凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ型基因4种不同剪切体的序列分析

采用RT-PCR技术克隆了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因全长编码序列,对其核苷酸序列和编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,并在对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的编码区查找了单核苷酸多态性位点。结果显示：本研究克隆获得了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的4个可变剪切体,其编码的蛋白质均具有Troponin超家族结构域特征,同源性比对发现该蛋白的氨基酸序列在节肢动物中高度保守。系统进化分析发现凡纳滨对虾Tn-Ⅰ3和Tn-Ⅰ4与中国对虾和小龙虾的Tn-Ⅰ遗传距离较近,而Tn-Ⅰ1和Tn-Ⅰ2单独聚为一支,且与其他物种Tn-Ⅰ遗传距离较远;通过测序比较不同个体凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因序列发现在Tn-Ⅰ的4种不同剪切体编码区共同序列区第302位和472位碱基分别存在2个（A/G） SNP位点,其中位于第302位碱基的（A/G）错义突变使编码氨基酸由甘氨酸变为了谷氨酸（G/E）。凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因不同剪切体及编码区错义突变的发现为进一步探讨其基因功能奠定了基础。     

SYBR Green I 结合碳纳米管对金黄色葡萄球菌的快速检测

【目的】建立一种快速、准确检测金黄色葡萄球菌tst 基因的方法,为预防和控制金黄色葡萄球菌感染提供检测手段。【方法】采用一段特异识别金黄色葡萄球菌的DNA探针来识别基因组DNA,通过识别荧光染料SYBR Green I的信号来实现检测。通过对此方法的可行性、单壁碳纳米管最适浓度、目标链最适浓度、特异性等进行验证,建立产TSST-1金黄色葡萄球菌tst 基因的检测体系。【结果】在仅加入终浓度为1.07 nmol/L目标DNA的条件下,荧光值的恢复率达91%,荧光值的增强值为4.764。最适碳纳米管浓度为30 μg/mL,最适目标DNA浓度与探针DNA浓度相等,为1.07 nmol/L。特异性检测结果表明,该检测方法可以区分具有高相似性的序列（2-或12-nt的区别）。【结论】SYBR Green I结合碳纳米管适用于环境、食品及临床检验中对携带tst 基因的金黄色葡萄球菌的快速检测。     

云南屏边大围山微型鸡遗传多样性*

 云南屏边大围山微型鸡是我国具有独特遗传特性的、属于亚热带热带型早熟地方家禽品种。研究采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测,目的在于阐明其群体遗传变异和遗传结构状况。研究结果显示：33个微卫星座位共检测到65个等位基因,每个座位的等位基因数在1～3个之间,这些等位基因的频率大小在0.0333～1.000之间,平均每个座位的等位基因数为1.9697个,有效等位基因数在100～263个之间, 平均有效等位基因数为1.6846。群体平均杂合度（H）和群体平均多态信息含量（PIC）为0.1737和0.3279。结果表明,大围山微型鸡群体平均杂合度和群体平均多态信息含量较低,纯合度较高,未受到其它外来血液的混杂,是一个封闭的原始群体,具有较高的遗传一致性     

家兔UCP1 第3外显子基因多态性研究

为了解兔肉质性状特征,给兔的品种选种选育提供理论依据,选择UCP1基因设计1对引物扩增其第3外显子及第2内含子部分序列,采用DNA池PCR反应,直接测序法快速检测比利时兔、新西兰兔和加利福尼亚兔3个兔品种UCP基因多态性.结果在新西兰兔中发现1个多态性位点(T387C),多态位点对UCP1基因的RNA结构产生影响,其最小自由能由-917.51 kJ/mol变为-927.12 kJ/mol,而其他2个品种没有检测到该突变.     

泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化

为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性( MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明：最佳双酶切反应体系为800 ng的泥鳅基因组DNA,用EcoR I、 Hpa II和Msp I各10 U,在37℃下反应8 h后即可酶切;最佳预扩增反应体系为模板4μL、预扩增引物0·8μL、0·2 mmol/L dNTPs、1·5 mmol/L Mg2+和 Taq 1 U;最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释20倍的模板2μL、引物1·5μL、0·375 mmol/L dNTPs、1·5 mmol/L Mg2+和 Taq 1 U;二倍体泥鳅全甲基化率分别为24·1%、20·8%、22·3%,半甲基化率分别41·4%、20·8%、33·3%,总甲基化率分别为65·5%、41·6%、55·6%。研究表明,该反应体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在多倍体泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。     

吉林省烟草野火病菌群体分子多态性分析

为研究烟草野火病菌的群体遗传多样性,采用正交试验方法,对5个多态性引物(REP,ERIC,BOX,J3,IS1112)的Rep-PCR反应体系分别进行了优化,同时优化了体系中的Mg2+、dNTP、rTaq酶等几个因素,并在此基础上对来源于吉林省不同地区的70株烟草野火病菌进行了分子多态性分析。结果表明:优化的PCR反应体系电泳图谱清晰,多态性丰富,重复性好,适合烟草野火病菌群体分子标记研究。通过聚类分析发现,吉林省烟草野火病菌群体存在分子多态性,在遗传相似系数为0.9时,70个菌株被聚为4个类群(G1~G4),其中G1类群最大(39个菌株,占55.71%),而G3类群最小,仅包括2个菌株。G1和G2类群分别包含了5个和3个亚群。不同类群和亚群的菌株地理来源存在多样性。     

广西罗非鱼和卵形鲳鲹海豚链球菌的生化特性及基因多态性分析

对2006-2011年从广西养殖的罗非鱼Oreochromis niloticus和卵形鲳鲹Trachinotus ovatus中分离的链球菌菌株进行生理生化和二重PCR鉴定,并利用随机扩增多态性DNA标记( RAPD)对经鉴定为海豚链球菌Streptococcus iniae的临床菌株进行生化特性及基因多态性分析。结果表明：经鉴定共有22株临床分离菌株为海豚链球菌; RAPD分析发现,所有菌株的电泳结果均在750 bp处出现特异性条带,且带型相同;结合Bachrach的研究结果,推测本试验中所分离的22株海豚链球菌的血清型均为Ⅰ型。本研究结果可为防治鱼类海豚链球菌病提供科学依据。     

基于Xcm I酶切的pUC19-T载体的构建

[目的]构建以pUC19质粒为基础可利用Xcm I内切酶制备的T栽体。[方法]化学合成2条含有双XcmI酶切位点的互补寡聚核苷酸链,经过变性、复性后克隆入pUCl9质粒的HindIII和BamHI位点之间,通过XcmI酶切后得到一个线性化的带有3’末端突出一个T碱基的T栽体。[结果]经TA克隆验证,制备的pUC19-HB-T载体对PCR产物的克隆率达到95％以上。[结论]构建的pUC19-HB-T载体可用于PCR产物的克隆、测序及后续分子生物学操作。     

淹水胁迫对菘蓝苗期乙醇脱氢酶与过氧化物酶活性的影响

目的:研究淹水胁迫下菘蓝中乙醇脱氢酶(ADH)和过氧化物酶(Peroxidase,POD)活性的变化,以期为进一步研究菘蓝抗涝害的机理提供参考.方法:应用NAD还原法测定淹水胁迫下菘蓝中乙醇脱氢酶活性的变化;采用愈创木酚比色法测定过氧化物酶活性.结果:淹水胁迫下乙醇脱氢酶活性被诱导,淹水处理不同时间乙醇脱氢酶活性均高于...     

文昌鸡FSHR基因多态性及其对繁殖性状的遗传效应

【目的】寻找与文昌鸡繁殖性能相关的遗传标记。【方法】以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序分析,对FSHR基因所有外显子及部分内含子区域进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,收集文昌鸡繁殖性能指标,分析FSHR基因多态性与繁殖性状的关系。【结果】共发现4个区域存在SNPs位点,分别为:区域4中exon 4编码区43bp处的T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变;区域2中exon 2编码区5′端-49bp处的C→T突变;区域6中exon 6编码区3′端+12bp处的A→G突变;区域9中exon 8编码区3′端+38bp处的G→T突变。对以上4个区域不同基因型与繁殖性状的相关性分析表明,文昌鸡FSHR基因第4外显子呈现的3种基因型(CC/CD/DD)多态性,与文昌鸡300日龄产蛋数及平均联产天数显著相关(P<0.05)),而且CD杂合基因型的300日龄产蛋数及平均联产天数显著高于其他基因型(P<0.05)。【结论】FSHR基因可作为影响文昌鸡产蛋数的候选基因。