The profitability of the timber transport business before and after deregulation

The purpose of the study was to determine how timber transport businesses have succeeded after deregulation. A second goal was to determine whether it is possible to collect year‐end reports from businesses by using a mail inquiry and so measure reliably the so‐called strategic variables that are central to success. The possibility of using mailed questionnaires would eliminate costly personal interviews. Many changes have taken place in the trucking contracting business since deregulation in 1991. Partly in consequence of this, approximately one out of every five businesses have ceased to operate. The most common reason for termination was declining economic viability. The economic health of the businesses still in operation has deteriorated; but not conclusively. The rate of return from the mail inquiry was low, both as far as year‐end results and the questionnaire were concerned. Measurement of the most important strategic variables also proved difficult on the basis of the mail inquiry.     

芸薹属大白菜Aux/IAA基因家族的生物信息学分析

Aux/IAA基因家族在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的3类基因家族之一。现主要从基因组水平研究白菜Aux/IAA基因的分布及特征。结果表明:从BRAD共检测到59条白菜Aux/IAA基因,不均等分布在白菜的全部10条染色体上。通过多重比对和基序探测结果显示,40条白菜Aux/IAA基因具有4个保守基序,其它基因的保守基序则有不同程度的分化。系统进化分析表明,Aux/IAA基因家族可分为7个亚家族。通过表达模式预测发现,白菜Aux/IAA基因家族表达模式也有较大差异。     

植物磷转运子 PHT1 家族研究进展

【目的】磷是植物生长发育所必需的大量营养元素。植物 PHT1 磷转运蛋白家族在植物磷吸收、运转及再利用等过程中发挥了重要作用。迄今已在多种高等植物中相继分离出大量 PHT1 家族基因。本文综述了国内外关于植物 PHT1 家族的主要研究进展,详细阐述了植物 PHT1 家族的表达模式、功能及可能的调控途径。 主要进展植物 PHT1 家族属于 MFS (major facilitator superfamily) 超家族,不同物种 PHT1 家族蛋白的结构非常保守,通常具有 12 个亲脂跨膜结构域,形成“6 螺旋–亲水大环–6 螺旋”式的结构镶嵌于质膜当中。同时,该家族具有 H₂PO₄–/nH+ 共运子、糖转运子和 MFS 通用转运子等特征结构域和一段保守的氨基酸特征序列 GGDYPLSATIMSE。一般情况,植物 PHT1 家族基因吸收转运 1 个无机磷需要 2～4 个质子协同进入质膜,并伴随膜电位的变化。植物 PHT1 家族的磷转运特性差异较大,其动力学参数 Km 值差别较大。高等植物 PHT1 家族成员众多。在拟南芥、水稻、大豆、茄科植物及其他物种中的研究发现,PHT1 家族各成员间的时空表达模式存在差异,多数成员受低磷信号调控且主要在根部表达,少部分成员在除根以外的其他器官中表达,并行使相应的磷转运功能。已有研究表明,植物 PHT1 家族基因的转录水平受到多因素的调控,例如外界环境中的无机磷浓度,转录因子如 MYB 家族、WRKY 家族以及 ZAT6 等基因能与 PHT1 家族基因启动子区的特殊调控元件如 MYCS 元件、P1BS 元件及 W-box 元件等结合,调控基因的转录。此外,部分 PHT1 家族基因的转录水平受丛枝菌根真菌 (arbuscular mycorrhizal fungi,AMF) 的调控。除了转录水平的调控,关于植物 PHT1 家族转录后水平的调控途径同样取得了较大进展。PHF1 基因、含 SPX 结构域的蛋白家族、MicroRNA、蛋白磷酸化与去磷酸化、染色质修饰及其他等一系列调控途径均参与到 PHT1 家族基因的转录后调控及信号转导。植物激素如生长素、乙烯和细胞分裂素等也参与这一调控过程。 建议与展望植物对磷吸收利用的分子调控机理及信号转导途径十分复杂,因此,培育磷高效利用基因型作物任重而道远。关于植物 PHT1 家族基因的研究已从模式植物向作物及其他高等植物中扩展,然而对该家族蛋白的生化及结构生物学等研究还待进一步深入。同时,对于一些基因组较复杂的多倍体物种如甘蓝型油菜、小麦、大麦及棉花等,仍有待开展进一步研究。     

