十字花科植物PIN3基因调控元件及表达分析

为探明十字花科不同物种PIN3基因的表达调控差异,从拟南芥(Arabidopsis thaliala)、红花荠菜(Capsella rubella)、白菜(Brassica rapa)、油菜(Brassica napus)和甘蓝(Brassica oleracea)等17个已完成基因组测序的十字花科物种基因组数据库中鉴定出18个PIN3同源基因。对这18个同源基因编码序列上游1 500bp启动子区域顺式作用元件进行预测及比对分析,结果发现,光响应、多种激素响应及胁迫响应等相关元件呈现出较大差异,其中生长素以及向地性响应相关元件具有较高的保守性。克隆普通荠菜PIN3同源基因(CbPIN3)并构建普通荠菜PIN3基因启动子的GUS报告系统CbPIN3pro::GUS转化拟南芥。与拟南芥基因表达数据库比较,荠菜启动子表达与拟南芥PIN3具有基本一致的组织表达模式,但也存在一定的组织差异,说明植株形态建成中生长素极性转运调控的差异。拟南芥和荠菜PIN3的表达差异是十字花科物种适应性进化模式的缩影。     

拟南芥PGK基因家族功能的初步分析

磷酸甘油酸激酶(Phosphoglycerate kinase)是一类进化上非常保守的蛋白家族,因而利用模式植物拟南芥研究PGK家族基因功能具有普遍意义。拟南芥基因组中含有三个PGK基因家族成员(PGK1,PGK2和PGK3),但是对于它们的基因表达模式和蛋白定位的研究还不是很清楚。本文利用实时荧光定量PCR技术检测了PGK基因家族的表达模式,结果表明三个PGK基因在拟南芥的各个组织器官和发育阶段中都有表达。利用拟南芥原生质体瞬时转化系统对三个PGK蛋白进行亚细胞定位,结果显示PGK1和PGK3定位于细胞基质,而PGK2定位于叶绿体。另外,我们分离得到了PGK2基因的T-DNA插入敲除突变体pgk2。pgk2在正常条件下表现出叶片黄化,PR1基因上调表达和H_2O_2过量积累等类似于超敏反应的细胞死亡表型。进一步的遗传分析表明pgk2的细胞死亡表型和T-DNA插入位点紧密连锁,暗示着pgk2的细胞死亡表型是由于PGK2的基因缺失造成的,因此PGK2可能在调控植物细胞程序化死亡过程中有重要作用。以上研究结果对于进一步探讨PGK基因家族的功能具有重要的参考价值。     

Antimicrobial Susceptibility Patterns of Clostridium difficile Isolates from Family Dairy Farms

A significant risk factor for developing Clostridium difficile infection (CDI) in humans and animals is associated with the antimicrobial use. It has often been hypothesized that farm animals could be the source for human infection with Clostridium difficile (CD). In the European Union, family‐run dairy farms are the predominant farming model, which are more interlinked within the community compared to large‐scale intensive dairy or beef farms. Therefore, it is important to investigate antimicrobial susceptibility patterns of CD in such environment. A total of 159 CD isolates from 20 family dairy farms were tested with a customized broth microdilution plate for their antimicrobial resistance. Seventeen antimicrobials were selected (amoxicillin, ceftriaxone, clindamycin, daptomycin, erythromycin, fusidic acid, imipenem, levofloxacin, linezolid, metronidazole, moxifloxacin, oxacillin, rifampicin, tetracycline, tigecycline, trimethoprim/sulfamethoxazole and vancomycin), which are commonly used for treatment of CDI in veterinary and human medicine, or were previously applied in CD epidemiological studies. Antimicrobials, which are used for treatment of CDI in humans (metronidazole, vancomycin, fusidic acid, tigecycline, linezolid) inhibited CD growth in vitro. Most CD isolates were resistant to erythromycin (93.1%), daptomycin (69.2%) and clindamycin (46.5%). High multiple‐resistance was found in CD ribotype 012 (n = 5, 100%), some CD SLO 060 (n = 4, 25%) and one CD 033 (n = 1, 1.1%). High multiple‐resistance in this study was linked with CD ribotypes and not with the origin of CD. The low prevalence of these ribotypes (6.3%; 10/159) indicates that family‐run dairy farms are an unlikely source of CD with multiple‐resistance to antimicrobials.     

基于卷积神经网络的银杏叶片患病程度识别

银杏是我国一种常见的经济林木,对银杏叶病害进行数字化辨识有助于提高银杏种植产业的管理水平,为其病害预警提供可能。以银杏轮纹病为研究对象,采用卷积神经网络为分类算法,对银杏患病程度进行自动辨识。根据银杏轮纹病的叶片特点,设计了18层卷积神经网络,核心功能主要由四个卷积层,四个池化层、两个全连接层提供。经过多次训练与测试,网络对银杏叶片的5种不同患病程度辨识率最低可达92%以上。将设计的卷积神经网络与传统的BP神经网络、Alex-Net网络进行对比实验,结果表明,卷积神经网络在银杏轮纹病患病程度辨识的应用上具有更高的精度。上述结果对于银杏其他病害或其他植物病害辨识应用中具有一定的借鉴意义。     

