绵羊DECR1基因exon 5部分序列多态性分

试验根据GenBank登录的牛2,4-双烯-CoA还原酶1（2,4-dienoyl-CoA reductase1,DECR1）基因序列（NP_001068891）设计引物,应用PCR技术对德国美利奴绵羊、杜泊绵羊、特克塞尔绵羊DECR1基因的exon 5部分序列进行克隆测序;利用PCR-SSCP技术检测了3个绵羊群体exon 5单链构象多态性（SNP）,所获序列与GenBank中其他物种exon 5序列进行了同源性比较,并构建了亲缘关系聚类分析图。结果表明,绵羊DECR1基因exon 5长为137 bp,3个绵羊群体中exon 5均不存在SNPs,各种动物之间DECR1基因exon 5的同源性较高,在81.02%（鸡）～97.08%（牛）之间,其中绵羊和牛同源性最高,达到97.08%;与鸡的同源性最低,为81.02%;聚类分析结果显示,绵羊首先与牛聚为一类,再分别与兔子、狗聚为一类,最后分别与人、猪聚为一类,绵羊与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远,与传统分类相一致,说明DECR1基因exon 5在动物进化过程中高度保守。     

5株猪圆环病毒2型全基因克隆和序列分析

为了解广东地区猪圆环病毒2型(PCV2)流行势态及毒株的基因变异情况,从广东珠三角地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)患病死亡猪中采集淋巴结,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到5株猪圆环病毒2型毒株,分别标记为GD-jm、GD-sz、GD-pz、GD-gj和GD-ss。再从细胞培养物中提取病毒基因组DNA,对5株PCV2分离株全基因组进行PCR扩增并克隆到pMD18-T Simple Vector进行测序,测序结果提交GenBank,登录号分别为JX912914、JX912915、JX945575、JX945576和JX945577。借助相关生物学软件作同源性分析,这5株PCV2基因组长度均为1767 bp,其中3株为PCV2b亚型,2株为PCV2d亚型。     

猪链球菌2型四川分离株毒力基因的检测及其序列分析

根据猪链球菌2型的MRP、EPF和SLY基因设计合成了四对引物,对我们分离鉴定的2005四川分离株进行毒力因子检测,并对阳性产物测序比较。结果以分离株为模板,获得了与预期结果一致的867bp(MRP)、572bp(EF)的2个片段,以及SLY的长度为1502bp目的片段(外引物)和1443bp的目的片段(内引物)。说明分离株SSsc0501为MRP+EF+SLY+,属于具有3种主要毒力因子的强毒株。经对PCR阳性产物测序及序列分析,结果其与P1/7株的核苷酸序列完全一致,与1933株的同源性达99.7%,仅在128位、217位、744位、1380位、1386位的5个核苷酸发生突变。在氨基酸水平上SSsc0501株与1933株的同源性达99.6%,有2个氨基酸发生替代。     

猫importin基因生物信息分析及其在犬细小病毒感染F81细胞表达的动态变化

试验旨在系统研究猫源不同亚型importin（importin α1、importin α3、importin α4、importin α5、importin α6、importin α7、importin α8和importin β）基因序列和蛋白基本特性,探讨其在犬细小病毒（canine parvovirus,CPV）感染F81细胞表达的动态变化。本研究利用RT-PCR方法扩增F81细胞中improtin基因全长序列,应用生物学软件预测其氨基酸序列及编码蛋白的结构及功能;进一步利用实时荧光定量RT-PCR技术检测importin基因在CPV感染F81细胞后24、48和72 h表达水平。结果显示,不同亚型importin α基因全长约在1 500 bp,而importin β基因全长为2 600 bp;预测importin亚型蛋白序列发现,其等电点均在4.60左右,且发现importin α1、importin α5、importin α6、importin α7和importin β为不稳定蛋白;分析发现这些importin蛋白均无信号肽、无跨膜区、无细胞定位;采用Predictprotein软件预测蛋白二级结构,结果显示importin亚型蛋白序列主要以α-螺旋和无规则卷曲形式存在。实时荧光定量RT-PCR结果显示,CPV感染F81细胞后随着感染时间的延长importin α1（P<0.01）和importin β表达量逐渐降低,而importin α3、importin α4、importin α5、importin α6（P<0.01）、importin α7（P<0.01）和importin α8（P<0.01）表达量逐渐提高,其中importin α8在病毒感染细胞后表达量最高。本研究结果为进一步分析CPV进入细胞核的转运机制及开发治疗药物相关研究奠定基础。     

