6 个不同品种荔枝果肉内生细菌群落多样性的高通量测序分析

【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以 6 个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR 扩增 16S rDNA 的 V3~V4 区,利用 MiSeq 高通量测序技术分析果肉组织内生细菌在门、科、属和种分类水平上的群落组成及优势菌群,结合 Alpha 多样性分析评估内生细菌群落多样性。【结果】对 6 个品种荔枝果肉内生细菌 16S rDNA 的 V3~V4 区进行扩增,共获得 2 139 086 条序列,其平均长度为 376 bp。不同品种荔枝果肉内生细菌群落在相对丰度和多样性上无显著差异。在门分类水平,变形菌门为主要优势细菌门类,其次为放线菌门。在科、属和种分类水平上,不同品种荔枝内生菌群落结构相似,但相对丰度占比不同。差异菌群分析结果显示,假单胞菌属（Pseudomonas）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、苍白杆菌属（Ochrobactrum）和迪基氏菌属（Dickeya) 在优良品种‘鹅蛋荔’‘糯米糍’和‘观音绿’中显著富集,根瘤菌属（Bradyrhizobium）和变形菌属（Snodgrassella）只在‘鹅蛋荔’中富集。根据菌群相对丰度进行聚类分析,‘观音绿’‘糯米糍’和‘鹅蛋荔’的相似性更高。Alpha 多样性分析结果表明,6 种荔枝果肉内生菌群仅在丰度和多样性上存在差异,但未达到显著水平。【结论】该研究首次分析了 6 个不同品种荔枝果肉内生细菌的群落结构,并在优良荔枝品种中发现特有的微 生物类群富集现象,可为后续提升荔枝品质、开发利用内生菌提供理论依据和重要参考。     

铺地木蓝对肇庆地区柑橘园土壤养分及细菌群落的影响

【目的】探究铺地木蓝在柑橘果园种植 1 年后对杂草、0~20 cm 土层土壤养分含量和土壤细菌多样性的影响。【方法】设置自然生草（CK1）、土壤覆盖遮草布（PD1）、土壤覆盖银黑地膜 + 种植铺地木蓝（PD2）、种植铺地木蓝（PD3）4 个处理,1 年后调查杂草种类、测定土壤理化性质（pH、有机质、全氮、碱解氮、全磷、速效磷、全钾和速效钾）和土壤细菌群落情况。【结果】 PD2 处理土壤全氮（0.86 mg/g）、全磷（0.78 g/kg）、速效磷（23.84 mg/kg ）、全钾（11.91 g/kg）、有机质（34.82 g/kg）含量最高;PD2 处理土壤全氮和碱解氮含量比 PD1处理的分别增加了 0.37、27.43 mg/kg,PD1 处理土壤全磷含量最低（0.41 g/kg）,PD3 处理速效磷（10.67 mg/kg）和有机质（25.99 g/kg）含量最低;PD1~PD3 处理的土壤全钾含量均大于 CK1 处理,速效钾含量则相反;杂草调查结果表明 PD1、PD2 处理均可很好地抑制杂草的生长。与 CK1 相比,PD1~PD3 处理均可降低土壤细菌群落多样性,但不影响细菌群落分布均匀性。PD2 和 PD3 处理的土壤细菌群落结构和丰度较相似,表现为变形菌门（Proteobacteria）相对丰度降低,绿弯菌门（Chloroflexi）、酸杆菌门（Acidobacteria）、浮霉菌门（Planctomycetes）、罗库菌门（Rokubacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）等有益细菌的相对丰度增加;其中 PD2 处理的优势菌属为 MND1（3.47%）、Sh765B-TzT-35（4.37%）,PD3 处理的优势菌属为 MND1（4.29%）。从 PD1 处理土壤中检测到视为土壤环境恶化的标志类群异常球菌 - 栖热菌门（5.10%）。【结论】柑橘果园行间道覆盖地膜后再种植铺地木蓝的综合表现最好,可以增加土壤养分和土壤中有益细菌群落的相对丰度。     

