Relationship Between the First Base of the Donor Splice Site of Waxy Gene Intron 1 and Amylose Content in Yunnan Indigenous Rice Varieties

There exists a single nucleotide polymorphism, G or T, at the first base of the donor splice site of waxy gene intron 1 in rice. In order to study the relationship between the first base of the donor splice site of waxy gene intron 1 and amylose content in rice, the one-step PCR method was used to determine whether it is G or T in 220 Yunnan indigenous rice varieties from 14 districts, 55 towns/counties of Yunnan Province, and 101 varieties of which were validated by the PCR-Acc I method. According to the G/T polymorphism, 164 rice varieties showed GG-genotype, while the other 56 fell into TT-genotype, accounting for 74.5% and 25.5% of all the test varieties, respectively. When all the rice varieties were divided into indica and japonica subspecies, it was found that 80.5% of indica rice and 67.0% of japonica rice belonged to GG-genotype. The rice varieties with GG-genotype had significantly higher amylose content (18.95% on average) than those with TT-genotype (all below 16%), but 33 rice varieties with GG-genotype still had low amylose content ranging from 3.91% to 15.93%, and most of them came from the Dai minority area in the Southwest of Yunnan Province. However, there was no significant difference in the mean amylose content of the same GG or TT genotypes between indica and japonica rice, suggesting that different genetic backgrounds, indica or japonica, had no effect on amylose content. The coefficient of correlation between the genotype and amylose content was 0.733 (P<0.01).     

The dynamics of bacterial community in a polyculture aquaculture system of Penaeus chinensis,Rhopilema esculenta and Sinonovacula constricta

Polyculture with Chinese shrimp Penaeus chinensis, jellyfish Rhopilema esculenta and razor clam Sinonovacula constricta (S.J.R) is a common aquaculture system in Dandong, China. Investigation on the composition and function of microbial communities and their relationship with environmental factors in aquaculture systems have crucial implications. Therefore, the sequencing of 16S rRNA gene was applied to profile the bacterial community composition of water and sediment in S.J.R polyculture system in the present study. Proteobacteria was the dominant phylum in S.J.R polyculture ponds following with Actinobacteria and Bacteroidetes in water; in contrast, more diverse phyla were detected in sediments. Water temperature, pH and dissolved oxygen were determined the bacterial community composition in the S.J.R polyculture systems. Specially, Planktomarina, PS1 clade, Candidatus Aquiluna and Fibrobacteres, which can resist the phytoplankton blooms or degrade the cellulose, were more abundant in water at the early stage of cultivation in the S.J.R polyculture system. Moreover, the functions of bacterial communities in water were mainly associated with cell communication mediated, while the functions related to basal metabolism were enriched in sediments. The findings of this study allowed us to better understand the bacterial community in the S.J.R polyculture system and accumulated data for the improvement of cultural management.     

脱脂蚕蛹替代日粮中鱼粉对建鲤肠道菌群的影响

利用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)研究脱脂蚕蛹替代鱼粉对建鲤(Cyprinus carpio var. jian)肠道菌群的影响。6个饲养组分别饲喂6种等氮等能饲料, 分别为含10%鱼粉的基础饲料、3种替代饲料(脱脂蚕蛹替代鱼粉蛋白, 替代水平分别为25%、50%和75%)及2组分别在50%和75%替代基础上分别再添加0.6%和0.7%晶体赖氨酸的饲料 (分别记为DSP0、DSP25、DSP50、DSP50-Lys、DSP75、DSP75-Lys)。饲养结束后采集肠道样品, 分析建立指纹图谱, DSP0、DSP25、DSP50、DSP50-Lys、DSP75、DSP75-Lys组分别产生了19、15、11、12、8和12条可鉴别条带, 各组均存在优势种群条带。DSP0和其他各组(DSP25、DSP50、DSP50-Lys、DSP75、DSP75-Lys)的相似性指数为50.7%、50.6%、69.0%、42.4%、66.7%。对PCR-DGGE指纹图谱主要条带进一步回收、克隆和测序, 共得到19条序列, 将得到的序列在NCBI数据库中进行同源分析, 发现建鲤肠道菌群归为芽孢杆菌纲、螺旋体纲、β-变形菌纲、梭菌纲、放线菌纲、γ-变形菌纲、蓝藻纲、拟杆菌纲、梭杆菌纲等, 大部分为不可培养细菌。研究发现, 脱脂蚕蛹替代鱼粉对建鲤肠道菌群组成产生显著影响, 随着脱脂蚕蛹替代水平的提高, 肠道菌群多样性下降, 细菌种类从19种锐减至8种, 而饲料中补充赖氨酸可减弱这种影响, 本研究可为蚕蛹在鲤配合饲料中的开发应用提供参考资料。

