我国太子参主产区病毒病发生情况调查

为调查我国太子参主产区病毒病发生情况,使用RT-PCR法对采自福建省柘荣县,贵州省施秉县、丹寨县和安徽省宣城市的71份具有典型病毒病症状的太子参样品进行检测,并根据CP氨基酸序列对不同地区病毒进行系统进化分析。RT-PCR结果显示,65份样品检出病毒,检出率为91.55%,其中,56份样品检出芜菁花叶病毒Turnip mosaic virus(TuMV),49份样品检出蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2),9份样品检测出黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV),检出率分别为78.87%、69.01%和12.68%。未检测到烟草花叶病毒Tobacco mosaic virus(TMV)。序列和系统发育进化分析显示,本研究获得的TuMV、BBWV2和CMV与NCBI数据库中的序列相似度较高,核苷酸相似度分别为98.05%～98.98%、93.61%～94.25%和98.02%～99.17%,氨基酸序列相似度分别为:96.14%～97.47%、97.33%～98.50%和98.00%～100%,分别属于World-B组、Ⅰ-a亚...     

肾型传染性支气管炎病毒M基因的遗传分析及其在杆状病毒表达系统中的表达

对肾型鸡传染性支气管炎病毒分离株Ck/Jiangsu/DS10/2008株(DS10株)膜蛋白(M)基因进行扩增、克隆和序列测定,并与GenBank中的其它25株参考株的M基因进行比对分析并构建进化树,研究其遗传进化关系。另将M基因克隆至杆状病毒表达系统pFastBac1载体并转染Sf9昆虫细胞进行表达,经间接免疫荧光鉴定,用琼扩试验验证表达产物的反应性,以研究M基因表达产物的生物学活性。测序结果表明DS10的M基因全长为678bp,编码225个氨基酸。遗传进化分析表明,DS10病毒与其它不同致病型的传染性支气管炎病毒共属同一大分支。间接免疫荧光检测表明,M蛋白在Sf9细胞中得到表达,琼扩试验验证表达产物具有良好的反应性,以上结果表明所表达的M蛋白具有良好的生物学活性。本研究表达的M蛋白可为其生物学活性研究及其诊断抗原、新型疫苗开发提供基础材料。     

纺织专业实践教学方法改革探索

党的十八届三中全会中《决定》提出要深化教育领域综合改革,以培养具有社会责任感、创新精神、实践能力的高素质人才为目标,以引导创新、激发潜能、合力教学为指导思想,天津工业大学近年来不断开展大学课堂教育进行了改革。本文以《纺织专业英语》课程为例,重点介绍了包括建立团队研究型教学模式、理论与实践相结合教学内容设计、课程网络化及多样化建设三个方面的改革内容和具体实施细节。     

分子水平上的适应进化

从分子进化的概念、分子进化中性论和生物大分子的适应进化(大分子结构适应方面的进化和适应进化的机制方面)论述了分子水平上适应进化的方式及其特点。     

植物抗病基因的结构、功能和进化

植物抗病的基因对基因模式包括两个基本步骤：病原菌侵袭的识别,和对病原物的限制反应。由抗病基因编码的对病原菌生理小种有高度特异性的受体参与了识别。在一个植物种内发现了大量和各种特异性识别略有关系的抗性(R)基因。R基因多态性的形成涉及基因复制、经点突变产生的DNA序列多样化及编码富亮氨酸元件区域内源DNA重复片断的缺失和重复。     

