Genetic diversity of Pueraria lobata (kudzu) and closely related taxa as revealed by inter-simple sequence repeat analysis

Kudzu (Pueraria lobata) is a noxious weed infesting some areas of the USA. Knowledge of its genetic variation in both native and invasive areas can lead to effective biological control measures. Inter-simple sequence repeat (ISSR) variations were studied in P. lobata and its four closely related congeneric species (P. edulis, P. montana, P. phaseoloides and P. thomsoni). ISSR results allowed a clear separation of these five species. For P. lobata, 108 plants from China and USA were analysed. The samples from the US were genetically closer to Chinese P. lobata populations than to other congeneric populations. High genetic differentiation was found for P. lobata, P. montana and P. thomsoni in Chinese samples. High genetic diversity and low population differentiation was found in P. lobata samples of the US. This supports the hypothesis of multiple introductions into the USA from different sources in Japan or China, followed by subsequent gene exchange and recombination.     

遗传算法优化神经网络的坡面入渗产流模型

引入遗传算法优化BP神经网络权重和阈值的方法建立黄土坡面产流入渗模型.模型以雨强、降雨历时、表层40 cm土壤前期含水量、坡度值为输入项,径流量、入渗量为输出项,用实测资料对网络进行模拟和预测.模拟结果平均误差6.32%和1.93%,预测结果平均误差为5.71%和1.92%.并与传统BP神经网络模型和定雨强Philip...     

三角帆蚌金色品系生长性状遗传参数及基因型与环境互作效应分析

为培育出产金色珍珠的三角帆蚌Hyriopsis cumingii良种,并为三角帆蚌金色品系生长性状及产珠性能遗传改良提供理论依据,收集金色内壳色的三角帆蚌,经繁育共获得41个全同胞家系(F1～F41),分别在浙江武义和上海崇明两地养殖,在5月龄和17月龄时,分别测量两地各家系三角帆蚌壳长、壳高、壳宽和体质量4个生长性状...     

成都麻羊乳上皮黏蛋白MUC1的遗传多态性研究

采用SDS-PAGE研究成都麻羊乳上皮黏蛋白MUC1的遗传多态性,并以金堂黑山羊、乐至黑山羊、自贡黑山羊、藏山羊作对照进行比较分析。结果表明:成都麻羊与对照山羊乳MUC1的多态性丰富,成都麻羊有7种基因型、5个等位基因优势基因为C、D、E,金堂黑山羊7种基因型、6个等位基因优势基因为B、C、D,乐至黑山羊6种基因型、6个等位基因优势基因为B、C、D,自贡黑山羊5种基因型、5个等位基因优势基因为A、C、D,藏山羊3种基因型、3个等位基因优势基因为C、D。乳MUC1的基因型、等位基因的分布品种间有差异;根据乳MUC1等位基因频率对供试山羊品种进行聚类分析,成都麻羊与金堂黑山羊的遗传距离最小(D=0.2507)先聚为一类,再依次与乐至黑山羊(D=0.2831)、自贡黑山羊(D=0.3721)、藏山羊(D=0.4752)聚为一大类,结果较好的反映了成都麻羊与对照山羊品种间的亲缘关系。     

基于选择信号分析揭示猪终端父本群体间性状趋同的关键基因

【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(iHS)和等位基因频率差(△AF),分别取前5%作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对iHS、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的iHS、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号。【结果】iHS结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5 112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb。基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9 579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb。基于合并后的iHS和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因。【结论】皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考。     

中国地方鸭品种资源的分子遗传多样性

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国24个地方鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离，采用邻接法构建了聚类图，并进行了系统发生分析。结果表明：28个微卫星座位在我国家鸭群体中的多态信息含量除APL23和APL79为中度多态外，其他座位均为高度多态座位，可以作为有效的遗传标记用于鸭种之间遗传多样性分析和系统发生关系的分析；我国所有家鸭群体平均杂合度（0．569）低于国内的家鸡和家鹅，其遗传多样性相对贫乏；聚类结果分析表明了各家鸭品种的分子系统发生关系与其育成史、分化及地理分布比较一致。     

