中华蜜蜂酚氧化酶和丝氨酸蛋白酶相关基因 及其全长转录本发掘与分析

为深入开展中华蜜蜂相关研究提供参考信息和基础,利用已获得的纳米孔(Nanopore)测序数据对中华蜜蜂Apis cerana cerana的酚氧化酶(phenoloxidase, PO)和丝氨酸蛋白酶(serine protease, SP)相关基因和全长转录本进行发掘和分析。通过Blast工具将中华蜜蜂所有全长转录本比对KEGG和Nr数据库以筛选出PO和SP相关基因和全长转录本。采用gffcompare软件将PO和SP相关全长转录本与东方蜜蜂参考基因组(ACSNU-2. 0)已注释基因进行比较以优化结构。使用Astalavista软件鉴定PO和SP相关基因的可变剪接(alternative splicing, AS)事件,再利用IGV浏览器进行结构可视化。通过PCR验证AS事件的真实性。利用TAPIS pipeline预测和分析可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)位点,并通过TBtool软件鉴定APA位点上游的基序(motif)。鉴定到中华蜜蜂PO和SP相关的42个基因与146条转录本。优化了16个参考基因组已注释PO和SP相关基因的结构,其中5′端延长和3′端延长的基因均有7个,5′端和3′端同时延长的基因有2个。鉴定到PO和SP相关的10个基因的389次AS事件,其中最丰富的AS类型是5′端可变剪接。PCR结果证实了2次AS事件的真实性。共鉴定到34个PO和SP相关基因含有1个及以上的APA位点,其中含有3个APA位点的基因数量最多;在APA位点上游鉴定到多个motif,一致性序列为：GGHKSYWSHHTRATWTCNBHDMRRYWYRTNYTVACNGCKGCDCAYTGYR。鉴定到中华蜜蜂PO和SP相关的42个基因和146条全长转录本,优化了东方蜜蜂参考基因组已注释的PO和SP相关基因结构,并发掘出PO和SP相关基因的389次AS事件和237个APA位点。     

穿心莲全长转录组测序及特性分析

为从转录水平上解析穿心莲体内主要进行的生物进程及其分子机制,选取生长60天的福建漳州生产用穿心莲苗为材料,利用超长单分子测序技术测得其根、茎和倒三叶的全长转录组初始序列信息。对初始序列进行筛选、去冗余、校正、功能注释和基因结构分析。结果显示,穿心莲基因的功能主要富集于代谢途径、次生代谢产物合成途径及抗生素合成途径。bHLH、bZIP、MYB和WRKY等直接参与次生代谢的转录因子含量位居前10。穿心莲内酯前体合成途径基因出现可变剪切,主要为内含子保留。其中,有1个基因产生了6个可变启动子式的内含子保留mRNA亚型。总之,次生代谢是穿心莲的主要生物活性进程,相关功能基因可通过结合丰富的转录因子和进行高频的可变剪切参与其中。     

Adsorption of emerging sodium p-perfluorous nonenoxybenzene sulfonate (OBS) onto soils: Kinetics, isotherms and mechanisms

The widespread use of sodium p-perfluorous nonenoxybenzene sulfonate(OBS), a typical alternative to perfluorooctane sulfonate, has resulted in potential threats to the environment, but the adsorption behavior of OBS in soils has not yet been reported. In this study, the adsorption behaviors of OBS on five soils with different physicochemical properties were investigated. The rate of OBS adsorption was fast, and most of the OBS uptake was completed within 12 h. The good model fit of OBS adsorption to the pseudo-second-order and Elovich models indicated the occurrence of chemical adsorption. The adsorption isotherms of OBS on the soils were better described by the Freundlich model than by the Langmuir model, suggesting that the OBS adsorption sites on the soils were heterogeneous. This is possibly associated with various adsorption mechanisms including hydrophobic, π-π, hydrogen bonding, and electrostatic interactions,further confirmed by the good model fit to the D-R isotherm. Adsorption of OBS occurred on the soils, and the adsorption process was spontaneous and endothermic. In addition, the soils were more suitable for OBS adsorption at lower pH values due to the stronger electrostatic adsorption. The OBS adsorption on the soils decreased with the increase of soil depth from 0 to 30 cm. Moreover, the presence of organic matter and ammonia nitrogen in the soils was favorable for OBS adsorption, and these parameters decreased with increasing soil depth, making OBS adsorption less prominent in the deeper soil. This study indicates that OBS is easily enriched in surface soils, and that soil organic matter and ammonia nitrogen significantly affect OBS migration in soil.     

