应用于无标记质谱定量分析的生物信息学软件研究进展

在过去的10年间,伴随着蛋白质组学定量质谱实验技术的发展,产生了大量相应的数据处理手段。本文阐述了定量质谱的主要实验手段及其原理,介绍了不同无标记质谱数据分析软件的特点及其用途,并列举已有的常用定量质谱数据分析软件类型。本综述对研究人员更好地寻找适合实验目的的计算机软件以及编写新型数据分析软件具有一定的参考价值。     

迭部旅游资源定量评价与可持续发展研究

迭部以其优美的自然生态和灿烂的历史文化成为甘肃省旅游的新亮点。旅游资源的合理开发利用是决定旅游地可持续发展的关键因素,所以在开发利用前进行旅游资源评价就显得尤为重要。本文采用模糊评判方法对迭部各景区旅游资源进行综合评价,得出各景区旅游资源综合评价结果,并对此进行分析和论证,指出当前旅游地发展的优势与劣势。最后,就旅游地的可持续发展问题笔者提出几点对策。     

应用性诱剂防治甘蔗螟虫

对甘蔗螟虫的为害特点和防治现状以及性诱剂的特点和应用现状进行了概述。为了有效防治甘蔗螟虫,利用性诱剂进行预测预报,指导适时防治具有重要意义。     

龙眼体胚发生早期miR166初级体的克隆与表达分析

为了解龙眼miR166初级体基因Pri-miR166 S53结构特点及其前体和成熟体在龙眼体胚发生早期的表达模式,采用SMART~(TM) RACE试剂盒和PCR扩增技术克隆龙眼体胚早期miR166基因的初级体(Pri-miR166 S53),确认其转录起始位点,并预测其含有的潜在ORF;利用龙眼基因组数据库提取其启动子序列,预测其含有的顺式作用元件;用实时荧光定量PCR对龙眼体胚发生早期及不同激素处理下的胚性愈伤组织中miR166基因的前体(Pre-miR166 S53)和成熟体(miR166a.2)表达模式进行分析。结果表明:获得长317 bp的Pri-miR166 S53基因初级体序列,对其进行翻译,得到一条长13个氨基酸序列的miPEP(MLCFVDALFLIST)。利用生物信息学软件分析Pri-miR166 S53基因的启动子序列发现,除了具有TATA/CAAT-box外,还含有生长素、脱落酸、乙烯、水杨酸、茉莉酸甲酯及spl、HSE等特异作用元件。实时荧光定量PCR分析表明,在2,4-D调控的龙眼体胚发生早期过程中,从胚性松散型愈伤组织发育到球形胚的过程中,Pri-miR166 S53基因的前体pre-miR166 S53和成熟体miR166a.2都表现为下调趋势;而在无2,4-D调控的龙眼体胚发生早期中,pre-miR166 S53和miR166a.2表达模式不同。此外,pre-miR166S53随ABA和乙烯处理浓度升高呈下调表达,而对不同浓度2,4-D处理无应答;miR166a.2随2,4-D、ABA处理浓度升高呈下调表达,而在乙烯处理下呈上调表达。上述研究结果提示miR166前体和成熟体在对外源激素应答的模式上并不呈简单线性相关,可能存在多层次、多方位的调控。     

‘砀山酥梨’褐皮芽变木质素含量及相关酶活性与CCoAOMT 表达量分析

 为了探讨‘砀山酥梨’芽变品系‘锈酥’果皮褐色形成机理,采用分光光度法测定盛花后25、50、75、100、125、150和175 d果皮中木质素含量和相关酶活性变化;从构建的‘锈酥’正向SSH-cDNA文库中筛选出与木质素生物合成密切相关的CCoAOMT-EST,通过实时荧光定量PCR测定了‘砀山酥梨’和‘锈酥’果皮中CCoAOMT的相对表达量。结果表明：‘锈酥’果皮发育前期木质素增量较大,且木质素增量累计比‘砀山酥梨’高12.2%;‘砀山酥梨’和‘锈酥’果皮中PAL、4CL、CAD酶活性均在花后75 d达到最大值,而POD酶活性则在花后125 d出现高峰;二者果皮中4种酶活性变化趋势基本一致,但‘锈酥’果皮中均相对较高;‘锈酥’果皮中的PAL和4CL酶活性与木质素增量变化均呈显著正相关,而‘砀山酥梨’则未呈现出此规律;在果实生长发育各个时期,‘锈酥’果皮中CCoAOMT相对表达量均高于‘砀山酥梨’。因此推测,‘锈酥’果皮褐色形成与果皮中木质素积累及相关酶活性提高有关,果皮中CCoAOMT的增量表达是‘锈酥’果实褐皮形成的重要原因之一。     

