棉花分子标记冗余性检测与评价的方法

网上数据库公布的棉花分子标记引物序列存在冗余性,至今也鲜见合适的软件同时分析一对引物的冗余性。为减少不同研究者的重复开发,节约时间和成本,提高对网上序列信息的利用率,借助自主开发的能同时分析一对引物和已释放的引物间是否存在冗余性的软件SSRD1.0,利用90对前人已开发的并用该软件预测过相互间存在冗余性的SSR引物,以TM-1、海7124基因组为模板分别进行扩增、电泳、测序。结果表明软件预测和基因型水平检测有88.8%的吻合度;在Identity阈值设为50%、70%时,测序结果表明序列水平和软件预测分别有75.0%、53.8%的吻合度。分别从软件预测、基因型、序列3个水平进行检测、验证,结果表明这一冗余软件和冗余性预测方法是较为有效、可行的。     

油菜Ogu CMS恢复系16C外源恢复基因染色体片段SSR标记图谱构建与比较

为推进Ogu CMS不育系统杂种优势利用，探知甘蓝型油菜Ogu CMS优良恢复系16C外源导入恢复基因Rfo携带的染色体片段大小并比较其与欧洲Ogu CMS恢复系R2000的异同，以Ogu CMS不育系81A与恢复系16C为双亲构建F2分离群体，结合38对依据萝卜参考基因组开发的SSR引物进行育性性状差异标记筛选，并构建Rfo基因连锁标记图谱。SSR标记筛选结果显示：12对SSR引物在F2分离群体不育与可育DNA混合池间表现出差异，其中R9SSR2416与R9SSR3326为两侧边缘标记位点；16C与R2000差异比较结果显示：11对SSR标记在16C与R2000间扩增有差异，其中R9SSR2421与R9SSR3282为16C特有标记位点，其余9对为R2000特有标记位点。综上结果表明，甘蓝型油菜Ogu CMS恢复系16C外源导入恢复基因染色体片段来源于萝卜R9染色体，片段大小约为3.30 Mb（Chromosome_R9:8480586-11779992），与欧洲Ogu CMS恢复系R2000恢复基因携带的外源染色体片段大小与来源均不同。     

南京地区圈养黄颊长臂猿核心种群的遗传多样性分析

黄颊长臂猿属于IUCN濒危物种,仅分布于老挝、越南和柬埔寨。该物种微卫星的研究尚未报道。本研究,对黄颊长臂猿SSR位点进行筛选,并对南京地区圈养黄颊长臂猿种群进行了遗传多样性分析,统计了等位基因数、有效等位基因数,计算了群体杂合度、多态信息含量(PIC)、亲缘系数等参数。结果显示,共获得黄颊长臂猿11个多态性微卫星位点,等位基因数在2—5之间,多态信息含量为0.175—0.701,观测杂合度(Ho)为0.067—0.8,期望杂合度(He)为0.191—0.770,其个体间亲缘系数普遍偏高。该圈养群体遗传多样性属于中度多态,为圈养种群的科学化管理提供依据。     

兼容型maizeSNP384标记筛选与玉米杂交种DNA指纹图谱构建

为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,幵针对位点和样品从各个角度迚行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性; MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60, 384个位点中88%的位点MAF值高于0.30, 98%的位点PIC值高于0.30, 98%的位点DP值高于0.50。对335个玉米杂交种迚行遗传相似系数两两比较, GD (1-Nei遗传距离)的变异范围为0.60～0.99, GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10%、0.38%、1.40%;GS(相同等位基因比)的变异范围为0.50～0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03%、0.11%、0.35%。从384个位点中抽取最优位点组合, 12个位点组合时品种识别率为0.99, 20个位点组合能够识别335个品种。综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,为玉米品种分子鉴定、指纹数据构建以及分子育种提供了关键数据支撑。     

芸薹根肿菌SSR标记的开发及遗传多样性研究

芸薹根肿菌（Plasmodiophora brassicae）专性寄生于十字花科作物根部引起根肿病，且变异迅速。本研究利用Williams鉴别寄主系统鉴定出32株根肿菌，根据根肿菌基因组序列分析了根肿菌基因组中的简单重复序列（Simple sequence repeats，SSR）的分布特性，并结合SSR标记的开发研究了根肿菌遗传多样性。主要结果如下：从收集自8个省市31个地区的32株根肿菌中，鉴定出2、4、7和11号生理小种；根肿菌基因组存在3 164个SSR，即每7.6 kb存在1个SSR。核苷酸重复类型以2和3为主，分布频率分别为45.92％和53.04％。从62对SSR引物中，筛选出31个多态性标记，多态率50％，平均PIC值为0.407；聚类分析表明，同一地区的根肿菌大多聚类到一起，但同时存在变异。     

