鳙小卫星DNA的克隆

鳙基因组ＤＮＡ 经内切酶Ｓａｕ３ＡⅠ完全酶切后,与Ｂａｍ ＨⅠ－ ｐＵＣ１８ 质粒连接,转化ＤＨ５α后,获得９３３ 个重组体。用人源小卫星探针３３ ．１５ 对重组体进行原位杂交筛选,获得１４ 个阳性克隆,取其中的１ 个阳性克隆（ 即小卫星ｐＢＣ１７４） 作探针,与５ 尾鳙和４ 尾鲢基因组ＤＮＡ 杂交,能产生具有高度变异性的、个体特异性的ＤＮＡ 指纹图,表明克隆的鳙小卫星ｐＢＣ１７４ 可用于鱼类ＤＮＡ 指纹分析。     

龙池鲫DNA含量、倍性分析及其形态学特征研究

以鸡(Gallus sp.)红细胞DNA含量(2.5 pg/N)为标准对照,利用流式细胞术测定了龙池鲫(Carassius auratus in Long Lake)的红细胞核DNA含量,采用T型标技术标记了2倍体与3倍体龙池鲫并研究了2倍体与3倍体龙池鲫的形态特征,为阐明龙池鲫的遗传背景及资源增殖保护提供科学依据。结果显示,实验检测的265尾龙池鲫中,42尾龙池鲫样品红细胞核的相对DNA含量接近76,占15.85%,223尾样品接近110,占群体数的84.15%;二倍体龙池鲫的DNA含量为3.83 pg/N,三倍体龙池鲫的DNA含量为5.38 pg/N。龙池鲫是由二倍体和三倍体两种类型的鱼组成的混合群体;侧线鳞数量可作为二倍体龙池鲫与三倍体龙池鲫的辨别参考指标。T型标暂养1周后龙池鲫的成活率达到100%,脱牌率为1.13%。     

鲍活体倍性检测技术的研究

在生物有机体中,一个细胞核中所含的DNA总量对于某种类有机体是一定的。利用流式细胞仪(FCM)测量细胞中的DNA含量,可以用来鉴别有机体的倍性。本研究分别取杂交鲍[即皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)×盘鲍(Haliotis.discus discus)]的一小块触手、足肌,设计不同的振荡时间、不同的DAPI染色时间、不同的取样部位,制备成不同的细胞悬液检查样品;用PA-Ⅱ型倍体分析仪测定其倍性,以探讨其对倍性检测效果的影响。试验结果表明:振荡的最适时间为1.5～2.0 min,染色的最适时间为4.0～5.0 min;取材部位的不同对检测结果无显著影响。     

长江上游中华金沙鳅和短身金沙鳅线粒体遗传多样性研究

为了解中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及短身金沙鳅(J.abbreviate)遗传多样性,本研究采用线粒体DNA控制区序列,对长江上游巴南、江津、合江、宜宾、犍为、巧家、宁南和攀枝花等8个群体的中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及巴南、合江和犍为3个群体的短身金沙鳅(J.abbreviate)的遗传多样性进行研究。结果显示:中华金沙鳅和短身金沙鳅的遗传结构存在差异,中华金沙鳅的遗传多样性较高,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.999和0.0182;而短身金沙鳅的遗传多样性水平较低(Hd:0.411,Pi:0.0005)。分子变异方差分析(AMOVA)显示两种鱼均无显著地理遗传分化,但单倍型系统发育树和网络结构图揭示了中华金沙鳅存在群体内遗传分化,形成三个谱系,表明缺乏长期亚群体隔离和高水平基因流。中性检验和Bayesian skyline plot(BSP)结果表明,中华金沙鳅在历史上曾发生过群体扩张事件,扩张时间约在10万~17万年前。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

斜带髭鲷线粒体DNA控制区序列的结构分析

采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷（Hapalogenys nitens）养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788～790bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTALX进行排序后,对控制区结构进行分析。识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3）,并给出了其一般形式;此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树。结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著。     

