Specific detection of Phytophthora cactorum in diseased strawberry plants using nested polymerase chain reaction

Validated protocols for DNA purification and PCR amplification are reported for detection of Phytophthora cactorum in diseased strawberry plants. To remove PCR inhibitors, necrotic strawberry tissues were soaked in 5% alconox solution for >12 h before DNA extraction, and the extracted genomic DNA was embedded in an agarose gel chamber and subjected to electrophoresis. The purified DNA was amplified reliably by PCR. Nested PCR was used to detect a portion of the rRNA gene of P. cactorum in samples. In the first round of PCR, primers ITS1 and ITS4 amplified fragments of varying sizes from total genomic DNA from diseased strawberry plants. In the second round of PCR, a 1:25 dilution of the first-round PCR products was used as template with two P. cactorum- specific primer pairs (BPhycacL87FRG and BPhycacR87RRG, which amplified a 340-bp fragment and a 480-bp fragment from the rRNA gene; and BPhycacL89FRG and BPhycacR176RRG, which amplified a 431-bp fragment). Validation tests using culture-based isolations as a standard for comparison indicated that the DNA purification and PCR primers and amplification protocols were reliable and specifically amplified a portion of the rRNA gene of P. cactorum from necrotic root, crown and petiole tissues of strawberry naturally infected by the pathogen.     

魔芋叶片中4种总RNA提取方法的比较

本研究分别利用TRIzol法、异硫氰酸胍法、改良的CTAB法及试剂盒这4种方法提取魔芋叶片的总RNA,并用紫外光谱和琼脂糖凝胶电泳对各个提取效果进行鉴定。反复试验的结果表明:TRIzol法难以提取魔芋叶片总RNA,异硫氰酸胍法提取的总RNA浓度低、杂质较多且有部分降解,这两种方法不适宜用于魔芋叶片总RNA提取;试剂盒方法提取的总RNA产率和纯度较高,但稳定性差、成功率低且成本较高;改良的CTAB法利用PVP和β-巯基乙醇去除酚类物质,水饱和酚-氯仿去除蛋白质,醋酸钾去除多糖,该方法提取得到的总RNA的纯度较高,OD260/OD280值为1.893,而且效果稳定,有良好的可重复性。因此,我们认为改良的CTAB法是一种简便、快速且经济的提取魔芋叶片总RNA的方法。     

果树果实总RNA提取方法的改良研究

植物总RNA的提取尽管已成为一种常规的技术,但由于果树果实材料的特殊性,其RNA的提取至今没有一种比较理想的技术和方法。本研究在以往CTAB方法的基础上,对其进行改良以探讨一种适于果实总RNA提取的通用方法,从而为果实分子生物学研究奠定基础。研究结果表明,在提取缓冲液中加入PVP和β-巯基乙醇,使其终浓度分别为16%和3%,在匀浆上清液中加入1/3体积5 mol/L KAC(pH4.8),可有效地提高RNA提取的质量。利用改良后的CTAB法成功地从苹果、桃、草莓和葡萄果实中提取出总RNA。经过紫外、电泳、反转录分析结果表明,该改良的CTAB法是一种适合果实总RNA提取的首选方法。     

CTAB法提取红麻总DNA技术优化与ISSR和SRAP扩增效果

红麻基因组总DNA的提取纯度，关系到新型分子标记ISSR、SRAP的PCR扩增效果。经反复实验，对CTAB法提取红麻总DNA技术进行了改进，即采集足量的红麻嫩叶、提取时加入β-巯基乙醇、提取过程中使用2．5％CTAB、最后用预冷的无水乙醇沉淀DNA。OD260，OD2踯比值检测结果为平均1．824，而且DNA得率也较高，证明用此法提取的DNA能完全满足ISSR和SRAP分析的要求和获得较理想的效果．本文还讨论了高庸量DNA提取应注意的有关技术环节．     

改良CTAB法和高盐低pH值法提取花生DNA的效果

采用改良CTAB法和高盐低pH法提取花生总DNA,结果表明,高盐低pH法提取的花生DNA分子量略小,DNA有一定程度的降解,但得率大大高于CTAB法,按我们稍有改动的实验方法,每克鲜重的叶片,可提取1000μg以上的DNA。两种方法提取的DNA均可酶切完全,RAPD-PCR扩增,结果相同。高盐低pH值法廉价、步骤少、易掌握,是提取花生DNA较好的方法。     

改良CTAB法提取核桃总RNA试验

从植物组织中提取高质量的RNA是进行基因克隆和基因表达分析的基础。不同植物的组织由于组成成分的差别,其RNA的提取有不同的难点。本试验针对核桃嫩叶内含物复杂的典型特点,在对比各种提取方法的特点及总结他人研究的基础上改良了CTAB法。此方法提取的核桃嫩叶总RNA的电泳结果可见清晰完整的条带,表明改良CTAB法能有效去除多糖和多酚以及色素等次生代谢物的污染,提取RNA纯度较高、完整性好,易于进行RT-PCR和cDNA文库的构建。此方法简单易行而且所用试剂成本较低。     

DNA-AFLP分析用辣椒基因组DNA提取方法的优化

采用SDS法、CTAB-1法和CTAB-2法提取辣椒(Capsicu mannuum)叶片DNA,通过紫外吸收和琼脂糖凝胶电泳检测,证明CTAB-2法所提取DNA的质量和纯度较高;以此DNA为模板进行DNA-AFLP分析,特征条带清晰、基本无脱尾,适用于DNA-AFLP等分子生物学研究。     

果梅基因组DNA提取方法的比较及ISSR分析

以果梅品种鸳鸯梅、皇后梅和肖山选的幼嫩叶片为试材,提取果梅的DNA.针对果梅组织细胞体内含有较多的酚类、糖类及萜类等次生代谢物质的特点,采用传统的CTAB法、改良的CTAB法和改良的SDS法提取果梅基因组DNA,并比较其提取效果.结果表明:改良的CTAB法可获得高质量、高得率的基因组DNA,OD260/280比值在1.80左右.通过基因组DlNA-ISSR分析,完全满足试验要求.并进一步对改良的CTAB法的关键步骤作出具体的分析讨论.     

山豆根基因组DNA高效提取方法的建立与优化

为了探寻优化山豆根DNA提取的方法,本研究以山豆根的叶片为材料,用3种改良的CTAB法提取山豆根DNA,并将提取的DNA经分光光度计和电泳检测,用于cpDNA引物筛选试验,找出最有效的山豆根DNA提取方法。结果显示,高PVP和β-巯基乙醇提取法和样品预处理法可用于提取山豆根基因组DNA。其中,样品预处理法山豆根DNA的效果最好,提取DNA浓度高、质量好,引物筛选结果条带清晰且单一。本研究建立了山豆根高质量的DNA提取方法,为进行分子生物学研究提供支持。     

青麻总DNA的简易提取和鉴定

青麻成熟组织中酚类、黃酮类等次生代谢物较多,要从中提取出高纯度的DNA比较困难。本研究利用黄酮等次生代谢物未大量合成的青麻幼芽为材料,采用简化CTAB法提取青麻总DNA,可以获得高纯度、高产量的DNA。经实验鉴定,DNA纯度符合分子遗传实验要求。该方法快速、简便,也适于其它麻类作物总DNA提取。