番茄青枯病罹病植株和健康植株根际土壤细菌群落结构的初步分析

采用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术对番茄青枯病罹病植株和健康植株根际土壤的细菌群落结构变化进行了比较分析。结果表明：番茄健康植株根际土壤细菌多样性指数（Shannon-Wiener index,H）、丰度（Richness,S）和均匀度（Evenness,EH）分别为2.217、14 和0.840,而青枯病罹病植株根际土壤细菌多样性指数、丰度和均匀度指数（轻度萎蔫为1.579、10、0.686;重度萎蔫为1.571、7、0.807）均低于健康植株,而且随着发病症状的加剧多样性指数和丰度呈下降趋势。     

微生物菌剂对菠菜生长特性及土壤微生物多样性的影响

通过化肥减量20%和40%并配施微生物菌剂试验,研究菌剂对菠菜营养生长的影响,并通过提取土壤微生物总DNA,进行16S rDNA的PCR-DGGE研究微生物多样性。结果表明:在菠菜生长后期,配施菌剂处理的叶绿素含量(SPAD值)和叶绿素荧光参数(Fv/Fm)较高,其中,T5(化肥减量40%+菌剂减量40%)处理SPAD为52.856,T3(化肥减量20%+菌剂减量40%)处理Fv/Fm为0.797,而在生长前期则表现为T1(全量化肥)处理较高;菠菜可食部分硝酸盐含量以对照(CK,不施肥)处理最高,为1 009.21 mg.kg-1,添加微生物菌剂处理(T2~T5)都明显少于CK和T1处理;对氮、磷、钾养分的吸收利用率以T2(化肥减量20%+全量菌剂)处理最好;菠菜产量化肥减量处理(T2~T5)较T1处理均增产,T4(化肥减量40%+全量菌剂)处理的增产量最大,平均产量达到277.73 g.盆-1,增加170%;常规化肥(T1)处理的土壤微生物丰富度指数最低,香农-威尔指数(Shannon-Wierner index)为0.398,较CK 0.498有所下降,而施用微生物菌剂的各处理(T2~T5)为0.547~0.983,土壤微生物多样性指数明显提高。微生物菌剂对菠菜起到显著促生作用,以T4处理最好,对提高菠菜土壤微生物多样性方面以T3处理最好。     

不同栽培环境下有机与常规蔬菜土壤的细菌群落多样性差异

土壤细菌群落在蔬菜栽培中发挥着重要作用。基于DNA和RNA水平,利用PCR-DGGE技术研究了不同栽培环境下有机与常规蔬菜土壤细菌群落多样性差异,以及土壤理化性质与细菌群落多样性的关系。结果表明：不同栽培方式下土壤细菌多样性存在明显差异,土壤微生物的优势种群和数量受有机、常规栽培和季节影响,有机栽培较之常规栽培能够显著增加土壤细菌群落多样性;聚类分析表明,16S rDNA细菌群落多样性与季节相关,而16S rRNA细菌群落多样性与栽培方式相关;差异条带测序显示,大多细菌与不可培养细菌种属有较高同源性,其余9种推测属于假单胞菌属;CCA分析说明pH是影响土壤细菌群落多样性的主要因素,有机栽培土壤中微生物生物量C、N以及有机质含量显著高于常规栽培土壤。综上,有机栽培能够丰富活性细菌群落多样性,具有土壤优化效应。     

草鱼肠道微生物对食物改变适应性变化的研究

对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)先饲喂人工饲料再饲喂苏丹草,运用PCR-DGGE的方法,比较了食物改变引起的草鱼肠道微生物菌群结构的变化过程。结果显示,饲喂同种饲料的草鱼后肠与前、中肠样品间菌群结构存在显著差异(TH0-F0=-2.268,P0.05;TH0-M0=-2.470,P0.05),饲喂不同种食物的相同肠段样品间菌群结构也存在着显著差异(P0.05)。微生物多样性指数显示,后肠样品Shannon指数H'一般不低于4.25,而前、中肠样品H'均未超过4.25。对后肠样品进一步研究发现,食物改变11 d之后,后肠微生物菌群基本达到稳定。结果表明,草鱼肠道不同部位内容物菌群结构不同,后肠样品具有更高的微生物多样性,并且食物的改变会对草鱼肠道微生物菌群产生快速而显著的影响。     

