水牛瘦素受体基因密码子使用偏好性分析

试验选取27头河流型水牛和41头沼泽型水牛,以从NCBI数据库中下载的家牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照,对编码瘦素受体（leptin receptor,LEPR）基因的密码子偏好性及水牛与其他物种间密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果发现,所有的密码子在河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因中均有使用,两种类型水牛偏好使用的密码子有28个,其中使用偏好性较强的密码子为AGA（RSCU≥2）,表明河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因密码子使用特征相似。水牛及参考物种LEPR基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但水牛与其他参考物种间偏好使用密码子的种类和数目有差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型水牛与沼泽型水牛亲缘关系最近,先聚为一类,然后与家牛、野牦牛和野牛聚为一类,再与绵羊、山羊、小鼠和人等物种聚为一类。在密码子使用频率上,河流型水牛LEPR基因与酵母密码子偏好性差异小于与大肠杆菌和小鼠密码子偏好性差异,从而揭示酵母更适合作为水牛LEPR基因的外源表达系统。     

芳香植物及其栽培技术简介

简要介绍了芳香植物的用途、种类和栽培技术要点,并对天津地区引进芳香植物进行了可行性分析。     

两种植物病原黄单胞菌基因组中同义密码子使用的分析

 根据已释放的基因组序列,对野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(Xanthomonas campestris pv. campestris,Xcc)和地毯草黄单胞菌柑桔致病变种(X. axonopodis pv. citri,Xac)的密码子使用进行了分析。相对同义密码子使用值(relative synonymous codon usage,RSCU)的计算表明,它们具有高度相似的密码子使用模式。2个基因组密码子第3位的GC含量(GC3s)平均达0.806±0.077(Xcc)和0.791±0.075(Xac),倾向于使用GC含量较高的密码子。对有效密码子数量和密码子适应指数的分析表明,Xcc与Xac基因组中,高表达基因具有较高的GC含量,倾向于使用少数种类的密码子,而低表达基因具有较高的AT含量,倾向于随机地使用密码子。对密码子使用绝对次数进行的对应分析也证明了上述结论。同时,计算也证明了基因在基因组中的位置不影响密码子使用的模式。因此,基因组的GC含量、基因的表达水平和基因的种类与起源是影响这2个基因组密码子使用的主要因素。     

2000—2021年黄河流域化肥使用量与粮食产量时空变化特征

[目的] 研究黄河流域化肥使用时空变化特征及其与粮食生产的关系,为该流域化肥施用管控提供理论依据。 [方法] 基于2000—2021年黄河流域化肥使用量和粮食产量相关数据,采用空间自相关分析、核密度分析和标准差椭圆等方法对黄河流域化肥使用的时空变化特征进行了分析,并探讨化肥使用量和粮食产量的关系。 [结果] 2000—2021年黄河流域粮食产量增长49.55%,大于化肥使用量增速(24.87%),2013年后流域化肥使用量开始波动下降,粮食产量依然保持增长趋势,化肥使用效率明显提升。近22 a来黄河流域化肥使用的区域集聚态势在持续减弱,黄河流域化肥使用量在空间上具有一定的非均衡性,热点区域主要集中在河南和山东省,冷点区域集中在青海和甘肃省,22 a来黄河流域化肥使用热点区域减少,高值聚集区向西移动,冷点区域增加。近22 a来黄河流域上中下游地区化肥使用量分别增长46.52%,38.68%和9.50%,西部地区化肥使用量快速增长,推动了流域化肥使用重心向北西西方向移动57.40 km。近22 a来黄河流域粮食产量重心向北北西方向移动22.06 km,与化肥使用量重心趋于分离。 [结论] 黄河流域化肥减量增效行动成效显著,但整体化肥使用强度仍为超标状态,未来仍需减少化肥使用。     

黄药大头茶叶绿体基因组密码子偏好性分析

为探究黄药大头茶叶绿体基因组密码子使用模式和影响因素,利用CodonW和CUSP在线程序对筛选出的42条CDS进行分析。结果表明：黄药大头茶叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾;ENC值介于35.64～53.19,密码子偏好性较弱;密码子数量与GC₃和ENC之间呈显著正相关,密码子的偏好性与基因长度有关。中性绘图分析、奇偶偏好性分析和有效密码子绘图分析结果显示：自然选择对密码子使用模式有重要影响,19个最优密码子进一步证明了密码子偏好以A/U结尾。CDS系统发育树偏向于物种进化关系的构建,RSCU聚类重在对密码子特殊进化规律的挖掘,二者可为推测物种、基因间的相似度和进化关系提供重要数据。本研究为黄药大头茶密码子的进化特征及叶绿体基因工程研究提供了有用信息。     

