QuEChERS-三重四极杆串联质谱测定柑橘中农药基质效应的方法研究

[目的]针对柑橘中常用的农药,采用QuEChERS方法和超高效液相色谱-三重四极杆串联质谱,系统研究了其测定过程中的基质效应.[方法]柑橘样品利用乙酸-乙腈溶液(V︰V=1︰99)提取、GCB净化,采用甲醇-0.1％甲酸水溶液(含1mmol·L-1乙酸铵)作为流动相,正离子多反应监测(MRM)模式,基质外标法定量,可以...     

液相色谱串联电喷雾质谱检测中溶剂对硝基呋喃类代谢物响应的影响

通过对比不同溶剂对液相色谱串联电喷雾质谱检测硝基呋喃类代谢物灵敏度的影响,以筛选最佳的流动相和上机溶液。Q1扫描时,AHD在负离子模式下有最高的响应强度。正离子模式检测时,甲醇中添加0.1%的氨水,4种化合物均能获得令人满意的灵敏度。用液相色谱串联正电离电喷雾质谱检测时,以甲醇和0.1%的氨水作为流动相,上机溶液中也添加0.1%的氨水,灵敏度高,杂质干扰少,准确度好,能够较好地满足鱼、虾、蟹等复杂样品基质中痕量硝基呋喃类代谢物残留检测的需要。     

丁香假单胞菌基因组内简单重复序列的比较分析

【目的】分析丁香假单胞菌3个致病变种基因组内简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),为病菌SSR标记开发和遗传多样性研究提供有用信息。【方法】基于公共的基因组数据库资源,对3个菌株的完全重复SSR和不完全重复SSR的丰度和组成类型等进行分析。【结果】3个菌株完全重复SSR的分布规律较为相似,其中单碱基的短重复SSR均占绝对优势,多碱基和长重复SSR则较少;菌株B728a、1448A和DC3000的不完全重复SSR总数也较相近,分别为562、529和567,其中数量最多的均为六碱基重复。但3个菌株以四、五和六碱基为基序的SSR在基序组成和数量上则表现出较高的变异性,完全重复SSR中,除AGCC、ACCTGC等基序在两个菌株中同时出现,绝大多数基序仅在单个菌株基因组内出现;不完全重复SSR中,部分基序如CCCTG、ACGCA等的出现频率在不同菌株间存在明显差异。【结论】3个菌株的不完全重复SSR在数量和结构类型上均具有较大的相似性,而菌株间的完全重复SSR在数量和组成上则存在一定差异。     

牦牛基因组串联重复序列（AC）n/（GT）n的分离

采用Dynal磁珠-生物素标记的（AC）12探针和牦牛基因组MboⅠ酶切片段杂交,富集牦牛基因组（AC）n/（GT）n串联重复序列并构建基因文库,阳性克隆率达到61.1%。通过对176个阳性克隆的测序获得含有（AC）n/（GT）n重复的序列92条,其中连续型重复序列40条（占43.48%）,间断型41条（占44.57%）,复合型11条（占11.96%）。从92条序列中又筛选出重复次数大于10次的（AC）n/（GT）n序列59条。相对连续型重复序列,牦牛基因组中间断型重复序列所占比率并没有显著上升,可以推测牦牛自身基因组DNA损伤修复能力的适应性进化水平较高,足以承受高海拔地区强紫外线导致的基因组核苷酸替换突变等自然选择压力。本研究从牦牛基因组分离的全新（AC）n/（GT）n重复序列将在牦牛品种/类群内遗传结构分析、品种/类群之间遗传关系研究以及牦牛个体/群体生产或适应性性状的分子标记研究等方面具有重要应用价值。     

Technical overview of nuclear microsatellites for Fagus sp., and their utility in F. sylvatica from the central Balkans (Serbia)