     

不同磷肥用量对水稻土有机碳矿化和细菌群落多样性的影响

以水稻田田间定位试验为研究对象,利用三维荧光光谱技术(3D EEMs)和454测序技术,采集4个施磷水平(0、30、60、90 kg hm-2a-1)土壤,测定其有机碳矿化、溶解有机碳(DOC)组成和结构特征及细菌群落结构和丰度的变化。结果显示:水田施磷增加了土壤速效磷(Olsen-P),从而提高了土壤DOC含量,加速了有机碳的矿化速率和累积矿化量。3D EEMs结果表明,施磷分别显著增加了荧光指数和鲜度指数值1%~10%和3%~21%,而降低了腐殖化指数,且与土壤生化性质(Olsen-P、DOC和β-葡萄糖苷酶)具有显著相关性。说明施磷通过提高Olsen-P,促进了微生物源DOC的生成,同时降低了DOC的芳香化程度、分子量及腐殖化程度,从而提高了DOC生物可降解性。同时,施磷提高了细菌群落的丰度和多样性,特别是磷诱导了多种具有碳降解功能细菌的增加,从而加速了复杂有机碳的降解和甲烷氧化。此外,主成分分析表明稻田磷素施用量在30~60 kg hm-2a-1时对土壤有机碳矿化及细菌群落多样性的提高作用最为明显。因此,适度施磷能显著提高涉碳降解微生物的活性,从而提高DOC的生物可降解性,加速有机碳的矿化速率,促进稻田土壤有机碳循环。     

川西北不同沙化程度草地土壤细菌群落特征

研究川西北不同沙化程度草地（未沙化草地、轻度沙化草地、中度沙化草地、重度沙化草地）土壤细菌多样性和群落结构特征,利用Illumina二代高通量测序技术MiSeq对土壤细菌的16 SrRNA V₃—V₄可变区进行测序,研究土壤细菌多样性、物种组成和丰富度,并结合土壤理养分探讨影响细菌群落结构的环境因素,对发挥土壤潜在肥力,了解土壤健康状况,实现该区植被的管理与可持续利用有着重要的意义。结果表明:（1）不同沙化草地土壤养分具有明显差异,依次表现为:随着沙化程度的增加,土壤pH值逐渐增加,而土壤有机碳、全氮、全钾、碱解氮和速效磷逐渐降低;（2）不同沙化程度草地土壤样品中共检测到细菌的32个门,65个纲,169个目,优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、绿弯菌（Chloroflexi）、浮霉菌门（Planctomycetes）,主要的优势菌纲为放线杆菌纲（Actinobacteria）、α-变形菌纲（α-Proteobacteria）、酸杆菌纲（Acidobacteria）、β-变形菌纲（β-Proteobacteria）、浮霉菌纲（Planctomycetacia）,与沙化草地相比,未沙化草地优势菌主要是变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）;（3）随着沙化程度的增加,OUT数目、Chao指数、Ace指数、Shannon指数逐渐减小,其中不同沙化草地土壤细菌覆盖率和Simpson指数差异不显著（p > 0.05）;（4）冗余分析和Pearson相关性分析表明,土壤pH值、土壤有机碳（SOC）和全氮（TN）是土壤细菌群落结构和多样性的主要影响因子。     

