牙鲆养殖群体遗传变异的微卫星标记研究

应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示，微卫星标记比其他标记具有更高的多态性，10个微卫星座位的等位基因数在4～10之间，有效等位基因数在2．23～5．82之间，平均等位基因数为7．6，群体平均杂合度为0．6960，Hardy-weinberg遗传偏离指数的平均值为0．1774。     

乌鳢和斑鳢EST序列微卫星信息分析

乌鳢(Channa argus,♂)、斑鳢(Channa maculatus,♀)是杂交鳢"杭鳢1号"的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列59 959条,长度45 mb,发现15 428个SSR,出现频率为25.73%;获得斑鳢EST序列44 337条,长度27 mb,发现8 439个SSR,出现频率为19.03%。在乌鳢和斑鳢EST-SSR中,重复单元以1~2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值要低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。     

鲤IGF-Ⅰ基因2个高度多态微卫星位点的鉴定及其与生长相关性状的关联分析

利用PCR结合测序方法,在鲤(Cyprinus carpio)类胰岛素生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor-Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因内含子1和内含子2中各鉴定1个微卫星多态性位点,分别命名为intron1189和intron2310,这两个位点均以4碱基为重复单元.以黑龙江鲤(Cyprinus cario haematopterus,YL)(n=263)、德国镜鲤选育系(Cyprinus carpio L.mirror,JL)(n=229),及荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var.wuyuanensis,HL)(n=255)为研究对象,评估了这两个位点不同基因型(频率＞3％)与鲤4个生长时段(135 d、325 d、335 d和445 d)生长表型的关联.结果显示,2个位点在3个鲤群体中均表现为高度多态(PIC＞0.5).intron1189位点多态性主要对YL的135 d、325 d体长和325 d、385 d体质量有显著影响(P＜0.05),而intron2 310位点多态性对JL各检测时段的体长和体质量均有显著影响(P＜0.05).对不同基因型个体的体长和体质量性状进行多重比较,结果显示,在intron 1189位点,185/229基因型YL的135 d、325 d体长和325 d、385 d体质量最低,而205/221基因型YL的135 d、325 d体长和325 d体质量最高.在mtron2310位点,290/350基因型JL在各检测时段的体长及135 d、325 d、385 d体质量最低,而318/350基因型JL的135 d、325 d、385 d体长和体质量均为最高.上述结果表明,鲤IGF-Ⅰ基因内含子中的这两个高度多态微卫星位点潜在影响鲤的生长性能.     

异源精子诱导犬齿牙鲆的雌核发育

用冷冻保存的花鲈精子作为异源精子,采用紫外线(UV)对精子进行照射使其遗传物质失活,然后与卵子进行"授精",可以刺激犬齿牙鲆鱼卵进行雌核发育,在受精后一定时间采用冷休克处理"授精"卵,抑制第二极体排出成功获得了犬齿牙鲆雌核发育二倍体鱼苗.实验表明:犬齿牙鲆同源精子经80 mJ/cm2的紫外线照射可以完全失活,冻存花鲈精子经紫外线照射后也同样具有诱导犬齿牙鲆雌核发育的能力.无论同源精子还是异源精子,最佳诱导条件为在18℃条件下,精子经80 mJ/cm2的紫外线照射,受精后4～5 min将受精卵放在3℃海水中进行冷休克处理,持续时间为45 min,同源精子和异源精子二倍体诱导分别为32.66%±7.03%和28.00%±6.48%.采用形态学、流式细胞仪DNA含量分析和微卫星标记技术对雌核发育鱼苗进行了分析,证明了雌核发育鱼苗为雌核发育二倍体.     

中华绒螯蟹37个多态性微卫星标记在亲子遗传中的分离方式分析

为了评估基因组扫描方法获得的中华绒螯蟹微卫星标记的遗传方式,随机选择60个候选三核苷酸微卫星标记,首先利用中华绒螯蟹F1家系双亲及其6个F1子代共8个样品进行PCR扩增验证和多态性检测,随后对多态性标记位点在80子代个体中的亲子遗传分离类型及连锁关系进行了分析。结果显示,42个（70.00%）位点得到清晰扩增产物,其中有5个单态微卫星位点和37个多态微卫星位点。多态位点中23个位点子代基因基因型为1：1：1：1分离类型,11个位点属1：1分离类型,余下3个位点为1：2：1分离类型。37个多态位点中35个位点（94.59%）的分离符合孟德尔分离比（P>0.05）,scaffold430598_213690和scaffold21303_16865位点显著偏离1：1：1：1分离比。35个分离比符合孟德尔分离比的位点中,scaffold240262_150253、scaffold216209_138892、scaffold293154_172768三个标记发生连锁关系,scaffold285640_169721和scaffold427534_212914发生连锁关系,scaffold507500_231891和scaffold92860_68250标记发生连锁关系。以上结果表明开发的候选微卫星标记适用于中华绒螯蟹亲子鉴定和遗传图谱构建。     

