棉铃虫膨胀线粒体基因组的鉴定与分析

以已公布的棉铃虫线粒体DNA序列对来自4头棉铃虫雄蛹的DNA的三代测序数据进行筛选,获得了11条与线粒体DNA有同源性的三代read序列,并根据其中的read 66003鉴定出了一种膨胀的线粒体基因组。该线粒体基因组大小为27 113 bp,其保守区域包含13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因以及1个AT富集区,与已公布的棉铃虫线粒体基因组的结构相似。膨胀区域位于cox1基因编码区内部,大小为11 467 bp,经预测含有一个完整的真核基因(依赖ATP的RNA解旋酶)以及多种转座元件的片段,但与线粒体DNA无同源性,也无I类或Ⅱ类内含子存在的证据。对田间和室内棉铃虫DNA样品的PCR扩增未能检测到膨胀线粒体基因组的存在。以上结果表明膨胀片段可能是细胞核DNA序列通过偶然的水平转移事件而整合到线粒体基因组中的,且该种膨胀方式的发生概率极低。本文报道的膨胀线粒体基因组为日后动物线粒体基因组学的研究提示了一种独特的变异方式。     

基于16S rRNA序列探讨我国海鳝科鱼类分子系统进化关系

为从分子水平分析海鳝科鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,实验通过PCR扩增获得我国海鳝科9个属26种鱼类16S r RNA序列片段,结合GenBank下载的其他海鳝科鱼类的序列进行分析。结果显示,进化树上,海鳝科主要形成裸海鳝亚科与海鳝亚科两个分支,裸海鳝亚科包括尾鳝属与鞭尾鳝属,海鳝亚科包括裸胸鳝属、裸海鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属等8个属,与形态分类结果一致。裸海鳝亚科分支中,尾鳝属与鞭尾鳝属形成平行的姐妹分支;海鳝亚科分支中,斑马裸海鳝单独形成一支,位于该分支基部,其他种类聚为另一支。分支I中裸胸鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属、海鳝属等属均无法形成单系,揭示这些种属可能是多系起源,与近期的分子水平研究观点相似。研究结果支持将斑马裸海鳝归为裸海鳝属,为单型属物种;虎斑鞭尾鳝归为鞭尾鳝属,与尾鳝属平行进化;拟蛇鳝从长海鳝属分离出来,归为拟蛇鳝属等分类观点。豹纹勾吻鳝与海鳝属关系十分接近,但其形态上还具有多个勾吻鳝属的基本特征,至于是否归为海鳝属,还需后续更多的分子与形态学研究加以验证。     

长江上游中华金沙鳅和短身金沙鳅线粒体遗传多样性研究

为了解中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及短身金沙鳅(J.abbreviate)遗传多样性,本研究采用线粒体DNA控制区序列,对长江上游巴南、江津、合江、宜宾、犍为、巧家、宁南和攀枝花等8个群体的中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及巴南、合江和犍为3个群体的短身金沙鳅(J.abbreviate)的遗传多样性进行研究。结果显示:中华金沙鳅和短身金沙鳅的遗传结构存在差异,中华金沙鳅的遗传多样性较高,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.999和0.0182;而短身金沙鳅的遗传多样性水平较低(Hd:0.411,Pi:0.0005)。分子变异方差分析(AMOVA)显示两种鱼均无显著地理遗传分化,但单倍型系统发育树和网络结构图揭示了中华金沙鳅存在群体内遗传分化,形成三个谱系,表明缺乏长期亚群体隔离和高水平基因流。中性检验和Bayesian skyline plot(BSP)结果表明,中华金沙鳅在历史上曾发生过群体扩张事件,扩张时间约在10万~17万年前。     

斜带髭鲷线粒体DNA控制区序列的结构分析

采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷（Hapalogenys nitens）养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788～790bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTALX进行排序后,对控制区结构进行分析。识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3）,并给出了其一般形式;此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树。结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著。     

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance,K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。     

Inheritance mode of microsatellite DNA markers and their use for kinship estimation in kuruma prawn Penaeus japonicus

