三倍体虹鳟实时荧光定量PCR内参基因稳定性分析

采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(gapdh)、核糖体大亚基蛋白基因(rplp2)、真核延伸因子基因(ef1-α)、β-肌动蛋白(β-actin)和18S核糖体核酸基因(18S rRNA)等5个候选内参基因在体质量约800 g三倍体虹鳟脑、眼、鳃、皮肤、心脏、肾脏(头肾、中肾、后肾...     

Length‐based assessment of larval lamprey population structure at differing spatial scales

相似文献   

Analysis on Target Genes with Mutation in microRNA of Blue-shelled Chicken and White Leghorn

The study was conducted to explore the potential different characters between Blue-shelled chicken and White leghorn.Global genome microRNA was combined the identified microRNA with complementary lab-predicted microRNA.Then the two breed chicken's SNP data got by GGRS were mapped to the microRNA and focused on SNP that deliberately located in mature-microRNA.Bioinformatics method was adopted for target prediction on microRNA which had SNPs.By further gene enrichment analysis,the study found these genes enriched in 22 GO terms,10 KEGG pathways,and 3 IPA important networks.And they enriched in traits which associated with growth,such as mTOR signaling pathways,Wnt signaling pathways,growth hormone receptor networks and insulin-like growth factor Ⅰ receptor networks.And they also enriched in some laying traits,such as oocyte meiotic signaling pathways and progesterone mature oocytes signaling pathways.The methods and the results might provide references for further studies.     

中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织GAPDH基因实时荧光定量PCR方法的建立

【目的】建立GAPDH内参基因实时荧光定量PCR方法,为进一步研究中国美利奴羊(新疆型)相关基因的定量表达奠定基础。【方法】采用中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织为试材,根据Genebank中绵羊GAPDH基因序列,设计并合成一对引物,建立基于SYBR Green I染料技术的Real-Time PCR检测体系,绘制出标准曲线并对其熔解曲线分析。【结果】以cDNA为模板建立的标准曲线循环阈值(Ct)与标准cDNA模板在一定浓度范围内呈良好的线性关系,GAPDH基因标准曲线中模板拷贝数(X)与Ct值的关系为Ct=一3.679 51g/X+35.648,相关系数R=0.999 8;试验重复性好,批内和批间变异系数(CV%)分别为0.22%～3.45%和1.30%～4.89%。【结论】所建立的方法具有快速、线性范围广、重复性强等特点,GAPDH可作为内参基因用于绵羊相关基因的定量表达研究。     

基于CO II全基因的差翅亚目昆虫分子系统学研究

[目的]对基于CO Ⅱ全基因的差翅亚目昆虫的分子系统学进行研究。[方法]设计蜻蜓目昆虫CO Ⅱ全基因的非特异性引物,获得差翅亚目5科6属8种共8条CO Ⅱ全序列。采用CluxtalX1.8、ContigExpress、MEGA2.1、PHYLIP3.6a以及MrBayes V3.0等生物学软件及简约法和最大似然法对其进行分析并构建分子系统树。[结果]CO Ⅱ的A＋T含量较低（68.6%）,说明蜻蜓目是一比较原始的类群;每条序列均含有2个半胱氨酸,这一点有别于其他类群昆虫;不支持将大蜻亚科上升为科的观点;支持将大蜓科和蜓科归入蜓总科,而将春蜓科上升为总科的观点;差翅亚目5科之间的进化关系由慢到快依次为：春蜓科→大蜓科→蜓科→伪蜻科→蜻科。[结论]为蜻蜓目分子系统学研究提供相关依据。     

2003-2004年我国小麦叶锈菌致病类型苗期鉴定及毒性分析

为明确小麦叶锈菌的毒性基因谱,对2003-2004采自我国的117株小麦叶锈菌菌株进行了致病性鉴定及毒性基因分析。结果表明:2003-2004年,117株小麦叶锈菌被划分为104个致病类型,其中优势类型为PHSS、PHTT和FHSS,其出现频率分别为4.27%、3.42%和2.56%。毒性基因V2 a、V9、V24、V3 a、V19、V38、V39、V40、V41、V42、V43和V46的毒性频率<30%,其对应的抗性基因为有效抗病基因,特别是V38的毒性频率为0,其对应的抗性基因有很好的抗叶锈性。V1、V3 ka、V30、V18、V14 ab、V15、V20、V21、V23、V28、V29、V32、V33+34、V36、V44和V45的毒性频率都在30%~60%之间,表明其对应的抗叶锈基因尚有一定的利用价值;V2 c、V3、V16、V26、V11、V17、VB、V10、V14 a、V2 b、V3 bg、V14 b、V25、V33、V34和VT3的毒性频率都>60%,表明其对应的抗叶锈基因在2003-2004年生产上单独使用几乎没有利用价值。     

