鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株S1基因序列测定及同源性分析

通过反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株（SY株）的免疫原S1基因cDNA，将该片段连接到克隆质粒载体pUC19的EcoRⅠ/BamHⅠ酶切位点中，测定插入片段核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。序列分析表明，SY毒株S1基因核苷酸序列及所推导的氨基酸序列与参考毒株Beau、M41、H120、N1-62、Gray、6/82、Ark99等毒株的同源百分率都低于80%。     

传染性支气管炎病毒山东分离株S1基因的克隆及序列比较分析

参照Genbank中传染性支气管炎病毒（IBC）M41纤突蛋白S1的基因序列，设计一对引物，对山东地区IBV分离株RNA进行反转录－聚合酶链反应（RT－PCR），成功扩增出约1634bp S1基因片段，将扩增出的S1基因分别克隆到T Easy质粒载体中，获得重组质粒，提取质粒DNA，利用Eco.RI酶切证实了重组质粒的特异性，并进行序列测序，克隆出的序列已被Gene Bank收录，序列号为：AY043313。将得到的序旬与标准株M41进行核酸序列和氨基酸同源性比较分析，与M41的核式酸同源率995。利用Omigo2.0软件对克隆出的山东IBV进行了理论酶切位点分析，在BstYI、AluI和BgⅢ位点与M41不同，结合血清学和分子生物学实验结果推测：山东A分离株可能是M41的变异株。     

东北虎巴氏杆菌毒力基因toxA的克隆及同源性分析

通过对吉林市江南公园送检东北虎病例的病原分离鉴定,分离出多杀性巴氏杆菌,为进一步加强对该病的流行病学调查,并为准确诊断和治疗该病提供依据,实验对该株巴氏杆菌毒力基因toxA进行了研究。根据巴氏杆菌毒力基因toxA序列设计合成1对引物,以临床分离的虎源巴氏杆菌为模板,通过PCR技术,扩增出toxA基因片段。将长约526bp的toxA目的基因克隆到pGEM-T载体上,通过核苷酸序列测定,结果表明toxA基因序列与发表序列(X51512)的同源性为100%。流行病学调查显示,东北虎巴氏杆菌病的病原可能来自其食物(牛、羊肉等)。因此,在饲养过程中应加强检疫,切断巴氏杆菌病食源性传播途径。     

基因组转座子鉴别与注释方法研究进展

转座子是一类可以在基因组不同位置间移动的、重复的序列,广泛存在于真核和原核生物基因组中,并对基因组的结构、功能和进化有着重要影响。转座子鉴别与注释是基因组注释工作的重要一步,相关软件可分为3类:从头算法、基于同源性的算法和联合算法,不同的软件实现方法和功能各不相同,并各有优缺点。文中对此进行了综述,并提出在今后的开发中将会出现更多结合多种算法的综合流程程序包,它们整合多种方法的优点,针对性强,可根据不同的需求来解决实际问题。     

1株高效聚磷节杆菌的分离鉴定及其聚磷特性研究

[目的]为降低水中磷含量以控制水体富营养化,从自然界筛选高活性的聚磷菌,用于生物除磷。[方法]以聚磷效果为主要指标,通过富集分离筛选细菌,并对其培养条件优化,提高其聚磷能力。根据生理生化反应特点以及分子生物学分析,对分离到的高效聚磷菌进行鉴定。[结果]从污水和污泥中分离到9株有效聚磷菌,其中菌株J-12的聚磷能力最强。16S rDNA序列分析显示,J-12与节杆菌属的同源性达99%,结合生长特性、生理生化特性,初步确定该菌株属于节杆菌属的一个种（Arthrobacter sp.）,尚未见到具有高效聚磷作用的节杆菌的报道。研究表明,J-12在生长温度32℃,pH值7.0,微量元素液添加量为4ml的条件下,培养10h,可使合成废水中总磷由20.0mg/L降至0.1mg/L,聚磷率达95%以上。[结论]筛选到1株具有高效聚磷菌能力的节杆菌,在污水治理和水产养殖业中有着潜在的应用前景。     

