低氧胁迫下中华绒螯蟹血淋巴细胞的转录组学

为了探究低氧胁迫对中华绒螯蟹血淋巴细胞影响的分子机制,实验通过使用Nova Seq 6 000测序技术,检测了低氧组(1.5±0.5) mg/L和对照组(6.0±0.5) mg/L分别处理24 h后的中华绒螯蟹血淋巴细胞的转录组数据变化。首先,对测序得到的原始数据进行拼接、注释以及筛选,分析获得的128 614个转录本和128 614条基因,平均长度为2 634 bp (N50),Q30> 92%。其次,以1.2倍为阈值,共筛选出1 687个差异表达基因,其中上调基因899个,下调基因788个。GO和KEGG分析发现,低氧胁迫对中华绒螯蟹血细胞的三羧酸循环、糖酵解途径、ECM-受体相互作用、间隙连接、细胞凋亡、酚氧化酶系统以及其他免疫相关基因等产生了显著影响。最后,随机挑选转录组数据中的10个基因进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,结果显示与转录组数据分析相一致,其中包括6个上调的基因：整合素1、铜/锌超氧化物歧化酶、磷酸肌醇3激酶、磷酸甘油酸突变酶2、PDGF/VEGF相关因子1和relish;4个下调的基因：无脊椎连接蛋白7、热休克蛋白90、线粒体ATP合成酶α和天...     

饲料VD3水平对黄颡鱼转录组差异基因表达的影响

为研究饲料中添加维生素D_3对黄颡鱼基因表达的影响,实验基于RNA-Seq技术对用添加不同水平维生素D_3[0(VD0),1243(VD2),22700(VD20)IU/kg]的饲料喂养的黄颡鱼肾脏和小肠的转录组数据进行分析。通过对305 568982条原始reads的筛选和排除,得到了83 265条unigenes,平均长845.38 nt,N50为1620 nt。利用Blast等相关软件对数据进行深度分析,得到功能注释基因共29 224个。根据GO富集分析发现,差异表达基因主要集中在细胞过程、代谢通路、生物调控等通路中,KEGGpathway富集分析结果显示,代谢通路涉及基因最多,有1532个。相对于对照组,添加1243和22700 IU/kg的VD_3(VD0 vs VD2/VD0vs VD20)可得到共同上下调基因共380个,其中上调基因266个,下调基因114个;3种水平下共同上下调的基因共2 1个,其中上调基因4个,下调基因1 7个。研究表明,在饲料中添加不同浓度维生素D_3会对黄颡鱼的生长代谢和生物调控等相关基因表达产生影响,且不同浓度实验组,相关基因的表达存在差异。本实验通过对差异表达基因的后续分析及预测,为黄颡鱼的生长代谢及疾病预防等方面的研究提供了丰富的数据来源。     

硫氧还蛋白及其与肿瘤的关系

硫氧还蛋白(thioredoxin,Trx)是一种普遍表达于各种生物组织器官的小分子多功能蛋白质。Trx、硫氧还蛋白还原酶(thioredoxin reductase,TrxR)和还原型辅酶Ⅱ(NADPH)共同组成了Trx     

基于TPB-NAM框架的农户生活垃圾分类影响因素分析

农村生活垃圾分类治理对改善农村人居环境和推动乡村振兴有着重要意义。基于CLES 2021调查的2 411户农户的微观数据，以计划行为理论（TPB）和规范激活理论（NAM）的整合模型为理论框架，运用Heckman两阶段模型对农户生活垃圾分类参与意愿和程度的影响因素进行了实证分析。结果发现，受访农户中对生活垃圾分类的参与意愿和行为存在严重的悖离；行为态度、主观规范、感知行为控制以及责任归属对参与意愿有显著正向影响；参与程度主要受到感知行为控制和责任归属的正向影响。据此，提出了相应建议，以期为农村生活垃圾分类治理提供参考。     

物理教学激活学生创新思维的探讨

创新教育是素质教育的核心,物理教学要创新首先要搞好基础教育,而物理教学是基础教育的一部分,在物理教学中应如何激活学生的创新思维,笔者认为首先要给学生构建一个自主学习、师生平等、对话开放、充满激情的教学平台,在这基础上再进行激活学生的创新思维。     

合作社激活大产业 小甘蓝念活致富经

新野县蔬菜专业合作社自1997年成立以来,已发展省级无公害蔬菜基地近万亩,服务农户2.8万多户。建有占地面积140亩的蔬菜示范园区2个，占地4000平方米集办公、培训、加工、销售为一体的综合服务场所一处。建起了自己的网站：配备了信息化收集、农残检测、产后加工和产品整理等先进设施，资产规模达1200万元。     

Fe3O4纳米颗粒细胞毒性的研究

为了研究Fe3O4纳米颗粒在突变细胞系的中的毒性问题，采用不同浓度Fe3O4纳米颗粒处理含有核苷酸剪切修复基因XPF突变的原代XPF细胞与HeLa细胞.细胞集落形成实验证实了Fe3O4纳米颗粒对XPF细胞的生长有显著的抑制作用，表现出了一定的细胞毒性，说明Fe3O4纳米颗粒不适合应用于有核苷酸剪切修复基因突变的人群.RT-PCR的结果发现CHEK1，RPA1，RPA2和RPA3的转录在XPF细胞内较明显地增加，说明了Fe3O4纳米颗粒通过改变XPF细胞内这些基因的转录，从而抑制其分裂和生长.     

