Characterisation of a ω-gliadin gene in Triticum tauschii

A ω-gliadin gene at the Gli-D^t1 locus of Triticum tauschii accession AUS18913 was isolated using PCR primers, designed from published sequences of ω-gliadin genes of bread wheat cv Cheyenne, and deduced sequences of the N-terminal amino acids of ω-gliadin proteins. Further, the derived protein was isolated from A-PAGE and was sequenced. The protein sequence contained a signal peptide of 19 amino acids followed by a short N-terminal sequence of 11 amino acids, a central repetitive domain that covers approximately 90% of the sequence and a short C-terminal domain of 12 amino acids. The sequence comparison with other ω-gliadins showed a high level of similarities between them. Further analysis of the ω-gliadins using A-PAGE revealed that there are three ω-gliadin proteins in AUS18913 accession. Comparison of N-terminal sequences of these proteins revealed that two of these proteins have very high homologies with ω-gliadins of Cheyenne while the third one was significantly different.     

凡纳滨对虾微卫星DNA的筛选及其特性的研究

采用小片段克隆法构建凡纳滨对虾的部分基因文库,用放射性同位素[y-^12P]ATP标记的（CA）15（AT）12（AG）12、（AAT）8、（AAG）8做探针筛选阳性克隆。共获得微卫星序列152个,其中二核苷酸为核心的微卫星序列：（AG）a〉（AC）a〉（AT）a,三核苷酸为核心的微卫星序列：（AAT）a〉（CAT）a〉（AAG）a应用引物设计软件primer3．0设计引物105对。选择合成10对理论上易出现影子带的引物,筛选后用31个凡纳滨对虾个体对这些引物进行了评估,结果10对引物中有8对引物能扩增出谱带,其中1对扩增产物出现影子带,1对扩增产物为单态．有6对扩增产物出现多态。     

几种树皮腐烂病菌的分子鉴定

一些引起树皮腐烂病的病原菌往往不产孢,利用传统形态学方法很难对病原菌进行准确鉴定,因此,本研究拟通过ITS序列分析对引起几种腐烂病菌进行分子鉴定。本试验对采自河北省5个不同县市的苹果树、杨树、柳树、槐树和杏树等5种树木上的腐烂病菌进行了分离和致病性测定。通过测定的ITS序列与GenBank中的同源序列的分析对其进行分子鉴定,从5种寄主植物上共鉴定出Valsa mali var. mali、Valsa sordida、Botry-osphaeri dothidea和Botryosphaeria rhodina等4种树皮腐烂病菌,结果表明,通过ITS序列分析,可对树皮腐烂病菌进行准确鉴定,并对系统发育树上代表不同病原菌种类的每个分支上序列的名称、寄主范围以及地理来源进行了详细地讨论。     

江苏省小麦禾谷孢囊线虫群体核糖体DNA-ITS区序列分析

对采集自江苏省徐州、宿迁、连云港和盐城4个地区的15个小麦禾谷孢囊线虫群体进行核糖体DNA-ITS区的RFLP分析。结果表明:测定的所有群体均具有相同的酶切图谱,既具有与国外B型群体(印度群体)相同的AluⅠ和RsaⅠ酶切图谱,同时也具有中国群体独特的HinfⅠ和Tru9Ⅰ酶切图谱(C型)。采用Neighbor-Joining法(MEGA4.0)构建的ITS序列系统进化树显示:所有15个江苏群体均聚在小麦禾谷孢囊线虫组(Heterodera avenae group)下的小麦禾谷孢囊线虫复合种群(H.avenae complex)分支内,且多数江苏群体与草地孢囊线虫(H.pratensis)德国和俄罗斯群体的遗传距离相对较近。通过江苏群体与其他近源群体的ITS序列分析比较,河南郑州群体与澳州孢囊线虫(H.australis)的遗传距离较近,青海群体和河南郑州群体在分子遗传水平上具有明显的地域性,而江苏省和我国其他省份的小麦孢囊线虫群体具有丰富的遗传多样性。     

