Application of polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis for comparison of direct and indirect extraction methods of soil DNA used for microbial community fingerprinting

 We used polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) to compare bacterial community patterns obtained with target DNA extracted from a soil by direct and indirect methods. For this purpose, two direct extraction methods, i.e. cell lysis by bead beating and cell disruption by grinding in liquid N, and two indirect methods, i.e. cell extraction followed by DNA extraction, and combined RNA/DNA extraction from the bacterial cell fraction, were performed. Crude extracts were purified and amplified using universal bacterial primers. PCR products were then analysed by DGGE, and similarity between the profiles obtained was determined by unweighted pair group with mathematical averages clustering. The results showed clear profiles that presumably represented the dominant bacterial fractions in the samples. The profiles generated by all four methods were similar, indicating that the methods were of approximately equal efficiency in the extraction of target DNA representative of the soil bacterial community. However, the patterns of clustering also indicated that different populations of bacteria could be detected in the same soil using different soil DNA extraction methods. The application of two dilution levels of DNA in PCR-DGGE showed that the most stable profile of the soil bacterial community could be generated by the direct methods. The indirect methods gave clustered profiles at both dilution levels. It is likely that these methods extracted DNA from a major, easily desorbed, bacterial fraction, consisting of low-density populations. PCR-DGGE was found to be a suitable technique with which to assess differences in methods for DNA extraction from soil, which can be further used for the determination of microbial community diversity at the molecular level. Received: 22 June 1999     

大豆小肽螯合铁的制备工艺及光谱分析研究

通过铁源筛选比较得知,氯化亚铁比较适合与大豆小肽进行螯合反应制备大豆小肽螯合铁,利用响应面法优化了大豆小肽螯合铁的制备工艺,优化结果为:小肽与亚铁盐质量比4∶1,反应pH5.0,反应温度40℃,得到离子螯合率平均值为56.81%,经中试车间生产试制得到大豆小肽螯合铁的得率是78.3%,螯合率为82.39%,检测大豆小肽螯合铁的主要成分中的蛋白含量为78.94%,铁的含量为10.87%。红外和紫外光谱分析检测结果显示:大豆小肽和大豆小肽螯合铁(Fe~(2+))红外吸收峰的强度在不同波长位置上有明显的变化,大豆小肽螯合铁(Fe~(2+))在紫外波长上发生了明显的位移且宽化,表明大豆小肽螯合铁(Fe~(2+))形成了络合物。同时对大豆小肽螯合铁的结构进行了预测。     

广西根结线虫病害的病原鉴定

从广西不同地区采集的28种植物根结线虫病的病原,按病原线虫的主要形态学特征和寄主反应的鉴定方法,对每种病原进行了分类鉴定。其中穗状鸡冠花、胡椒、蕹菜、胡萝卜,芭蕉芋、鸡蛋果、莞荽(香菜)、苋苯、荷包豆、吉庆果、黄麻、黄穗鸡冠等根结线虫病的病原都是属南方根结线虫1号小种;风仙花、辣椒、蕹菜、番茄、独头鸡冠花、红穗鸡冠、罗汉果、黄麻、芹菜根结线虫有一种是南方根结线虫1号小种,另一种是爪哇根结线虫;甜叶菊、姜根结线虫病的病原有一种是南方根结线虫1号小种,另一种是花生根结线虫1号小种;吉庆果、四季海棠、茄、棕竹、柳树的根结线虫病的病原是爪哇根结线虫;罗汉果、丝瓜、红麻根结线虫病的病原有一种是爪哇根结线虫,另一种是花生根结线虫1号小种;花生根结线虫病的病原是花生根结线虫1号小种。发现二个新种:即水稻根结线虫病的病原是林氏根结线虫;柑桔根结线虫病的病原是孔氏根结线虫。     

水溶剂红花油合成共轭亚油酸研究——(I) 工艺优化研究

传统油脂共轭反应制备共轭亚油酸多采用有机溶剂,这种工艺存在溶剂残留等潜在问题。研究了红花油以水为溶剂的碱性异构化合成共轭亚油酸反应,考察了反应温度、时间、水油比、油碱比对共轭反应的影响,得到工艺条件的数学模型。反应的最佳条件为反应温度214℃,反应时间4.9h,水油比=4.3,油碱比=1.3。在此条件下,反应转化率可达到97.64%。     

天然气水合物的制备和存储

描述了天然气水合物的物性,考察了气体组成、温度、压力、水-气接触面积、加入化学添加剂对水合物生成的影响。从技术和经济两个方面研究了水合物法固态储运天然气的可行性。认为与以往的天然气储运方式相比,水合物存储技术具有存储空间小、稳定性好的特点,安全性比天然气的液态、气态存储更高。     