用5′LongSAGE标签产生的长cDNA片段分析西方蜜蜂(Apis mellifera)基因座LOC727225的选择性剪接

选择性剪接是真核生物产生蛋白多样性的一个重要机制,并能通过产生不同的剪接本来调节基因在不同组织或发育阶段的表达而发挥其作用.本研究采用3条5 ′ LongSAGE标签序列作为上游引物,通过RT - PCR克隆了西方蜜蜂(Apis mellifera)的一个预测基因座LOC727225的4条cDNA序列(GenBank登...     

转录组测序及其在反刍动物中的应用研究进展

近年来，随着下一代测序技术的快速发展和成本降低，转录组测序（RNA-seq）已经成为一种全面而准确的基因表达模式分析工具。反刍动物，尤其是牛羊等具备较高的经济价值，因此，研究反刍动物的转录组测序具有重要意义。本文介绍了RNA-seq技术及其在反刍动物应用中的最新研究进展，为反刍动物基因组学研究提供参考依据。     

山羊TNNT3基因可变剪切及其对骨骼肌细胞分化的作用

【目的】快速骨骼肌肌钙蛋白T（fast skeletal troponin T3,TNNT3）作为肌钙蛋白(troponin, Tn)家族成员,调节横纹肌收缩、参与骨骼肌的生长发育并影响家畜肉质性状。通过获得山羊TNNT3基因的可变剪切体,分析山羊TNNT3基因可变剪切的表达模式及其在肌细胞分化中的作用,深入解析TNNT3基因在山羊骨骼肌生长发育过程中的作用机制。【方法】基于NCBI已公布山羊TNNT3基因（NM_001314210.1）和牛TNNT3基因（XM_010821200）mRNA序列,使用软件Primer Premier 6.0设计引物,以简州大耳羊胚胎期和出生后7个阶段骨骼肌为试验材料,克隆测序获得山羊TNNT3基因的CDS区可变剪切体,利用软件ORF Finder、EditSeq、DNAMAN、ClustalW和MEGA_X_10.1.8等对序列进行生物信息学分析;进一步设计实时荧光定量（real-time PCR,RT-qPCR）及半定量引物,研究TNNT3基因剪切体在7个不同组织（背最长肌（longissimus dorsi muscle,LD）、半膜肌（semimembranosus muscle,SM）、心、肝、脾、肺、肾）和7个发育阶段（胚胎期E75、E90、E105和出生后B3、B45、B150、B300）肌肉组织（背最长肌和半膜肌）中表达模式;此外,对转录本TNNT3_3进行体外编码能力检测确定其具有编码蛋白的能力,并在山羊骨骼肌卫星细胞（skeletal muscle satellite cells,MuSCs）中过表达,观察细胞形态变化以及检测标志基因的表达变化,研究其对山羊MuSCs分化的作用。【结果】①TNNT3（NM_001314210.1）CDS区全序列主要含有18个外显子,其中外显子16/17相互排斥,转录后单一表达。克隆发现山羊TNNT3基因 5个新转录本（TNNT3_1—5）,其外显子数分别是15、15、20、16、14。②生物信息学分析结果显示山羊TNNT3基因核苷酸序列和氨基酸序列与绵羊、牛、猪等哺乳动物具有很高的一致性,而与鱼类和爬行类动物的一致性较低,说明TNNT3基因序列在哺乳动物高度保守。③TNNT3 mRNA在背最长肌、半膜肌、心、肝、脾、肺、肾7个组织中都有表达,其中在骨骼肌中高度富集(P < 0.01),心脏及肺次之,其余组织中较低;TNNT3 mRNA在背最长肌和半膜肌中的表达始终处于一个动态变化中,胚胎期TNNT3在半膜肌的表达量高于背最长肌（P<0.05）;出生后则背最长肌中高于半膜肌（P<0.05）。④山羊TNNT3基因转录本TNNT3_3重复出现保守的外显子9—11（138bp）,体外翻译实验显示其可编码蛋白且蛋白大小与预期基本相符（37 kD）;相较于对照组,在山羊MuSCs中过表达该转录本使肌分化标志基因Myomaker、MyoG和MyH4 mRNA极显著升高(P < 0.01)。【结论】获得了山羊TNNT3基因具有完整CDS区5个新可变剪切体,TNNT3主要在肌肉组织（背最长肌和半膜肌）中高表达,在哺乳动物中高度保守且促进成肌分化。初步表明TNNT3基因在动物肌肉生长发育中具有重要的生物学功能。