贵州烟区烟蚜发生规律及其预测模型的初步研究

通过2002-2008年对贵州代表性烟区烟蚜的系统调查,初步了解了有翅蚜迁飞规律、烟田蚜虫种群消长动态及其历史演变情况,分析了烟蚜发生期内气温、雨日雨量、相对湿度和日照时数对烟蚜发生量的影响效应。在此基础上,结合以往的调查数据,应用DPS统计软件进行逐步回归分析,初步建立了烟蚜发生程度短期预测模型Y=-24.87+1.27X1+0.13X2+1.54X4+2.70X6+4.06X11-3.85X13(其中,X1=移栽前期10 d内日诱蚜量;X2=上年12月日气温≥10℃的积温;X4=2月均温;X6=3月均温;X11=4月均温,X13=4月雨日数),经显著性检验和预报验证,回归方程达极显著水平,回测准确率平均达93.45%,实报验证误差率仅为1.80%~5.11%,说明入选预报因子比较切合贵州实际,预测模型具有较大的实用价值。     

基于季节特征的土壤退墒模型建立与率定

利用河南省南阳市2011—2015年12个墒情站的土壤水分监测资料,分析研究了无增墒情况下土壤含水量消退规律,构建出基于不同季节(夏季、春秋季与冬季)的土壤含水量与衰减系数的数学模型,运用规划求解法率定模型参数,并利用2016—2017年资料对模型进行检验。结果表明,不同季节土壤水分衰竭系数模型分别为α=1.023(1-ω~2/4353)~(1/2)(夏季)、α=1.013(1-ω~2/7005)~(1/2)(春秋季)与α=1.008(1-ω~2/9303)~(1/2)(冬季),所建立的数学模型适用于南阳市相应季节壤土与粘壤土小麦、水稻与休闲地土壤旱情预测,但不适用于夏季与春秋季砂土特别是休闲地砂土土壤墒情预测。     

甘肃兰州市耕地动态变化与驱动力关系定量研究

利用1990～2004年兰州市耕地统计资料,对该地区耕地资源利用与变化的基本特征和主要驱动机制进行了分析。运用主成分分析法对耕地变化及其影响因子的关系进行了定量研究,将其概括为人口经济因素和农业科技因素。在此基础上,建立了耕地动态变化与社会驱动因子之间的回归模型。     

有害生物风险分析定量评估模型及其比较

全球化的进程使有害生物入侵问题日益严重,植物检疫工作备受重视。有害生物风险分析(pest risk analysis,PRA)是植物检疫的支撑技术之一,风险评估是其核心内容,定量评估模型的研究与应用成为近30年来该领域的热点。本文在收集、整理国内外PRA文献和相关信息的基础上,针对有害生物入侵风险半定量评估模型、定量评估模型及软件的发展进行了系统性的回顾和分析。同时,我们比较了主要模型和软件的特点、优势和局限性,归纳总结出了适用于不同起点的有害生物定量风险评估集成技术体系,并展望了我国有害生物风险分析技术的未来发展。本综述能够为我国生物入侵防控管理机构、推广部门、高等院校及科研单位提供重要的工作参考,对植物检疫工作具有理论和实践意义。     

中国芜菁花叶病毒研究进展

芜菁花叶病毒是马铃薯Y病毒科的重要成员。作为引起十字花科蔬菜病毒病害的最主要病原，该病毒地理分布极广，自1921年Gardner和Schnltz首次描述了TuMV，迄今除南美洲外，其他各大洲均见报道。TuMV也是我国十字花科蔬菜重要病毒病害的主要病原，在我国绝大部分地区均有发生，引起大白菜孤丁病、油菜花叶病、萝卜花叶病等，每年都造成相当大的经济损失，鉴于该病毒的经济重要性，我国针对该病毒研究较多，本文综述了国内对该病毒的相关研究。