适用于转录组测序的大白菜小孢子总RNA提取方法筛选

为了找到适用于转录组测序要求的大白菜小孢子总RNA 提取方法，以出胚率较高的吉红82 为试材，以热激诱导处理后的小孢子为研究对象，比较分析了TRIzol 法、改良CTAB 法及超纯试剂盒法3 种方法的RNA 提取效果。结果表明：TRIzol法（磨样）和改良CTAB 法提取的RNA 浓度较高，但完整性较差；超纯RNA 提取试剂盒法提取的RNA 质量最高，且完整性好，能够满足转录组测序的要求。     

MSTN基因敲低绵羊成纤维细胞株的筛选

为了获得绵羊MSTN基因敲低成纤维细胞株,克隆获得MSTN基因序列构建其真核表达载体;设计合成并筛选3种MSTN基因干涉序列(M1、M2和M3),构建相应的3种RNA干涉载体;将MSTN基因真核表达载体单独或分别与3种RNA干涉载体共转染绵羊成纤维细胞后,分别检测其对MSTN基因表达的干涉效率以获得最佳的MSTN基因RNA干涉载体;将筛选的RNA干涉载体线性化后转染绵羊成纤维细胞,通过筛选获得转基因细胞株。结果显示,成功克隆得到与GenBank中序列同源性为100%的绵羊MSTN基因序列,并获得真核表达载体pcDNA3.1(+)-MSTN;构建获得MSTN基因RNA干涉载体pRNAT-M1、pRNAT-M2和pRNAT-M3;与单独转染pcDNA3.1(+)-MSTN后293GP细胞中MSTN基因的相对表达量相比,转染干涉载体后MSTN基因相对表达量明显下降,其中pRNAT-M1干涉效率最佳;将pRNAT-M1线性化后转染绵羊成纤维细胞并利用G418筛选获得转基因阳性细胞;获得的转基因阳性细胞的细胞形态、生物学特性均呈现正常;PCR检测结果显示,pRNAT-M1已整合到细胞基因组中。上述结果表明,成功获得了MSTN基因敲低的绵羊成纤维细胞株。     

不同温度下TMV侵染枯斑三生烟的LncRNA差异表达

【目的】 筛选不同温度下烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）侵染后枯斑三生烟（Nicotiana tabacum var. Samsun NN）差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）,研究lncRNA在枯斑三生烟抗性反应中的作用。【方法】 N基因的温度敏感性使枯斑三生烟在25℃时具备对TMV的抗性、在31℃抗性丧失,在这两个温度条件下对枯斑三生烟接种TMV和磷酸盐缓冲盐水（phosphate buffered saline,PBS）,48 h后提取系统叶总RNA,构建链特异性文库后进行深度测序。对测序结果进行过滤后利用HTSeq将有效数据与近缘品种TN90（N. tabacum var. TN90）基因组比对,筛选得到lncRNA后利用FPKM法估计lncRNA的表达水平。通过edgeR筛选差异表达lncRNA（differentially expressed lncRNA,DElncRNA）,并利用qRT-PCR技术对这一结果进行验证。通过共定位及共表达分析预测DElncRNA的靶基因,通过参考基因组注释、GO和KEGG富集分析研究靶基因的功能。【结果】 4个处理共12个样本经lncRNA-seq各测得约8 000万条clean reads,共获得4 737条已知lncRNA、40 169条新lncRNA。其中64个lncRNA在不同温度条件下TMV侵染后存在差异表达,qRT-PCR测定结果显示这些lncRNA的测序正确率在80%左右,表明本研究所得测序数据具备较高的可信度。对DElncRNA进行靶基因预测,发现一些基因同时被25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶向。靶基因注释功能丰富,主要参与植物抗病、激素和代谢等生理过程。部分可能与激素通路相关的lncRNA,在25℃下TMV侵染时呈现下调趋势,而在31℃下TMV侵染则呈现上调趋势。GO富集分析显示靶基因主要参与构成膜、囊泡等组分,具备钙、钾离子通道抑制剂活性等分子功能,使相应离子得以转运引发随后的反应,同时也参与发病、抗原加工和呈现、细胞分裂素代谢等生理过程。KEGG分析发现靶基因显著富集在植物激素信号转导通路,25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶基因同时富集在激素信号传导、ABC运输蛋白、苯丙烷类生物合成等通路。【结论】 不同温度（25℃和31℃）条件下TMV侵染枯斑三生烟后,长链非编码RNA差异表达,DElncRNA通过作用于激素信号传导、物质转运等过程参与寄主系统获得性抗性反应。研究结果可为揭示植物系统获得性抗性中lncRNA的调控功能以及新型抗病毒技术开发提供依据。     

油菜种子低亚油酸和亚麻酸含量异交稳定技术的建立

为降低油菜种子中的亚油酸和亚麻酸含量并使之在异交条件下保持基本稳定,以高油品种CY2作为受体亲本,采用RNA干涉技术沉默油菜内源Bn FAD2基因的表达,抑制油酸脱饱和反应。育成的3个独立转基因株系的亚油酸和亚麻酸含量下降到6%以下,其中亚油酸含量较受体亲本降低78.2%~86.5%,亚麻酸含量降低53.4%~65.8%。将3个转基因株系与2个亚油酸和亚麻酸含量较高的常规品种正反交,F1种子中这2种脂肪酸的含量依然保持在与转基因亲本相仿的低水平。由此可知,通过RNA干涉技术沉默Bn FAD2基因的表达可赋予油菜低亚油酸和亚麻酸含量的异交稳定特性。这一特性的获得对于今后培育异交稳定的高油酸油菜新品种具有重要意义。     

RNA剪接调控新机制

可变剪接是产生蛋白质和功能多样性的重要途径，对细胞分化和发育以及疾病发生等至关重要。可变剪接产生的产物数目极其惊人，如果蝇Dscam（唐氏综合症细胞黏附分子）基因通过互斥剪接可产生38016种异构体，是其整个基因组基因数目的两倍。然而科学家们对其潜在机制仍不清楚。     

生猪脓包化脓隐秘杆菌的分离鉴定与防控分析

为了解猪场生猪体内外脓包形成的原因,文章从3个规模猪场采取了不同部位脓包的脓汁样品,并进行细菌分离与16Sr RNA基因的测序分析。结果,从4个保育猪颈部皮下脓包、1个生猪肿大的耳朵、1头保育猪肝脏和脾脏发脓灶分离到大量纯的化脓隐秘杆菌,从1个保育猪颈部脓包分离到化脓隐秘杆菌的同时还分离到了葡萄球菌。通过猪场情况调查结合细菌分离结果,发现生猪体内外脓包的形成,主要是由于化脓隐秘杆菌感染引起,但饲养管理不佳,猪场内环境卫生差可能是生猪体内外脓包形成的重要促进因素。     

橄榄果实总RNA提取方法的比较

针对橄榄果实富含酚类、多糖、蛋白质等次生代谢物的特点,采用百泰克总RNA抽提试剂盒法、Trizol法和CTAB法提取橄榄果实总RNA,用紫外分光光度计测定其纯度,并用琼脂糖凝胶电泳检验其完整性。结果表明,CTAB法提取的RNA纯度高,完整性较好,受多糖多酚影响较少,且无DNA和蛋白质污染,适宜用于后续研究。