Bayesian estimation of variance partition coefficients adjusted for imperfect test sensitivity and specificity

The variance partition coefficient (VPC) measures the clustering of infection/disease among individuals with a specific covariate pattern. Covariate-pattern-specific VPCs provide insight to the groups of individuals that exhibit great heterogeneity and should be targeted for intervention. VPCs should be taken into consideration when planning study designs, modeling data and estimating sample sizes. We present a Bayesian discrete mixed model for the estimation of covariate-pattern-specific VPCs when measurement of the infection/disease is based on an imperfect test. The utility of the presented model is demonstrated with three applications. In all cases, imperfect tests biased VPC estimates towards the null but corrected estimates could be obtained by modeling the sensitivity and specificity of the test procedure with beta distributions. The comparison of adjusted VPCs between the intercept only and the fitted models with higher level covariates explained the portion of heterogeneity in the data that was accounted for by the covariates.     

北京地区不同秋眠级苜蓿品种生长动态比较

对不同苜蓿Medicago sativa品种生长动态的研究表明,不同秋眠级苜蓿达到某个生育期的早晚顺序是极非秋眠型、非秋眠型、半秋眠型、秋眠型。在一个生育期内,苜蓿自然高度的动态变化符合Logistic曲线,相关指数都在0.954 1以上,相关极显著。不同秋眠级苜蓿的快速生长期都处于相应的分枝期与现蕾期之间,生长量占总生长量的比例均超过50%。灰色关联度分析表明,不同秋眠级苜蓿的生长在自然条件下受空气温度、光照强度、相对湿度等气候因素影响,其影响程度排序为空气温度>光照强度>相对湿度。     

太行山中段植物群落草本植物优势种种间联结性分析

植物种间关联研究对揭示植物对生境变化的响应及植被演替机制具有重要意义。运用2×2列联表、2χ检验方法对群落草本植物优势种进行总体相关性和种对间的联结性检验,应用Spearman秩相关系数刻画种对间的数量变化关系,对太行山中段植物群落草本层中重要值较高的32个优势种群、496个种对间的关联性进行定量研究。结果表明,太行山中段草本植物优势种整体上多呈现正关联,群落处于较稳定的演替阶段。其中2χ检验结果有75个种对呈极显著正关联,74个种对呈显著正关联,只有20个种对为不显著的负关联。Spearman秩相关分析结果有43个种对呈极显著相关,79个种对呈显著相关,只有6对为不显著的负相关。对生境要求相同或相似的种对表现出显著的正关联。χ2检验呈显著、极显著相关的种对数多于秩相关分析。     

长白猪血浆酶活性与胴体性状的相关研究

采用通用线性模型分析研究了 4种猪血浆酶活性与 4个胴体性状的相关关系。结果表明 :GPT对皮厚、γ- GT对胴体长达到显著的正效应 (P<0 .0 5 ) ,Amy对眼肌面积达到极显著正效应 (P<0 .0 1)     

散养模式下白羽肉鸭屠宰性能与体尺指标相关性研究

本研究对30只94日龄中畜小型白羽肉鸭(CMD)在大群地面散养方式下的屠宰性能和体尺指标进行了测定,并对测定结果进行了相关分析,结果发现活重与体斜长、龙骨长、胸宽、胫围、半潜水长等体尺指标的相关系数分别达到0.588、0.660、0.618、0.654、0.582,均达到极显著水平(P<0.01);全净膛重与体斜长、龙骨长、胫围、半潜水长等体尺指标的相关系数分别达到0.476、0.566、0.552、0.455,均达到显著(P<0.05)或极显著水平(P<0.01)。此外,研究分别建立了活重与体斜长、龙骨长、胸宽、胫围、半潜水长以及全净膛重与体斜长、龙骨长、胫围、半潜水长的回归模型,两个回归模型经F检验均达到显著水平(P<0.05)。     