尼罗罗非鱼(♀)×萨罗罗非鱼(♂)杂交F_2与F_3群体遗传特征的微卫星分析

利用罗非鱼第二代遗传连锁图谱中微卫星标记对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)(♀)×萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)(♂)杂交后代F_2、F_3群体遗传特征进行了初步比较分析。结果显示,28对引物中有22对引物能有效扩增,未观察到杂交后代F_2、F_3中有多倍体个体现象。筛选出7个在尼萨罗非鱼杂交后代F_2、F_3群体中存在差异的位点。杂交F_2群体平均等位基因(Na)为2.71,平均多态信息含量(PIC)为0.466,平均观测杂合度(Ho)为0.632;杂交F_3群体平均Na为2.14,平均PIC为0.370,平均Ho为0.432,杂交F_3遗传杂合性较杂交F_2降低。F_2自繁F_3过程中,F_3群体4个位点的等位基因与F_2完全相同,3个位点的等位基因少于F_2,且F_3群体在2个位点出现完全纯合,杂交F_3群体位点等位基因呈现纯合趋势。研究结果为尼萨罗非鱼杂交世代遗传变异与杂交利用积累基础资料。     

牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析

采用微卫星标记分析技术,用5个多态性的微卫星标记对来自3个不同国家（中国、日本和韩国）的牙鲆养殖群体进行了遗传多样性研究。研究结果表明,3个牙鲆群体平均等位基因在4．8～5．6之间,平均观测杂合度（H0）在0．3917～0．5643之间,平均期望杂合度（HE）在0．5981～0．6264之间。有多个位点在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明,中国群体与日本群体遗传距离最近,韩国群体与日本群体遗传距离最远。分子方差分析（AMOVA）表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的92．44％和7．56％,固定系数（R）为0．0752（P〈0．001）,表明牙鲆3个养殖群体遗传分化显著。     

人工控制自然交尾条件下中国对虾父本的微卫星识别

人工控制自然交尾条件下,在保持中国对虾雌、雄5∶1的交配比率下,获得了两尾交尾并产生子代的雌虾,同时有4个疑似父本需要识别.利用3个微卫星引物及其组成的三重PCR技术对4个疑似父本进行了鉴别,准确的找到了相应的与雌虾交尾的雄虾.这为建立半同胞家系提供了一种新的技术和思路.     

异型雄性罗氏沼虾遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星DNA标记研究3种近亲交配形态型雄性罗氏沼虾遗传多样性,所用虾样均采自国家级(南宁)罗氏沼虾良种场,共150尾成年近亲交配的雄虾,其中蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各50尾。研究结果表明,3组样品的生长发育差异显著,蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各组中微卫星位点的总等位基因分别为24、28和22,3组样品所有位点的平均观察杂合度为0.474～0.556。其平均群体内近交系数为-0.0189,说明杂合子过剩,对比分析和群体间分化系数表明,3组雄虾遗传差异明显,最大遗传间距位于蓝色长臂型和小个体型,最小的遗传间距位于蓝色长臂型和橙色长臂型。研究结果将为罗氏沼虾优质父本选育和调控雄性遗传发育提供基础性遗传信息。     

草鱼野生与选育群体遗传变异微卫星分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,实验采用多重PCR技术对4个野生草鱼群体(邗江、九江、石首、吴江)和2个选育群体(F1和F2)进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,6个草鱼群体遗传多样性水平较高,2个选育群体除了平均等位基因数外,其他遗传多样性参数均小于4个野生群体。哈迪—温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)检测显示,在120个群体—位点组合中有62个位点显著偏离哈迪—温伯格平衡,62个群体—位点组合中只有11个组合其近交系数值为负值,其余的51个组合的Fis均为正值。6个草鱼群体AMOVA分析结果显示,3.75%的变异来自于群体间,96.25%的变异来自于群体内,整体的遗传分化指数值为0.038。进一步分析各个群体间Fst,只有石首群体与F1、F2群体之间的Fst大于0.05,处于中等分化,其余群体间分化程度较低,且F2群体与4个野生群体之间Fst比F1群体与4个野生群体之间的Fst大。奈氏标准遗传距离分析结果显示,2个选育群体与野生群体之间的遗传距离大于野生群体之间的遗传距离。基于Dn建立的UPGMA系统发育树得出了相同的结果,即2个选育群体与野生群体之间的亲缘关系比4个野生群体之间的亲缘关系要远。研究表明,经过2个世代选育后,相比4个野生群体,2个选育群体遗传多样性虽有部分下降,但仍处于较高的水平,2个选育群体的遗传结构已发生变化,但其遗传分化程度尚不明显。本研究结果为制定出更加完善有效的选育方案提供了重要参考。