施氮量对番茄根际土壤细菌群落及氮转化功能的影响

为探究施氮量对番茄根际土壤细菌群落组成、结构和氮转化功能的影响,以设施番茄根际土壤为研究对象,通过盆栽试验,设置不施氮处理(CK,0 kg·hm^-2)、低氮处理(L,115 kg·hm^-2)、中氮处理(M,225 kg·hm^-2)和高氮处理(H,450 kg·hm^-2),采用高通量测序技术与FAPROTAX(Functional annotation of prokaryotic taxa)功能预测相结合的方法进行研究。结果表明,放线菌门(Actinobacteria)为主要优势细菌门,相对丰度为35.99%～40.06%,与CK处理相比,M处理放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度显著提高,而H处理放线菌门的相对丰度显著降低。M处理的根际土壤细菌群落中,有益细菌属Gaiella、Geminicoccus、红杆菌属(Solirubrobacter)、节杆菌属(Arthrobacter)的比例高于其他处理。施氮量变化未对根际土壤细菌群落的α-多样性产生显著影响,但显著改变了氮转化功能类群的...     

根瘤内生细菌对大豆胞囊线虫及根腐病菌的影响

为了明确大豆根瘤内生芽孢杆菌Snb2对大豆胞囊线虫的毒性和大豆根腐病菌的抑制作用,用菌悬液处理和对峙培养法分别测定了Snb2对两种病原微生物的作用效果.结果表明:Snb2的菌悬液能够明显抑制大豆胞囊线虫胞囊的孵化,相对抑制率达到94.9%;菌悬液处理J2 96 h时死亡率达到66.7%;Snb2菌株对4种大豆根系病原真菌表现不同程度的拮抗作用,对尖孢镰刀菌和茄腐镰刀菌的拮抗作用最明显,抑菌圈达到10 mm左右,抑制作用可持续10 d;经细菌悬浮液浸种测定,处理后的大豆子叶节到根尖的距离为9.1±4.54 cm,较对照增加了15.19%%,对幼苗生长有明显的促进作用;通过温室盆栽防效试验,进一步表明Snb2菌悬液进行种子浸种对大豆胞囊线虫病有明显的抑制作用,防治效果达到62.5%.     

星油藤青枯病病原菌鉴定

 星油藤(Plukenetia volubilis L.) 是一种重要的藤本油料植物,在我国华南地区广泛种植。青枯病是近两年在海南星油藤种植区发生的新病害,为探究星油藤青枯病菌的基本特性及种下分化情况,本研究对分离的6株代表菌株进行了相关分析。细菌学鉴定及致病性测定结果表明,该病害是由类茄科雷尔氏菌(Ralstonia pseudosolanacearum)侵染引起。同时,从传统分类及分子生物学不同层面分析了星油藤青枯病菌的遗传分化情况。生理小种及生化变种的测试结果表明,星油藤青枯病菌属于1号生理小种和生化变种Ⅲ;16S rDNA和egl基因部分序列聚类分析显示,星油藤青枯病菌属类茄科雷尔氏菌演化型Ⅰ即亚洲分支菌株,序列变种34。     