The allelic inheritance mode of microsatellite DNA markers was examined using seven copulated wild females and their offspring. Five microsatellite loci, CSPJ002 *, CSPJ010 *, CSPJ012 *, CSPJ014 *, and CSPJ015 *, were used in the study. At almost all family/locus combinations, one sire was determined and distributions of genotypes in offspring were consistent with the Mendelian segregation ratio. Distributions of genotypes were consistent with the ratio after assuming a null allele at some loci. Consequently, the alleles of CSPJ002 * and CSPJ012 * were inherited following the Mendelian inheritance mode in every family; however, the null allele was expected in CSPJ010 *, CSPJ014 *, and CSPJ015 * in some families. Thus, these loci should be used carefully in population genetic analysis, but siblings could be detected in the dendrograms based on unweighted pair-group method using arithmetic averages (UPMGA).     

剑尾鱼线粒体DNA D-环及侧翼tRNA↑（thr）和tRNA↑（pro）序列与结构分析

采用PCR方法从剑尾鱼(Xiphophorus helleri)线粒体基因组中扩增到1段约15．5kb的片段，测定了其中627个碱基的序列。经测序分析表明，该扩增片段包括486bp的D—环的部分序列以及D—环5端的tRNA^trh和tRNA^pro基因的完整序列。其中486bpD环序列包含3段保守的终止相关序列TAS、与TAS互补的序列以及类似其他鱼类线粒体CSB序列。tRNA^trh由线粒体DNA的H链编码，长度为72bp。tRNA^pro由线粒体DNA的L链编码，长度为69bp。并绘制了这2种tRNA的二级结构图。本研究所测定的基因序列已登录国际GenBank数据库，序号为AF489918。     

Inheritance pattern of chloroplast and mitochondrial genomes in artificial hybrids of Porphyra yezoensis (Rhodophyta)

ABSTRACT:   To investigate inheritance of chloroplasts and mitochondria (organelles) in the marine red alga Porphyra yezoensis , cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) profiles of the two strains, TU-2 and KGJ, as parental gametophytes and 44 hybrid sporophytes (i.e. female of TU-2 and male of KGJ) were examined. A carbamyl phosphate synthase small subunit gene ( carA ) and ribosomal protein S11 gene ( rps11 )-small subunit ribosomal RNA gene ( rns ) spacer region were used as molecular markers for the chloroplast and mitochondrial DNAs, respectively. Thirty-eight of 44 (86.4%) conchocelis colonies showed maternal banding patterns, five (11.4%) colonies showed biparental bands and one (2.2%) colony showed paternal bands in CAPS analyses both with chloroplast and mitochondrial markers. These results suggest that organelles of P. yezoensis are inherited uniparentally from the female parent.     

大豆F_1代群体对孢囊线虫3号优势生理小种抗性遗传

本试验采用两个抗孢囊线虫品系84—783、CN210与当地感病的大豆品种绥农6号配制成84—783×绥农6号和绥农6号×CN210二个组合,在大豆孢囊线虫3号生理小种自然感染条件下,分析这些组合的F2代抗感病植株分离比例。结果表明,84—783、CN210的抗性基因对绥农6号的感病基因是隐性的,三对独立遗传的隐性基因控制84—783×绥农6号和绥农6号×CN210两个组合对大豆孢囊线虫3号生理小种的抗性。     

RAPD标记在合浦珠母贝家系F1代的分离方式

对RAPD标记在合浦珠母贝F1代全同胞家系共27个样品中的分离方式进行了研究。从21条RAPD随机引物中筛选了8条引物用于扩增分析,结果共扩增出49个位点,其中正常位点47个(95.9%),异常位点2个(4.1%),即子代有扩增带而双亲无。47个正常位点中3个位点在F1中不分离(6.4%),44个位点发生分离(93.6%,即多态位点)。卡方检验表明,44个分离位点中32个符合孟德尔分离规律(72.7%),12个位点发生偏分离(27.3%)。符合孟德尔分离位点中按11分离位点占43.8%,31分离位点占56.2%,其中,父本特有标记、母本特有标记和双亲共有标记分别占28.2%,15.6%和56.2%,父本特有标记略多于母本特有标记。根据“双假测交”理论,11分离位点是构建F1代家系的作图位点。较高的11分离位点表明,利用RAPD标记构建合浦珠母贝遗传连锁图谱是可行的。