鸡miR-125b的组织发育性变化及其功能预测分析

为了解miR-125b的进化历史和潜在的生物学功能,下载不同物种miR-125b前体序列,运用Clustal W2软件进行多序列比对,构建系统进化树,q PCR方法检测固始鸡不同组织中miR-125b表达量的发育性变化,通过Targetscan 7.0与miRDB数据库对miR-125b靶基因进行预测、DAVID数据库对预测的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果显示:不同物种之间miR-125b具有很高的保守性;在胚胎期下丘脑中,随着胚胎发育,miR-125b的表达量逐渐增加,出壳后又呈现逐渐降低的趋势,到36周龄表达量又显著升高;在成年期消化器官(肌胃、腺胃、小肠、肝脏)中也具有较高的表达量;经预测,miR-125b靶基因有920个,富集于组织发育、生物调节、基因表达的转录后调节、小RNA的生物学加工等生物过程和细胞外基质受体相互作用、调节肌动蛋白细胞骨架、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成和NOD样受体信号等通路。结果表明:鸡miR-125b为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡胚胎期及出壳后生长发育相关的诸多生物学过程的调控。     

疫病侵袭下猪只的机体反应及营养需要

1 机体的反应 病原微生物与动物在漫长的进化过程中不断斗争和适应。动物在进化中发展出复杂的免疫系统,在面临疫病挑战时,能快速动员起来,将侵人的病原压制住直至消灭,动物在与疫病的战斗中存活下来。而简单的病原微生物在进化过程中也发展出对付动物的性能,并且可突破动物的免疫防线,一部分动物在疫病的攻击下败下阵来。     

鸡源致病性奇异变形杆菌的分离鉴定与遗传进化分析

为了解鸡源奇异变形杆菌的耐药情况、致病力和遗传特征,本试验从凉山地区分离得到2株细菌（YLF1、WS）,通过培养特征、镜检特征和16S rRNA序列测定对分离菌进行鉴定及致病性试验;采用（K-B）法检测分离菌对14种常用抗生素（包括β-内酰胺类、头孢烯类、氨基糖苷类、四环素类、氟喹诺酮类、大环内酯类）的敏感性;并与GenBank中公布的21种不同来源的变形杆菌16S rRNA基因序列进行遗传进化分析。结果表明,YLF1、WS菌株均具有迁徙性和β-溶血生长特征,镜检为革兰氏阴性长短不一的杆菌或球菌,经16S rRNA基因鉴定与GenBank中奇异变形杆菌同源性均在99%以上,YLF1、WS菌株确定为奇异变形杆菌,均表现为多重耐药,耐药率分别为78.6%（11/14）和71.4%（10/14）;雏鸡致死率均为80%;YLF1、WS菌株与日本人体分离株、中国新疆黄牛分离株和中国广东土壤分离株同源性最高,达99.9%;与来自中国河南、中国新疆及印度的鸡源奇异变形杆菌同源性较高（98.9%~99.3%）,遗传关系密切。表明凉山地区鸡群中存在奇异变形杆菌感染,分离株有较高的致病力和较强的耐药性,也提示分离菌可能来源于环境、感染鸡或其他动物,同时存在人畜共患的潜在危险。     

蒺藜苜蓿GPAT基因家族的全基因组鉴定、序列变异和表达分析

甘油-3-磷酸酰基转移酶(glycerol-3-phosphate acyltransferase, GPAT)是三酰甘油(triacylglycerol, TAG)生物合成的限速酶,催化TAG生物合成的起始步骤,为多种脂质合成提供了底物,会直接参与到植物的生长发育和抗逆过程。蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)作为豆科模式植物具有基因组小、生长周期短、遗传转化效率高等特点。为了解GPAT基因在苜蓿抗逆尤其是在耐盐中的作用,本研究选择蒺藜苜蓿基因组为研究对象,采用Blastp和Hmm结构域搜索方法,共鉴定出24个mtGPAT基因。根据系统进化、基因结构和结构域差异将其分成3个亚家族。同时染色体定位分析发现,24个mtGPAT基因不均匀分布在7条苜蓿染色体上,每条染色体上分布有2～5个基因。基因表达谱分析表明:蒺藜苜蓿GPAT基因具有器官特异性,并且会参与盐胁迫反应。这些结果可为进一步深入研究蒺藜苜蓿GPAT家族基因的功能提供理论基础。     

上海市2株蚊源盖塔病毒的分离鉴定及分子特性分析

为了解上海市蚊源盖塔病毒(GETV)的分子特征,2018年7月从上海市浦东新区和奉贤区马场采集蚊媒6000余只,接种BHK-21和C6/36细胞进行病毒分离,疑似阳性分离物采用RT-PCR和IFA技术对分离株进行鉴定.结果 表明,分离到2株盖塔病毒,命名为SH201801、SH201802,分别源自中华按蚊、三带喙库蚊...     