大豆NUDX基因家族全基因组分析

【目的】利用大豆基因组Wm82.a2.v1,以拟南芥NUDX基因序列作为参考,通过全基因扫描,在大豆基因组中鉴定大豆NUDX基因家族。【方法】通过比对不同植物NUDXs蛋白序列,分析其保守结构特征,并采用模式匹配的方法分析大豆中具有相同结构的蛋白。利用ProtParam、TargetP1和WoLF-PSORT在线程序,分析候选基因编码蛋白质的亚细胞定位,根据多序列比对结果,利用MEGA5.1进行系统进化分析,最终根据大豆转录组数据对上述挖掘到的基因的表达模式进行分析。【结果】在大豆基因组中共找到69个推定的NUDX基因,分布于20条染色体上,其中56个具有单nudix水解酶结构域。对这69个基因的系统进化分析表明,大部分的GmNUDXs具有2个拷贝,且在大豆基因组上成对出现,这反映出了古老的基因组复制事件。对69个基因的表达分析表明,GmNUDXs在大豆中的表达不具有组织特异性,但表现出了明显的丰度变化:69个基因中:24个基因具有高表达丰度,26个基因具有中等表达丰度,10个基因具有较低表达丰度,9个没有发现表达序列,表明这9个基因可能为假基因。【结论】从大豆基因组数据库中挖掘到69个GmNUDXs,分布于大豆的20条染色体上,在大豆中可能具有多种功能。     

猪Claudin家族基因密码子使用偏好性分析

猪流行性腹泻病毒(PEDV)可通过感染猪肠道上皮细胞引起仔猪腹泻。紧密连接蛋白是肠道黏膜屏障的重要组成部分,而Claudin家族作为重要的紧密连接蛋白之一,是组成肠道黏膜屏障完整性、决定肠道通透性的重要蛋白分子。研究密码子的使用特性有助于进一步了解某一特定基因的分子机制和进化关系。为了揭示Claudin家族基因密码子使用模式,本研究对Claudin家族22个基因编码序列进行分析,利用CodonW和在线网站EMBOSS Explore计算核苷酸组成、相对同义密码子使用度(RSCU)和密码子使用偏性参数,同时分析了Claudin家族基因密码子使用偏好性的影响因素。结果表明:Claudin家族基因主要偏好以G/C结尾的密码子;RSCU值分析发现,11个密码子CUG、AUC、GUG、UCC、CCC、ACC、GCC、CAG、CGC、CGG、GGC偏好性较强,为优势密码子;聚类结果显示,Claudin-3和Claudin-4较为接近,Claudin-10和Claudin-11较为接近;此外,Claudin家族基因密码子偏好性主要受到突变压力影响。分析Claudin家族基因密码子使用模式,旨在揭示这些基因之间的遗传和进化关系,为今后从密码子优化途径提高外源基因的表达水平提供一定的理论依据。     

辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析

利用生物信息学的方法对辣椒bZIP家族基因进行全面鉴定与进化分析,并在此基础上对基因染色体定位、蛋白质保守基序和基因结构等进行分析,并通过qRT-PCR方法检测基因的组织表达模式和在ABA胁迫下的应答等。结果表明,从辣椒基因组中共鉴定出54个bZIP家族基因,这些基因分散分布在辣椒的11条染色体上;系统进化分析表明辣椒bZIP基因家族可以分为10组,每组所含有的基因数不等;该家族成员每个基因含有0 ~ 11个内含子;bZIP家族基因具有不同的表达模式;外源激素ABA处理可以明显抑制或者激活该家族基因成员的表达。     

基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析

鉴定银杏花芽分化调控的关键基因,揭示银杏花芽分化调控的主要分子机制,为缩短银杏童期和选育银杏早花品种提供理论指导。本研究中采用高通量测序技术对银杏花芽分化3个时期（花芽未分化期、花芽分化始期、花芽分化盛期）的样品进行转录组测序,并分析数字表达谱,筛选开花调控相关基因并进行荧光定量PCR（RT-qPCR）表达验证。转录组测序共产生27.52 Gb原始数据,注释到8大功能数据库（GO、COG、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG）上的 unigene 总数为35 179个。通过GO分类和KEGG Pathway 富集性分析,将unigene分别归于55个GO类别和126个代谢途径。差异表达基因分析显示,花芽未分化期较花芽分化始期有2 253个基因上调,2 032个基因下调;花芽分化始期较花芽分化盛期有1 770个基因上调,1 901个基因下调;花芽未分化期较花芽分化盛期有1 865 个基因上调,2 042个基因下调。发掘出大量的开花相关的基因涉及5个开花调控途径（光周期途径、春化途径、赤霉素途径、自主途径和年龄途径）。筛选出gene.Gb_17618（GI序列）、gene.Gb_19790（FT/TFL1序列）、gene.Gb_16301（AG序列）、gene.Gb_28337（花发育MADS-box序列）、gene.Gb_01884（SOC1序列）和gene.Gb_41704（CO序列）等6个银杏花芽分化差异表达关键基因序列,荧光定量PCR检测表达水平与转录组结果一致。     

昆虫细胞凋亡的线粒体通路研究进展

介绍了哺乳动物和一些代表昆虫的线粒体凋亡途径研究进展,特别是与线粒体途径密切相关的凋亡调控因子,如细胞色素C,caspases家族,Bcl-2家族等的功能作用,阐述了线粒体在昆虫细胞凋亡中的作用,为进一步研究昆虫细胞凋亡机制以及发展以昆虫细胞凋亡因子为靶标的特异性杀虫剂提供理论基础。     

5个银杏品种无菌苗不同部位激素含量比较

通过对银杏5个优良品种1个月龄无菌苗不同部位内源激素含量的测定,发现顶芽段的生长素含量最高,带腋芽的中段次之,下段较少。细胞分裂素（iPA＋ZR）含量主要分布在中段、下段和子叶中。顶芽中IAA／（iPA＋ZR）比值与生长素分布有相同的规律,也是顶芽最高,中段次之,下段最低。5个品种的激素水平存在差异,其中IAA的排列顺序为：44号〉28号〉45号〉53号〉79号,79号含量最低。ZR＋iPA总含量的排序为：79号〉28号〉45号〉44号〉53号,79号的含量最高。这些结果为银杏离体培养中外源激素或调节剂合理的添加,有目的、有方向地调控提供指导。