DRD1及DRD2基因多态性与鸡冠高和体重的相关性

研究鸡DRD1及DRD2基因与冠高和体重的关系。在DRD1和DRD2基因上共选取20个多态位点,对586只宁都三黄鸡的基因型进行检测,分析各位点与77、84及91日龄冠高和体重性状的相关性。结果表明:位于DRD2基因5′侧翼区的位点A-6543G与91日龄体重显著相关(P<0.05),位点C-6539T与91日龄冠高显著相关(P<0.05);DRD1基因编码区上6个多态位点与不同日龄的鸡冠高和体重无显著相关(P>0.05),但由C+765T、C+1011T与G+1065A这3个位点组成的单倍型块与77日龄冠高呈显著的相关性(P<0.05)。研究结果提示:DRD1基因的单倍型块可作为77日龄冠高的辅助选择的有效分子标记;而DRD2基因上A-6543G可作为91日龄体重的有效分子标记,位点C-6539T可为91日龄冠高标记辅助选择提供参考。     

鲤IGF-Ⅰ基因2个高度多态微卫星位点的鉴定及其与生长相关性状的关联分析

利用PCR结合测序方法,在鲤(Cyprinus carpio)类胰岛素生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor-Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因内含子1和内含子2中各鉴定1个微卫星多态性位点,分别命名为intron1189和intron2310,这两个位点均以4碱基为重复单元.以黑龙江鲤(Cyprinus cario haematopterus,YL)(n=263)、德国镜鲤选育系(Cyprinus carpio L.mirror,JL)(n=229),及荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var.wuyuanensis,HL)(n=255)为研究对象,评估了这两个位点不同基因型(频率＞3％)与鲤4个生长时段(135 d、325 d、335 d和445 d)生长表型的关联.结果显示,2个位点在3个鲤群体中均表现为高度多态(PIC＞0.5).intron1189位点多态性主要对YL的135 d、325 d体长和325 d、385 d体质量有显著影响(P＜0.05),而intron2 310位点多态性对JL各检测时段的体长和体质量均有显著影响(P＜0.05).对不同基因型个体的体长和体质量性状进行多重比较,结果显示,在intron 1189位点,185/229基因型YL的135 d、325 d体长和325 d、385 d体质量最低,而205/221基因型YL的135 d、325 d体长和325 d体质量最高.在mtron2310位点,290/350基因型JL在各检测时段的体长及135 d、325 d、385 d体质量最低,而318/350基因型JL的135 d、325 d、385 d体长和体质量均为最高.上述结果表明,鲤IGF-Ⅰ基因内含子中的这两个高度多态微卫星位点潜在影响鲤的生长性能.     

建鲤生长激素促泌素受体1基因的特性及其与增重相关SNP位点的筛选

GHS-R基因在哺乳类为候选的肥胖和生长数量性状位点。本实验使用RT-PCR及PCR的方法,从建鲤(Cyprinus carpio var.jian)分离到2个jlGHS-R1s,称为jlGHS-R1a和jlGHS-R1b(分别简称1a和1b)。jlGHS-R1s的阅读框编码360个氨基酸,两者间相似性高达96%;另外还存在2个jlGHS-R1s的转录变体(分别简称1a’和1b’),选择性切割了翻译起始碱基后第490-680 nt的191 bp片段,该片段两端碱基分别为gt-ag,这种选择性切割导致翻译提前终止,仅翻译184个氨基酸,包括前面3个半跨膜区,这与已报道的罗非鱼等的保留内含子的转录变体不同。jlGHS-R1s的阅读框被1个内含子分隔,该内含子位于第260个氨基酸密码子的第1和第2个碱基之间,1a和1b的内含子长度分别为676 bp和885 bp。使用分段PCR在建鲤群体的1a和1b基因上共找到32个SNP位点,构建PCR-RFLP法对其中9个SNPs进行基因型检测,结果发现各种基因型在322尾建鲤中均有出现,但存在着明显的偏分布。与增重的相关分析表明,位点1a-I_C386T和1b-E1_G159T与雌雄鱼鱼种和成鱼阶段增重分别呈极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)相关,CC型和GG型个体增重最快,另外有5个位点则与其中的某阶段或者某性别的增重相关,为了确定上述所得标记的适用性,选取其中4个标记在另外7个家系共610尾鱼中检测,结果 C386T和G159T还是与增重呈极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)相关,可用于建鲤分子育种。     

利用重组自交系进一步验证控制水稻纹枯病的QTL并筛选其它位点

验证QTL存在的方法之一是在多群体或环境条件下鉴定相似位置和效应。有文献报道了关于影响水稻纹枯病抗性QTL的定位。但是他们的研究结果缺乏一致性，这就限制了对该重要性状进行标记辅助选择的潜力。由于有限的小区面积和重复次数以及杂合性和分离等原因造成了早期的连锁分析不精确。我们评价了一组重复育种纯系（RILs），以便增加数量性状病害资料的可靠性；     

刺参(Apostichopus japonicus)重要经济性状相关SNP标记的验证分析

本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)~ 0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(He)介于0.031(SNP113)~0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)~0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离Hardy- Weinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。     

