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41.
通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株(SY株)的免疫原S1基因cDNA,将该片段连接到克隆质粒载体pUC19的EcoRⅠ/BamHⅠ酶切位点中,测定插入片段核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列。序列分析表明,SY毒株S1基因核苷酸序列及所推导的氨基酸序列与参考毒株Beau、M41、H120、N1-62、Gray、6/82、Ark99等毒株的同源百分率都低于80%。 相似文献
42.
参照Genbank中传染性支气管炎病毒(IBC)M41纤突蛋白S1的基因序列,设计一对引物,对山东地区IBV分离株RNA进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR),成功扩增出约1634bp S1基因片段,将扩增出的S1基因分别克隆到T Easy质粒载体中,获得重组质粒,提取质粒DNA,利用Eco.RI酶切证实了重组质粒的特异性,并进行序列测序,克隆出的序列已被Gene Bank收录,序列号为:AY043313。将得到的序旬与标准株M41进行核酸序列和氨基酸同源性比较分析,与M41的核式酸同源率995。利用Omigo2.0软件对克隆出的山东IBV进行了理论酶切位点分析,在BstYI、AluI和BgⅢ位点与M41不同,结合血清学和分子生物学实验结果推测:山东A分离株可能是M41的变异株。 相似文献
43.
通过对吉林市江南公园送检东北虎病例的病原分离鉴定,分离出多杀性巴氏杆菌,为进一步加强对该病的流行病学调查,并为准确诊断和治疗该病提供依据,实验对该株巴氏杆菌毒力基因toxA进行了研究。根据巴氏杆菌毒力基因toxA序列设计合成1对引物,以临床分离的虎源巴氏杆菌为模板,通过PCR技术,扩增出toxA基因片段。将长约526bp的toxA目的基因克隆到pGEM-T载体上,通过核苷酸序列测定,结果表明toxA基因序列与发表序列(X51512)的同源性为100%。流行病学调查显示,东北虎巴氏杆菌病的病原可能来自其食物(牛、羊肉等)。因此,在饲养过程中应加强检疫,切断巴氏杆菌病食源性传播途径。 相似文献
44.
45.
1株高效聚磷节杆菌的分离鉴定及其聚磷特性研究 总被引:1,自引:0,他引:1
[目的]为降低水中磷含量以控制水体富营养化,从自然界筛选高活性的聚磷菌,用于生物除磷。[方法]以聚磷效果为主要指标,通过富集分离筛选细菌,并对其培养条件优化,提高其聚磷能力。根据生理生化反应特点以及分子生物学分析,对分离到的高效聚磷菌进行鉴定。[结果]从污水和污泥中分离到9株有效聚磷菌,其中菌株J-12的聚磷能力最强。16S rDNA序列分析显示,J-12与节杆菌属的同源性达99%,结合生长特性、生理生化特性,初步确定该菌株属于节杆菌属的一个种(Arthrobacter sp.),尚未见到具有高效聚磷作用的节杆菌的报道。研究表明,J-12在生长温度32℃,pH值7.0,微量元素液添加量为4ml的条件下,培养10h,可使合成废水中总磷由20.0mg/L降至0.1mg/L,聚磷率达95%以上。[结论]筛选到1株具有高效聚磷菌能力的节杆菌,在污水治理和水产养殖业中有着潜在的应用前景。 相似文献
46.
