Molecular detection and characterization of unclassified bovine enteric caliciviruses in South Korea

The unclassified bovine enteric calicivirus (BEC) is a new bovine enteric calicivirus that is different from bovine norovirus, and causes diarrhea and pathologies in the small intestine of calves. This virus includes Nebraska (NB)- and Newbury agent 1 (NA1)-like strains. The prevalence of this BEC and its genetic characterization has only been reported in the UK and the USA. This study examined the prevalence and genetic diversity of these BECs in diarrheic calves in South Korea. Among a total of 645 diarrheic fecal specimens obtained from 629 cattle herds, these unclassified BECs were detected in 59 (9.1%) diarrheic fecal samples from 57 herds (9.3%) by either RT-PCR or nested PCR. Sequence and phylogenetic analyses of the partial RdRp gene showed that all the Korean BECs clustered together and were closely related to the NB-like viruses (80.9-88.1% nucleotide and 84.5-98.4% amino acid) but not to the NA1-like viruses (75.8-78.4% nucleotide and 79.7-82.8% amino acid). Although these viruses could not be classified into NA1- and NB-like viruses from the sequence and phylogenetic data of the entire capsid gene, all the Korean BECs clustered together on a branch separate from the other known BECs. These results show that these BEC infections are endemic in diarrheic calves in South Korea. The infecting strains are genetically closer to the NB-like viruses but have a distinct evolutionary pathway.     

不同人工草地对青藏高原温性草原群落生物量组成及物种多样性的影响

青藏高原天然草地生产力较低,草畜矛盾长期尖锐。人工草地逐渐在该区域发展,但不同种植模式人工草地的影响和应用适宜性尚未得到准确的量化评估。以青海省天然草地(NP)为对照,选取相互毗邻的3种不同人工草地:单播垂穗披碱草人工草地(A₁)、单播燕麦人工草地(A₂)和混播燕麦、青稞和油菜的人工草地(A₃)设置实验样地,通过群落调查、刈割称重、根钻采样等方法,测定分析4种群落物种组成、生物量及物种多样性,探讨燕麦和垂穗披碱草两种牧草及单播和混播两种种植方式的差异性影响。结果表明:3种不同人工草地均显著减少有毒植物生物量(P<0.05),显著提高优质牧草占比(P<0.05),改善牧草质量。A₂地上生物量最高(1263.21 g·m^-2),为NP的9.77倍,显著高于其他3种草地(P<0.05)。本研究草地地下生物量占比高(73.22%~95.79%),3种人工种草对地下生物量改变不显著,对总生物量的影响也不显著。A₂、A₃的物种组成与NP迥异,A₂的Pielou均匀度指数显著低于NP和A₃(P<0.05),A₃的Shannon-Wiener指数显著低于NP(P<0.05);而A₁的Gleason指数、Shannon-Wiener指数和Pielou均匀度指数均较高,与NP差异不显著。基于结果,认为相比于天然草地,单播燕麦人工草地可以获得更高的地上生物量,但强烈改变群落物种组成,降低群落物种多样性;而种植垂穗披碱草地上生物量增幅不显著,但其群落物种多样性、均匀度均较高,有利于群落在不利条件下维持相对稳定的生产力。     

茎直黄芪内生真菌分离鉴定及其多样性分析

为探明茎直黄芪(Astragalus strictus)不同组织部位内生真菌种群分布及其物种多样性,对采自西藏工布江达县的茎直黄芪样品,运用形态学和rDNA-ITS序列分析技术鉴定其种属,并计算多样性指数。结果表明:从茎直黄芪424个组织块中分离到内生真菌336株,分属7纲、9目、10科、13属,其中Alternaria tenuissima分离率最高为32.14%,是优势种属,其次是Undifilum oxytropis,分离率为19.05%;多样性指数显示,茎直黄芪不同组织部位内生真菌多样性指数不同,花中内生真菌香农-维纳指数(2.16)及辛普森指数(0.154)及均匀度指数(0.80)均最高,表明其多样性最高,叶次之,茎最低。表明茎直黄芪不同组织内生真菌的数量、种属组成及多样性存在明显差异,花是内生真菌定植的主要部位,且其多样性最高。     

放牧季节及放牧强度对高寒草地植物多样性的影响

在海北高寒草地进行了7年轻度放牧、中度放牧和重度放牧试验,并用围栏控制放牧进行对照.试验显示,物种丰富度和均匀度在夏季牧场和冬季牧场出现不同的变化.在夏季牧场,物种丰富度随着放牧强度的增强而增强,而均匀度则随着放牧强度的增强而下降;在冬季牧场,物种丰富度和放牧之间呈现驼峰反应模式,说明植物的丰富度在中度放牧强度时达到最大.不同牧场生物多样性变化的模式说明夏季牧场放牧强度不足.     