大约克体型性状的相关、聚类与主成分分析

体型性状在家畜育种工作中有着重要意义,但对体型各性状的关系及其在育种中的联合应用尚缺乏较为系统的研究。研究对一核心种猪场大约克猪的体重、背膘厚、体高、体长、胸深、胸宽、管围、臀围共8个影响猪体型的性状测定数据进行相关、聚类和主成分分析。结果表明,各性状间存在极显著正相关(P<0.01);8个性状可以聚为3类,体长、体高、体重和胸深聚为类Ⅰ,臀围、胸宽和管围聚为类Ⅱ,背膘厚与其它性状相关最低,单独聚为类Ⅲ;主成分分析把8个性状简化为有独特的信息侧重的4个主成分(累计贡献率为85.08%),分别为体重因子、体高因子、背膘因子和胸深因子。     

Characterization of an intravenous lipopolysaccharide inflammation model in calves with respect to the acute-phase response

Our objective was to develop a lipopolysaccharide (LPS) inflammation model in calves to evaluate the acute-phase response with respect to the release of pro-inflammatory cytokines and acute-phase proteins, fever development and sickness behaviour. Fourteen 4-week-old male Holstein Friesian calves were included and randomly assigned to a negative control group (n = 3) and an LPS-challenged group (n = 11). The latter received an intravenous bolus injection of 0.5 μg of LPS/kg body weight. Blood collection and clinical scoring were performed at 0, 0.5, 1, 1.5, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 5, 6, 8, 12, 18, 24, 28, 32, 48, 54 and 72 h post LPS administration (p.a.). In the LPS group, the following clinical signs were observed successively: tachypnoea (on average 18 min p.a.), decubitus (29 min p.a.), general depression (1.75 h p.a.), fever (5 h p.a.) and tachycardia (5 h p.a.). Subsequent to the recovery from respiratory distress, general depression was prominent, which deteriorated when fever increased. One animal did not survive LPS administration, whereas the other animals recovered on average within 6.1 h p.a. Moreover, the challenge significantly increased plasma concentrations of tumour necrosis factor-α, interleukin 6, serum amyloid A and haptoglobin, with peaking levels at 1, 3.5, 24 and 18 h p.a., respectively. The present LPS model was practical and reproducible, caused obvious clinical signs related to endotoxemia and a marked change in the studied inflammatory mediators, making it a suitable model to study the immunomodulatory properties of drugs in future research.     

绿北绿荆杂交鸭部分生长发育性状的典型相关分析

采用SAS统计分析系统对绿北绿荆杂交鸭的5个体尺性状和8个屠体性状进行了典型相关分析。结果表明,体尺与屠体性状的第一典型相关系数达到了显著水平（P〈0．05）,占总相关的87．82％。体尺与屠体性状间的相关主要是由于胸围与腿肌重、胸肌重的相关引起的。在达到显著水平的一对典型变量中,体尺性状的典型变量对屠体重的预测能力较强,屠体性状的典型变量对胸围的预测能力较强。在实际选育过程中,选择体尺性状可达到提高屠体性状的目的。     

宁夏地区不同生长阶段奶牛产污系数的对比分析

选择不同生长阶段的中国荷斯坦奶牛作为试验对象,采用全收粪尿法来研究不同生长阶段奶牛各种污染物特性及产污系数。结果表明:不同生长阶段奶牛体重与其采食量、粪尿产生量大致成二倍正相关关系;P、Cu、Zn元素都主要通过粪便排泄,其中Cu、Zn元素在尿液中含量甚微;单位体重粪或尿污染物产生量无论是从N、P还是Cu、Zn,成年泌乳奶牛对环境的贡献率都要高于育成期奶牛。     

湖北五峰后河国家级自然保护区果子狸秋冬季栖息地选择

2006年6月～2007年3月,在湖北五峰后河国家级自然保护区内,应用选择系数、选择指数、判别分析,对果子狸在秋冬季节栖息地的选择和利用进行了初步研究。研究结果表明,秋季与冬季果子狸对栖息地的选择有差异性。秋季在低海拔地区有较多林木果实、藤本果实成熟,不需要消耗太多能量即可满足自身需要。冬季气温下降,果子狸较喜欢选择海拔较高的阳坡活动,以获取更多热量。