猪繁殖与呼吸综合征病毒感染的诊断及其分子特点

采用流行病学调查、临床症状观察、病理学检查、病毒分离、分离毒株测序以及遗传演化分析的方法,对北京及其周边地区4个猪场剖检的4头猪进行分析。结果:流行病学和临床症状表现为急性高热性传染病;病理学观察为非化脓性脑炎和间质性肺炎等多器官严重的病理变化;RT-PCR和病毒分离确定该疫情的主要病原是猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)。与典型PRRSV感染不同的是:成年猪感染率达50%以上,病死率达80%以上;PRRSV分离株全基因序列分析表明属于PRRSV北美洲型,特别是PRRSV NSP2不连续缺失30个氨基酸,说明此次流行的PRRSV毒株可能为高致病性毒株。     

PRRSV河北地方分离株ORF5基因序列分析

为了分析河北秦皇岛和唐山部分地区流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因变异情况,对采集自秦唐部分地区在2009年的临床发病猪肺组织,提取其RNA,通过RT-PCR扩增样本中PRRSV的ORF5全序列,并对其进行生物信息学分析.应用DNA Star软件分析序列,系统进化分析表明,它们与国内2006年-20...     

鸡传染性支气管炎病毒SD060311株和GD080122(肾型)株的全基因组序列分析

通过对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)分离株SD060311和GD080122(肾型)的基因组进行RT-PCR扩增和基因序列测定,结果表明其基因组大小分别为27 788 nt和27 407 nt,与已报道的IBV全基因组序列大小不完全一致,但基因组编码基因的顺序与已报道的IBV一致,均为5′cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly (A)3 ′.与已报道的IBV毒株和火鸡冠状病毒进行比较,绘制系统进化树,结果显示,SD060311和GD080122(肾型)分离株自成一支,与中国分离株BJ株和A2株的亲缘关系最近.本研究不仅丰富了冠状病毒的生物信息数据库,且为进一步研究IBV致病机理和变异机制等奠定了基础.     

5株堆形艾美耳球虫线粒体cox3基因的增及序列分析

以5株堆形艾美耳球虫为研究对象,对其线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅲ亚基(cox3)的部分基因(pcox3)进行了PCR扩增、测序及序列分析,并与GenBank上已发表的顶复门原虫相关序列进行比较,研究其线粒体cox3基因遗传变异情况.结果每个虫株均获得572 bp的目的片段,利用DNAStar软件进行序列比对,5株堆形艾美耳球虫线粒体pcox3序列完全一致,与疟原虫和住白细胞虫相应序列的相似性分别为51%和50%,而与泰勒虫的相似性少于50%.本研究首次报道了堆形艾美耳球虫pcox3序列,结果显示不同来源的堆形艾美耳球虫pcox3序列没有差异,与毒力无关,为进一步研究艾美耳球虫的群体遗传学奠定了基础.     

鸡传染性法氏囊病病毒DK株VP2基因序列分析及其对SPF雏鸡的致病力

为探究鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)DK分离株的致病性和遗传变异情况,本研究测定了该分离株的鸡胚半数致死量(ELD50)、对SFP雏鸡的致病力以及扩增病毒的VP2基因并分析其序列。结果显示,DK分离株对鸡胚的ELD50为104.5/0.2mL,以2×10^3ELD50剂量感染SFP雏鸡出现典型IBD的临床症状、剖检和组织学病变;实验鸡发病率为100%,致死率为44.4%;DK株VP2基因序列与参考株的同源性为93.1%~97.0%、氨基酸序列同源性为93.6%~97.5%,其基因序列和氨基酸序列均与Cu-1wt参考株(经典株)同源性最高;DK株VP2氨基酸序列的七肽区SASWSGS及249Q、253Q、279D、284A、290M、313V、330S氨基酸位点均与强毒株的氨基酸位点一致;但其222P、256V、299N3个氨基酸不符合IBDV超强毒株的特征;而其第222、249位氨基酸为P和Q,与抗原变异株(vIBDV)的T和K也不相同。结果表明:IBDVDK株为中等偏强毒力病毒。本研究为IBD的防控提供参考依据。     

