棉花单核苷酸多态性标记研究进展

单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。     

Identification and molecular characterization of border disease virus (BDV) from sheep in India

Pestiviruses isolated from sheep and goats in India thus far have been bovine viral diarrhoea virus 1 (BVDV-1) or BVDV-2. During routine genetic typing of pestiviruses in the years 2009-10, border disease virus (BDV) was detected in eight Indian sheep of a flock showing clinical signs of BD by real time RT-PCR. All the samples yielded positive virus isolates in cell culture but were found negative by a BVDV antigen ELISA. A representative BDV isolate was characterized at genetic and antigenic level. Phylogenetic analysis carried out in 5′-UTR, N^pro and E2 regions of genome typed the Indian BDV isolate as BDV-3. A more detailed analysis in N^pro and entire region coding structural proteins showed that the N^pro (168), C (100 aa), E^rns (227 aa), E1 (195 aa) and E2 (373 aa) proteins were of size characteristic for BDV reference strain X818. Antigenic differences were evident between the BDV-3 isolate and previously reported BDV-1, BDV-5 and BDV-7 strains. Although origin of BDV-3 in India is not clear, the results reflect probable introduction through trade in sheep between India and other countries or BDV-3 may be more widely distributed. Additionally, this study suggests that for diagnosis of BDV infection, the commercial BVDV Ag-ELISA should be used with caution. This is the first identification of BDV in sheep in India which highlights the need for continued pestivirus surveillance and assessing its impact on sheep and goat production.     

SSR标记技术在马铃薯遗传育种研究中的应用

基于PCR基础上发展起来的SSR分子标记技术具有共显性遗传、多态性高、重复性好、稳定性好、操作简单等优点，本文简述了SSR分子标记技术的基本原理与特点，重点对马铃薯SSR引物的开发及其在马铃薯品种鉴定、遗传图谱构建与数量性状基因定位、分子标记辅助选择育种的研究现状进行了分析，并对其应用前景进行了展望。     

牛二酰甘油转酰基酶(DGAT1)基因的生物信息学分析

DGAT1基因作为影响奶牛产奶和肉牛肉质性状的主效基因之一,引起了人们越来越多的关注。本文应用生物信息学方法比较了人、牛、猪、绵羊等24个物种的DGAT1基因编码区(CDS)核苷酸和蛋白质序列,并对该基因的遗传多样性进行了分析。结果表明,DGAT1基因的CDS核苷酸和蛋白质序列长度多样性丰富;具有终止密码子偏爱性,包括牛在内的所有脊椎动物终止密码子都为TGA;在长度为1 187bp的33条基因序列中检测到992个多态位点,共生成26种单倍型。从聚类分析图可以看出,脊椎动物、无脊椎动物、植物和微生物的DGAT1基因之间存在着进化分歧,但界内差异较小。     

国外生猪育种体系简析及对我国生猪育种的几点思考

选择是生猪育种的核心,而准确地选择和选种依赖于完善和成熟的育种体系。国际养猪发达国家(国际育种企业)对育种体系不断完善,长期进行生长、繁殖和肉品质等各类性状的表型测定,运用多场联合评估和基因组选择等方法不断提高遗传评估的准确性,不断挖掘新的育种性状,并进行测定、评估和选育,实现了种猪群体持续的遗传改良和综合性能的不断提升。本文对欧美发达国家(国际育种企业)的生猪育种技术体系进行了综述,以期为我国的生猪育种工作提供参考,并促进我国生猪种业的创新发展。     

苇状羊茅EST-SSR标记在草甸羊茅和多年生黑麦草的通用分析

草甸羊茅（Festuca pratensis Huds）和多年生黑麦草（Lolium perenne Lam）均是禾本科、多年生草本植物,是优良的牧草和草坪草。本研究采用40对苇状羊茅（Festuca arundinacea Schred）的表达序列标签-简单序列重复（Expressed sequence tags-simple sequence repeats,EST-SSR）分子标记分别评比了18份草甸羊茅和18份多年生黑麦草的遗传的多样性,并发现上述标记在草甸羊茅和多年生黑麦草中的通用性比例分别为55%和50%。在草甸羊茅中22对引物共扩增出212个条带,每对引物扩增条带数在4～13之间,多态性条带总数为190条,百分率为89.62%;多年生黑麦草中20对引物共扩增出203个条带,条带数在4～16之间,多态性条带总数为182条,百分率为89.67％;另外,分子标记NFA103和NFA140可以直接用于区别多年生黑麦草和草甸羊茅。综上,本研究发掘的通用性引物对于两种草的遗传多样性分析及种质资源合理利用具有重要的意义。     

