屎肠球菌自溶的基因表达差异分析

为探讨屎肠球菌自溶状态下基因表达变化,利用高通量测序技术进行RNA-Seq分析。差异基因分析显示,自溶状态下共有783个基因表达出现差异,其中在自溶状态下上调和下调的基因分别为689和94个。GO功能聚类分析显示,差异基因主要富集在细胞、细胞组分、生物合成、有机物质生物合成几个方面。KEGG富集分析发现,差异基因主要参与了核糖体、氨基酰基-tRNA生物合成、嘌呤代谢、肽聚糖生物合成、嘧啶代谢、同源重组、氨基酸合成等通路,且下调的差异基因主要富集在碳代谢、糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢等能量代谢相关通路。说明屎肠球菌自溶状态下代谢出现了明显改变,对碳源的利用不足和合成能力的下降可能是导致屎肠球菌自溶发生的重要原因。通过分析屎肠球菌自溶状态下基因的表达情况,得到了充分的基因数据,为进一步研究屎肠球菌的自溶发生机制提供了基础。     

地方品种固始鸭γ-干扰素基因的克隆与分子进化分析

根据GenBank发表的鸭γ-干扰素cDNA基因序列,自行设计、合成1对引物,应用RT-PCR技术,无需用非特异性免疫原如ConA、PHA等刺激分离的脾淋巴细胞,直接提取总RNA,扩增固始鸭γ-干扰素基因(DuIFN-γ),并进行克隆和测序。测序结果表明,获得了DuIFN-γ全序列,其大小为515 bp,包含一个完整阅读框,编码164个氨基酸残基,推导的氨基酸有3个潜在的N-糖基化位点,有5个与二硫键形成有关的半胱氨酸。序列比较分析发现,克隆的固始鸭IFN-γ基因序列与GenBank中4条鸭IFN-γ基因序列中的3条序列(AF087134,AF100929,AJ012254)完全一致,而与另一条北京鸭核苷酸同源性为99.6%,有2个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为98.8%。固始鸭与人和其他种动物的IFN-γ基因序列分析和系统进化分析表明,IFN-γ基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高。DuIFN-γ基因的成功克隆为进一步研究固始鸭IFN-γ基因表达、生物学活性和应用奠定基础。     

苏云金芽胞杆菌CY1菌株的cry基因分析

通过醋酸钠-抗生素筛选法从河北省土壤中筛选得到了苏云金芽孢杆菌新菌株CY1。镜检可观察到伴孢晶体呈小菱形。SDS-PAGE分析结果表明菌株CY1表达的晶体蛋白分子量为130 kDa。利用25对通用引物检测cry1,cry1I,cry7,cry2,cry3,cry4/cry10,cry5,cry6,cry7,cry8,cry9,cry11,cry13/14,cry16/17,cry18,cry19,cry21,cry22,cry24/25,cry26/28,cry27/29,cry30,cry32,cry34/35,cry40基因,仅从CY1菌株中检测出cry7基因,该cry7基因N末端的1 215 bp片段所编码的氨基酸序列与已发表的Cry7Ab1(Acc No.:U04367)序列同源性达99%,仅有2个氨基酸的差异。用3对cry7Ab特异引物检测,进一步证实该菌株携带有cry7Ab基因。     

PCR法构建小鼠α-1,3-GT基因沉默载体研究

在已报道的shRNA序列前加上人类H1启动子,设计一段沉默小鼠α-1,3-GT基因的siRNA序列,针对该序列分段设计引物,完全采用PCR法将其连接起来,然后把该序列克隆到pGEM-T载体中,构建出针对小鼠α-1,3-GT基因的特异性沉默载体,为进一步获得α-1,3-GT基因沉默小鼠,构建异种器官移植用小鼠模型奠定了基础.     