通过GbF3’H基因单独沉默及其与GbCHI和GbDFR基因共沉默研究其在海岛棉中抗枯萎病功能

【目的】通过沉默海岛棉GbF3’H基因及共沉默GbF3’H、GbCHI和Gb DFR基因,研究其在海岛棉抗枯萎病中的作用。【方法】以海岛棉抗病材料06-146为研究对象,GhCLA1基因为阳性对照,空载体为阴性对照,构建海岛棉TRV2-Gb F3’H沉默载体,协同课题组前期构建的TRV2-CHI和TRV2-DFR载体,利用病毒诱导的基因沉默技术(Virus-induced gene silencing,VIGS)分别进行Gb F3’H基因单独沉默以及GbF3’H、GbCHI和Gb DFR这3种基因共沉默试验。通过实时荧光定量聚合酶链式反应(Quantitative real time-polymerase chain reaction,q RT-PCR)分析各处理样品中基因沉默情况;设置室内接种枯萎病菌试验测定病情指数,分析各沉默材料对枯萎病的抗性差异。【结果】q RT-PCR结果显示,海岛棉GbF3’H基因沉默后其在海岛棉根、茎和叶中的表达量比空载体对照低,Gb F3’H、GbCHI和GbDFR这3种基因共沉默后其在海岛棉根、茎和叶中的表达量均比空载体对照低。病情指数调查结果显示,野生型<空载体对照相似文献   

水溶剂红花油合成共轭亚油酸研究--(Ⅰ)工艺优化研究

传统油脂共轭反应制备共轭亚油酸多采用有机溶剂,这种工艺存在溶剂残留等潜在问题。研究了红花油以水为溶剂的碱性异构化合成共轭亚油酸反应,考察了反应温度、时间、水油比、油碱比对共轭反应的影响,得到工艺条件的数学模型。反应的最佳条件为:反应温度214℃,反应时间4.9h,水油比=4.3,油碱比=1.3。在此条件下,反应转化率可达到97.64%。     

多元羧酸与木材的交联反应机理——五元环酸酐反应中间体的FTIR波谱特征

该研究采用一类新型的、水溶性的、无毒害、无污染的以多元羧酸类化合物为酯化剂,以无机盐和含氮化合物为催化剂的非甲醛系试剂为交联体系,利用ＦＴＩＲ分析多元羧酸类化合物与木材组分的交联反应过程的波谱特征。依据反应对交联剂立体构型的选择性、反应中间体模型物与木材的交联反应和交联反应中间体的波谱特征实验结果,证实了交联反应中间体的存在,推证这一酯化反应的历程是经历两步反应的机理,首先多元羧酸中相邻羧基的羟基之间脱水形成五元环酸酐中间体,然后木材的羟基与酸酐发生亲核取代反应形成酯。而不是经历了通常的羧酸与醇直接脱水形成酯的四面体中间物的过程。     

致病性嗜水气单胞菌气溶素基因PCR检测方法的建立

[目的]建立一种基于PCR的致病性嗜水气单胞菌的检测方法。[方法]采用平板划线法从患病鲫鱼病灶部位分离、纯化获得嗜水气单胞菌,采用CTAB法提取DNA,根据GenBank已经登录的致病性嗜水气单胞菌气溶素基因保守序列设计引物P1和P2,并以P1、P2为引物对其进行PCR扩增,将测序结果在Blast上进行比对分析。[结果]PCR扩增得到一条约540 bp的条带,Blast分析表明该基因与GenBank登录的气溶素基因的同源性达95.67%。[结论]试验建立的致病性嗜水气单胞菌气溶素基因PCR检测方法简单、可行。     

纤维素超低酸水解产物的分析

基于木质纤维素类生物质水解为人类提供乙醇等能源、化工产品的重要性，该文以定量滤纸模拟生物质的主要组分－纤维素，以其超低酸水解试验得到的最佳工况下液体产物和固体残渣为研究对象，通过高效液相色谱(HPLC)结合KS-802糖柱对产物质中糖的种类进行了划分，以GC-MS对副产物进行定性，并通过扫描电镜(SEM)及热重和工业分析元素分析对固体残渣作了从表观到内部的研究，发现纤维素超低酸水解主要生成纤维四糖、三糖和二糖等低聚糖和葡萄糖及果糖，反应副产物有糠醛、羟甲基糠醛、乙酰丙酸及一些小分子酮、醛类和酸类极性化合物，水解残渣已完全改变了原始形貌，热裂解活性增强，残留物中碳和灰分含量有较大增加，最后根据分析结果探讨了纤维素超低酸水解的反应途径，为木质纤维素类生物质水解技术的规模化利用打下基础。