Genetic Variation for Salinity Tolerance in Pakistani Rice (Oryza sativa L.) Germplasm

Soil salinity is one of the major production constraints. Development and planting of salt‐tolerant varieties can reduce yield losses due to salinity. We screened 185 rice genotypes at germination stage in petri dishes under control, 50, 100 and 150 mm salt stress, and at seedling stage in Yoshida's hydroponic nutrient solution under control, 50 and 100 mm salt stress. At germination stage, 15 genotypes including Nona Bokra, Sonahri Kangni, 7421, 7423 and 7467, whereas at seedling stage, 28 genotypes including Nona Bokra, Jajai‐77, KSK‐133, KSK‐282, Fakhr‐e‐Malakand, Pakhal, IR‐6, Khushboo‐95, Shahkar and Shua‐92 were found salt tolerant. Basmati‐370, Mushkan, Homo‐46 and accessions 7436, 7437 and 7720 were sensitive to salinity at both germination and seedling stage. We further screened a subset of 33 salt‐tolerant and salt‐sensitive genotypes with SSR markers. Four SSR markers (RM19, RM171, RM172 and RM189) showed significant association with two or more of the studied traits under 50, 100 and 150 mm salt stress. These markers may be further tested for their potential in marker‐assisted selection. The salt‐tolerant genotypes identified in this study may prove useful in the development of salt‐tolerant rice varieties in adapted genetic background.     

番茄抗坏血酸相关渐渗亚系的构建及QTL初步定位

部分潘那利番茄渐渗系具有抗坏血酸(As A,又名VC)高积累特性,但渐渗片段区间偏大。本试验拟得到与As A相关的渐渗亚系,解析As A积累相关的QTL位点。构建了IL8-1与M82杂交的F2及F2:3家系遗传群体,根据生物信息学软件分析筛选分子标记用于群体的检测,最终得到4个纯合的重组单株,分别命名为48-1(5c M)、281-2(13c M)、559-1(20c M)、281-7(3c M),覆盖IL8-1(22c M)渐渗区间。对亲本及得到的重组单株进行As A含量的测定,结果显示IL8-1总As A含量显著高于M82。渐渗亚系48-1、281-2、559-1的总As A含量均显著高于M82。而亚系281-7的总As A和还原态As A含量都显著低于M82。结合分子标记检测和As A含量测定可以得出,IL8-1中与总As A相关的主效基因在标记U221657和At5g46630之间的基因组区域(5c M),与还原态As A相关的主效基因在At5g27390和At5g46630之间的基因组区域(13c M)。而在Indel-3和CT-92之间(3c M)可能存在As A的负向调控位点。     

玉米不同回交世代DH系遗传分析研究

[目的]研究不同回交世代DH系遗传分离规律。[方法]以"A619Ht3×辽3162"构建回交群体BC1F1和BC5F1,利用高频诱导系诱导加倍形成BC1F1和BC5F1的DH系,以DH系为材料,通过比较不同回交世代的DH系和父母本的农艺性状,对其做出评价,同时利用SSR分子标记分析DH系的遗传分离特性。[结果]DH系间株高、穗位高、穗长、穗粗、穗行数、行粒数等农艺性状存在较大的遗传变异,回交群体DH系中没有出现明显偏分离比例,通过χ^2检测,未达到显著水平。[结论]不同回交世代所创制的DH系的主要农艺性状差异均达到极显著水平,回交群体DH系中不存在明显的偏分离现象。     

分子标记辅助选择育种发展策略

分子标记辅助选择技术提高了对作物目标基因选择的准确性,极大地缩短了育种进程,成为目前国内外广大育种家和科研工作者广泛研究的热点。文中针对分子标记辅助选择育种存在的关键问题,提出了分子标记辅助选择育种发展策略,为分子标记辅助选择育种提供理论依据。     

湿地松、加勒比松种质资源遗传多样性分析

应用SSR与SRAP分子标记技术分析22份湿地松和28份加勒比松种质资源（其中包括15份洪都拉斯加勒比松样品、9份古巴加勒比松样品、4份巴哈马加勒比松样品）的遗传多样性,结果表明,在SSR分析中,14对SSR引物产生的多态性比率为89％,平均每对引物获得多态性条带4．3条;SRAP分析中,12对SSR引物产生的多态性比率为72％,平均每对引物获得多态性条带2．8条;SSR和SRAP标记综合分析表明,参试材料遗传距离变化范围为0．075-0．633,种质资源间存在丰富的遗传多样性。