犬瘟热病毒Lederle株H,N全基因序列分析及表达研究

采用RT-PCR方法自犬瘟热病毒Lederle株基因组RNA中扩增出H基因(1 911 bp)和N基因(1 707 bp)片段,序列测定和分析表明与Onderstepoort株、CDV3株等疫苗毒株的同源性在95%以上,而与野外分离株的同源性介于90%～95%;以获得的H,N全基因片段为模板,分别扩增H基因近3′端996 bp的基因片段以及N基因中间高度保守区562 bp的基因片段,经克隆测序后分别插入原核表达载体pET-32a中进行表达,结果显示H片段和N片段分别表达大小约为57 kD和37 kD的融合蛋白,Western blotting检测结果显示,表达蛋白均可与CDV抗血清发生阳性反应,提示原核表达产物具有与CDV抗血清结合的免疫反应性。     

农杆菌介导的半夏GUS基因瞬时表达

采用根癌农杆菌感染半夏无菌叶片、叶柄和愈伤组织,对GUS基因的瞬间表达进行研究,并分析了不同转化受体、感染时间、菌液浓度、共培养、预培养时间、菌种对GUS基因的瞬间表达的影响。结果显示,以半夏的无菌苗叶柄和愈伤组织,在OD值为0.2的EHA101或EHA105农杆菌液中感染15 min,叶柄暗处共培养3 d,愈伤组织2 d,能够得到较高的GUS基因瞬间表达。     

ENR基因在高油和普通玉米自交系中的克隆和表达分析

利用高油玉米自交系By804和普通玉米自交系B73为材料,克隆Enoyl-ACP reductase(ENR)基因,同时比较ENR基因的序列和表达差异。结果表明,ENR基因编码蛋白在高油和普通玉米中氨基酸序列完全一致;在授粉后15,25和35 d的胚中,ENR基因呈下调表达,在同一发育时期,ENR基因在高油玉米By804中较高表达。     

p5CS基因在蒙农杂种冰草植株中的表达及耐盐性研究

为尽快培育出适宜我国干旱荒漠地区大面积推广的耐盐冰草新品种,试验以经PCR和Southern blot杂交检测的含有p5CS基因的蒙农杂种冰草植株为材料,用Northern blot检测目的基因在转化植株中的表达;并用1.5%NaCl盐溶液进行胁迫处理确定转化植株的耐盐性。结果表明:转基因冰草植株与DIG标记探针杂交呈现明显的杂交带;盐胁迫下,游离脯氨酸含量增加较快,质膜透性、丙二醛含量增加较小,SOD活性较高。说明p5CS基因能够在冰草基因组的转录水平上表达,表达植株的耐盐性明显增加。     

籼稻Wx基因与稻米食用品质的相关性分析

以14个水稻品种及亲本为材料,通过检测各材料的Wx基因型,测定其直链淀粉含量(AC)、胶稠度(GC)和糊化温度(GT),对参试品种的Wx基因与AC、GC和GT的相关性进行了分析.结果表明,基因型为GG的品种具有较高的AC和较低的GC,而TT型品种具有中等的AC和较高的GC;AC与GC、GT呈极显著负相关,说明Wx除了控制稻米的AC之外,Wx与之紧密连锁的基因位点还可能影响GC的高低程度和GT的大小.对属于同一个恢复系的杂交组合的不育系和品种之间作偏相关性分析表明,优良品种的AC与不育系呈显著负相关,而品种的GC和GT与不育系之间的相关性却没有那么明显.     

兔出血症病毒VP60主要抗原表位基因的克隆与序列分析

本实验用RHDV CD株人工感染家兔,发病死亡后,取肝脏匀浆,用Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒RNA。根据Genbank已发表序列保守区设计并合成引物,采用RT—PCR方法扩增了RHDV衣壳蛋白VP60主要抗原表位基因。PCR产物纯化后,进行序列测定。测序结果表明,VP60主要抗原表位基因长525bp。该序列与已发表的其它13株RHDV VP60同一核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性比较。结果显示,CD株核酸序列与WX-84株同源性最高为97.5%,与其它毒株的同源性在92.0%~96.6%之间。氨基酸序列与WX-84株、墨西哥Mexico-89株同源性最高为99.4%,与其它毒株的同源性在96.6%~98.3%之间。