甘蓝EST资源的SSR信息分析

为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60 kb的无冗余ESTs 23306条.在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%.这些EST-SSRs的平均长度为23.11 bp,平均分布频率是1/4.81 kb.在1～6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%.AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的79%和34%,对这些含SSR的ESTs进行BLASTx同源性比较分析,发现2616条EST-SSRs中1981条在数据库中可以找到同源物,占EST-SSRs总数的75.73%,功能已知的蛋白质中拟南芥来源的EST-SSRs所占比例最大,为66.02%,同时针对与甘蓝开花相关的EST-SSRs进行功能分析.找到同源物的1981条EST通过GOA进行功能分类,有987条可划分为生物过程、分子功能和细胞成分3大功能类群,其中与生物代谢相关的EST-SSRs数量最多,为263条,994条未被功能注释.     

SCAR分子标记在甘蓝型油菜S单倍型分类中的应用

根据克隆到的ISLGa片段与ISLGb片段核苷酸序列之间的差异,发展了1个SCAR分子标记ISLGb(ISLGb-L+PS15),其引物只在具有ISLGb基因型的3个材料中扩增,并且均得到了大小为1265bp的单一亮带。通过与已有的相关分子标记整合得到了1套SCAR分子标记体系。包括2个多重PCR分子标记:①ISLG(PS5+PS15)和SP110(SP11-L+SP11-R')用于鉴别ISLG和IISP11b;②ISLGb(ISLGb-L+PS15)与SP11a(SP11-L+SP11-R)用于鉴别ISLGb和IISP11。还包括1个单PCR分子标记:SRKa(S40-5+S60-2)用于鉴别IISRKa。     

SSR分子标记技术及其在构建玉米DNA指纹库上的应用

SSR分子标记技术是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术,已广泛应用于植物基因组研究的各个领域。概述了SSR标记的原理、类型、功能及其引物的来源,利用SSR构建玉米DNA指纹库的进展,玉米DNA指纹库在品种鉴定、品种保护及品种监测等方面的应用等,以为玉米品种的研究提供参考。     

新型分子标记的开发和利用

比较遗传分析中常用的随机DNA分子标记、目的基因标记、功能性分子标记。综述了近年开发的几种分子标记,并对新型分子标记（功能性分子标记）进行阐述,如何利用Tilling技术和关联分析的方法开发功能性分子标记,并介绍了功能性分子标记的优点和利用前景。     

荷包红鲤与德国镜鲤正反杂交组遗传结构的微卫星分析

用11对微卫星引物对两个杂交组合（荷包红鲤♀×德国镜鲤♂,德国镜鲤♀×荷包红鲤♂）的遗传结构进行了分析。结果表明：11对引物均能表现很好的多态性,可用作两个杂交组合遗传结构的分析,且得到的MFW 30可以用来鉴别正反杂交组的双亲;正反杂交组多态信息含量（PIC）均值分别为0.5072和0.5359,属高度多态性;子代的有效等位基因数分别为2.6594和2.9211,均大于母本而小于父本;在反交组子代中杂合度为0.9212,要高出双亲,正交组中为0.7515,介于双亲之间,均显示出子代的高遗传变异水平;Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,正反杂交子代分别有8个和10个位点发生大幅度偏离平衡;双亲间遗传距离正交组为0.2699,反交组为0.3578,显示出能产生杂交优势的潜力且正交组要低于反交组;UPGMA聚类图显示,子代在正交组中与母本近,在反交组中与父本近,两者都提示杂交子代与荷包红鲤的亲缘关系较近。     

新疆小麦地方品种遗传多样性的SSR分析

为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

SRAP分子标记在棉花遗传育种中的应用

SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)是1项基于PCR技术的新型分子标记技术,具有操作简便、稳定、高效、高共显性、便于测序目标片断等特点。介绍了SRAP分子标记技术的原理和特点,并综述其在棉花遗传连锁图谱的构建、遗传多样性分析、基因定位等方面的研究进展和应用前景。     

云南甘蔗自育品种DNA指纹身份证构建

以云南27份甘蔗自育品种为材料,从国际微卫星协会提供的120对SSR引物中筛选出8对多态性丰富、品种区分率高、易统计的引物组成核心引物。8对SSR引物共产生129条带,123个为多态带,多态条带比例为95.35%,多态信息量平均为0.9445,品种相似性系数在0.269~0.767之间,其中引物SMC1047HA,MSSCIR21不仅多态性丰富,而且单个引物就可区分所有品种,是最有效的核心引物。8对核心引物两两组合的效率分析表明,MSSCIR36/MSSCIR2、MSSCIR16/MSSCIR36和MSSCIR36/SMC336BS是高效引物组合,可以完全有效区分所有品种,且品种相似性系数较低;同时使用蔗区种植面积较大的10个主栽品种验证3个高效引物组合,结果表明, MSSCIR16/MSSCIR36是最佳引物组合,不仅能有效区分所有云南自育品种,而且能将云南自育品种与10个主栽品种最有效地区分开。使用品种的国圃号、国家地区代码、育种单位英文缩写、核心引物名称和分子数据组成云南甘蔗自育品种的DNA指纹身份证,不仅包含了品种的重要信息,而且其中的分子数据可用于品种的真伪鉴定和遗传关系分析,为品种的知识产权保护提供有效的科学依据。     

YM型小麦温敏雄性不育系不育基因的QTL定位

YM型小麦温敏雄性不育系的不育基因被定位在1Bs染色体片段上, 但已发现的相邻分子标记与该基因的遗传距离较大, 达10 cM以上。为寻找与该基因连锁更紧密的分子标记, 以YM型温敏雄性不育系ATM3314与恢复系中国春杂交的F₂代200株为作图群体, 从1Bs的22个SSR引物中筛选出5个在亲本和F₂代中分离的SSR引物, 构建了1个包含5个标记的1Bs局部遗传连锁图谱。结合F₂代个体的育性调查, 采用复合区间作图法在YM型温敏雄性不育系的1Bs染色体上检测到不育基因的1个主效QTLrfv1-1和1个微效QTLrfv1-2。rfv1-1位于SSR标记Xgwm18和Xwmc406之间, 与两标记的遗传距离分别为6.0 cM和4.6 cM, LOD值为8.80, 加性效应23.87, 显性效应10.44, 可解释表型变异的23.91%; rfv1-2位于Xwmc406和Xbarc8之间, 与两标记的遗传距离分别为4.0 cM和3.4 cM, LOD值为3.10, 加性效应17.59, 显性效应5.99, 可解释表型变异的7.78%。本研究初步定位了YM型小麦温敏雄性不育系1Bs染色体片段上不育基因的QTL, 为进一步准确定位该基因奠定了基础。     

甜菜离子注入诱变高糖性状的QTL分析

利用离子注入诱变突变体高糖材料S10与中糖F104构建高糖F2群体,通过800条RAPD,20对SSR引物的筛选及F2群体63个单株田间性状的调查,运用Mapmaker／expversion3．0和QTL2．0软件进行高糖性状QTL分析,获得了包含16个标记位点的7个连锁群,覆盖甜菜染色体总长度的418．9cM。确定了3个与甜菜高糖性状相关的QTL位点。