利用紫花苜蓿蛋白质二硫键异构酶(mPDI)的mRNA(来自NCBI,登录号为Z11499.1)及氨基酸序列(来自UniProt KB/Swiss—Prot数据库及NCBI数据库,其登录号分别为1729828、CAA77575.1),应用生物信息学软件预测了该蛋白质的理化性质、亲疏水性、信号肽、二级结构、卷曲螺旋结构、跨膜区域、糖基化位点、活性位点、亚细胞定位、功能结构域及高级结构。结果表明:紫花苜蓿mPDI蛋白质是一个整体疏水性蛋白,细胞定位为粗面内质网,含有512个氨基酸,理论等电点为4.98,分子量为57087.4Da,原子组成为C2597H3977N651O786S6摩尔消光系数在280nm处为37610,不稳定系数为40.12,脂肪系数为79.96,总平均亲水性为-0.357。该蛋白质由20种氨基酸组成,其中非极性R基团氨基酸占44.3%,极性R基团氨基酸占28.4%,酸性氨基酸占13.6%,碱性氨基酸占13.1%,Ip、Glu、Val、Ala含量最为丰富,Met和Cys含量最少。信号肽位于1~24号氨基酸。利用ProtScale软件的KyteandDoolittle算法对mPDI蛋白进行亲/疏水性预测,结果表明该蛋白质含有7个高疏水性区域,分别分布在4J0~50区域、95~105区域、120~130区域、190~200区域、285~295区域、340~350区域以及365~375区域。利用SignalP网络工具对mPDI蛋白进行信号肽的预测,神经网络法显示第24~25位点是最可能的剪切点,马可夫模型显示了同样的信号肽酶切位点。mPDI蛋白质二级结构中α-螺旋占26.37%(135AA)、无规则卷曲占53.32%(273AA)、延伸链占20.31%(104AA);包含3个卷曲螺旋结构、3个糖基化位点(分别为143位的S、148位的T、461位的S)、2个硫氧还蛋白结构域(14~144位、357~485位)、2个硫氧还蛋白活性位点(54~72位、399~417位)、1个内质网靶向序列(509~512位);Ramachandram结构检测表明此模型的三维结构符合立体化学能量规则。 相似文献
47.
狐貉源犬瘟热病毒融合蛋白基因的同源性分析 总被引:3,自引:0,他引:3
2004—2006年,从黑龙江省和内蒙等地发病饲养狐、貉中分离获得6株犬瘟热病毒(CDV),分别命名为MS01、SC01、ZD01、GN01、HL01、NM01分离株。根据Genbank上发表的的CDV F基因序列设计了1对特异性引物,应用RT-PCR方法分别对6个分离株F基因进行克隆、测序,并推导其氨基酸序列,绘制出F基因的遗传进化树。结果表明:6个CDV分离株F基因的开放阅读框架(ORF)均为1 989 bp,编码663个氨基酸,蛋白结构中的13个Cys残基位点和4个潜在的糖基化位点均高度保守,其裂解位点的氨基酸序列为220R-R-Q-R-224R。遗传进化分析表明:6个分离株与CDV代表强毒株A75/17属于同一谱系,均为强毒株。其中,HL01株与海豹瘟热病毒2型(PDV-2)亲缘关系较近,与其它5个分离株关系相对较远。 相似文献
48.
为预测H5N1亚型禽流感病毒(AIV)NS1蛋白全长结构,本研究以A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)株NS1蛋白氨基酸序列为目标序列,通过同源建模以及蛋白质结构叠合预测出NS1蛋白全长单体以及二聚体初始结构,采用约束分子动力学方法对初始结构进行优化,并利用立体化学、折叠可靠性、残基包装质量等评判方法对优化后的模型进行评估。结果表明所建立的NS1蛋白全长单体及二聚体结构模型具有很高的可信度,可用于基于结构的功能研究及虚拟筛选等工作。 相似文献
49.
水稻条纹病毒云南分离物NS2蛋白基因的分子变异 总被引:1,自引:0,他引:1
通过核苷酸测序表明,我国云南的16个RSV分离物,依据NS2蛋白基因同源性,基本按采样年份(2002、2003)分为了2组。结合已报道的日本T、O分离物,构建系统发育树,分析我国云南分离物与日本分离物可能有共同的起源。 相似文献
50.
本文对33株枯草芽孢杆菌群菌株进行β-甘露聚糖酶活性筛选,其中的32株具有β-甘露聚糖酶活性,只有1株无β-甘露聚糖酶活性。通过基因克隆测序的方法获得33株枯草芽孢杆菌群菌株β-甘露聚糖酶基因编码区全序列,对酶基因进行同源性分析并构建系统发育树;在β-甘露聚糖酶基因系统发育树中,33株枯草芽孢杆菌群菌株聚为3个分支,分别是枯草芽孢杆菌分支、地衣芽孢杆菌分支和解淀粉芽孢杆菌分支;枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌β-甘露聚糖酶基因种内同源性大于91%,而种间同源性为60%~69%。 相似文献