冬油菜与杂草对长期不同施肥的差异性适应

研究长期水旱轮作条件下,施肥模式对田间冬油菜、杂草、土壤养分及冬油菜–杂草空间分布的影响,为长江流域冬油菜轻简化生产提供依据。2011年在湖北省粮油主产区——江汉平原布置水稻–冬油菜轮作肥效定位试验。2016年冬油菜收获期,调查农田杂草群落多样性和分析油菜–杂草–土壤养分三者状况。结果表明,长期土壤养分亏缺会显著影响油菜–杂草的生长和空间分布、形成不同的杂草优势群落。平衡施肥(NPK处理)有助于增加冬油菜根茎粗、有效分枝数、角果数和最终产量,降低杂草总生物量,提高杂草群落多样性Shannon-Wiener指数。与NPK处理相比,–N、–P和–K均会不同程度地降低籽粒、茎秆、角壳和杂草的养分吸收量,尤以–P处理降幅最为明显。与土壤养分含量的初始值相比,长期不施用化肥会引起土壤氮磷钾有效含量下降,尤其对于土壤钾,现有平衡施肥措施不足以弥补农田钾素亏缺,应重视秸秆还田的补钾效果。总之,长期科学的农田养分管理与调控措施,不仅可以降低杂草对冬油菜的危害、增强生物多样性和形成良性的油菜-杂草竞争环境,也有利于减少化学药剂使用、推动冬油菜的轻简化生产。     

PCR-DGGE技术用于猪场沼气池细菌群落分析的条件优化

本研究采用变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术研究猪场沼气池细菌群落,对基于16S rDNAV3区的PCR-DGGE电泳的最佳变性剂梯度范围、电泳时间、染色时间进行优化。研究结果表明,最佳变性剂梯度范围为35%～60%,电泳时间为12h,SYBR Green Fluorescent Dye染料的染色时间是30min,优化后的PCR-DGGE确保了实验的准确性、灵敏度和可重复性。运用此优化后的PCR-DGGE技术对5个猪场沼液细菌群落进行了研究,获得了较丰富的多样性。该实验为深入研究畜禽养殖粪污治理的菌种筛选奠定了基础。     

晋西黄土丘陵区不同植物群落的土壤分形特征

为研究晋西黄土丘陵区不同植物群落与土壤结构特性和入渗特性的关系,探索土壤结构的定量化描述,运用分形学原理和方法,研究晋西黄土丘陵区油松纯林、刺槐纯林、油松＋刺槐混交林、侧柏纯林、黄刺玫灌丛、柠条灌丛及荒地7种植物群落的土壤分形维数与土壤质地、密度、孔隙度、含水量及饱和导水率的关系.结果表明：1）植物群落具有改善土壤颗粒结构的作用,其改善作用以针阔混交林（油松＋刺槐混交林）最好,阔叶林（刺槐纯林、黄刺玫纯林）次之,针叶林（油松纯林、侧柏纯林）最低.2）研究区土壤颗粒分形维数在2.799 ～ 2.805之间,黏粒（＜0.002mm）质量分数偏高.3）土壤颗粒分形维数与土壤黏粒质量分数呈显著正相关关系,与土壤砂粒（2.00～0.02 mm）质量分数、土壤总孔隙度、含水量及饱和导水率呈显著负相关关系.因此,土壤颗粒分形维数可以表征土壤结构特性和入渗特性的好坏.不同的植物群落对土壤的改良效果不同,研究结果可为研究区域植树造林提供参考依据.     

基于BERT-Attention-DenseBiGRU的农业问答社区问句相似度匹配

为了解决问答社区中相同语义问句文本的快速自动检测,提出一种基于BERT的Attention-DenseBiGRU农业问句相似度匹配模型.针对农业文本具备的特征,采用12层的中文BERT文本预训练模型对文本数据进行向量化处理,并与Word2Vec、Glove、TF-IDF方法进行对比分析,得出BERT方法能够有效地解决农...     

短花针茅群落主要物种种间关系的研究

应用2×2列联表的χ2检验和Spearman秩相关分析方法对短花针茅群落21个主要物种的种间关系进行了分析.结果表明:呈不显著相关的种对多于呈显著和极显著相关的种对,呈正相关和负相关的种对在所有种对中几乎各占一半;短花针茅群落21个主要物种可划分为三个生态种组,即冷蒿组、狭叶锦鸡儿组和短花针茅组;研究物种种间关系时,Spearman秩相关系数检验具有较高的灵敏度.