应用DGGE技术分析流清河湾扇贝养殖海区细菌群落结构的季节变化

细菌是海区生态环境的重要组成部分,为了解扇贝养殖海区细菌群落结构的季节性变化,连续11个月(2009年5月—2010年4月,2月除外)定期采集青岛流清河湾扇贝养殖海区水深0.5 m处水样,过滤收集粒径0.22～3.00μm的微生物,采用CTAB法提取样品总DNA,PCR扩增细菌16S rDNA V3-V5可变区序列,并通过DGGE技术对所得序列进行分离,结果共得到36条不同位置的条带,1月份水样细菌群落条带数最为丰富,3月份水样的细菌群落条带数最少。基于各月份DGGE条带数目和相对光密度,对11个月份样品的细菌群落多样性进行UPGMA聚类分析,结果表明,3、4和5月份细菌群落多样性具有较高的相似性,优先聚为一支,其余月份中,7月和8月,9月和12月,10月和11月分别优先聚为一支,而1月份和6月份均单独分为一支。剪切DGGE图谱中的20条主要谱带重扩增、测序,并进行BLAST比对。结果表明,20条序列与已知序列的相似性均在94%以上,这20条序列所代表的细菌分属于α-变形菌亚门(α-Proteobacteria)、β-变形菌亚门(β-Proteobacteria)、γ-变形菌亚门(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。     

PCR-DGGE在水产养殖微生物生态学研究中的应用

PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)由于其可靠性强,重复性好,操作简便、快速等优点在水产养殖研究,特别是在水产养殖微生物生态学研究中有着广泛的应用,本文综述了变性梯度凝胶电泳的基本原理,技术流程及其在水产养殖微生物生态学研究中的广泛应用,并对该技术的优缺点和应用前景进行了评价。     

磷浓度处理对大豆根际土壤微生物群落结构的影响

根际土壤微生物是根际土壤生态系统的重要组成部分,与根际养分有效性、植物生长发育等关系密切.土壤磷素营养的差异可引起植物根系分泌物和根形态的变化,但对植物根际微生物的作用还少有报道.在盆栽条件下,研究了3种磷浓度处理对生长在黑土土壤上3个采样时期(v3、R1和R3期)的大豆根际微生物群落结构的影响.采用PCR-DGGE技术对细菌16S rDNA和真菌ITS片段进行解析,对DGGE图谱主成分分析(VCA).结果表明:大豆根际土壤细菌和真菌群落结构均随生育期而迁移,说明生育时期较磷浓度处理而言是影响根际微生物群落结构产生变化的主要因素;大豆根际真菌群落结构受不同磷浓度处理产生分异体现在v3期,细菌结构产生分异体现在v3和R1期,说明磷浓度处理对大豆根际微生物的影响主要表现在大豆生育的早期,随着生育时期的推进.这种差异弱化至不明显.     

南亚热带不同树种人工林对土壤细菌群落多样性的影响

目的 探讨我国南亚热带地区不同树种人工林对土壤细菌群落多样性的影响,为该地区实施人工林生态系统适应性经营策略的树种选择提供土壤微生物生态学方面的科学依据。 方法 采用PCR-DGGE技术,比较分析位于广西凭祥市中国林业科学研究院热带林业实验中心的4个乡土树种（马尾松、红锥、米老排和火力楠）人工林和外来树种尾巨桉人工林土壤（0～20 cm）细菌群落的丰富度、多样性和均匀度,并探讨了土壤细菌群落多样性与土壤理化性质因子之间的相互关系。 结果 5种不同树种人工林土壤细菌群落多样性之间无显著差异（p > 0.05）,其土壤细菌群落多样性与土壤全氮和全磷呈显著正相关（p < 0.05）。 结论 从土壤细菌群落多样性看,在该地区营建乡土树种人工林与外来桉树人工林的效果无明显差异。