中国北方玉蜀黍黑粉菌交配型a位点鉴别及遗传多样性分析

利用特异性引物对2017年采自7个省(自治区)的84份玉米瘤黑粉病菌进行交配型a位点鉴别,采用相关序列扩增多态性(ISSR)分子标记技术对供试菌株进行遗传多样性分析,分析我国北方玉米主要产区玉蜀黍黑粉菌交配型a位点基因型种类及其遗传多样性水平。结果表明,玉蜀黍黑粉菌交配型a位点基因型主要有mfa1、mfa2和mfa1+mfa2三个种类,84株菌株中,mfa1基因型和mfa1+mfa2基因型均有31株,占鉴定株数的36.9%;22株为mfa2位点,占鉴定株数的26.2%。通过筛选出的8条ISSR引物共扩增出61条清晰条带,特异性条带55条,多态性位点所占比例为90.2%。UPGMA聚类分析结果表明,供试菌株遗传相似系数介于0.59～0.92,在遗传相似系数为0.65时供试菌株被分为6个类群,表现出丰富的遗传多样性。ISSR揭示的玉蜀黍黑粉菌遗传多样性、交配型a位点基因型以及地理来源之间的关系分析结果表明,菌株的遗传类群和交配型a位点基因型之间无密切关系,并且两者与菌株地理来源也无明显相关性。     

Detecting QTLs for rice panicle length under different N levels

Ｒｉｃｅｐａｎｉｃｌｅｌｅｎｇｔｈｉｓａｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄｎｏｔｏｎｌｙｂｙｇｅｎｅｔｉｃｆａｃｔｏｒｓｂｕｔａｌｓｏｂｙｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ，ｅｓｐｅｃｉａｌｌｙｂｙｎｉｔｒｏｇｅｎｓｕｐｐｌｙｌｅｖｅｌ．Ｉｔｉｓｓｕｐｐｏｓｅｄｔｈａｔｇｅｎｅｓｏｆｒｉｃｅｐａｎｉｃｌｅｌｅｎｇｔｈｃｏｕｌｄｂｅｆｕｌｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｕｎｄｅｒｓｕｆｆｉ ｃｉｅｎｔＮｓｕｐｐｌｙａｎｄｂｅｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄｂｙｌｏｗＮｓｔｒｅｓｓ．Ｄｅｔｅｒ…     

基于SNP标记揭示中国鲜食玉米品种的遗传多样性

中国已经成为全球鲜食玉米最主要生产和消费国家之一,解析我国鲜食玉米品种之间的遗传多样性和亲缘关系,对品种鉴定和品种培育具有重要的指导意义。本研究利用Illumina Maize 6K芯片对全国范围内的385个鲜食玉米品种进行全基因组扫描,了解群体结构,划分种质类群,估算品种间的遗传距离,揭示其遗传多样性。结果表明,5067个SNP标记在385个鲜食玉米品种中基因多样性平均0.406,变幅为0.097～0.500;多态信息含量(polymorphism information content, PIC)平均0.319,变幅为0.092～0.375。通过PCA分析和群体遗传结构分析一致表明,本研究所收集的品种主要划分为3个类群,分别为糯玉米类群(糯玉米和甜糯玉米,共185个品种)、温带甜玉米类群(123个品种)和热带甜玉米类群(77个品种)。两两品种间的遗传距离在0.132～0.472之间,平均值为0.37。通过FST分析检测到不同类群间有160个区域受到强烈选择,其中包括4个玉米籽粒淀粉合成途径的关键基因(sh2、su1、su2和wx1),进一步利用分子标记验证了sh2和DGAT1-2两...     

前沿科技

我国科学家完成大黄鱼全基因组测序由浙江海洋学院领衔,与上海交通大学、复旦大学等机构联合破译了大黄鱼全基因组测序,构建了大黄鱼基因组图谱,并成功解析其先天免疫系统基因组特征。大黄鱼全基因组测序是我国公布的第二个海水鱼类的基因组图谱,也是世界上第一个石首科鱼类基因组图谱,标志着我国大黄鱼研究进入组学时代。大黄鱼免疫基因信息的充分解析,有助于发现与抗病力相     

利用三倍体胚乳遗传模型定位爆裂玉米膨爆特性QTL

 【目的】探讨爆裂玉米膨爆特性的分子遗传基础，为遗传改良和分子标记辅助选择提供有益信息。【方法】以普通玉米自交系丹232和爆裂玉米自交系N04为亲本构建259个F2﹕3家系群体，利用SSR标记构建分子标记遗传图谱，利用三倍体胚乳遗传模型和区间作图法对F2﹕3群体在两种环境条件下的膨爆特性进行了QTL定位和效应分析。【结果】构建的爆裂玉米SSR遗传连锁图谱包含183个标记，覆盖玉米基因组1762.2 cM，标记间平均距离为9.63 cM。爆裂玉米的膨爆特性是由效应不等的多基因控制的数量性状，同时受环境条件的影响。两种环境条件下共检测到18个爆花率QTL，17个膨化体积QTL和21个膨化倍数QTL。单个QTL可解释的表型变异介于4.4%～28.0%，可解释的表型总变异为65.8%～96.6%，基因的作用方式为加性、部分显性、显性和超显性的QTL数目分别为2、1、4、20和1、5、1、22，超显性在膨爆特性的遗传中起着最重要的作用。【结论】与以往膨爆特性以加性效应遗传为主的研究结果不一致的主要原因在于三倍体胚乳模型对显性效应的细分和对显性效应较小QTL的显性效应的高估。