东佛里生羊MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在研究肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其对东佛里生羊生长性状的影响。从324只东佛里生羊全血中提取DNA,对MSTN基因外显子序列和非翻译区(untranslated region,UTR)序列进行PCR扩增,采用一代测序技术鉴定单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析不同位点的遗传多态性,并将不同基因型与东佛里生羊的生长性状进行关联分析。结果显示,在东佛里生羊MSTN基因外显子中未检测到突变;在3'-UTR区的272 bp处存在G→A单碱基突变,该位点只检测到AG和AA基因型,且AA基因型频率高于AG基因型;在5'-UTR区的176 bp处存在C→A突变,该位点只检测到CC和AC基因型,且CC基因型频率高于AC基因型。遗传多样性参数分析结果表明,东佛里生羊群体MSTN基因3'-UTR-272和5'-UTR-176位点的纯合度分别为0.827和0.887,杂合度分别为0.173和0.113,2个位点的多态性均较低(PIC<0.25),其群体基因型分布均符合哈代-温伯格平衡(P>0.05)。关联分析发现,3'-UTR-272位点AG基因型体斜长显著高于AA基因型(P<0.05),5'-UTR-176位点CC基因型胸围显著高于AC基因型(P<0.05),其余指标均无显著差异(P>0.05)。综上,东佛里生羊MSTN基因3'-UTR和5'-UTR突变位点可作为其目标性状选育的分子标记。     

松辽黑猪OAS1基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。     

基于线粒体DNA Cyt b研究城市化对上海金线侧褶蛙遗传结构的影响

城市化在全球范围内快速扩张,已经成为影响物种进化的重要力量。两栖动物的迁移能力较弱,城市化导致两栖类被完全或部分的隔离,丢失更多的遗传多样性。本研究对上海市的金线侧褶蛙(Pelophylax plancyi)的mtDNA Cyt b部分序列进行分析,共扩增出235条序列,获得61个单倍型。研究表明城市区域遗传多样性较低,上海市的金线侧褶蛙分化程度处于中低的水平(Max F_ST=0.296;Min F_ST=0.004),各种群之间遗传分化有限。黄浦江及其支流可能作为水上扩散通道,有助于基因交流,各城市公园之间的遗传分化差异并不显著;而长江阻碍了种群之间的交流,城市公园和郊区,以及岛屿种群之间的遗传分化显著。此外,单倍型网络和系统发育分析表明,上海的金线侧褶蛙并没有对应城市化程度形成相应的单系。     

Analysis on Polymorphisms of Three CNV Regions in Five Pig Breeds

The paper was aimed to investigate the polymorphism of copy number variation (CNV) in different pig breeds.Three CNV regions of CNVR91,CNVR92 and CNVR143 were chosen from the porcine SNP60 chip genotyping results.The polymorphisms of three CNVs were determined by Real-time quantitative PCR method,taking five pig breeds as samples,including Yorkshire pig,Xiang pig,Kele pig,Nuogu pig and Rongchang pig breeds.The results showed that the dominant status of CNVR91 was loss in Xiang pig,while it was normal in other four pig breeds.The major type of CNVR92 was deletion in Xiang pig,Yorkshire pig,Kele pig and Rongchang pig breeds,with a high normal percent in Nuogu pig.For CNVR143,the dominant event was gain in Xiang pig and Nuogu pig breeds,but it was not diverse in other three pig breeds.These results indicated that three CNV regions emerged with polymorphism in five pig breeds,which might have effects on gene expression in CNV regions and physiological function by dosage effect especially in Xiang pig,Nuogu pig and Kele pig breeds.