Genome-Wide Survey and Expression Analysis of P1B-ATPases in Rice,Maize and Sorghum

P_1B-type ATPase ion pumps that transport heavy metal ions across cellular membranes are essential for plant growth and development. To date, a genomic comparison overview of the family in rice, maize and sorghum is not yet available. In this study, a total of 31 heavy metal P_1B-type ATPase (HMA) genes were identified, including 9 in rice, 11 each from maize and sorghum. They were classified into two distinct subfamilies based on their sequence composition and phylogenetic relationship. Four pairs of HMA genes were expanded via gene duplication with tandemly duplicated. Comprehensive analyses were performed to investigate the expression profiles of HMA genes in various tissues by using quantitative real-time PCR. Some HMA members exhibited abundant and tissue-specific expression patterns. Moreover, most of the genes were found to be differentially expressed under the Cu/Cd treatment. This study will facilitate further studies on P_1B-type ATPase family and provide valuable hints for the functional validation in rice, maize and sorghum.     

基因组水平的寄生蜂基因家族扩张和收缩分析

寄生蜂在生物防治中得到广泛的利用。随着测序技术的进步,很多寄生蜂的基因组被测序。深入研究寄生蜂的基因家族进化,对揭示寄生蜂克服寄主免疫反应,从寄主血淋巴中获得营养的分子机制等具有重要作用。对9个寄生蜂基因组数据开展了全基因组水平的基因家族分析,包括4个茧蜂科物种、4个小蜂总科物种和1个尾蜂。分析结果表明,同一个科的寄生蜂,在基因家族的扩张和收缩方面既存在共性也存在较大的差异。对同时在3个以上（含3个）物种中扩张或收缩的基因家族进行了进一步的分析,表明细胞运动、营养物质合成相关的基因家族在寄生蜂中发生了收缩和丢失,而代谢和遗传物质合成等相关的基因家族发生了明显的扩增。     

档案所见清代中叶陕西的农村家庭——基于嘉庆朝刑科题本的考察

《清嘉庆朝刑科题本社会史料辑刊》所辑录的陕西刑科档案,记载有双方当事人所供述的家庭人口、亲属关系等基本信息,通过对这些陕西题本材料的深入解读,本文发现,清代中叶陕西乡村家庭基本维持着五口之家的家庭结构,家族亲属间分居情况普遍,通常一个普通家庭的人口保持在5～7人,即由父母、夫妻以及1～2个孩子组成,家庭人口结构趋于核心家庭模式;男性大龄未婚、女性改嫁现象时有发生;夫妻婚后存在晚育甚至无子情况,导致过继及抱养子现象突出;女性高寿情况多于男性;父母的赡养在诸子间轮流进行或以寄银养母。清代中叶陕西乡村已经形成小家庭模式,民众生计以务农为主、佣工为辅,这种复合型生计方式更加有利于维持农业家庭的稳定。     

Optimum allocation of test resources and relative efficiency of alternative procedures of within‐family selection in hybrid breeding

Selection within families can be conducted as family deviation (FDS) or strict within‐family selection (WFS). Our objectives were to (i) investigate two breeding schemes combining selection among families with FDS or WFS and (ii) compare the optimum allocation of test resources for these breeding schemes. We focused on selection among S₁ families and doubled haploid (DH) lines within S₁ families and used Monte Carlo simulations to determine the selection gain (Δ?), its standard deviation (SD_Δ?), and the average coefficient of coancestry among the selected DH lines (). For breeding schemes focusing only on within‐family selection, as employed in animal breeding, the maximum Δ?, its SD_Δ?, and were larger for FDS than for WFS. However, for breeding schemes combining among‐ and within‐family selection, as employed commonly in plant breeding programmes, the maximum Δ?, SD_Δ?, and were almost equal for FDS and WFS. Furthermore, the optimum allocation of test resources was similar for FDS and WFS. We conclude that FDS and WFS are equally suited for short‐ and long‐term success in breeding schemes where among‐family selection is followed by within‐family selection.     