嘧菌酯对油菜菌核病菌的抗菌活性及抗菌机制研究

测定了嘧菌酯对油菜菌核病菌Sclerotinia sclerotiorum菌丝生长、菌核产生和菌丝呼吸作用的影响。结果表明,嘧菌酯对油菜菌核病菌菌丝生长具有明显的抑制作用,且药剂处理浓度在1.0 μg/mL 时能显著抑制其菌核产量。旁路氧化酶专化抑制剂水杨肟酸(SHAM)对嘧菌酯的抗菌活性有显著的协同作用,协同增效系数达到3.27~14.13倍。药剂处理后48 h内,嘧菌酯抑制菌丝生长的剂量曲线与抑制菌丝呼吸的耗氧速率曲线趋势相似;48 h以后,单位质量菌丝耗氧速率上升,且高于空白对照,而菌丝的生长量并没有增加,表明菌丝体正常呼吸作用受嘧菌酯抑制48 h 后会发生耗氧增强的生理应急反应。水杨肟酸在嘧菌酯处理后1 h内对菌丝呼吸没有抑制作用,但在嘧菌酯处理1 h后对菌丝呼吸表现为抑制作用,表明油菜菌核病菌菌丝在以细胞色素为载体的呼吸链的电子传递受到嘧菌酯阻断后,可以诱导耗氧更高的旁路氧化途径。     

基于遗传算法的乡级土地利用规划空间布局方案研究

针对乡级土地利用规划中如何将确定的土地利用数量结构方案优化配置到具体的地域空间,以及常规的精确算法求解每次只能产生一个空间布局方案的问题,提出了辅助产生可供选择的乡级土地利用规划空间布局方案的遗传算法。首先根据目标规划原理建立了乡级土地利用规划空间布局问题的数学模型,以最大化布局方案的综合指数及最大化布局方案中每类用地在空间布局上的紧凑度作为目标函数;其次针对该数学模型多目标、非线性的特点,提出了基于遗传算法的求解方法,主要包括编码方法确定、种群初始化、适应度的计算及遗传操作等过程。利用该方法,在北京市平谷区王辛庄镇的土地利用规划空间布局中,得到了多种规划方案,结果表明,遗传算法是一种辅助乡级土地利用规划的有效优化方法。     

甲醇用作柴油替代燃料的研究进展

在比较甲醇、柴油及汽油物化特性的基础上,分析了甲醇作为柴油替代燃料的优劣势,综述了柴油机燃甲醇的方法;同时,结合西华大学制定《M10车用甲醇汽油》四川省地方标准和甲醇在柴油机中应用的研究工作,指出甲醇用作柴油替代燃料的应用趋势,为甲醇用作柴油替代燃料的研究提供参考.     

生物柴油作为汽车新能源的特点

近年来,随着人们对有限石油资源的认识,意识到应减少对其作为主要能源的依赖,在全球范围内加快了对可再生能源的研究。生物柴油是很具潜力的汽车可再生替代燃料。它是一种可再生、环保的替代能源,它可以在未做任何改动的柴油机上燃用。本文通过对生物柴油作为汽车燃料特点的分析,指出生物柴油作为一种新型燃料,是目前柴油的较好替代品．认为生物柴油作为汽车新能源具有很好的实用意义和很大的发展潜力。     

太行鸡CCNB2基因剪接异构体的克隆鉴定及其在卵泡发育中的表达模式分析

【目的】试验旨在克隆鸡细胞周期素B2(cyclin B2,CCNB2)基因不同剪接异构体,并对其进行生物信息学和组织表达分析。【方法】采用反转录PCR技术对太行鸡CCNB2基因不同剪接异构体进行扩增和克隆,采用生物信息学软件对CCNB2基因不同剪接异构体的部分核苷酸序列进行比对,比较不同物种CCNB2不同剪接异构体的氨基酸序列相似性并构建系统进化树,对其进行亚细胞定位及二级结构预测。利用实时荧光定量PCR技术分析CCNB2基因不同剪接异构体在太行鸡卵巢和不同发育时期卵泡中的相对表达量。【结果】太行鸡CCNB2基因存在3种剪接异构体,即CCNB2-AS1、CCNB2-AS2和CCNB2-AS3,分别编码390、383和401个氨基酸。太行鸡CCNB2-AS1、CCNB2-AS2和CCNB2-AS3 3个剪接体之间的氨基酸序列相似性均为97.00%,这3个剪接体均与原鸡的相似性最高,分别为99.71%、99.71%和100%。3个剪接异构体在进化上与原鸡亲缘关系最近,其次为雉鸡。亚细胞定位结果表明,3个剪接异构体均主要定位于细胞质;蛋白质二级结构分析显示,3种剪接异构体均以α-螺旋为主;C...     

可变剪接及其在畜禽育种中的研究与应用

可变剪接是指个体发育或者细胞分化时有选择地越过某些外显子或某个剪接点进行变位剪接,从而产生组织或发育阶段特异性mRNA的过程。通过可变剪接,生物体可以由单个基因产生多个不同的蛋白质异构体,从而导致大量的蛋白质变异。因此,可变剪接在动物生长发育和生理代谢等过程中发挥重要的调控作用。本文对可变剪接的类型、鉴定方法及其对畜禽各种经济性状的影响进行了总结,并展望了其在畜禽育种中的应用前景,以期为畜禽育种改良进行提供新思路。     

拟果蝇钠离子通道基因克隆及其生物信息学分析

本文采用RT-PCR技术克隆获得了拟果蝇Drosophila simulans电压门控钠离子通道基因序列,明确其典型特征,分析了进化关系,为拟果蝇抗性分子机理研究奠定基础.克隆得到拟果蝇钠离子通道开放阅读框(GenBank登录号为MT113357),长为6270 bp,编码2090个氨基酸.通过生物信息学分析,发现拟果...