猪多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及oppA基因遗传进化分析

【目的】了解福建省猪场猪多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida,Pm）的流行及oppA基因遗传进化情况。【方法】本研究采用细菌分离培养、生化试验、16S rRNA PCR扩增测序、PCR荚膜分型、oppA基因克隆及相似性分析、动物回归试验等方法对分离菌株进行鉴定和分析。【结果】本研究共分离到10株菌,分离菌在血平板上形成淡灰白色、湿润光滑、奶油露珠状菌落;分离菌株能酵解蔗糖、果糖、麦芽糖和甘露醇,不能分解葡萄糖、枸橼酸盐、乳糖、硫化氢等,与多杀性巴氏杆菌生化特性基本一致;分离菌株16S rRNA序列与GenBank中登录的多杀性巴氏杆菌相似性达99.9%以上,10株分离菌均为多杀性巴氏杆菌;PCR荚膜分型显示,6株分离菌为荚膜A型,4株为荚膜D型;基于oppA基因的遗传进化树显示,10株分离菌均位于同一分支内;动物回归试验结果显示,在24 h内攻毒小鼠死亡率较高（21/30）,分离菌有较强的致病力。【结论】福建省猪场猪多杀性巴氏杆菌流行菌株的荚膜血清型主要是A和D型,且大部分菌株都来源于共同的祖先,本研究结果丰富了猪多杀性巴氏杆菌的流行病学资料,并为该病的防控奠定基础。     

家蚕地方品种线粒体基因组A+T丰富区的序列及分子进化分析

为了研究家蚕线粒体基因组A+T丰富区的结构和家蚕品种的进化,用PCR方法扩增了12个家蚕(Bombyxmori)地方品种线粒体基因组A+T丰富区及其侧翼序列,分离纯化后克隆到pMD18-T载体进行测序。序列分析表明,克隆片段长度约1.1 kb,基因排列顺序与C108线粒体相同,依次为12S rRNA基因3′端、A+T丰富区、tRNAMet、tRNAIle、tRNAGln和ND2基因5′端,在tRNAGln和ND2基因之间有47 bp的非编码区。以日本野桑蚕(Bombyxmandarina)为外群,用Phylip软件包构建了基于12个家蚕品种线粒体基因组A+T丰富区序列的NJ进化树。结果显示,甘肃种单独聚为一群,其进化早于其它11个品种聚成的类群,说明甘肃种是供试家蚕品种中进化最早的品种。这一结果在分子水平上为黄河流域是家蚕品种的发祥地之一提供了证据,也进一步支持了家蚕品种的中国起源说。对A+T丰富区及其侧翼基因的结构分析表明,家蚕线粒体12S rRNA和ND2基因都十分保守,14个品种统计只分别发生1个和2个碱基转换;A+T丰富区中(A+T)比例高达94.9%以上,第27 nt开始有1个T-串结构,长度为16~19 bp不等;同时还根据3个tRNA基因的核苷酸序列推定了其二级结构。     

家蚕GH18家族几丁质酶的系统进化和BmChi的时期表达分析

昆虫GH18家族几丁质酶主要参与昆虫蜕皮、细胞增殖和免疫等生理过程。为了系统开展家蚕GH18家族基因的研究,通过多物种几丁质酶的系统进化分析鉴定了8个家蚕GH18家族成员,并根据含有糖苷水解酶18(Glyco_18)催化结构域和几丁质结合结构域的不同将其分为6类,其中,各物种的CHT5具有典型几丁质酶结构。家蚕GH18家族成员中,BmChiR-1具有5个Glyco_18催化结构域和6个几丁质结合结构域,其它7个成员均只有1个Glyco_18催化结构域,BmCHT12还有1个ChitnaseA_N端结构域。8个家蚕GH18家族成员的基因分布在7条染色体上。通过半定量RT-PCR调查家蚕CHT5基因Bm-Chi在家蚕各发育时期的转录表达模式,该基因在蜕皮、化蛹、羽化等发育时期均有高水平表达,推测BmChi在蚕体旧表皮几丁质的降解过程中发挥重要作用。     

猪流感病毒的分离及NA基因的遗传进化分析

通过鸡胚接种分离到3株猪流感病毒,经HI、RT-PCR鉴定,其中GXHZ株为H1N2亚型毒株,GXLZ、GXXY株为H3N2亚型毒株,并对分离株进行EID50测定及GXHZ株的猪体攻毒试验。所扩增分离到3株SIV病毒NA基因与A/Sw/Hainan/1/2005(H1N2)的核苷酸和氨基酸序列同源性最高。3株SIV分离株的NA基因在氨基端胞浆尾区均由K6→R6,在非极性跨膜区均由V20→M20。系统发育分析表明本试验所分离的3个SIV毒株与H1N2亚型毒株亲缘性最相近,且来源于猪源H1N2亚型流感病毒。从时间上也发现,3个分离株的NA基因与1996年以后获得的H3N2毒株亲缘关系很近,都隶属于一个亚分支。     

