跨县域政策下企业运营策略的演化博弈分析

在推进农业产业化过程中,为促进区域农业产业品牌的形成和竞争力的提高,提出跨县域合作策略以引导企业发展。根据市场中企业普遍存在的跨县域或县域发展策略,得出企业之间的博弈模型。利用企业跨县域与县域策略的复制动态方程,分析企业间策略选择的演化均衡特征,分析一些主要参数对企业跨县域发展的市场均衡特征的影响,即：当企业种群中选择跨县域策略的概率满足0%@ 1674-1161     

茶树MADS-box转录因子基因的克隆与非生物胁迫响应分析

本研究基于茶树转录组数据库,以茶树龙井43为试验材料,通过RT-PCR方法从该茶树的cDNA中克隆得到1个CsMADS1基因。序列分析表明:茶树CsMADS1基因开放阅读框长度为657 bp,编码218个氨基酸,是典型的植物MADS-box家族转录因子。序列多重比对显示,该序列与多个相关物种的MADS-box序列一致性为65.65%,含有高度保守的MADS结构域和半保守的K结构域。氨基酸理化性质、亲疏水性、亚细胞定位预测、无序化分析,以及二级和三级结构分析显示,CsMADS1转录因子是亲水性蛋白,可能定位于细胞核中,无序化程度明显,以α-螺旋结构为主,并与人MEF2蛋白具有相似的三级结构。利用实时荧光定量PCR方法分析了茶树龙井43中CsMADS1基因在非生物胁迫下的表达。结果表明,茶树中CsMADS1基因对高温、低温、干旱和高盐等不同非生物胁迫有响应,且表达存在差异。     

大豆Abhydrolase_3基因家族进化分析

异黄酮是大豆的重要次生代谢物,参与植物与微生物互作。2-羟基异黄酮脱水酶(hydroxyisoflavanone dehydratase,HID)催化2-羟基异黄酮形成稳定的异黄酮。HID属于Abhydrolase_3基因家族,该基因家族具有多种功能,但该基因家族在大豆中的进化模式尚待研究。为了研究Abhydrolase_3基因家族在大豆中的进化模式,本文在大豆基因组中鉴定了62个Abhydrolase_3基因,串联和片段复制是该基因家族主要扩增方式。根据系统进化关系,将大豆Abhydrolase_3基因家族划分为8个亚家族,其中HID所在的亚家族I基因数量最多,并发生多次基因扩增事件。对大豆Abhydrolase_3基因家族结构分析表明,不同亚家族具有不同的基序。多态性分析表明,亚家族Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ具有较高的核苷酸差异,并受到放松的自然选择。基因表达分析表明,除了亚家族II和IV外,其它亚家族的基因在大豆不同组织中有较高表达;亚家族Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ基因受病原菌诱导表达。结果说明HID所在的亚家族I存在基因扩增和功能分化,与病原菌互作相关的基因具有较高的遗传多样性并受病原菌诱导表达。     

5种蔷薇科树种多酚氧化酶比较基因组学分析

蔷薇科植物中有多种具有重要价值的水果,如苹果、梨、桃、草莓和黑树莓等。这些水果普遍容易发生由多酚氧化酶(PPO)介导的酶促褐变而导致重大经济损失,从全基因组角度分析比较PPO基因家族,有助于加深对PPO基因家族和功能的认识。采用比较基因组学的方法,对这5种植物的PPO基因家族进行了基因鉴定、染色体定位、编码蛋白的亚细胞定位、内含子统计分析、基因系统进化、基因倍增与丢失等特征分析。从这5种植物中,共计鉴定出了42个PPO基因,其中6个基因被认定是假基因;绝大多数基因编码的蛋白定位于叶绿体,2个定位于线粒体,3个是分泌型蛋白;PPO基因在染色体上有串联重复和散布两种形式;9个基因具有内含子,聚类结果显示可以将它们分为6个类型,每个基因类型在进化过程中都发生过基因倍增和丢失;同型基因内含子的位置和大小具有相似性。这些结果揭示蔷薇科植物PPO基因内含子是伴随着基因倍增产生的,基因倍增也是推动PPO基因多样化的重要动力,PPO基因倍增和丢失差异导致PPO基因数量在不同物种之间产生差异。     

辣椒GRAS家族全基因组鉴定与表达分析

基于辣椒全基因组数据信息,利用生物信息学方法对CaGRAS基因家族进行了系统鉴定和进化分析,并通过Real-time PCR方法检测了CaGRAS家族组织表达模式和对PEG6000、盐胁迫的应答。结果表明:在辣椒中存在54个CaGRAS基因,除11号染色体外其余染色体均有分布,外显子数1~3,等电点4.97~9.13;系统进化分析显示CaGRAS基因可分为8个进化群;CaGRAS基因具有不同的表达模式,在根、茎、叶片和茎尖中优势表达的基因分别有34、8、3和8个;多数CaGRAS基因能响应PEG6000和盐胁迫,其中CaGRAS11、CaGRAS30、CaGRAS40、CaGRAS44和CaGRAS50受到PEG6000和盐胁迫的强烈诱导。本研究为深入解析CaGRAS家族基因的功能奠定了一定基础。     