粗山羊草全基因组Aux/IAA基因家族的分离、染色体定位及序列分析

生长素是植物生长发育过程中的关键激素之一,Aux/IAA家族基因是重要的生长素原初响应基因。通过生物信息学方法从粗山羊草(Aegilops tauschii)全基因组中分离出28个Aux/IAA基因,其中20个粗山羊草Aux/IAA蛋白具有4个保守结构域;28个Aux/IAA基因分布于全部7对染色体上,5个基因分别具有位于同一位点的已知标记。粗山羊草IAA3、IAA11和IAA26的表达具有组织特异性,分别在雌蕊、种子和根中特异表达。系统发育显示,11对粗山羊草-乌拉尔图小麦Aux/IAA蛋白、5对粗山羊草-大麦Aux/IAA蛋白直系同源。共线性分析表明,粗山羊草Aux/IAA基因与短柄草、水稻中同源基因具有很好的共线性。本研究分离的相关基因不仅可用于小麦的遗传改良,也为深入研究小麦Aux/IAA基因提供了信息。     

雷蒙德氏棉Argonaut基因家族的生物信息学预测与分析

Argonaute(AGO)蛋白是参与小RNA调控通路的重要元件,在生命体的生长发育过程中发挥着重要作用.本研究利用AGO蛋白的保守域在雷蒙德氏棉基因组中进行同源比对,鉴定出15个成员,并对其进行进化关系、染色体定位、基因结构、保守域、时空表达模式等分析.结果表明:该家族成员基因长度从3335到9086bp不等,其中11个基因被定位到7条染色体上;该家族成员可分为3个亚族,包含5个小组,各亚族内、小组间成员也存在很高的保守性;发现每个基因都有不同的时空表达模式,且各小组内成员之间存在协同和互补2种表达模式,找到在花器官特异表达的基因1个,胚珠中特异表达的基因3个.本文首次对棉花中AGO基因家族进行了鉴定和生物信息学分析,为进一步研究AGO基因家族在棉花中的功能奠定了基础.     

棉花苯丙氨酸解氨酶基因家族的生物信息学分析

【目的】苯丙氨酸解氨酶是苯丙烷类代谢的关键酶,对调节植物生长和抗逆有重要作用。从全基因组层次了解棉花苯丙氨酸解氨酶基因家族的进化和功能,可为相关研究提供数据支撑。【方法】利用HMMER和BLASTP从棉花基因组筛选苯丙氨酸解氨酶基因家族,利用MEGA-X进行进化分析,利用MCScanX进行共线性分析,并利用NCBI SRA的数据进行表达分析。【结果】本研究分别从陆地棉、海岛棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组中筛选到12、13、7、8个苯丙氨酸解氨酶基因,依据进化分析和共线性关系数据,我们推测四种棉花的二倍体祖先起初应有6个苯丙氨酸解氨酶基因。顺式作用元件分析结果表明,苯丙氨酸解氨酶基因家族含有较多的光响应、激素响应、胁迫响应和生长发育相关的元件。苯丙氨酸解氨酶的蛋白序列具有保守的基序。陆地棉的12个苯丙氨酸解氨酶在低温、高温、盐和PEG胁迫下有不同的表达方式。【结论】本研究明确了苯丙氨酸解氨酶在棉花基因组中的数量、理化性质、进化和表达特征,为苯丙氨酸解氨酶的深入研究提供了参考。