禽类Mx基因GTP酶效应区(GED)序列适应性进化分析

为进一步了解禽类Mx基因进化历程及结构与功能变异,测定了4种经济类型11个地方鸡品种:肉用型(惠阳胡须鸡、清远麻鸡、文昌鸡)、兼用型(藏鸡、狼山鸡、寿光鸡、北京油鸡、萧山鸡、鹿苑鸡)、蛋用型(白耳鸡)、药用和观赏型(丝羽乌骨鸡)Mx基因GTP酶效应区(GTPase effector domain,GED)序列,并结合已报道的原鸡及部分其他鸡形目和雁形目禽类相关序列,采用mrModeltest和MrBayes筛查最适核苷酸替代模型、构建贝叶斯进化树,并采用Datamonkey和PAML4b检测位点选择压力。结果:获得了中国地方鸡种Mx基因GED区核苷酸序列,全长231 bp,编码77个氨基酸。序列联配结果表明家鸡Mx基因GED区高度保守,仅发现3个突变位点,分别位于2 032 bp、2 075 bp和2 139 bp处。AIC信息量准则表明禽类Mx基因GED区的最优核苷酸替代模型为GTR+G。基于最优模型重建的禽类Mx基因GED区贝叶斯进化树具有较高的后验概率,揭示的系统发育关系和禽类物种进化基本一致。Datamonkey的单一断裂点扫描和遗传算法扫描均未发现禽类Mx基因GED区序列数据集有重组事件,位点选择压力检测结果表明禽类Mx基因GED区在进化过程中并未受到正选择作用。     

福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析

福建黄兔是中国优良的小型兼用品种,从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位,对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp(Genbank No.MN518689),主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4 部分,基因排列紧密。除控制区,共存在37个编码基因,有9个基因由轻链（L链）编码,其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中,除 tRNA-Ser(AGY)基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外,其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域：延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3）,其中,CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列,CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10 种兔形目动物的系统进化树,结果表明福建黄兔起源于穴兔,支持将福建黄兔划归为穴兔属。     

一株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的全基因组序列分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对某猪场疑似患有猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪组织样品进行鉴定,测序获得全基因,并对该毒株的NSP2基因缺失特征同源性和遗传进化及重组情况进行分析。结果显示:该猪场感染猪体的病原体为PRRSV,该毒株被命名为180404-2fei;180404-2fei毒株的NSP2区存在131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失,与报道的类NADC30毒株缺失特征一致;180404-2fei的NSP2基因与NADC30毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.2%和90.1%,180404-2fei毒株的ORF5基因与NADC30的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.5%和92.0%;遗传进化和重组分析结果表明,180404-2fei毒株属于NADC30-Like亚群,可能是由NADC30与HP-PRRSV重组而来。本研究通过对一株类NADC30 PRRSV的全基因组序列进行分析,为研究PRRSV的遗传变异和PRRS的防控提供了参考依据。     

黄艾美耳球虫河北株18SrDNA部分序列测定及系统发育分析

为了进一步确定黄艾美耳球虫河北株虫种,试验根据GenBank中发表的黄艾美耳球虫18SrDNA基因序列设计引物,建立PCR方法对黄艾美耳球虫河北株基因片段扩增、测序,并进行系统发育分析.结果表明:扩增出大小为1 465bp的清晰条带;黄艾美耳球虫河北株18S rDNA序列测定结果与GenBank中的黄艾美耳球虫EF69...     

基于ITS、Nad intron2 和psbA-trnH序列探讨霍山石斛的分类位置

《中国植物志》将铁皮石斛(Dendrobium officinale)、霍山石斛(D.huoshane~e)、细茎石斛(D.moniliforme)和黄石斛(D.tosaense)处理为4个独立的种,但《Flora of China》却将铁皮石斛(D.officinale)、霍山石斛(D.huoshanense)和D.tosaense处理为黄石斛(D.catenatum)的异名.通过对以上4种石斛的ITS、Nad intron2和sbA-trnH三段DNA序列分析发现,铁皮石斛和黄石斛在ITS、Nad intron2的碱基差异较小,仅在psbA-trnH上有一段碱基序列的缺失;霍山石斛与铁皮石斛、黄石斛在ITS、Nad intron2和psbA-trnH序列上都有明显的碱基差异,但与细茎石斛没有明显的碱基差异.遗传距离计算结果表明,霍山石斛和细茎石斛之间的遗传距离比霍山石斛和铁皮石斛、黄石斛之间的遗传距离小,因此认为霍山石斛应该处理为细茎石斛的异名.