参考群筛选方法及规模对基因型填充准确性的影响

为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化（maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA）、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化（minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA）、平均亲缘关系最大化（the highest mean kinship coefficients,KIN）、随机选择（random selection,RAN）、共同祖先筛选（common ancestor,CA）等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片（Affymetrix Axion HD genotyping array）进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓。综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。     

皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析

为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2（hyaluronan synthase 2,HAS2）基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点：位于外显子1的T221A错义突变（导致亮氨酸替换为赖氨酸）和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型（27.5%）,且在皱皮香猪群体中紧密连锁（r²=0.253）,而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol^-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol^-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol^-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol^-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪（P<0.05）,A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪（P<0.01）。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异（P>0.05）。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。     

Isolation and Identification of BPIV3 Genotype C

To identify the infection agents from Ningxia Hui Autonomous region, where feedlot cattle indicated bovine respiratory disease complex (BRDC), the M gene of the bovine parainfluenza virus type 3 was amplified by RT-PCR.The PCR product was ligated to pMD18-T vector and cloned to E.coli DH5α.The positive clones were sequenced and compared with the reference strains in GenBank by the molecular biology software.Sequence alignment results showed that a BPIV3 strain was isolated from the samples and named NX49, the M gene of NX49 included 1 056 nucleotides.Evolutionary analysis showed that the NX49 belonged to BPIV3 C genotype and shared 99.4% nucleotide identity with that of the SD0835 isolated in Shandong province.The characterization of the NX49 demonstrated that it was sensitive to temperature, acid and organic matter.The presence of Mg²⁺ showed no protection against the treatment at high temperature.The HA test suggested that the NX49 enables to agglutinate the guinea pig RBC at 4 ℃ and the titer was 1∶4.The study isolated a BPIV3 genotype C strain successfully, which facilitate the study of molecular evolution and epidemiology of BPIV3 in China.     

猪繁殖性状主效基因及其合并基因型对产活仔数的影响

研究分析了大白、长白和杜洛克3个品种ESR和FSH-β基因的多态性及单基因、多基因合并与产活仔数的关系。结果表明:ESR和FSH-β基因在3个品种中均检测到AA、AB和BB 3种基因型,且A基因为优势基因型。ESR和FSH-β基因在3个品种中,产活仔数具有按照基因型AA、AB、BB递增的趋势,BB型个体产活仔数显著高于AA和AB型(P0.05),BB型为优良基因型。合并基因型在3个品种中,BBBB型产活仔数均显著高于其他合并基因型(P0.05),为最优合并基因型,AAAA为最劣合并基因性;合并基因型效应显著(P0.05),且高于单基因效应。因此,可以将这2个基因通过分子标记辅助选择或分子标记辅助选配的方法应用到猪的生产实践中,以提高猪的产仔数。     

广东水禽源大肠埃希菌耐药性及氨基糖苷类耐药基因研究

为了调查广东地区水禽源大肠埃希菌对氨基糖苷类药物耐药现状和耐药基因的流行情况,探索大肠埃希菌的氨基糖苷类耐药基因型与耐药表型之间的关系,本研究采用琼脂梯度稀释法测定251株广东地区水禽源大肠埃希菌对氨基糖苷类药物的耐药性和采用PCR方法检测耐药基因。药敏试验结果显示,大肠埃希菌对链霉素耐药较严重,鸭源和鹅源的耐药率分别为81.58%和75.43%,对庆大霉素和卡那霉素较敏感,耐药率分别为25%和54.86%,对阿米卡星最为敏感,其中鸭源的菌株耐药率仅为1.32%。PCR方法检测显示,aadA1和aph(3′)-1检出率较高,为84.6%和91.9%,表明携带aadA1和aph(3′)-1耐药基因的水禽源大肠埃希菌在广东地区呈流行趋势。耐药基因型与耐药表型相关性分析结果显示,耐药基因rmtB的携带与4种药物(庆大霉素、阿米卡星、卡那霉素和壮观霉素)耐药株的产生具有显著相关性,表明耐药基因rmtB对大肠埃希菌耐药株的产生起重要的作用。本试验结果可为指导广东地区水禽大肠埃希菌病的临床用药提供理论基础和研究大肠埃希菌的耐药基因提供相关的数据。     

光照强度与生长空间对蔓生长豇豆生长的影响

以蔓生长豇豆为试材,对4份长豇豆种质资源(10-2、10-7、10-9-24、13-26)在秋大棚不同光照强度和生长空间条件下,进行了植物学性状和产量性状的比较分析,以期优化蔓生长豇豆种植模式。结果表明:4份材料对光照和生长空间的反应在各项指标上表现出基本一致的规律,即较强的光照和较大的生长空间可以使长豇豆提早开花,提高单株产量;不同材料单株产量提高的幅度不同,南架与北架相比10-2增幅最大,为220.0%,10-9-24增幅为150.0%,13-26增幅为55.6%,10-7幅度为71.4%。由此可见,光照强度与生长空间对蔓生长豇豆生长影响显著,较强的光照强度和较大的生长空间利于蔓生长豇豆的生长和产量潜能的发挥。     

豇豆新品种浙翠9号的选育

浙翠9号是以浙翠2号为母本、夏宝2号为父本育成的长豇豆新品种。该品种中熟偏晚,生长势较强,主、侧蔓均可结荚,荚长69.5 cm、宽0.9 cm,单荚质量30.5 g,豆荚粗细匀称、肉厚、肉质致密;嫩荚浅绿色,商品性好;春季栽培全生育期为115~122 d,秋季栽培全生育期为105~112 d,抗逆性好,抗病毒病,中抗煤霉病、枯萎病。     

合浦县优质高产豇豆品种比较试验

为筛选出适合广西合浦县种植的高产、优质、抗病的豇豆新品种,2015年特选6个豇豆品种与春宝1号进行比较试验。试验结果表明,恒丰8号、华珍8号和源丰6号为中熟品种,单荚性状较优,总产量和早期产量均较高,生长势和抗病毒性表现均较好,是适宜本地栽培的优良豇豆新品种,值得大面积推广;高优好777开花早,始花、结荚节位低,分枝起节位少,早熟性好,单荚性状中等,早期长势较好,抗寒性较强,但抗病毒性较差,适宜本地早春早熟栽培,可以适当推广。     

外源ACC通过激活乙烯合成及信号转导诱导小豆抗锈性

大量研究表明, 乙烯可激发植物对死体营养型真菌的抗性, 但我们前期研究发现, 乙烯合成前体ACC可提高小豆对活体营养型真菌——锈菌的抗性, 为初步明确其机制, 本研究分析了ACC处理对小豆乙烯合成及信号转导的影响, 结果表明, ACC处理显著提高了乙烯合成基因VaACS1及信号通路关键基因VaEIN2?VaEIN3?VaERF5的表达水平?此外, ACC处理后再接种锈菌, 小豆锈病的发病程度显著降低?对接种锈菌后不同时间VaPR2和VaPR4的表达分析表明, 相比ACC处理后不接种对照, ACC处理后再接种锈菌的处理, 接种后1~5 d这两个基因表达量显著升高; 与水处理不接种锈菌相比, 水处理接种锈菌5~8 d后VaPR2和VaPR4的表达量虽显著上调, 但应答时间较ACC处理滞后, 且总体表达水平低, 表明ACC激活乙烯通路进而诱导防卫反应基因上调表达是其诱导小豆抗锈性的关键?