猕猴桃溃疡病菌biovar 3群体MLVA分型技术的建立与应用

 丁香假单胞菌猕猴桃致病变种生物型3(Pseudomonas syringae pv. actinidiae biovar 3,Psa3)是猕猴桃溃疡病菌的世界流行群体,但仅在中国存在复杂的遗传多样性。开发适于Psa3群体分型的MLVA(multilocus variable-number tandem-repeat analysis)技术是探索中国Psa3起源与流行学特性的基础。本研究对7个Psa3菌株进行了全基因组测序,结合已公布的86个全基因组数据,进行比较分析发现,中国Psa3至少存在7个亚群;在各亚群间存在多态性的24个串联重复序列中,其中10个可以通过琼脂糖凝胶电泳区分开且变异指数合适,据此建立了适于Psa3的MLVA技术。采用该技术对分别来自贵州和陕西的62和9个Psa3菌株进行群体分型,分型结果与全基因组分析高度一致,证明该MLVA体系分型准确。MLVA分型结果表明:贵州主产区修文县Psa3有3个MLVA群体,其中亚群4的组内分化明显,代表最早发生的群体;而亚群 1和3的结构单一,且多在新果园发现,是新传入群体。总之,本研究建立了一套可用于Psa3群体分型的MLVA技术,将有助于解析中国各猕猴桃产区Psa3群体结构,以及探索中国Psa3的起源、传播和流行学特征。     

甘蔗白条病及其致病菌Xanthomonas albilineans研究进展

由白条黄单胞杆菌Xanthomonas albilineans引起的甘蔗白条病是一种寄生在植物维管组织的系统性细菌病害,在全球多数种植甘蔗的国家或地区普遍发生,对甘蔗产业的发展构成潜在威胁。本研究综述了甘蔗白条病的发生和分布、传播与流行规律以及病原菌生物学与基因组特性、鉴定与检测、遗传多样性和致病机理等方面内容;提出加强抗病种质挖掘与新品种选育推广、加快抗病分子育种进程、切断病害传播途径、加强隔离检验检疫等病害防控策略;此外,评估了该病害在我国蔗区流行暴发的风险,展望今后甘蔗抗病分子育种、病原菌致病机制及其与寄主互作机理等方面的分子基础研究重点与应用前景。     

单生育期水分胁迫对温室葡萄根际土壤酶活性及微生物群落的影响

为明确单生育期水分胁迫对土壤酶活性和微生物群落结构的影响,选取5a生'红地球'鲜食葡萄为试验材料,采用单因素完全随机试验设计,以全生育期充分供水为对照(CK),依次在葡萄5个生育期分别设置轻度(M)和重度(S)两个水分胁迫水平进行大田试验,利用Illumina高通量测序技术分析土壤微生物的群落构成和多样性.结果表明:葡...     

生草对关中地区有机猕猴桃园土壤养分及细菌群落的影响

为探究不同生草模式对关中地区有机猕猴桃园土壤养分及细菌群落的影响,试验设置多年生黑麦草+毛苕子(Mode 1)、多年生黑麦草+草木樨(Mode 2)、多年生黑麦草+白三叶(Mode 3)及鼠茅草(Mode 4),以自然生草处理为对照(CK),观察草种生长特性、研究生草对果园耕层(0～20 cm)土壤养分影响,采用高通量测序法分析细菌群落结构。结果表明：鼠茅草越冬率最高,样地杂草株数最少。人工生草较自然生草有机质提高了6.46%～38.63%,以多年生黑麦草+毛苕子效果更为明显,且该处理提高土壤脲酶、蔗糖酶和碱性磷酸酶活性最为显著,分别为3.37、44.17和3.46 mg·d^-1·g^-1。同时,与自然生草相比,多年生黑麦草+毛苕子、多年生黑麦草+草木樨和多年生黑麦草+白三叶提高了土壤细菌群落的丰富度和多样性,多年生黑麦草+毛苕子存在最多差异显著的细菌分支。综上,关中地区有机猕猴桃园种植多年生黑麦草+毛苕子在一定程度上有助于提高土壤有机质及养分含量,改善土壤微生态环境。     

养殖刀鲚与生长环境菌群PCR-DGGE指纹图谱及多样性分析

为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物聚为一支,相似度为38%。回收测定所有显示条带,主要包含变形菌、放线菌、拟杆菌、柔膜菌、蓝藻细菌、厚壁菌、梭杆菌及少量未定义菌种。研究表明,PCR-DGGE技术能区分养殖刀鲚主要部位及水体微生物的结构差异和多样性,澄清养殖刀鲚及生长水体微生物区系,可为定植益生菌的开发提供参考。