Analysis of synonymous codon usage in chloroplast genome of Populus alba

The pattern of codon usage in the chloroplast genome of Populus alba was investigated. Correspondence analysis （a commonly used multivariate statistical approach） and method of effective number of codons （ENc）-plot were conducted to analyze synonymous codon usage. The results of correspondence analysis showed that the distribution of genes on the major axis was significantly correlated with the frequency of use of G＋C in synonymously variable third position of sense codon （GC3S）, （r=0.349）, and the positions of genes on the axis 2 and axis 3 were significantly correlated with CAI （r=-0.348, p〈0.01 and r=0.602, p〈0.01）. The ENc for most genes was similar to that for the expected ENc based on the GC3s, but several genes with low ENc values were lying below the expected curve. All of these data indicated that codon usage was dominated by a mutational bias in chloroplast gcnome ofP. alba. The selection in nature for translational efficiency only played a minor role in shaping codon usage in the chloroplast genome ofP alba.     

Comparative analysis of flower-meristem-identity gene APETALA2 (AP2) codon in different plant species

The flower-meristem-identity gene APETALA2(AP2), one of class-A genes, is involved in the establishment of the floral meristem and the forming of sepals and petals. Codon usage bias(CUB) identifies differences among species, meanwhile dynamic analysis of base composition can identify the molecular mechanisms and evolutionary relationships of a specific gene. In this study, eight coding sequences(CDS) of AP2 gene were selected from different plant species using the Gen Bank database. Their nucleotide composition(GC content), genetic index, relative synonymous codon usage(RSCU) and relative codon usage bias(RCUB) were calculated with R Software to compare codon bias and base composition dynamics of AP2 gene codon usage patterns in different plant species. The results showed that the usage of AP2 gene codons from different plant species were influened by GC bias, especially GC3 s. Overall, base composition analysis indicated that the usage frequency of codon AT in the gene coding sequence was higher than GC among AP2 gene CDS from different plant species. Furthermore, most AP2 gene CDSs ended with AT; AGA, GCU and UGU had relatively high RSCU values as the most dominant codon; the usage characteristic of the AP2 gene codon in Malus domestica was similar to that of Vitis vinifera; Paeonia lactiflora was similar to Paeonia suffruticosa and Solanum lycopersicum was similar to Petunia×hybrida. There was a moderate preference in the usage of AP2 gene codon among different plant species from relatively low frequency of optimal codon(Fop) values and high effective number of codons(ENC) value. This study has revealed the usage characteristics of the AP2 gene codon from the comparision of AP2 gene codon preference and base dynamics in different plant species and provide a platform for further study towards transgenic engineering and codon optimization.     

异质性下农业技术培训对农户农药使用量的影响

近年来我国农药使用量不断攀高,单位面积农药使用量远高于发达国家,农药的不当使用不仅会破坏农业生态环境,也会影响农产品质量安全。为了引导农户合理使用农药,控制农药用量,基于山东省蔬菜主产区2015年345份菜农调查数据,在考虑样本异质性的基础上,使用倾向得分匹配方法,测算农业技术培训对农户农药使用量的净效应。结果表明：技术培训能够有效地引导农户合理施药,对农户农药支出减少的净效应为17.35%~19.72%。     

空肠弯曲菌flaA基因序列及功能预测分析

[目的]对空肠弯曲菌空肠弯曲菌flaA基因的序列及功能进行预测分析。[方法]分析了多个空肠弯曲菌flaA核酸及氨基酸序列组成和序列差异性;预测分析了flaA基因密码子使用偏好性、蛋白结构和功能域、Fla A与相关功能蛋白的互作情况。[结果]不同菌株的flaA基因序列存在差异性,且差异主要存在于序列的中间区域。不同空肠弯曲菌菌株的同一基因在密码子选择上存在差异。Fla A与多个蛋白存在不同形式的相互作用。[结论]该研究可为空肠弯曲菌flaA基因序列分析和功能研究应用提供基础和依据。     

