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油茶是贵州玉屏脱贫致富的重要产业,但近年来,炭疽病危害日益严重。为了防治油茶炭疽病,本研究采用林间病情观察、科赫氏法则验证、形态学鉴定及多基因分子鉴定的方法,对分离的3株炭疽病病原菌进行了系统鉴定。在ITS-CAL-GADPH 3基因所构建的系统发育树中,3株病原菌与ICMP10643*、ICMP-10646*两炭疽属模式菌株聚为一个独立的进化枝且置信度为99%,结合其形态特征,将其鉴定为山茶炭疽菌(Colletotrichum camelliae)。依据林间观察结果与玉屏油茶的生长发育规律,提出了防治油茶炭疽病的关键时间。玉屏油茶炭疽病种类的分子鉴定可为抗病种质的分子育种及该病的防治提供科学依据。 相似文献
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[目的]为进一步研发新型抗病毒制剂和疫苗佐剂、有效控制猪重大传染病奠定基础。[方法]根据GenBank中猪白细胞介素-18基因(IL-18)序列,设计1对特异性引物,应用RT-PCR方法从河南三元杂交猪脾脏淋巴细胞中扩增猪IL-18基因,并进行克隆、序列测定和分析。[结果]猪IL-18基因全长为579 bp,编码192个氨基酸的无活性前体蛋白,但前体蛋白并不含典型的疏水信号肽,在第35位氨基酸残基处有1个潜在的白细胞介素1β转换酶(ICE)剪切位点,剪切后变为具有生物活性的猪IL-18成熟蛋白。序列分析结果表明,该试验获得的猪IL-18基因与已知猪IL-18基因序列同源性很高,均为96%以上,其推导的氨基酸同源性在98%以上。[结论]该研究成功构建了猪IL-18基因的重组真核表达载体并得到了具有生物活性的瞬时表达产物。 相似文献
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为寻找对亚硝酸盐具有高效降解能力、稳定和安全的优良菌株,采用亚硝酸盐氧化细菌(Nitrite-oxidizing bacteria, NOB)富集、分离技术从湖州某水域淤泥中分离得到一株纯培养菌株N3。提取细菌的总DNA,利用细菌16S rDNA特异性引物进行多聚酶链反应(PCR)扩增;扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和Sanger末端终止法测序分析,用NCBI-Blast软件将测序结果在Genbank等数据库中进行同源性检索。结果表明,N3的DNA扩增产物片断大小为1441 bp,测序结果经检索证实N3与标准菌株Cellulosimicrobium cellulans (AY665978.1) 16S rDNA保守性片段有100%的同源性,可以判定所分离得到的N3菌株为纤维单胞菌属的纤维化纤维单胞菌(Cellulosimicrobium cellulans)。 相似文献
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着丝粒是染色体的重要组成成分之一,在细胞有丝分裂和减数分裂中行使重要的生物学功能,着丝粒在不同的物1种中保持着一致的功能,即在细胞分裂中期,着丝粒在纺锤丝的牵引下使染色体向两级运动,从而完成细胞的分裂。如此保守的功能,是乎暗示着丝粒序列不同物种间具有一定的保守性,然而随着测序技术的发展,越来越多的物种的基因组序列被释放,分析发现着丝粒序列主要由重复序列和反转录转座子组成,然而不同物种着丝粒序列比对发现,它们之间的同源性极低,此外染色体的着丝粒的序列的组成和大小都相差甚远。文中回顾了近些年在着丝粒研究方面所取得的进展,探讨维持着丝粒功能稳定性的序列结构特征。 相似文献
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本文根据在GenBank中已登录的葡萄、玉米、水稻、草莓、拟南芥和苹果等植物的类黄酮-3-O-葡萄糖基转移酶基因的核苷酸序列和氨基酸序列,应用生物信息学软件预测了其理化性质、疏水性/亲水性、导肽、跨膜结构、卷曲螺旋结构、二级结构、功能结构域及高级结构,并构建了类黄酮-3-O-葡萄糖基转移酶蛋白家族的系统进化树。结果表明这几种植物的UFGT基因核苷酸序列除葡萄存在2个外显子外,其它植物均存在1个外显子。含量最丰富的氨基酸是Leu、Ala、Gly、Val和Ser等,除葡萄、苹果UFGT属于不稳定类蛋白外,其余均属于稳定类蛋白。进一步研究分析表明,这几种植物UFGT蛋白存在明显的疏水区和亲水区、信号肽、跨膜结构以及卷曲螺旋。二级结构组成上比例相似,并且都由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲所组成。它们都存在UDPGT、COG1819和MGT等保守域。除了拟南芥外,其它几种植物都能够通过同源建模建立UFGT蛋白的三维结构。进化分析表明,把它们的UFGT基因分成5个类群,其中3个大类群,另外陆地棉和野芭蕉的UFGT基因分别单独成一类。本工作将为深入研究该蛋白在植物花、果实和叶片等器官颜色变化中发挥的功能,开展生物大分子结构模拟以及药物设计提供抛砖引玉的作用。 相似文献
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[目的]研究紫花苜蓿β-1,2-木糖转移酶同源建模及分子动力学。[方法]通过NCBI数据库得到了紫花苜蓿β-1,2-木糖转移酶的mRNA及氨基酸序列,应用Swiss-mode在线预测了该蛋白质的三维结构。[结果]Ramachandram结构检测表明,建立的三维模型其蛋白质残基的二面角有95%以上位于黄色能量稳定区域,符合立体化学能量规则。NAMD软件分子动力学分析得到该蛋白质的能量图谱与计算红外光谱,表明其催化反应在热力学稳定范围内。[结论]为深入研究β-1,2-木糖转移酶的结构提供了理论依据。 相似文献
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【研究目的】目前已从许多种植物中克隆了其PPDK基因,但是对于其蛋白结构的分析尚未报道,此文通过生物信息学方法对家稗PPDK的序列进行了分析,并对其三维结构进行了建模分析;【研究方法】利用DNASTAR、Vector NTI 9、SignalP等生物信息学平台对[Echinochloa crusgalli var frumentacea(Roxb.)W.F.Wight]丙酮酸磷酸双激酶(Pyruvate orthophosphate dikinase)进行了序列分析和三维结构建模;【研究结果】家稗丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)同来自于高等植物的PPDK具有较高的同源性,无信号肽,存在17个跨膜结构区,二级结构是由许多螺旋、转角和少量折叠构成。同时在一二级结构分析的基础上,利用同源建模的方法完成了三维结构的建模。【结论】家稗PPDK蛋白同来自高等植物中的更为相近,无信号肽,有17个跨膜结构区,其三维结构为一同源四聚体。 相似文献
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通过对吉林市江南公园送检东北虎病例的病原分离鉴定,分离出多杀性巴氏杆菌,为进一步加强对该病的流行病学调查,并为准确诊断和治疗该病提供依据,实验对该株巴氏杆菌毒力基因toxA进行了研究。根据巴氏杆菌毒力基因toxA序列设计合成1对引物,以临床分离的虎源巴氏杆菌为模板,通过PCR技术,扩增出toxA基因片段。将长约526bp的toxA目的基因克隆到pGEM-T载体上,通过核苷酸序列测定,结果表明toxA基因序列与发表序列(X51512)的同源性为100%。流行病学调查显示,东北虎巴氏杆菌病的病原可能来自其食物(牛、羊肉等)。因此,在饲养过程中应加强检疫,切断巴氏杆菌病食源性传播途径。 相似文献