日粮添加DHA对肉仔鸡生长及脂肪代谢基因转录的后效作用

 【目的】探讨二十二碳六烯酸（DHA）微藻粉对肉仔鸡生长和脂肪代谢的影响及其持续效果,为揭示DHA调节动物脂肪沉积的机理提供依据。【方法】1周龄AA肉仔鸡日粮中添加DHA微藻粉,添加2周,分别在3、4、5周时屠宰,取组织样提总RNA,采用RT-PCR技术检测各组织中基因转录表达。【结果】DHA微藻粉显著增加肉仔鸡日增重和饲料转化率,降低腹脂率,降低血清中总胆固醇TC、甘油三酯TG和低密度脂蛋白胆固醇LDL-C含量,增加高密度脂蛋白胆固醇HDL-C含量（P＜0.05）,停止添加1周后仍有显著作用（P＜0.05）。DHA微藻粉可提高肝脏过氧化物酶增生物激活受体（PPARα）和肉碱酰基转移酶（CPT-1）mRNA表达,抑制脂肪酸合成酶（FAS） mRNA表达,停止添加后,可促进上述基因的表达（P＜0.01）。DHA微藻粉能促进乙酰辅酶A羧化酶（ACC）、FAS和 CPT-1 mRNA表达,抑制腹脂中脂蛋白脂酶（LPL）mRMA表达,停止添加后,试验组中各基因表达低于对照组（P＜0.01）。DHA微藻粉显著抑制胸肌中脂肪合成和脂肪酸氧化的基因表达（P＜0.01）,停止添加1周后,试验组中FAS、LPL、CPT-1 mRNA表达高于对照组（P＜0.05）;停止添加2周后,可抑制脂肪合成与分解基因的表达（P＜0.01）。DHA微藻粉显著抑制腿肌中FAS mRNA表达,促进ACC、LPL、CPT-1 mRNA表达;停止添加1周后,显著地抑制合成与分解基因表达（P＜0.01）;但停止添加2周后,观测到相反现象。【结论】DHA微藻粉对肉仔鸡各组织中脂肪代谢影响不同,在肝脏和腿肌中抑制脂肪合成,促进氧化,停止添加2周后,促进脂肪合成与分解;在脂肪组织中可促进脂肪合成与分解,停止添加后,呈相反作用;在胸肌中抑制脂肪合成与氧化,停止添加后出现相反作用。     

人溶菌酶密码子优化及其在牛乳腺细胞中高效表达

【目的】分析牛乳腺中7种主要乳蛋白基因密码子使用偏好性,筛选高频密码子和低频密码子,依据其对人溶菌酶基因进行密码子局部优化和全局优化,通过牛乳腺上皮细胞等多种细胞对优化效果进行分析评价,为提高重组人溶菌酶表达量,开发新型、高效、安全的重组人溶菌酶提供理论依据。【方法】利用CodonW和EMBOSS等软件对7种主要牛乳蛋白和人溶菌酶基因密码子偏好进行生物信息学分析,筛选牛乳蛋白基因高频、低频密码子并根据牛乳蛋白基因密码子使用偏好对人溶菌酶基因翻译起始区前22位密码子（LYZop22）和全局密码子(LYZop)分别进行优化。构建人溶菌酶-荧光素酶融合表达载体（pGL3-LYZcw/op22/op）和人溶菌酶过表达载体（pcDNA-LYZcw/op22/op）,将上述载体分别转染牛乳腺上皮细胞(BMEC)、牛成纤维细胞（BFFC）和C127小鼠乳腺上皮细胞等3种细胞,通过荧光素酶、实时荧光定量PCR及Western-blot等方法检测密码子优化对溶菌酶表达的影响。【结果】牛乳蛋白基因密码子偏好以GC结尾,GC3s平均含量为0.537±0.062,而人溶菌酶GC3s含量为0.407,偏好以AT结尾;聚类结果表明,牛乳中酪蛋白与乳清蛋白类基因在密码子使用偏好性上也存在一定差异。依据筛选获得的牛主要乳蛋白基因5个高频密码子（RSCU>1.5）和7个低频密码子（RSCU<0.5）对人溶菌酶基因密码子进行优化并转染多种细胞进行表达效果分析。荧光素酶分析发现,相比野生型溶菌酶密码子（LYZcw）,翻译起始区密码子优化类型LYZop22分别在BMEC、BFFC细胞中提高1.48倍（P<0.01）和1.30倍（P>0.05）;而全局密码子优化类型LYZop分别在BMEC、BFFC中提高2.2倍（P<0.01）和2.44倍（P<0.01）,说明密码子优化能明显提高人溶菌酶在多种细胞中表达量。实时荧光定量PCR结果表明,LYZop22相比LYZcw在BMEC和BFFC细胞中分别提高了2.08倍（P<0.05）和1.5倍（P>0.05）,而LYZop则分别提高了22倍（P<0.01）和17.8倍（P<0.01）,mRNA表达水平与密码子优化后的mRNA二级结构稳定性呈正相关。Western-blot结果也进一步表明,密码子优化后的LYZop22和LYZop能明显提高重组人溶菌酶在牛乳腺上皮细胞中的表达量。上述结果表明,根据牛乳腺中主要乳蛋白基因密码子使用偏好进行密码子优化,能显著提高人溶菌酶在牛乳腺上皮细胞及成纤维细胞中的表达量,且溶菌酶基因全局密码子优化效果优于翻译起始区密码子优化效果。【结论】通过生物信息学分析获得了牛乳蛋白基因使密码子使用偏好及高低频密码子;依据牛乳蛋白密码子使用偏好性对人溶菌酶密码子优化能显著提高重组人溶菌酶mRNA水平和蛋白水平的表达量,为今后利用生物反应器高效生产重组人溶菌酶奠定基础。