大豆花叶病毒CP基因密码子使用偏性分析

大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)外壳蛋白(coat protein,CP)是SMV基因组的结构蛋白,在SMV侵染大豆的过程中发挥着重要的作用。运用CUSP和Codon W等软件分析了大豆花叶病毒外壳蛋白的密码子的偏性,并与SMV基因组的密码子偏性进行了比较。结果表明,SMV CP偏好于以A/T结尾的密码子;与SMV基因组密码子偏性相比,发现只有8种氨基酸密码子偏性完全一致。ENC与GC3的相关性分析结果显示,CP的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响。聚类分析显示基于基因CDS序列的聚类结果与基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类结果基本一致。通过分析CP密码子使用特性,为进一步研究其功能奠定基础。     

基于案例分析的替代计量数据之科学使用方式研究

以Altmetric.com公司的用户案例为分析对象,总结了科研机构、出版社、图书馆、基金会和企业这些不同主体在替代计量数据运用方面的成功经验,识别了当前替代计量数据的3种科学使用方式,即用于加强宣传推广、论证影响价值和促进科学合作。在加强宣传推广方面,替代计量数据可以提升用户体验、扩大受众范围和迎合读者兴趣。在论证影响价值方面,替代计量数据可以扩大影响力的范围、提高影响力及时性、提供资助效率反馈和用于科技考核评价。这些成功的使用方式,可以为国内研究机构、资助机构等对替代计量数据的合理使用提供参考。     

水牛瘦素受体基因密码子使用偏好性分析

试验选取27头河流型水牛和41头沼泽型水牛,以从NCBI数据库中下载的家牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照,对编码瘦素受体（leptin receptor,LEPR）基因的密码子偏好性及水牛与其他物种间密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果发现,所有的密码子在河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因中均有使用,两种类型水牛偏好使用的密码子有28个,其中使用偏好性较强的密码子为AGA（RSCU≥2）,表明河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因密码子使用特征相似。水牛及参考物种LEPR基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但水牛与其他参考物种间偏好使用密码子的种类和数目有差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型水牛与沼泽型水牛亲缘关系最近,先聚为一类,然后与家牛、野牦牛和野牛聚为一类,再与绵羊、山羊、小鼠和人等物种聚为一类。在密码子使用频率上,河流型水牛LEPR基因与酵母密码子偏好性差异小于与大肠杆菌和小鼠密码子偏好性差异,从而揭示酵母更适合作为水牛LEPR基因的外源表达系统。     

基于农产品质量安全的农药使用与管理

农药一直是防治农业病虫害的主要手段和措施,在确保农业高产高效的同时也带来了环境污染、生态平衡破坏和食品安全隐患等一系列的问题.正确合理使用农药,应该遵循安全、经济、有效、简易的原则,在实际操作中必须根据防治对象选择防治效果好的农药,做到有的放失、对症下药.基于农产品质量安全下合理妥善合理的使用农药并对农药进行管理,这是确保农产品质量的标准做法.     

甘南药用植物种质资源调查及开发利用

甘南州境内药用植物资源丰富，经调查药用植物种质资源共182科662属1480余种，分布于西部高原区、中东部山地区、中北部山地区和东南部高山峡谷4个区。在查清资源种类的基础上，按植物的不同类型和药用部位进行了分类，同时针对存在的问题，提出了合理开发利用措施和建议。     

对广东省造林工程实施招投标制度的思考

回顾广东省造林工程概况,分析林业行业及造林工程特点以及当前导致造林质量不高、综合成效较差等问题的主要原因。造林工程实施招投标制度有利于提高造林资金使用效率,提升行业经营管理水平,形成公平公正的竞争秩序。为此,提出尽快出台相关管理办法,简化招投标程序,重视专业人员培养和监督管理等广东省造林工程实施招投标制度的建议。