基于SSR标记分析四川省桑树种质资源的群体结构和遗传多样性

利用14对SSR引物对四川省89份桑树种质资源的基因组DNA进行PCR,分析种质资源间的群体结构和遗传多样性。共扩增出迁移率不同的条带65条,多态性条带65条,多态性条带比率达100%;Structure群体结构分析将89份桑树种质资源划分为4个群体,4个群体的多态性信息含量在0.552 0~0.599 8之间,总体为0.657 7;基因多样度在0.554 8~0.600 3之间,总体为0.579 0;等位基因数目在66~76个之间,总体为134个;等位基因丰富度在3.327 2~3.549 1之间,总体为3.983 1;遗传多样性主要来源于品种内,属中等偏高水平;14对SSR引物位点的总基因多样度Ht在0.291~0.931之间,整体为0.699;Nei’s种群内基因多样度Hs为0.287~0.910,整体为0.662;种群间基因多样度为0.003~0.098,整体为0.037;种群间基因分化系数为0.008~0.047,整体为0.053;基因流为2.901~62.000,整体为8.934,遗传变异主要发生在群体内,群体间分化程度低,基因流大。UPGMA聚类分析与群体结构分析结果大致相同,2种分析结果都显示分群无地理迁移规律。     

绦虫催乳素基因cDNA克隆及序列分析

根据文献报道的脊椎动物催乳素基因 c DNA序列的保守区 ,设计 1对引物。提取绦虫总 RNA,采用 RT- PCR扩增绦虫催乳素基因 ,琼脂糖凝胶电泳分析 PCR产物 ,将回收产物连接到 p MD- 18T克隆载体 ,对待选克隆进行 PCR和酶切鉴定。阳性克隆进行序列测定 ,获得全长 893bp的 c DNA序列 ,共编码 2 2 2个氨基酸 ,其中前 2 2个氨基酸为信号肽 ,成熟蛋白共编码 2 0 0个氨基酸。将测序结果与 Gen Bank中已知序列比较 ,推导氨基酸序列并进行活性位点分析 ,所得序列与脊椎动物催乳素同源性最高 ,含有催乳素的 2个活性区域 ,证明所得到的序列就是催乳素序列。     

牛遗传图谱的研究进展

20世纪90年代以来,牛遗传图谱发展非常迅速。到目前为止,已经公布了几个版本的遗传图谱。在图谱上DNA标记不断增加,标记间隔越来越小,但是目前图谱还是存在着标记密度不均匀等问题。随着牛基因组计划的完成,基因组学和QTL定位的发展,尤其是表达序列标签（EST）在图谱构建中的应用,牛的遗传图谱将更加完善,为重要经济性状的基因定位和基因克隆奠定了基础。     

安氏隐孢子虫ITS-1序列的PCR扩增、克隆及分析

通过对国内三株安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)即GD株、HN株和AH株的rDNA的内转录间隔区Ⅰ(ITS_1)序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在确定ITS_1是否可作为C.andersoni分子分类的遗传标记。结果表明:GD株、HN株和AH株的ITS_1序列基本一致,仅AH株有三个碱基的差异;但与GenBank注册的C.muris和C.parvum存在种间差异,而且差异显著。说明ITS_1可作为C.andersoni种的遗传标记,从而为隐孢子虫属的种间鉴定以及进一步的分子流行病学调查和分子诊断学研究奠定了基础。     

鲁西黄牛MSTN基因上游序列多态性对转录表达的影响

肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因是转化生长因子-β（transforming growth factor-β,TGF-β）超家族的新成员。为了研究鲁西黄牛MSTN基因上游序列多态性与转录表达的关系,本试验提取鲁西黄牛腿肌组织细胞的基因组,扩增出MSTN基因上游序列,构建进化树并通过基因测序确定其上游序列中存在单核苷酸多态位点,多态位点位于起始密码子上游805 bp处。构建表达载体,在体外对C2C12细胞进行转染,从而验证MSTN基因上游序列多态位点对转录的影响。结果显示,MSTN基因上游序列中单个核苷酸的改变会影响其下游基因的表达水平。推测在体内MSTN基因上游序列中单核苷酸多态性能够影响基因的转录活性,在调节基因转录的过程中起着重要作用。