紫花苜蓿蛋白质二硫键异构酶mPDI的生物信息学分析与同源建模研究

利用紫花苜蓿蛋白质二硫键异构酶（mPDI）的mRNA（来自NCBI,登录号为Z11499．1）及氨基酸序列（来自UniProt KB／Swiss—Prot数据库及NCBI数据库,其登录号分别为1729828、CAA77575．1）,应用生物信息学软件预测了该蛋白质的理化性质、亲疏水性、信号肽、二级结构、卷曲螺旋结构、跨膜区域、糖基化位点、活性位点、亚细胞定位、功能结构域及高级结构。结果表明：紫花苜蓿mPDI蛋白质是一个整体疏水性蛋白,细胞定位为粗面内质网,含有512个氨基酸,理论等电点为4．98,分子量为57087．4Da,原子组成为C2597H3977N651O786S6摩尔消光系数在280nm处为37610,不稳定系数为40．12,脂肪系数为79．96,总平均亲水性为-0．357。该蛋白质由20种氨基酸组成,其中非极性R基团氨基酸占44．3％,极性R基团氨基酸占28．4％,酸性氨基酸占13．6％,碱性氨基酸占13．1％,Ip、Glu、Val、Ala含量最为丰富,Met和Cys含量最少。信号肽位于1～24号氨基酸。利用ProtScale软件的KyteandDoolittle算法对mPDI蛋白进行亲／疏水性预测,结果表明该蛋白质含有7个高疏水性区域,分别分布在4J0～50区域、95～105区域、120～130区域、190～200区域、285～295区域、340～350区域以及365～375区域。利用SignalP网络工具对mPDI蛋白进行信号肽的预测,神经网络法显示第24～25位点是最可能的剪切点,马可夫模型显示了同样的信号肽酶切位点。mPDI蛋白质二级结构中α-螺旋占26．37％（135AA）、无规则卷曲占53．32％（273AA）、延伸链占20．31％（104AA）;包含3个卷曲螺旋结构、3个糖基化位点（分别为143位的S、148位的T、461位的S）、2个硫氧还蛋白结构域（14～144位、357～485位）、2个硫氧还蛋白活性位点（54～72位、399～417位）、1个内质网靶向序列（509～512位）;Ramachandram结构检测表明此模型的三维结构符合立体化学能量规则。     

狐貉源犬瘟热病毒融合蛋白基因的同源性分析

2004—2006年,从黑龙江省和内蒙等地发病饲养狐、貉中分离获得6株犬瘟热病毒(CDV),分别命名为MS01、SC01、ZD01、GN01、HL01、NM01分离株。根据Genbank上发表的的CDV F基因序列设计了1对特异性引物,应用RT-PCR方法分别对6个分离株F基因进行克隆、测序,并推导其氨基酸序列,绘制出F基因的遗传进化树。结果表明:6个CDV分离株F基因的开放阅读框架(ORF)均为1 989 bp,编码663个氨基酸,蛋白结构中的13个Cys残基位点和4个潜在的糖基化位点均高度保守,其裂解位点的氨基酸序列为220R-R-Q-R-224R。遗传进化分析表明:6个分离株与CDV代表强毒株A75/17属于同一谱系,均为强毒株。其中,HL01株与海豹瘟热病毒2型(PDV-2)亲缘关系较近,与其它5个分离株关系相对较远。     

禽流感分离株GD/1/96(H5N1)非结构蛋白结构建模

为预测H5N1亚型禽流感病毒(AIV)NS1蛋白全长结构,本研究以A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)株NS1蛋白氨基酸序列为目标序列,通过同源建模以及蛋白质结构叠合预测出NS1蛋白全长单体以及二聚体初始结构,采用约束分子动力学方法对初始结构进行优化,并利用立体化学、折叠可靠性、残基包装质量等评判方法对优化后的模型进行评估。结果表明所建立的NS1蛋白全长单体及二聚体结构模型具有很高的可信度,可用于基于结构的功能研究及虚拟筛选等工作。     

水稻条纹病毒云南分离物NS2蛋白基因的分子变异

通过核苷酸测序表明,我国云南的16个RSV分离物,依据NS2蛋白基因同源性,基本按采样年份(2002、2003)分为了2组。结合已报道的日本T、O分离物,构建系统发育树,分析我国云南分离物与日本分离物可能有共同的起源。     

枯草芽孢杆菌群β-甘露聚糖酶基因克隆及同源性分析

本文对33株枯草芽孢杆菌群菌株进行β-甘露聚糖酶活性筛选,其中的32株具有β-甘露聚糖酶活性,只有1株无β-甘露聚糖酶活性。通过基因克隆测序的方法获得33株枯草芽孢杆菌群菌株β-甘露聚糖酶基因编码区全序列,对酶基因进行同源性分析并构建系统发育树;在β-甘露聚糖酶基因系统发育树中,33株枯草芽孢杆菌群菌株聚为3个分支,分别是枯草芽孢杆菌分支、地衣芽孢杆菌分支和解淀粉芽孢杆菌分支;枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌β-甘露聚糖酶基因种内同源性大于91％,而种间同源性为60％～69％。