牦牛粪便对高寒草甸群落多样性及生产力的影响

研究了4个不同施牦牛粪便的处理对高寒草句植物群落多样性和生产力的短期影响。结果表明,（1）处理S1,S2和s3的植物群落盖度显著高于对照（SO）（P〈0．05）,各处理的植物群落高度与对照（SO）相比都呈上升趋势,且S3与S0差异显著（P〈0．05）;（2）处理S1、S2和S3的Pielou均匀度指数与sO相比逐渐下降,且S2与sO有显著差异（P〈0．05）。处理S1、s2和S3的Shannon—Wiener物种多样性指数与S0相比逐渐下降,且S2与S0差异极显著（P〈0．01）。而Simpson物种多样性指数的变化则表现为无规律性。（3）施牦牛粪便后植物群落的地上总生物量出现增加趋势,且S2,S3与s0间达到差异显著（P〈0．05）。     

不同居群野生狗牙根材料的SSR分析

为评价新疆狗牙根(Cynodon dactylon)资源的遗传多样性水平,以采自新疆不同地域的狗牙根与部分华南地区及国外的狗牙根为材料,用SSR标记开展遗传多样性研究.结果表明:20对引物共产生142个等位变异,平均每个位点7个,其中有124个等位变异显示多态性,多态位点百分率为87.86％,位点Nei's基因多样性(H)指数平均为0.4347;根据遗传一致性及遗传分化结果,106份狗牙根材料的遗传相似性系数值在0.43～1.0之间,平均0.715,居群间遗传分化系数为0.4119,表明有41.19％的变异存在于居群间,58.81％的变异存在于居群内,居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;根据UPGMA法聚类表明,106份供试材料相似系数为0.39时可聚为3类,材料间的遗传差异与其采集地的关系不很明显,但来自同一地区的材料较多地聚在一起,遗传背景较近,整体来看聚类结果与地理来源有一定的相关性.     

醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性的影响

本试验旨在运用高通量测序方法研究醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性的影响。选取8只健康、体重为(49.13±4.70)kg、安装有永久性瘤胃瘘管的哈萨克羊母羊,随机分为2组,分别为对照组和试验组,每组4只。试验期对照组绵羊饲喂基础饲粮;试验组绵羊第1~26天在基础饲粮中添加600 mg/(d只)醋酸棉酚,在第27~47天醋酸棉酚添加量增加至1200mg/(d只)。采集试验期正试期第1、20、37和47天瘤胃液样品,运用Illumina Hiseq平台测序分析绵羊瘤胃液真菌变化。结果显示:1)由样品物种稀释曲线和累积曲线可以看出,测序深度已经覆盖了瘤胃液样品中大部分的真菌。2)第1、20、47天,试验组与对照组相比瘤胃液真菌的Alpha多样性指数差异不显著(P>0.05);第37天时,试验组瘤胃液真菌的Shannon和Simpson指数显著高于对照组(P<0.05)。3)主坐标分析图显示,试验组与对照组瘤胃液真菌样品聚集在一起。4)在属水平上,第20和37天,试验组瘤胃液真菌区系中毛霉菌属(Mucor)相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。第47天,试验组绵羊瘤胃液真菌区系中Metschnikowia相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。综上所述,低浓度醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性无明显影响,醋酸棉酚浓度增加至1200mg/(d只)时,Simpson和Shannon指数显著升高;醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌主要优势菌属组成无显著影响。     

24个白桑(Morus alba L.)地方品种的遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术对山东、河北地区的24个白桑(Morus alba L.)地方品种资源进行了遗传多态性分析。筛选的13条ISSR引物共扩增86条扩增带,其中多态性条带63条,多态性比率为73.25%,ISSR标记遗传相似系数范围在0.6706~0.9529。通过类平均聚类(UPGMA)法分析,24份材料聚分为2大类。     

偃麦草种质资源遗传多样性的RAPD分析

通过对DNA提取方法及RAPD反应体系进行探讨,建立了适应偃麦草基因组DNA提取的方法及优化的RAPD反应体系。在此基础上,依据Jaccard相似系数,采用UPGMA方法进行聚类,判定32份偃麦草种质材料间的亲缘关系及遗传多样性。结果表明:(1)改良常规CTAB法,即对样品先进行洗涤并提高CTAB含量到3%可提高偃麦草DNA的提取质量。(2)对100条随机引物进行筛选,共筛选出18条多态性高、重复性好的随机引物,以此对32份材料进行PCR扩增,共扩增出264条带,多态性条带为93.7%。(3)以遗传相似系数为依据,对32份偃麦草材料进行聚类分析,在相似系数为0.373处可将供试偃麦草种质资源划分为5大类群。     

东洞庭湖冬、夏两季湿地鸟类多样性比较分析

2007年8月—2009年1月对东洞庭湖湿地鸟类资源进行调查,从物种丰富度指数、多样性指数、均匀性指数、G-F指数等方面对比分析了冬夏两季鸟类的群落多样性。将物种数、多样性指数、均匀性指数作为基数,运用欧氏和最短距离法进行了聚类分析,结果表明:夏季树林灌丛和居民区生境鸟类群落结构十分相似,而水域和沼泽生境鸟类群落结构相似,冬季树林灌丛和芦苇、草滩沼泽生境鸟类群落结构十分相似,而水域和居民区生境鸟类群落结构相似。