分枝杆菌RD-1区编码蛋白致病机制的研究进展

分枝杆菌能够通过特异性的系统分泌功能蛋白,这些蛋白对致病性分枝杆菌的存活和毒力来说非常重要。RD-1区是卡介苗同致病性分枝杆菌相比缺失的区域,该区域编码的分枝杆菌蛋白与宿主细胞间的相互作用是近年来结核病领域研究的热点。RD-1区编码蛋白参与了分枝杆菌感染宿主细胞的过程,如瓦解细胞膜、协助分枝杆菌逃逸宿主杀伤,辅助毒力蛋白分泌等。本文对RD-1区编码蛋白的致病机制进行综述,以期为相关药物的研发提供参考。     

牛MSTN基因克隆及编码区E1-224-A〉C定点突变前后生物信息学对比分析

牛肌肉生长抑制素（Myostatin,MSTN）主要是骨骼肌生长发育的负调节因子,能够限制肌纤维的增粗增大,其前两个外显子共同编码N-端前肽,第三外显子编码C-端多肽。突变其前肽编码序列会阻止牛MSTN基因表达蛋白与相应受体的结合,导致MSTN功能失活,促进肌肉增值,但具体突变位点仍未确定。本研究设计特定的引物对牛MSTN基因编码区进行PCR扩增并进行了克隆及测序,并假定牛MSTN基因编码序列发生E1-224-A〉C点突变,通过生物信息学的方法,对牛MSTN基因突变前后编码产物的理化性质、结构与功能进行了对比分析,为MSTN基因结构与功能的研究奠定了基础。     

水杉长链非编码RNA分析

水杉(Metasequoia glyptostroboides)是中国著名的一级保护植物,素有"活化石"之称。为了更好地保护和利用这一重要种质资源,本研究以水杉为实验材料,在全长转录组测序的基础上,利用四个软件对61057个Unigenes进行了蛋白编码潜能预测,最终获得3385个长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)分子。进一步对这些lncRNAs的长度和数量作统计分析,结果显示,最短为200 nt,最长为11134 nt,平均长度为1956 nt;大部分lncRNAs的长度介于200~2000 nt,占总量的59.5%;在2001~4000 nt的长度范围内,也发现较多的lncRNAs,达到总量的32.2%;在长度为4001~6000 nt的范围内,只有7.6%;长度超过6000 nt的lncRNAs很少,总共只有25个(占总量的0.7%)。本研究结果为水杉资源的保护和利用研究提供了一些分子依据,为其它植物在相关领域的研究提供了一些参考。     

羊驼禽传染性支气管炎样病毒的分子流行病学分析

传染性支气管炎病毒为新增病毒目一套式目冠状病毒科的成员,基因组为不分节段的单链（＋）RNA,全长为27．6kb。在感染细胞内产生6种亚基因组mRNA,其中mRNA2、mRNA4和mRNA6,这些mRNA具有相同的3＇末端,形成套式结构,分别编码IBV3个主要的结构蛋白：纤突蛋白（S）、膜蛋白（M）和核蛋白（N）。禽传染性支气管炎病毒是由传染性支气管炎病毒引起的一种急性高度接触性传染病,该病毒的特点是变异频繁,血清型复杂,所致疾病的临床表现差异很大。     

“军牧1号”猪HSP70基因的克隆及序列分析

从“军牧1号“猪淋巴细胞中提取总RNA进行RT-PCR,将获得的HSP70cDNA克隆进pMD18-T载体,并转化至受体菌DH5α中,对阳性重组子进行DNA序列分析,结果构建的克隆质粒中含有编码HSP70的完整阅读框,它由1926个核苷酸组成,编码641个氨基酸,HSP70多肽相对分子质量为70143,C末端有高度保守的EEVD序列。与其他哺乳动物HSP70基因的同源性在81%～99%。氨基酸序列的同源性在81%～98%。与其他猪种比较,“军牧1号“猪HSP70编码基因有4个核苷酸发生替换,推定的翻译序列有2个氨基酸不同。系统进化树分析表明,“军牧1号“白猪与其他猪种的亲缘关系最近。证实了HSP70基因的高度保守性,并为HSP70的进一步研究和应用奠定了基础。     

利用DNA条形编码探讨云南野柞蚕的分类学地位

2001年在云南曲靖发现的野生柞蚕(云南野柞蚕,A.pernyiwild)拥有一些与放养型柞蚕(A.pernyi)不同的特性。测定了云南野柞蚕线粒体细胞色素酶C亚基I基因5′端的部分片段(658 bp,GenBank:EU532613),并利用该DNA条形编码探讨其分类学地位。基于Kimura-2-Parameter计算的4个放养型柞蚕品种之间的平均遗传距离仅0.003,而云南野柞蚕与放养型柞蚕之间的遗传距离为0.016,小于已确定分类学地位的放养型柞蚕与印度野蚕(A.rolyii)之间的遗传距离(0.028),但与家蚕(B.mori)同其祖先中国野桑蚕(B.mandarinaChina)之间的遗传距离相近(0.015)。NJ树中云南野柞蚕与放养型柞蚕也最先聚在一起,从分子水平证实其仍属于柞蚕种。初步认为,云南野柞蚕可以考虑成为柞蚕种的一个亚种——野柞蚕亚种。     

长链非编码RNA调控机制及其在家禽生产中的研究进展北大核心CSCD

长链非编码RNA(lncRNAs)是一类长度大于200 nt的转录本,基本无编码能力,广泛存在于各类生物体中。lncRNAs结构复杂,可分别与蛋白质、DNA和RNA分子发生互作,参与转录调控、转录后调控及表观遗传修饰等多种水平的调控,在动物的生长发育、细胞分化和其他生命活动中发挥重要作用。本文综述了lncRNAs在家禽经济性状相关研究中的进展及其调控机制,以期为进一步研究lncRNAs在家禽经济性状形成的分子机制和营养调控措施提供理论依据和新的思路。     

蓝狐MITF-M基因序列扩增及生物信息学分析

试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1 cm×1 cm样品,采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3 880 bp（包括5'侧翼区2 262 bp、CDS区1 260 bp、3'侧翼区358 bp）,编码419个氨基酸残基。生物信息学分析结果显示,蓝狐MITF-M基因5'侧翼区存在潜在的启动子区域（-86~-336 bp）,且发现TATA框、CAAT框、GC框和CRE等调控元件及CREB、LSF和Sp1等多种转录因子。MITF-M基因编码的蛋白是定位于细胞核和细胞质的不稳定、可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位结果提示该蛋白在细胞核、细胞质和线粒体的概率较高,分别为65.2%、17.4%和8.7%。DNAMAN软件对MITF-M基因编码蛋白的二级结构预测发现,该蛋白由α螺旋（33.66%）、β折叠（16.66%）和无规卷曲（49.68%）组成,且不存在跨膜区域和信号肽。蓝狐与其他物种MITF-M基因编码的氨基酸序列同源性对比和系统进化树分析均提示蓝狐与犬的遗传亲缘关系最近,与哺乳动物和禽类均具有较高的同源性（>89.1%）,说明MITF-M基因编码区在物种进化过程中较为保守。本研究为深入研究MITF-M基因调控狐狸被毛颜色的分子遗传机制奠定了理论基础。