Analysis of synonymous codon usage in chloroplast genome of Populus alba

The pattern of codon usage in the chloroplast genome of Populus alba was investigated. Correspondence analysis （a commonly used multivariate statistical approach） and method of effective number of codons （ENc）-plot were conducted to analyze synonymous codon usage. The results of correspondence analysis showed that the distribution of genes on the major axis was significantly correlated with the frequency of use of G＋C in synonymously variable third position of sense codon （GC3S）, （r=0.349）, and the positions of genes on the axis 2 and axis 3 were significantly correlated with CAI （r=-0.348, p〈0.01 and r=0.602, p〈0.01）. The ENc for most genes was similar to that for the expected ENc based on the GC3s, but several genes with low ENc values were lying below the expected curve. All of these data indicated that codon usage was dominated by a mutational bias in chloroplast gcnome ofP. alba. The selection in nature for translational efficiency only played a minor role in shaping codon usage in the chloroplast genome ofP alba.     

对广东省造林工程实施招投标制度的思考

回顾广东省造林工程概况,分析林业行业及造林工程特点以及当前导致造林质量不高、综合成效较差等问题的主要原因。造林工程实施招投标制度有利于提高造林资金使用效率,提升行业经营管理水平,形成公平公正的竞争秩序。为此,提出尽快出台相关管理办法,简化招投标程序,重视专业人员培养和监督管理等广东省造林工程实施招投标制度的建议。     

南方集体林区林权制度改革研究

系统分析南方集体林区存在的产权问题,提出改革的主要内容:1)林权明晰化包括明确林地所有权主体,完善林地所有权的委托代理关系;构建经营权的委托代理关系,明确所有者与经营者之间的权利与义务;科学界定林地使用权和林木所有权主体.2)林权的安全性包括改革林地征用补偿制度;建立公益林征用(管制占用)补偿制度;改革商品林采伐限额制度;改革不合理的林业税费政策.3)林权的市场化运作包括降低交易成本;加强森林资源资产评估工作;提升林权交易需求的动力机制;激活林权交易市场的供给机制.     

双生病毒的同义密码子用法及其进化分析

 对双生病毒编码基因的变异进行了密码子用法分析,推测双生病毒基因的表达水平普遍不高,而外壳蛋白基因的表达水平相对较高,它们在密码子第3位上偏好使用A或T。双生病毒的密码子用法主要受到突变偏好和翻译选择等因素的影响。双生病毒的密码子使用具有基因特异性和一定程度的寄主特异性。基于相对同义密码子使用频率的聚类分析可以很好反映侵染单子叶植物和双子叶植物双生病毒之间的差异,也在一定程度上反映出双生病毒之间的亲缘关系。     

水稻密码子优化基因Mat#增强草铵膦抗性

来自细菌Nocardia sp.AB2253的蛋氨酸砜N-乙酰基转移酶基因(methionine sulfone Nacetyltransferase gene,Mat)编码产物具有N-乙酰基转移酶活性,能解除灭生性除草剂草铵膦的毒性,但在植物中表达效率较低.本研究用水稻(Oryza sativa)偏爱密码子优化的Mat#基因转化籼稻品系9K(Oryza sativa ssp.indica),经过PCR和Southern杂交验证,证明该基因已经整合至水稻基因组中.除草剂抗性检测结果显示,该转化体的芽期草铵膦耐受浓度至少为600 mg/L、秧苗期草铵膦耐受浓度至少为1 000 mg/L,对草铵膦的抗性水平不低于转双丙氨酰膦抗性基因(bialaphos resistance gene,Bar)水稻9KA2.酶活性测定结果显示,该转化体叶片中的N-乙酰基转移酶活性约为非转基因对照中的6.6倍.说明优化后的Mat#基因增强了草铵膦抗性,可作为转化筛选标记和抗除草剂目的基因应用于转基因作物育种.