ABSTRACT

Selectively neutral nuclear microsatellites (SSRs) are available for Fagus sp., and have been used in F. sylvatica, an ecologically and economically most important European Fagus species. We provide a comprehensive technical overview of available Fagus sp. SSRs (185 loci), carry out meta-analysis of loci used in F. sylvatica (62 loci employed in 62 surveys), and validate a set of 16 loci in 45 individuals of this species from the central Balkans (Serbia). Erroneous usage of marker’s names/authors is rather frequent, and loci successfully used in a number of studies are characterized by other authors by high prevalence of null alleles and even multilocus amplification products. Frequent occurrence of null alleles at FS4-46, used in 26 surveys to date, most likely indicates a failure to record multiple alleles at this locus. Twelve loci are reliable/informative in F. sylvatica from the Balkans (5–18 alleles/locus, H_E ranging from 0.523 to 0.850), while four loci are characterized by high prevalence of null alleles (sfc0161 and sfc1063) and multilocus amplification products (FS4-46 and Fagsyl_007038). Our findings are important for future population genetics and studies on adaptation of F. sylvatica to its environment, because the latter rely on both selectively neutral and adaptive markers under selection.     

不同抗性香蕉品种遗传多样性的ISSR分析

利用香蕉枯萎病的病原菌尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种,对巴西蕉、粤科1号、粤科3号、抗枯1号、粉杂1号、农科1号等香蕉品种进行离体叶片的病原菌接种试验,结果显示,不同香蕉品种对枯萎病的抗性存在明显差异,其中巴西蕉最感病,其他品种都具有不用程度的抗性。对不同香蕉品种(包括抗枯5号)进行ISSR分子标记试验,从100条ISSR引物中筛选出19条扩增效果好、多态性高、重复性好的ISSR引物用于遗传多样性分析,共检测到121个条带,其中98个为多态性条带,多态性比率达81.0%;记录ISSR标记的多态性数据,用NTSYS2.10e软件计算得到Dice相似性系数为0.57～0.94,表明香蕉品种间遗传背景丰富,UPGMA法聚类将7个香蕉品种分为两大类群。综合分析表明,不同香蕉品种对枯萎病的抗性强弱与其遗传相似性之间没有明确的相关性。     

Genetic structure of the invasive Chromolaena odorata in China

Chromolaena odorata is one of the world's worst tropical weeds, and it can be found in Guangdong, Guangxi, Hainan and Yunnan provinces in China. Genetic variation of 27 C. odorata populations sampled from across its invasive range in China was investigated using inter‐simple sequence repeats (ISSR) analysis. All populations exhibited low levels of genetic variation. On average, 2.35% of the ISSR loci were polymorphic, total genetic diversity (H_T) was 0.0406 and Shannon's information index (H_sp) was 0.0623. High genetic identities (I) between populations (0.9687 ± 0.01204) indicated low genetic differentiation. A frequent founder effect was interpreted as the main cause of the genetic structure observed in C. odorata.     

楸树EST-SSR标记开发及种质资源的遗传多样性分析

利用转录组数据开发SSR标记是一种经济高效的DNA分子标记开发策略。本研究利用高通量测序技术开发楸树(Catalpa bungei)EST-SSR标记,了解其在转录组序列中的分布类型,并利用41对多态性较好的引物对来自安徽(AH)、河南(HN)、湖北(HB)和山东(SD)的4个楸树居群的48个无性系的遗传多样性进行分析。结果表明:在大于1kb的14634条序列中,共鉴定出3999个SSR位点,580条序列包含2个及以上位点;单核苷酸重复(1957,48.94%)是最常见的SSR类型,其次是二核苷酸重复(1164,29.11%),三核苷酸重复(834,20.86%),四核苷酸重复(41,1.03%)和五核苷酸重复(3,0.08%);共扩增出243个等位基因,每个位点的等位基因数为3~13个,平均为4.85个,观测杂合度为0.14?1.00,平均为0.63,期望杂合度为0.42?0.84,平均为0.67,大部分位点偏离哈迪-温伯格平衡;AH和HN居群在有效等位基因数和期望杂合度的数值较高,表明其遗传多样性较丰富;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在居群内。本研究为楸树及同属其他树种种质资源鉴定、遗传多样性提供依据,且在指导楸树良种选育等方面具有重要的意义。