能量代谢调节、维生素合成(特别是生物素)有关的基因, 分布于2条染色体的多条序列上。LY33菌株框架图测序及其编码基因蛋白的功能注释表明, 其基因组序列长度4 627 127 bp, GC含量28.60%, 含有4 171个基因, 编码区总长度占比84.12%, 参与了糖代谢(carbohydrate metabolism)、膜转运(membrane transport)和氨基酸代谢(amino acid metabolism)等多种代谢途径转化过程, 基因组中抗大环内酯类药物、抗杆菌肽、VanI糖肽抗性基因个数较多。【结论】 本研究从饲喂4%乳酸菌发酵饲料的健康仔猪肠道内容物中分离到1株利用乳酸快、丁酸转化率高的LY33菌株, 经鉴定为丁酸梭菌, 其具有良好的应用前景, 可作为一种新的微生物资源用于微生态制剂产品。 相似文献
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本研究经过菌落形态、染色形态、生化实验以及PCR实验,从来自湖北4个鸭场的81份病料中,分离到11株鸭疫里默氏茵。以5.0×10~8CFU/mL剂量感染健康昆明鼠和健康樱桃谷鸭,鼠和鸭分别在感染后7 h和12 h出现症状,直到感染后1周,实验动物均死亡,而对照组则未出现任何症状,表明该菌株为有毒力菌株,药物敏感实验结果显示部分细菌对某些药物已经产生耐药性。 相似文献
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致麻鸭产蛋下降的副粘病毒的分离和鉴定 总被引:16,自引:1,他引:16
从浙江省某麻鸭养殖基地产蛋锐减的病鸭生殖器官分离到1株致产蛋下降、不致鸭死亡的病毒株(YH99V)。该病毒易感蛋鸭,经SPF鸡胚传至第9代时致病性突然增强,第11代出现对鸡红细胞的血凝特性,通常在42~80h致死SPF鸡胚,EF15EID50为10^1.8。经磷钨酸负染电镜观察,YH99V粒子呈现圆形、杆状形、葫芦状形等多形态,直径70~400nm不等,病毒外表有囊膜,囊膜外层有排列整齐的纤突。病毒粒子和包涵体位于细胞浆内。病毒抵抗力由弱到强依次为:0.2%甲醛、24h-56℃、45min→紫外线、1h→乙醚≈氯仿≈37℃、16h—pH9→pH5→1%Try。对人眼结膜易感,鸭眼结膜不易感。接种传代细胞BHK-21、IBRS-2均能引起细胞病变。YH99V株与同样引起鸭产蛋下降的AIV、鸭源EDSV无抗原相关性,而能被禽副粘病毒Ⅰ型阳性血清中和。根据试验结果,初步将YH99V判定为鸭副粘病毒。 相似文献
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鸡毒支原体PCR检测方法的建立 总被引:2,自引:1,他引:2
根据已发表的鸡毒支原体种特异性序列fMG-2设计1对引物,建立检测鸡毒支原体的PCR方法.该法对鸡毒支原体能特异性扩增726 bp的目的片段,而对其他禽病原DNA模板的扩增结果为阴性.建立的PCR方法对鸡毒支原体的最少检出量为3 Pg.用建立的PCR方法对临床采集的样品进行检测,同时对相应的样品进行细菌分离,结果临床样品PCR的阳性检出率为20.5%,细菌分离培养的阳性率为0.9%,表明PCR的敏感性高于细菌分离鉴定. 相似文献
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为了解猪雷极氏普罗菲登斯菌(P.rettgeri)的生物学特性、致病性及16SrRNA基因系统进化关系,从发生严重腹泻、血便的哺乳仔猪群的内脏器官中分离到1株病原菌,根据形态特征、培养特性、生化特性、16SrRNA基因序列分析鉴定为P.rettgeri。小鼠攻毒试验证实,该分离菌株对试验小鼠有较强致病力,哺乳仔猪回归试验可复制出与临床上相似的典型症状,并从发病死亡小鼠及哺乳仔猪中分离到攻毒菌株。系统进化分析表明,分离菌株与雷极氏普罗菲登斯菌系统进化关系最为密切,其16SrRNA基因序列与雷极氏普罗菲登斯菌代表菌株的同源性在97.3%~99.6%之间。药敏试验结果表明,分离菌株对头孢哌酮钠、头孢噻肟钠、头孢曲松钠、头孢唑啉、头孢呋肟、头孢吡肟、阿莫西林、链霉素、氨曲南、诺氟沙星、左氟沙星、恩诺沙星、卡那霉素、氨苄青霉素、米诺环素、链霉素、阿米卡星等多数药物敏感。首次报道了雷极氏普罗菲登斯菌可以引起哺乳仔猪严重腹泻,提示在仔猪腹泻中应注意该菌感染的诊断、监测和防控。 相似文献