鸭IgG的研究进展及Fc段的遗传进化分析

IgG(IgY)是鸭卵黄中的唯一免疫球蛋白。根据GenBank发表的鸭的IgG Fc段的核苷酸序列、氨基酸序列,和多种动物进行遗传进化分析。得出鸭与鸡的核苷酸同源性分别为67.9%,与其他所列哺乳动物的核苷酸同源性集中在40%～52%之间。鸭与鸡的氨基酸同源性57.5%,与其他所列哺乳动物的氨基酸同源性集中在34%～43%之间。进化树结果显示鸭的IgG Fc段基因与鸡此段基因具有较近的亲缘关系。     

蜜蜂抗菌肽研究进展

蜜蜂抗菌肽是蜜蜂在受到病原物感染后,其脂肪体迅速合成的一些具有抗菌活性的肽类,然后释放到血淋巴中发挥抑制细菌、真菌、病毒的作用。对蜜蜂抗菌肽的作用机理、4个基因家族抗茵肽研究进展进行了综述,简述了4个基因家族抗菌肽的进化策略。     

猪戊型肝炎病毒荧光定量PCR检测方法的建立及其分子流行病学

对已发表的戊型肝炎病毒(HEV)不同基因型毒株全序列进行分析,针对ORF3的保守区设计引物和探针优化建立了HEV荧光RT-PCR检测体系。分析表明该反应体系具有良好的扩增效率、特异性和稳定性,且检测灵敏度比普通RT-PCR方法高10～100倍。利用所建立的荧光定量PCR方法对采集自浙江及其周边上海、江苏等地区规模化猪场的样品以及HEV抗体阳性人血清样品进行了HEV核酸检测。其中,77份人血清样本仅有2份为HEV核酸阳性(2.6%)。而猪粪便样品阳性率则高达20.5%(56/273),且所调查的猪场均存在HEV感染。进一步的分子流行特征分析表明,浙江及周边地区的猪HEV毒株多为基因Ⅳ型,与其他地区的Ⅳ型HEV毒株同源性较高(83.4%～89.5%),但它们之间也存在较多的变异位点。猪源HEV毒株PJ-1则与多数Ⅲ型HEV毒株同源性较高(88%),进化分析也表明其为基因Ⅲ型。人血清样品中检测到的2份HEV毒株Human-1与Human-2与本地区Ⅳ型猪源毒株在分子进化关系上具有很高的亲源性,它们分布于同一分支内,而不构成独立分支。以上分析结果表明浙江及其周边地区猪HEV感染较为广泛,且以基因Ⅳ型毒株为主,但也存在...     

基于叶绿体trnL-F序列对广义披碱草属物种的系统进化研究

广义披碱草属包括了披碱草属、鹅观草属、猬草属、裂颖草属和仲彬草属。为深入研究这5个小麦族多年生属的系统地位、母本来源及St染色体组的来源和分化等问题,本研究根据叶绿体DNA trnL-F序列构建了系统树和网状结构图。结果表明,1)广义披碱草属物种的母本不完全来源于拟鹅观草属的St染色体组,其中黑药仲彬草和梭罗仲彬草的母本染色体组为P染色体组,Hystrix duthiei及长芒猬草的母本染色体组为Ns染色体组;2)系统树中反映了P、W和St染色体组之间具有较近的亲缘关系,它们与H和Ns染色体组的关系较远;3)仲彬草属中黑药仲彬草和梭罗仲彬草与冰草属的二倍体物种聚类在一起,表明黑药仲彬草和梭罗仲彬草与冰草属的关系较近;猬草属中猬草聚在St支中,而H. duthiei和长芒猬草包括在Ns支中,表明它们具有不同的染色体组组成;4)5个不同地理分布的具有St染色体组的拟鹅观草属二倍体物种没有形成一个单系组,表明St染色体组在二倍体物种中存在一定程度的分化;在异源多倍体物种中,其St染色体组的质体序列构成了不同的分支,表明St染色体组在多倍体物种中也具有分化;5)亚洲分布的拟鹅观草属二倍体物种可能参与了大部分欧亚物种的起源,北美分布物种的St染色体组可能来源于北美的拟鹅观草属物种;有些物种在多倍化起源过程中可能发生了重复杂交过程。     

6株K亚群禽白血病病毒分离株的全基因组测序及遗传进化分析

为研究目前中国临床流行的ALV毒株特征,我们采集临床上ALV P27阳性的鸡的血浆,接种DF-1细胞进行病毒分离,分离出6株外源性ALV毒株,并进一步对分离毒株进行前病毒全基因组测序。结果表明,6个ALV分离株的基因组结构均为典型的复制完整型C型逆转录病毒,缺乏病毒致癌基因,分离株DT190901基因组全长为7473 bp;DT190902和DT190905为7467 bp;DT190903和DT190906为7481 bp;DT190904为7493 bp,分离株间基因组序列同源性较高（98.6%～99.9%）。对6个ALV分离株与其他ALV毒株进行序列比较和遗传进化分析,结果表明,分离株的LTR、gag、pol及gp37基因与内源性ALV相比具有较高同源性（>93.8%）,gp85基因与ALV-K一致性较高（>95.4%）,属于新型ALV亚群（K亚群）遗传分支。分离株的LTR序列与内源性ALV相似,比其他外源性ALV亚群缺少一个CAAT Box、PRE Box、Y Box及CArG Box等转录调控元件。结果表明这6个分离株属于ALV-K亚群,为ALV-K与内源性ALV...