从进化稳定策略看生物个体间的竞争关系

本文从进化稳定策略的基本概念出发,利用进化稳定策略的分析了生物种内和种间个体竞争和捕食行为,并探讨了进化稳定策略的生物学意义。     

前后盘吸虫梅花鹿源分离株的种类鉴定及遗传进化分析

旨在研究温州地区的梅花鹿源前后盘吸虫的种类和遗传进化,利用形态学和分子生物学方法,对虫体样本进行染色显微镜观察及pcox1和pnad1序列的PCR扩增和序列分析。形态学鉴定结果表明,前后盘吸虫梅花鹿源分离株在外部形态、大小以及内部组织器官与鹿前后盘吸虫(Paramphistomum cervi)相近。序列比较分析结果表明,3株前后盘吸虫梅花鹿源分离株样本的pcox1和pnad1序列完全一致,扩增产物长度分别为446和505bp,与GenBank中鹿前后盘吸虫(KT198987)同源性最高,分别为98.2%和97.7%。遗传进化分析表明,3株前后盘吸虫梅花鹿源分离株与鹿前后盘吸虫位于同一分支。表明,分离的虫株在形态学和遗传进化分析上均与鹿前后盘吸虫具有高度的一致性,提示获得的前后盘吸虫梅花鹿源分离株为鹿前后盘吸虫。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒基因组全序列分析及病害的田间调查

为明确近年来在浙江省葫芦科作物上发生的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)基因组特征及其发生分布情况,从浙江省及上海地区的甜瓜、西瓜和瓠瓜上采集疑似样品进行RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼接获得基因组全序列并进行系统进化分析,利用特异性引物扩增获得CGMMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列,制备CGMMV CP抗血清进行Western-blot和Dot-ELISA检测。结果显示,来自甜瓜、西瓜和瓠瓜的3个CGMMV分离物基因组全序列均具有烟草花叶病毒属典型基因组结构特征,全部由6 423 nt构成;3个全序列间的核苷酸同源性高达99.11%~99.67%,编码的CP氨基酸同源性为100%。系统进化分析发现,CGMMV不同分离物形成2个进化相关群体,3个浙江的CGMMV分离物均位于第I组内,与已报道的中国CGMMV分离物和韩国CGMMV分离物亲缘性较高。Western-blot检测表明CGMMV CP抗血清可以与感病植株中的病毒发生特异性反应,可用于CGMMV鉴定;Dot-ELISA检测发现CGMMV在浙江省和上海市的葫芦科作物上普遍存在。     

水稻编码光系统Ⅱ相关捕光色素蛋白Lhcb2基因的克隆与表达分析

捕光复合物蛋白(LHCP)在植物光合作用过程中发挥重要的作用。基于水稻基因组信息,以亚洲栽培稻籼稻品种黄华占、长雄蕊野生稻及其杂种F_1为试验材料,克隆了水稻Lhcb2基因,并对其基因内含子信息、蛋白序列特征、进化树、蛋白结构、基因表达进行分析。结果表明:水稻Lhcb2基因全长880 bp,含有1个长98 bp的内含子。开放阅读框长度为792 bp,编码263个氨基酸;水稻LHCB2与13个其他植物的LHCB氨基酸序列一致性为68.78%。进化树分析显示,水稻LHCB2蛋白与同属禾本科的毛竹和麻竹亲缘关系最近,与低等植物团藻亲缘关系最远。水稻LHCB2蛋白属于亲水性蛋白,其理论分子量为28 495.40,理论等电点为5.62,具有2个无序化区域,无序化比例为30.04%;水稻LHCB2蛋白三级结构有2个β折叠和3个α螺旋组成。Lhcb2基因荧光定量分析结果显示,长雄蕊野生稻和杂交F_1代植株叶片中表达量分别为黄华占的1.22和1.96倍。长雄蕊野生稻中的叶绿素a和b、色素、类胡萝卜素等均高于黄华占及其杂交F_1代。长雄蕊野生稻叶绿素a的含量分别为另2份水稻材料的1.13和1.75倍,叶绿素b含量为1.10和1.60倍,色素含量则为1.13和1.72倍。     

RAPD分子标记技术及其在草坪植物研究中的应用

介绍了RAPD分子标记的原理和特点，以及该技术在草坪植物种质资源的遗传多样性分析、亲缘关系及系统进化研究、品种及杂种纯度鉴定中的应用，同时阐述了它在草坪植物研究领域中存在的问题及其展望。     

牛线粒体D-loop的序列分析及进化关系

牦牛存在两处10bp和7bp的缺失．10个品种的20条D-loop序列中共有18种单倍型，共检测到164个突变位点，346个突变碱基，其中转换突变235个，颠换突变55个，插人和缺失突变56个．基于聚类分析显示本试验所检测的黄牛中除了鲁西黄牛以外都起源于欧洲原牛，鲁西黄牛来源于两个母系，一个是欧洲原牛，另一个是瘤牛型原牛．牦牛与黄牛起源于不同的母系．