柴西南跃进地区下干柴沟组高分辨率层序地层学研究

结合研究区的露头剖面、钻井岩心、测井资料等,对跃进地区下干柴沟组进行了高分辨率层序地层学研究．识别出由V级层序界面控制的短期基准面旋回层序,按结构类型的不同划分为向上“变深”的非对称型、向上“变浅”的非对称型和对称型。阐述了研究区各类短期基准面旋回层序的砂体发育情况。对下干柴沟组中期、长期旋回层序进行了划分,识别出7个中期基准面旋回,3个长期基准面旋回,并预测了岩性油气藏发育的有利相带。     

栉孔扇贝BES-SSR的开发及遗传多样性分析

通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。     

Genome-wide development of interspecific microsatellite markers for Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum

Sugarcane has a large, complex, polyploid genome that has hindered the progress of genomic research and molecular marker-assisted selection. The user-friendly SSR markers have attracted considerable attention owing to their ideal genetic attributes. However, these markers were not characterized and developed at the genome-wide scale due to the previously lacking high-quality chromosome-level assembled sugarcane genomes. In this present study, 744 305and 361 638 candidate SSRs were identified fro...     

药用真菌桑黄的系统发育分析

采用PCR直接测序法,对供试菌株朝鲜桑黄(Phellinus linteus)、韩国桑黄(Phellinus linteus)、中国桑黄(Phellinus baumii)、中国桑黄火木针层孔菌(Phellinus igniarius)和斜生褐孔菌(Phaeoponus obliquus)的rDNA ITS区域进行了PCR扩增、测序及BLAST分析比对后,认为中国的药用真菌鲍氏针层孔菌(桑黄)与朝鲜桑黄、韩国桑黄是同一物种,即鲍氏针层孔菌(桑黄)(Phellinus baumii),而火木针层孔菌(Phellinus igniarius)是另一种桑黄。     

基于转录组分析的九种苍耳分子标记筛选和鉴定

为实现我国非重要的检疫性杂草——苍耳属Xanthium杂草快速高效的分子鉴定,利用Illumina二代测序平台对白苍耳X.albinum、意大利苍耳X.italicum、直刺苍耳X.ripicola、刺苍耳X.spinosum、柱果苍耳X.cylindricum、宾州苍耳X.pennsylvanicum、蝟实苍耳X.echinatum、苍耳X.sibiricum和北美苍耳X.strumarium共9种苍耳属杂草进行转录组测序,获得的unigene序列数分别为103 362、93 506、87 452、83 822、70 994、66 397、57 598、57 164和57 134个。利用生物信息分析方法对9种苍耳属杂草转录组进行简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）和物种间的特异性序列预测和筛选。经过PCR试验验证,筛选获得了可以有效鉴定上述9种杂草的6对SSR引物和13对特异性引物,提高了苍耳属杂草鉴定的准确率。     

一种新油茶炭疽病原多基因序列鉴定

从湖南、广西油茶叶上分离获得5株能侵染油茶树的病原菌。通过柯赫氏法则证明该病原菌为油茶炭疽病的致病菌。病菌菌落圆形,初期为白色,逐渐变为浅灰色;气生菌丝由白色和灰白色渐变为深灰色绒状;菌落背面中心颜色深,外部颜色浅;菌丝划伤后在PDA培养基上能产生橘黄色的分生孢子堆,分生孢子为单胞、直、圆柱状、无色、光滑、两头钝圆或一端稍尖,分生孢子大小(11~15)μm×(4~5)μm;菌丝体附着胞不规则状,浅褐色,(8~12)μm×(5.5~7)μm。采用形态学结合多基因(核糖体内转录间隔区(ITS)、钙调蛋白-CAL、3-磷酸甘油醛脱氢酶-GAPDH)系统学的方法对它们进行鉴定,结果发现,5个菌株均为暹罗刺盘孢(Colletotrichum siamense)。这是国内油茶上C.siamense的首次报道。