2016-2020年华北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查

利用RT-PCR方法对2016-2020年华北地区692份疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)临床样本进行检测,获得368份阳性样品,阳性率为53.18%,并对其进行了ORF5基因扩增和测序,开展遗传变异和分子流行病学分析。结果显示,共获得33条完整的ORF5基因序列,除了HB-XT株为600 bp,其余全长均为603 bp。ORF5基因遗传进化分析表明33株均为Ⅱ型,其中有9株分布在Lineage 8,24株分布在Lineage 1。33株之间的氨基酸序列同源性为80.1%～99.5%,与JX-A1株和NADC30株的同源性分别为81.1%～99.5%和85.6%～94.5%。氨基酸分析结果表明,33株均在诱骗表位和中和表位发现了突变;在33株中共发现7个N-糖基化位点,其中包括相对保守的N44和N51位点,以及主要位于抗原表位的N30,N32,N33,N34和N35位点。结果表明,2016-2020年华北地区HP-PRRSV毒株逐渐被类NADC30毒株所取代,成为优势毒株,且ORF5基因变异差异较大,使PRRSV流行变得更加复杂。因此,本研究对PRRS分子流行病学以及疫苗的选择和防控...     

2014年-2016年广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2和ORF5基因的遗传多样性分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传进化情况,对2014年-2016年来自广西各地的部分PRRSV阳性病料进行Nsp2和ORF5基因的扩增和测序分析.结果获得34个Nsp2基因序列和45个ORF5基因序列,均属于美洲型毒株.Nsp2基因间核苷酸序列的同源性为91.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为81.3％~84.3％、88.9％~92.1％、94.3％~99.3％和73.5％~75.1％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为51.5％~53.2％.ORF5基因间核苷酸序列的同源性为82.8％~100％,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为83.7％~99.5％、85％~95％、83.8％~99.7％和83.2％~86.4％,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为62.4％~64.5％.基于Nsp2和ORF5基因推导的氨基酸序列绘制的遗传进化树中,广西地区的毒株主要分布在以JXA1为代表的Ⅳ亚群.表明当前广西PRRSV流行毒株以JXA1株为代表的高致病性美洲型毒株为主,各毒株Nsp2和ORF5基因序列存在一定的差异,尚未发现欧洲型毒株和美洲型NADC30类毒株.     

四个绵羊品种MHC-DQA1基因exonⅡ多态性分析

为了比较和揭示洼地绵羊、杜泊羊、小尾寒羊及特克赛尔绵羊4个绵羊品种MHC-DQA1基因的遗传多态性,采用PCR-RFLP技术对4个绵羊品种224个样本的MHC-DQA1基因exonⅡ的315 bp片段进行多态性分析;并对基因型频率和等位基因频率进行统计,运用Popgen32软件计算相应的遗传参数.结果表明,AluI-R...     

DNA指纹技术对近交系小鼠生产扩大群的遗传检测

采用生物素标记的（GGAT）4寡核苷酸探针对C57BL／6J、BALB／c和DBA／2三种近交系生产扩大群F4代小鼠进行了DNA指纹图分析。结果显示（GGAT）4寡核苷酸探针对上述三种近交系小鼠产生的DNA指纹图的图带数均为10-12条,具有良好的多态性,品系内平均DNA指纹图的相似系教（X）在0．88—0．95的范围内,具有相同指纹图的概率（P）均在0．35以上,极显著地高于品系间的相似系数（0．18—0．31）和相同指纹图的概率（P〈8．4×10^-7）。研究结果表明（GGAT）。寡核苷酸探针可用于制作近交系小鼠生产扩大群的DNA指纹图,以对其进行遗传检测。