鸡肉质鲜味特性相关基因的克隆及序列分析

本研究对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因的cDNA进行了克隆,并对序列进行了分析,共发现有6处碱基突变249 G→A(TH)、717 C→G(TH)、985 A→G(TH)仅在泰和乌骨鸡中出现;992 T→C(RW)、1400 C→T(RW)仅在隐性白羽肉鸡中出现;而在泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡中均检测到突变1179 A→C(TH,RW).其中985 A→G(TH)、1400C→T(RW)处突变导致两处氨基酸突变Thr→Ala(305)、Ala→Val(443),其它4处碱基突变均为同义突变.另外对几种脊椎动物Adsl基因核苷酸序列水平、蛋白质水平同源性进行了比较分析.     

鹅IGF-I基因cDNA的克隆、分析与原核表达

从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-I基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932).运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅JGF-I基因的编码区长462 bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成.克隆鹅IGF-I基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达.经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28 ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白.     

海豚Prion基因的克隆与序列分析

动物海绵状脑病是一种动物中枢神经系统发生的一系列致命性神经退行性变化的疾病，包括人的新型变异型克雅氏病（v-CJD）、库鲁病（Kuru）等，动物的羊痒病（Scrapie）、牛海绵状脑病（BSE）、鹿慢性消耗性疾病（CWD）等多种疾病。 Prusiner教授提出，该类疾病的感染因子是一种不含有核酸的淀粉样蛋白颗粒，并命名为Prions（Proteinaceous infectious particles）。目前的研究表明，朊蛋白疾病的传播是由于哺乳动物食用了含有Prion蛋白感染因子的饲料而导致发病，如牛食用了含有痒病因子的肉骨粉发生疯牛病。然而，痒病致病因子只能传染给牛，不能传染给人类；但是经过中间宿主牛以后，该致病因子便可以传染给人类。对于这种现象的产生目前还不明确，有专家指出可能与Prion蛋白不同株系基因序列的变化有关。因此对动物海绵状脑病种间屏障的研究具有重要的意义。     

禽呼肠孤病毒C-98分离株S3基因的克隆及序列分析

参考GenBank中禽呼肠孤病毒S3基因序列设计一对引物,以禽呼肠孤病毒内蒙古分离株(C-98)基因组RNA为模板,应用RT-PCR方法获得病毒的S3基因,并克隆到pMD19-T载体后测序。应用计算机软件将所测定序列与参考毒株ARV 176、ARV S1133、ARV 138的S3基因序列进行比较,核苷酸同源性分别为99.8%,99.6%,87.7%,推导其氨基酸同源性分别为99.5%,98.9%,94.8%。应用PHD程序和DNAStar软件,对S3基因所编码的σB蛋白结构进行预测,结果表明,σB蛋白为结构紧密的球状蛋白分子。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒江苏分离株ORF5及Nsp2基因部分序列分析

对2006—2007年分离于江苏省部分发病猪场的PRRSV,采用RT-PCR技术,进行ORF5基因序列以及Nsp2基因部分序列的扩增、克隆并测序。应用DNAStar软件将测序结果与已发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果表明,分离的21株病毒ORF5基因大小均为603bp;与国内分离株之间同源性为87.7%～97.0%,与国外美洲型分离株同源性为85.6%～90.5%;21株PRRSV分离株与欧洲型毒株之间的同源性仅为54.1%～56.6%。14株用于扩增Nsp2基因部分序列的PRRSV在全基因组第2778～2780位及第2947～3033位分别缺3个和87个碱基,其中的2个江苏扬州分离株在第2747～2836位又缺失了90个碱基;14个毒株之间同源性为93.2%～99.0%,与VR-2332相比同源性为74.9%～78.5%,与国内河北、河南等地2006年的PRRSV分离株相比同源性为94.1%～99.1%。