野生和“黄海1号”中国明对虾不同组织基因组DNA的MSAP分析

为了从表观遗传学角度讨论中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体和人工选育新品种“黄海1号”不同组织间甲基化水平和多态性差异,应用甲基化敏感扩增多态性(mehylation sensitive amplified polymorphism, MSAP)分别对野生群体组中国明对虾和“黄海1号”肌肉、鳃、血液3种组织样品基因组DNA的CCGG甲基化水平进行对比分析,试图从表观遗传学角度探讨影响中国明对虾生长性状的分子机制.采用30对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polyacrylamide Gel Electrophoresis, PAGE)带型结果显示,野生群体组中国明对虾肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为23.1%,22.3%和19.7%;而“黄海1号”肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为21.4%、19.6%和18.9%.野生群体组中国明对虾和“黄海1号”同一组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平不同,肌肉、鳃和血液不同组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平亦不同.DNA 甲基化多态性带型分析显示,鳃组织的甲基化水平和多态性水平在野生群体组中国明对虾和“黄海1号”间变化趋势最大,肌肉最稳定.本研究旨为甲基化修饰与中国明对虾生长性状间的相关性研究提供依据.     

Evolutionary implications of two rainbow trout growth hormone genes

The primary structures of two rainbow trout growth hormone mRNAs (GH1 and GH2) have been deduced by direct sequencing of their respective cDNA clones and portions of the mRNA. Both GH1 and GH2 mRNA contain open reading frames comprised of 630 nucleotides and encode 210 amino acid residues of which 11 are variant. The translated regions of both mRNA are flanked by a short but rather conserved 5′-end, and a relatively long but highly diverged 3′-end. The differences at translated and 3′-untranslated regions suggest that the GH1 and GH2 mRNA originate from different loci. The GH1 and GH2 mRNA are likely transcribed from two distinct loci which were duplicated during tetraploidization of salmonid genome between 50 to 100 million years ago. The GH2 gene has been isolated and sequenced from a rainbow trout genomic library. This gene spans a region of approximately 4 kilobases. The trout GH gene is comprised of 6 exons and 5 introns, in contrast to 5 exons and 4 introns in mammals. The additional intron in the trout gene interrupts the translated regions that are analogous to the last exon of the mammalian counterpart. The alleged internally repeating sequences in mammalian GH, prolactin (Pr1) and placental lactogen (PL) are not observed in the predicted polypeptide sequence of trout GH. In addition, direct repeats that flank exons I, III and V of mammalian GH, Pr1 and PL genes are absent in trout gene. These findings indicate that the rainbow trout GH gene structure does not support the current hypothesis that internally repeated regions in GH, Pr1 and PL arose from a small primordial gene.     

锦鲤尾鳍细胞系(KF-H)的建立

本研究建立了锦鲤(Cyprinus carpio)尾鳍细胞系。染色体数目、核型及DNA含量等实验,发现锦鲤体细胞和锦鲤培养细胞无显著性差异,染色体数目和DNA含量符合比例关系,建立的锦鲤尾鳍细胞系已形成了稳定的遗传性状,命名为KF-H。     

池塘养殖尾水经稻田生态工程净化后的浮游细菌群落特征

为利用稻田生态工程对精养池塘尾水进行循环利用,采用Illumina Mi Seq第二代测序技术比较分析了稻田生态工程进出水中浮游细菌群落结构和多样性差异,以探讨稻田生态工程净化回用水中浮游细菌群落变化对池塘养殖的影响。结果显示,稻田生态工程进出水中优势浮游细菌在门水平上的组成相同,均为蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。但优势门类的相对丰度发生变化,蓝细菌门的相对丰度由进水中的46.72%显著降低至表面流出水中的41.82%和渗流出水中的34.77%;而放线菌门的相对丰度由3.90%增加至表面流出水中的5.65%和渗流出水中的6.45%。属水平上优势浮游细菌组成也相同,但微囊藻属(Microcystis)的相对丰度由0.83%显著降低至渗流出水中的0.46%(P0.05)。另外,稻田生态工程表面流出水中浮游细菌物种丰富度指数(Chao 1)显著提高,渗流出水中Shannon多样性指数显著提高,且Simpson指数显著降低(P0.05)。