戴云山自然保护区种子植物传粉模式研究

以戴云山国家级自然保护区种子植物名录为研究对象,基于APWeb和文献资料统计种子植物科的传粉模式,研究了戴云山保护区种子植物的主要传粉模式及其传粉模式的祖先状态。结果表明:戴云山保护区种子植物中动物参与传粉有144科,占总科数87.27%;完全利用非生物模式传粉占总科数12.12%;单一传粉模式以动物传粉的科数最多(124科),其次为风媒传粉(14科),水媒传粉最少(4科)。混合传粉模式中,动物和风媒传粉的科数最多。动物传粉模式在戴云山保护区种子植物传粉中占据重要地位。戴云山保护区种子植物科中共有9个原始类群,单一动物传粉8科,动物和风媒混合传粉有1科,表明动物传粉在植物原始类群进化中占据主要地位,可能是现存戴云山被子植物传粉模式中的祖先状态。研究结果旨在为戴云山种子植物发育与演变提供理论依据。     

苹果Hsf家族成员的序列特征、表达与进化分析

为全面了解苹果基因组中热激转录因子(Hsf)的序列特征及进化,采用生物信息学手段,在苹果全基因组水平上鉴定出50个MdHsf基因,并对其系统发育关系、序列特征、表达情况以及选择压力进行详细分析。系统发育与序列分析显示:与拟南芥和水稻相似,50个MdHsf基因可分为A、B、C 3个亚族;2个或多个MdHsf基因位于同一个末端进化支,说明该基因家族在苹果中发生了物种特异性扩增;尽管MdHsf基因的内含子数目和长度变异较大,但其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高的保守性,这可能与功能约束有关。基于EST数目,可推知:除了MdHsfA2a和MdHsfA3a/b/c等14个基因没有相应的EST外,其余72%的基因都有转录活性。选择压力检测和结构建模分析显示:在36个MdHsf蛋白的选择压力检测中,位点模型未鉴定到正选择位点的存在;而在显著水平下(P0.05),分支-位点模型在d和e进化分支上,共检测到5个正选择位点,它们是28R、30L、35D、51M、67V,其中28R和30L位于Hsf结构域中,35D、51M和67V位于Hsf结构域之外,这说明除了MdHsfA4d/e和MdHsf C1a/b发生快速进化外,其他成员受控于纯净选择,具有高度保守性。综合以上研究结果,苹果基因组中存在多种热激转录因子,其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高保守性,大多具有转录活性,在进化上该家族受纯净选择主导。     

2株3型鸭甲肝病毒广东分离株的鉴定与遗传进化分析

为了解广东省某两个养殖场发生的疑似鸭病毒性肝炎病例感染的病原体,试验对两个养殖场送检的2份病料采用RT-PCR、病毒分离和序列分析等方法对病毒进行鉴定;病料处理后接种10日龄SPF鸭胚、9日龄SPF鸡胚尿囊腔进行病毒分离,并扩增病毒全基因组及VP1基因,利用DNAStar 7.0和MEGAⅩ对分离株与GenBank中公布的相关病毒株序列进行同源性比对、氨基酸序列比对并构建系统进化树。结果表明：从病料中成功分离并鉴定2株3型鸭甲肝病毒(DHAV-3),分别命名为GD18株和GD21株;2份病料攻毒均未引起鸡胚的死亡与明显病变,但引起了鸭胚的发育不良,且GD21株可引起鸭胚死亡,死亡胚体出现全身性出血、充血等特征性病变;分离的2株DHAV-3均属于GⅠ基因型,且与之前在广东省流行的FS株、GD株和C-GY株等毒株亲缘关系较远,而与广东省外流行毒株SD株、JS株、CH株和EY株等亲缘关系较近。与参考株氨基酸序列比对,GD18株在第49位和第67位出现2个新的突变位点,而GD21株没有出现新的突变位点。说明在广东省内鸭群中可能存在由于引种或贸易过程而引入的DHAV-3新毒株的流行。     

2015—2016年中国部分地区PBoV检测及遗传进化分析

为了调查2015—2016年中国部分地区猪博卡病毒流行情况,在我国各地中抽取了89份猪样本,用PCR方法对这些样本进行检测,并对其中有扩增阳性的产物进行基因序列检测,将测序结果进行对比分析,找出其中可能存在的同源性或遗传性证据.在89份检测样本中,检测出PBoV的样本42分,占比47.19％,其中山东地区的样本阳性率最...     

安犏牛线粒体DNA分析及系统进化研究

安格斯牛与牦牛杂交所产F1犏牛显示出较高的杂交优势,不仅耐高寒、耐粗饲,而且弥补了牦牛生长慢的缺点.为了解安犏牛的线粒体结构特性,从二代测序数据中组装了安犏牛[Angus cattle(Bos taurus;♂)×Gannan yak(Bos grunniens;♀)]完整的线粒体基因组.结果表明:安犏牛基因组大小为 ...